tools/clitkMeshToBinaryImage.cxx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ===========================================================================*/
  18 #include "clitkMeshToBinaryImage_ggo.h"
  19 #include "clitkMeshToBinaryImageFilter.h"
  20 #include "clitkCommon.h"
  21 #include "clitkImageCommon.h"
  22
  23 #include <itkImageIOBase.h>
  24 #include <itkInvertIntensityImageFilter.h>
  25
  26 #include <vtkOBJReader.h>
  27
  28 #include <string>
  29
  30 template <unsigned dim>
  31 void run(const args_info_clitkMeshToBinaryImage& argsInfo,
  32          const itk::ImageIOBase * header)
  33 {
  34   typedef itk::Image<unsigned char, dim> ImageType;
  35   typename ImageType::Pointer like = ImageType::New();
  36
  37   typename ImageType::SizeType size;
  38   for (unsigned i = 0; i < dim; ++i)
  39     size[i] = header->GetDimensions(i);
  40   typename ImageType::RegionType region;
  41   region.SetSize(size);
  42   like->SetRegions(region);
  43
  44   typename ImageType::SpacingType spacing;
  45   for (unsigned i = 0; i < dim; ++i)
  46     spacing[i] = header->GetSpacing(i);
  47   like->SetSpacing(spacing);
  48
  49
  50   typename ImageType::PointType origin;
  51   for (unsigned i = 0; i < dim; ++i)
  52     origin[i] = header->GetOrigin(i);
  53   like->SetOrigin(origin);
  54
  55   vtkSmartPointer<vtkOBJReader> reader = vtkOBJReader::New();
  56   reader->SetFileName(argsInfo.input_arg);
  57   reader->Update();
  58
  59   typename clitk::MeshToBinaryImageFilter<ImageType>::Pointer filter =
  60     clitk::MeshToBinaryImageFilter<ImageType>::New();
  61   filter->SetExtrude(false);
  62   filter->SetMesh(reader->GetOutput());
  63   filter->SetLikeImage(like);
  64   filter->Update();
  65
  66   typedef itk::InvertIntensityImageFilter<ImageType> InvertFilterType;
  67   typename InvertFilterType::Pointer ifilter = InvertFilterType::New();
  68   ifilter->SetInput(filter->GetOutput());
  69   ifilter->SetMaximum(1);
  70
  71   clitk::writeImage(ifilter->GetOutput(), argsInfo.output_arg);
  72 }
  73
  74 int main(int argc, char** argv)
  75 {
  76   GGO(clitkMeshToBinaryImage, args_info);
  77
  78   itk::ImageIOBase::Pointer header =
  79     clitk::readImageHeader(args_info.like_arg);
  80   switch (header->GetNumberOfDimensions())
  81   {
  82     case 2:
  83       run<2>(args_info, header);
  84       break;
  85     case 3:
  86       run<3>(args_info, header);
  87       break;
  88     case 4:
  89       run<4>(args_info, header);
  90       break;
  91   }
  92
  93   return EXIT_SUCCESS;
  94 }