tools/clitkLabelImageOverlapMeasureGenericFilter.txx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17   ===========================================================================**/
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  19 //--------------------------------------------------------------------
  20 template<class ArgsInfoType>
  21 clitk::LabelImageOverlapMeasureGenericFilter<ArgsInfoType>::
  22 LabelImageOverlapMeasureGenericFilter():
  23   ImageToImageGenericFilter<Self>("LabelImageOverlapMeasure")
  24 {
  25   // Default values
  26   cmdline_parser_clitkDice_init(&mArgsInfo);
  27   //InitializeImageType<2>();
  28   InitializeImageType<3>();
  29 }
  30 //--------------------------------------------------------------------
  31
  32
  33 //--------------------------------------------------------------------
  34 template<class ArgsInfoType>
  35 template<unsigned int Dim>
  36 void clitk::LabelImageOverlapMeasureGenericFilter<ArgsInfoType>::
  37 InitializeImageType()
  38 {
  39   ADD_IMAGE_TYPE(Dim, uchar);
  40 }
  41 //--------------------------------------------------------------------
  42
  43
  44 //--------------------------------------------------------------------
  45 template<class ArgsInfoType>
  46 void clitk::LabelImageOverlapMeasureGenericFilter<ArgsInfoType>::
  47 SetArgsInfo(const ArgsInfoType & a)
  48 {
  49   mArgsInfo=a;
  50   //this->SetIOVerbose(mArgsInfo.verbose_flag);
  51   if (mArgsInfo.imagetypes_flag) this->PrintAvailableImageTypes();
  52   if (mArgsInfo.input1_given) this->AddInputFilename(mArgsInfo.input1_arg);
  53   if (mArgsInfo.input2_given) this->AddInputFilename(mArgsInfo.input2_arg);
  54 }
  55 //--------------------------------------------------------------------
  56
  57
  58 //--------------------------------------------------------------------
  59 // Update with the number of dimensions and the pixeltype
  60 //--------------------------------------------------------------------
  61 template<class ArgsInfoType>
  62 template<class FilterType>
  63 void clitk::LabelImageOverlapMeasureGenericFilter<ArgsInfoType>::
  64 SetOptionsFromArgsInfoToFilter(FilterType * f)
  65 {
  66   f->SetLabel1(mArgsInfo.label1_arg);
  67   f->SetLabel2(mArgsInfo.label2_arg);
  68   f->SetVerboseFlag(mArgsInfo.verbose_flag);
  69   f->SetLongFlag(mArgsInfo.long_flag);
  70 }
  71 //--------------------------------------------------------------------
  72
  73
  74 //--------------------------------------------------------------------
  75 // Update with the number of dimensions and the pixeltype
  76 //--------------------------------------------------------------------
  77 template<class ArgsInfoType>
  78 template<class ImageType>
  79 void clitk::LabelImageOverlapMeasureGenericFilter<ArgsInfoType>::
  80 UpdateWithInputImageType()
  81 {
  82   // Reading input
  83   typename ImageType::Pointer input1 = this->template GetInput<ImageType>(0);
  84   typename ImageType::Pointer input2 = this->template GetInput<ImageType>(1);
  85
  86   // Create filter
  87   typedef clitk::LabelImageOverlapMeasureFilter<ImageType> FilterType;
  88   typename FilterType::Pointer filter = FilterType::New();
  89
  90   // Set global Options
  91   filter->SetInput(0, input1);
  92   filter->SetInput(1, input2);
  93   SetOptionsFromArgsInfoToFilter<FilterType>(filter);
  94
  95   // Go !
  96   filter->Update();
  97
  98   // Write/Save results
  99   // typename ImageType::Pointer output = filter->GetOutput();
 100   // this->template SetNextOutput<ImageType>(output);
 101 }
 102 //--------------------------------------------------------------------