tools/clitkMatrixToElastixTransform.cxx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ===========================================================================**/
  18
  19 // clitk
  20 #include "clitkMatrixToElastixTransform_ggo.h"
  21 #include "clitkTransformUtilities.h"
  22 #include "clitkIO.h"
  23
  24 // itk
  25 #include <itkEuler3DTransform.h>
  26
  27 //--------------------------------------------------------------------
  28 int main(int argc, char * argv[])
  29 {
  30   // Init command line
  31   GGO(clitkMatrixToElastixTransform, args_info);
  32   CLITK_INIT;
  33
  34   // Read matrix
  35   itk::Matrix<double, 4, 4> matrix;
  36   try {
  37     matrix = clitk::ReadMatrix3D(args_info.input_arg);
  38   }
  39   catch (itk::ExceptionObject & err) {
  40     std::cerr << "Error reading " << args_info.input_arg << std::endl;
  41     std::cerr << err.GetDescription() << std::endl;
  42     exit(-1);
  43   }
  44
  45   // Compute parameters from transfer using itk Euler transform
  46   itk::Euler3DTransform<double>::CenterType center;
  47   center.Fill(0.);
  48   if(args_info.center_given==3) {
  49     center[0] = args_info.center_arg[0];
  50     center[1] = args_info.center_arg[1];
  51     center[2] = args_info.center_arg[2];
  52   }
  53   itk::Euler3DTransform<double>::MatrixType rotMat;
  54   itk::Euler3DTransform<double>::OutputVectorType transVec;
  55   for(int i=0; i<3; i++) {
  56     transVec[i] = matrix[i][3];
  57     for(int j=0; j<3; j++)
  58       rotMat[i][j] = matrix[i][j];
  59   }
  60   itk::Euler3DTransform<double>::Pointer euler;
  61   euler = itk::Euler3DTransform<double>::New();
  62   euler->SetCenter(center);
  63   euler->SetOffset(transVec);
  64   euler->SetComputeZYX(false);
  65   try {
  66     euler->SetMatrix(rotMat);
  67   }
  68   catch (itk::ExceptionObject & err) {
  69     std::cerr << "Error reading " << args_info.input_arg << std::endl;
  70     std::cerr << err.GetDescription() << std::endl;
  71     exit(-1);
  72   }
  73
  74   // Write result
  75   std::ofstream out;
  76   clitk::openFileForWriting(out, args_info.output_arg);
  77   out << "(Transform \"EulerTransform\")" << std::endl;
  78   out << "(NumberOfParameters 6)" << std::endl;
  79   out << "(TransformParameters ";
  80   for(unsigned int i=0; i<6; i++)
  81     out << euler->GetParameters()[i] << ' ';
  82   out << ')' << std::endl;
  83   out << "(InitialTransformParametersFileName \"NoInitialTransform\")" << std::endl;
  84   out << "(HowToCombineTransforms \"Compose\")" << std::endl;
  85
  86   out << "// EulerTransform specific" << std::endl;
  87   out << "(CenterOfRotationPoint "<< center[0] << ' ' << center[1] << ' ' << center[2] << ')' << std::endl;
  88   out << "(ComputeZYX \"false\")" << std::endl;
  89
  90   // The rest is commented, up to the user to define it manually
  91   out << "// Image specific" << std::endl;
  92   out << "// (FixedImageDimension 3)" << std::endl;
  93   out << "// (MovingImageDimension 3)" << std::endl;
  94   out << "// (FixedInternalImagePixelType \"float\")" << std::endl;
  95   out << "// (MovingInternalImagePixelType \"float\")" << std::endl;
  96   out << "// (Size 1 1 1)" << std::endl;
  97   out << "// (Index 0 0 0)" << std::endl;
  98   out << "// (Spacing 1 1 1)" << std::endl;
  99   out << "// (Origin -0.5 -0.5 -0.5)" << std::endl;
 100   out << "// (Direction 1 0 0 0 1 0 0 0 1)" << std::endl;
 101   out << "// (UseDirectionCosines \"true\")" << std::endl << std::endl;
 102
 103   out << "// ResampleInterpolator specific" << std::endl;
 104   out << "// (ResampleInterpolator \"FinalBSplineInterpolator\")" << std::endl;
 105   out << "// (FinalBSplineInterpolationOrder 3)" << std::endl << std::endl;
 106
 107   out << "// Resampler specific" << std::endl;
 108   out << "// (Resampler \"DefaultResampler\")" << std::endl;
 109   out << "// (DefaultPixelValue 0.000000)" << std::endl;
 110   out << "// (ResultImageFormat \"mhd\")" << std::endl;
 111   out << "// (ResultImagePixelType \"short\")" << std::endl;
 112   out << "// (CompressResultImage \"false\")" << std::endl;
 113   out.close();
 114
 115   return EXIT_SUCCESS;
 116 }// end main
 117
 118 //--------------------------------------------------------------------