tools/clitkMaskLandmarks.cxx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ===========================================================================*/
  18 #include "clitkMaskLandmarks_ggo.h"
  19
  20 #include <string>
  21 #include <vector>
  22 #include <iostream>
  23 #include <fstream>
  24
  25 #include <clitkCommon.h>
  26 #include <clitkImageCommon.h>
  27
  28 typedef itk::Point<double, 3> PointType;
  29 typedef std::vector<PointType> PointArrayType;
  30
  31 static void read_points_pts(const std::string& fileName, PointArrayType& points, bool verbose)
  32 {
  33   std::ifstream landmarksFile(fileName.c_str());
  34   if (landmarksFile.fail())
  35   {
  36     std::cerr << "ERROR: could not open '" << fileName << "'" << std::endl;
  37     exit(-2);
  38   }
  39
  40   std::string line;
  41   std::getline(landmarksFile, line);
  42   if (line.find("#X") != 0)
  43   {
  44     std::cerr << "ERROR: invalid landmarks file '" << fileName << "'" << std::endl;
  45     exit(-3);
  46   }
  47
  48   PointType p;
  49   while (!landmarksFile.eof())
  50   {
  51     landmarksFile >> p[0] >> p[1] >> p[2];
  52     if (landmarksFile.fail())
  53       break;
  54     if (verbose)
  55       std::cout << "point " << p << std::endl;
  56     points.push_back(p);
  57   }
  58 }
  59
  60 void write_points_pts(const std::string& fileName, const PointArrayType& points, bool verbose)
  61 {
  62   std::ofstream landmarksFile(fileName.c_str());
  63
  64   landmarksFile << "#X\tY\tZ" << std::endl;
  65   for (size_t i = 0; i < points.size(); i++)
  66     landmarksFile << points[i][0] << "\t" << points[i][1] << "\t" << points[i][2] << "\t" << std::endl;
  67 }
  68
  69 int main(int argc, char** argv)
  70 {
  71   typedef itk::Image<unsigned char, 3>  MaskType;
  72   typedef MaskType::Pointer             MaskPointer;
  73   GGO(clitkMaskLandmarks, args_info);
  74
  75   if (args_info.input_given != args_info.output_given)
  76   {
  77     std::cerr << "The number of inputs must be equal to the number of outputs" << std::endl;;
  78     exit(1);
  79   }
  80
  81   std::vector<PointArrayType> inputs(args_info.input_given);
  82   for (unsigned i = 0; i < args_info.input_given; ++i)
  83   {
  84     read_points_pts(args_info.input_arg[i], inputs[i], args_info.verbose_flag);
  85     if (inputs[i].size() != inputs[0].size())
  86     {
  87       std::cerr << "All input files must contain the same amount of points" << std::endl;
  88       exit(2);
  89     }
  90   }
  91
  92   MaskPointer mask = clitk::readImage<MaskType>(args_info.mask_arg, args_info.verbose_flag);
  93   std::vector<PointArrayType> outputs(args_info.input_given);
  94   for (unsigned i = 0; i < inputs[0].size(); ++i)
  95   {
  96     MaskType::IndexType idx;
  97     if (mask->TransformPhysicalPointToIndex(inputs[0][i], idx) && (*mask)[idx])
  98       for (unsigned j = 0; j < args_info.input_given; j++)
  99         outputs[j].push_back(inputs[j][i]);
 100   }
 101
 102   for (unsigned i = 0; i < args_info.input_given; ++i)
 103     write_points_pts(args_info.output_arg[i], outputs[i], args_info.verbose_flag);
 104 }