tools/clitkJacobianImageGenericFilter.txx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ===========================================================================**/
  18 #ifndef clitkJacobianImageGenericFilter_txx
  19 #define clitkJacobianImageGenericFilter_txx
  20
  21 /* =================================================
  22  * @file   clitkJacobianImageGenericFilter.txx
  23  * @author
  24  * @date
  25  *
  26  * @brief
  27  *
  28  ===================================================*/
  29
  30 #include "clitkImageCommon.h"
  31 #include "itkDisplacementFieldJacobianDeterminantFilter.h"
  32 #include "itkImage.h"
  33 #include "itkImageFileReader.h"
  34 #include "itkImageFileWriter.h"
  35 #include "itkVector.h"
  36 #include "itkNormalizeImageFilter.h"
  37
  38 namespace clitk
  39 {
  40
  41 //-----------------------------------------------------------
  42 // Constructor
  43 //-----------------------------------------------------------
  44 template<class args_info_type>
  45 JacobianImageGenericFilter<args_info_type>::JacobianImageGenericFilter()
  46 {
  47   m_Verbose=false;
  48   m_InputFileName="";
  49 }
  50
  51
  52 //-----------------------------------------------------------
  53 // Update
  54 //-----------------------------------------------------------
  55 template<class args_info_type>
  56 void JacobianImageGenericFilter<args_info_type>::Update()
  57 {
  58   // Read the Dimension and PixelType
  59   int Dimension;
  60   std::string PixelType;
  61   ReadImageDimensionAndPixelType(m_InputFileName, Dimension, PixelType);
  62
  63
  64   // Call UpdateWithDim
  65   if(Dimension==2) UpdateWithDim<2>(PixelType);
  66   else if(Dimension==3) UpdateWithDim<3>(PixelType);
  67   // else if (Dimension==4)UpdateWithDim<4>(PixelType);
  68   else {
  69     std::cout<<"Error, Only for 2 or 3  Dimensions!!!"<<std::endl ;
  70     return;
  71   }
  72 }
  73
  74 //-------------------------------------------------------------------
  75 // Update with the number of dimensions
  76 //-------------------------------------------------------------------
  77 template<class args_info_type>
  78 template<unsigned int Dimension>
  79 void
  80 JacobianImageGenericFilter<args_info_type>::UpdateWithDim(std::string PixelType)
  81 {
  82   if (m_Verbose) std::cout << "Image was detected to be "<<Dimension<<"D and "<< PixelType<<"..."<<std::endl;
  83
  84   //    if(PixelType == "short"){
  85   //       if (m_Verbose) std::cout << "Launching filter in "<< Dimension <<"D and signed short..." << std::endl;
  86   //       UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, signed short>();
  87   //     }
  88   //    else if(PixelType == "unsigned_short"){
  89   //       if (m_Verbose) std::cout  << "Launching filter in "<< Dimension <<"D and unsigned_short..." << std::endl;
  90   //       UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, unsigned short>();
  91   //     }
  92
  93   //     else if (PixelType == "unsigned_char"){
  94   //       if (m_Verbose) std::cout  << "Launching filter in "<< Dimension <<"D and unsigned_char..." << std::endl;
  95   //       UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, unsigned char>();
  96   //     }
  97
  98   //     else if (PixelType == "char"){
  99   //       if (m_Verbose) std::cout  << "Launching filter in "<< Dimension <<"D and signed_char..." << std::endl;
 100   //       UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, signed char>();
 101   //     }
 102   //  else {
 103   if (m_Verbose) std::cout  << "Launching filter in "<< Dimension <<"D and float..." << std::endl;
 104   UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, itk::Vector<float, Dimension> >();
 105   // }
 106 }
 107
 108
 109 //-------------------------------------------------------------------
 110 // Update with the number of dimensions and the pixeltype
 111 //-------------------------------------------------------------------
 112 template<class args_info_type>
 113 template <unsigned int Dimension, class  PixelType>
 114 void
 115 JacobianImageGenericFilter<args_info_type>::UpdateWithDimAndPixelType()
 116 {
 117   std::string vfield_file = m_ArgsInfo.input_arg;
 118
 119   const unsigned int dim = Dimension;
 120   typedef itk::Vector<double, dim> VectorType;
 121   typedef itk::Image<VectorType, dim> VectorFieldType;
 122   typedef itk::ImageFileReader<VectorFieldType> VectorFieldReaderType;
 123
 124   typename VectorFieldReaderType::Pointer vfield_reader = VectorFieldReaderType::New();
 125   vfield_reader->SetFileName(vfield_file.c_str());
 126
 127   typedef double OutputPixelType;
 128   typedef itk::Image<OutputPixelType, dim> ImageType;
 129   typedef itk::DisplacementFieldJacobianDeterminantFilter<VectorFieldType, OutputPixelType, ImageType> JacobianFilterType;
 130
 131   typename VectorFieldType::Pointer vfield = vfield_reader->GetOutput();
 132   typename JacobianFilterType::Pointer jac = JacobianFilterType::New();
 133   jac->SetInput(vfield);
 134   jac->Update();
 135
 136   typedef itk::NormalizeImageFilter<ImageType, ImageType> NormalizeFilterType;
 137   typename NormalizeFilterType::Pointer normalize = NormalizeFilterType::New();
 138   normalize->SetInput(jac->GetOutput());
 139   normalize->Update();
 140
 141   typedef itk::ImageFileWriter<ImageType> ImageFileWriterType;
 142   typename ImageFileWriterType::Pointer image_writer = ImageFileWriterType::New();
 143
 144   std::string image_file = m_ArgsInfo.output_arg;
 145   image_writer->SetFileName(image_file.c_str());
 146   image_writer->SetInput(jac->GetOutput());
 147   image_writer->Update();
 148
 149 }
 150
 151
 152 }//end clitk
 153
 154 #endif //#define clitkJacobianImageGenericFilter_txx