tools/clitkMirrorPadImageGenericFilter.txx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ===========================================================================**/
  18 #ifndef clitkMirrorPadImageGenericFilter_txx
  19 #define clitkMirrorPadImageGenericFilter_txx
  20
  21 /* =================================================
  22  * @file   clitkMirrorPadImageGenericFilter.txx
  23  * @author
  24  * @date
  25  *
  26  * @brief
  27  *
  28  ===================================================*/
  29
  30
  31 namespace clitk
  32 {
  33
  34   //-------------------------------------------------------------------
  35   // Update with the number of dimensions
  36   //-------------------------------------------------------------------
  37   template<unsigned int Dimension>
  38   void
  39   MirrorPadImageGenericFilter::UpdateWithDim(std::string PixelType)
  40   {
  41     if (m_Verbose) std::cout << "Image was detected to be "<<Dimension<<"D and "<< PixelType<<"..."<<std::endl;
  42
  43     if(PixelType == "short"){
  44       if (m_Verbose) std::cout << "Launching filter in "<< Dimension <<"D and signed short..." << std::endl;
  45       UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, signed short>();
  46     }
  47     //    else if(PixelType == "unsigned_short"){
  48     //       if (m_Verbose) std::cout  << "Launching filter in "<< Dimension <<"D and unsigned_short..." << std::endl;
  49     //       UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, unsigned short>();
  50     //     }
  51
  52     else if (PixelType == "unsigned_char"){
  53       if (m_Verbose) std::cout  << "Launching filter in "<< Dimension <<"D and unsigned_char..." << std::endl;
  54       UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, unsigned char>();
  55     }
  56
  57     //     else if (PixelType == "char"){
  58     //       if (m_Verbose) std::cout  << "Launching filter in "<< Dimension <<"D and signed_char..." << std::endl;
  59     //       UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, signed char>();
  60     //     }
  61     else {
  62       if (m_Verbose) std::cout  << "Launching filter in "<< Dimension <<"D and float..." << std::endl;
  63       UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, float>();
  64     }
  65   }
  66
  67
  68   //-------------------------------------------------------------------
  69   // Update with the number of dimensions and the pixeltype
  70   //-------------------------------------------------------------------
  71   template <unsigned int Dimension, class  PixelType>
  72   void
  73   MirrorPadImageGenericFilter::UpdateWithDimAndPixelType()
  74   {
  75
  76     // ImageTypes
  77     typedef itk::Image<PixelType, Dimension> InputImageType;
  78     typedef itk::Image<PixelType, Dimension> OutputImageType;
  79
  80     // Read the input
  81     typedef itk::ImageFileReader<InputImageType> InputReaderType;
  82     typename InputReaderType::Pointer reader = InputReaderType::New();
  83     reader->SetFileName( m_InputFileName);
  84     reader->Update();
  85     typename InputImageType::Pointer input= reader->GetOutput();
  86
  87     // Filter
  88     typedef itk::MirrorPadImageFilter<InputImageType, OutputImageType> MirrorPadImageFilterType;
  89     typename MirrorPadImageFilterType::Pointer mirrorPadImageFilter=MirrorPadImageFilterType::New();
  90     mirrorPadImageFilter->SetInput(input);
  91
  92     //Get the padding size
  93     typename InputImageType::SizeType padSize;
  94
  95     // Mirror the entire image
  96     if (m_ArgsInfo.mirror_given)
  97       {
  98         typename InputImageType::SizeType inputSize=input->GetLargestPossibleRegion().GetSize();
  99         padSize.Fill(0);
 100         padSize[m_ArgsInfo.mirror_arg]=inputSize[m_ArgsInfo.mirror_arg];
 101         if (m_Verbose) std::cout<<"Mirroring the entire image along axis "<< m_ArgsInfo.mirror_arg<<"..."<<std::endl;
 102       }
 103
 104     // Pad with a given size
 105     else
 106       {
 107         if(m_ArgsInfo.pad_given)
 108           for(unsigned int i=0; i<Dimension; i++)
 109             padSize[i]=m_ArgsInfo.pad_arg[i];
 110         if (m_Verbose) std::cout<<"Mirror padding with size "<< padSize<<"..."<<std::endl;
 111       }
 112
 113     // Lower or upper?
 114     if (m_ArgsInfo.lower_given)
 115       mirrorPadImageFilter->SetPadLowerBound(padSize);
 116
 117     else
 118       mirrorPadImageFilter->SetPadUpperBound(padSize);
 119
 120     mirrorPadImageFilter->Update();
 121     typename  OutputImageType::Pointer output = mirrorPadImageFilter->GetOutput();
 122
 123     // Origin?
 124     typename OutputImageType::PointType origin;
 125     origin.Fill(itk::NumericTraits<double>::Zero);
 126     if (m_ArgsInfo.origin_flag)
 127       {
 128         output->Update();
 129         output->SetOrigin(origin);
 130         if (m_Verbose) std::cout<<"Setting origin to  "<< output->GetOrigin()<<"..."<<std::endl;
 131       }
 132
 133     // Output
 134     typedef itk::ImageFileWriter<OutputImageType> WriterType;
 135     typename WriterType::Pointer writer = WriterType::New();
 136     writer->SetFileName(m_ArgsInfo.output_arg);
 137     writer->SetInput(output);
 138     writer->Update();
 139   }
 140
 141
 142 }//end clitk
 143
 144 #endif //#define clitkMirrorPadImageGenericFilter_txx