tools/clitkNVectorImageTo4DImageGenericFilter.txx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ===========================================================================**/
  18 #ifndef clitkNVectorImageTo4DImageGenericFilter_txx
  19 #define clitkNVectorImageTo4DImageGenericFilter_txx
  20
  21 /* =================================================
  22  * @file   clitkNVectorImageTo4DImageGenericFilter.txx
  23  * @author
  24  * @date
  25  *
  26  * @brief
  27  *
  28  ===================================================*/
  29
  30 #include "itkVectorImageToImageAdaptor.h"
  31 #include <sstream>
  32
  33 namespace clitk
  34 {
  35
  36   //-------------------------------------------------------------------
  37   // Update with the number of dimensions
  38   //-------------------------------------------------------------------
  39   template<unsigned int Dimension>
  40   void
  41   NVectorImageTo4DImageGenericFilter::UpdateWithDim(std::string PixelType, unsigned int Components)
  42   {
  43     if (m_Verbose) std::cout << "Image was detected to be "<<Dimension<<"D and "<< PixelType<<"..."<<std::endl;
  44
  45     if (m_Verbose) std::cout  << "Launching filter in "<< Dimension <<"D and 3D float..." << std::endl;
  46     UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, float >();
  47   }
  48
  49
  50   //-------------------------------------------------------------------
  51   // Update with the number of dimensions and the pixeltype
  52   //-------------------------------------------------------------------
  53   template <unsigned int Dimension, class  PixelType>
  54   void
  55   NVectorImageTo4DImageGenericFilter::UpdateWithDimAndPixelType()
  56   {
  57     // ImageTypes
  58     typedef itk::VectorImage<PixelType, Dimension> InputImageType;
  59     typedef itk::Image<PixelType, Dimension+1> OutputImageType;
  60
  61     // Read the input
  62     typedef itk::ImageFileReader<InputImageType> InputReaderType;
  63     typename InputReaderType::Pointer reader = InputReaderType::New();
  64     reader->SetFileName( m_InputFileName);
  65     reader->Update();
  66     typename InputImageType::Pointer input= reader->GetOutput();
  67
  68     //Filter
  69     typedef itk::VectorImageToImageAdaptor<PixelType, Dimension> ImageAdaptorType;
  70     typedef itk::ImageFileWriter<OutputImageType> WriterType;
  71     typename ImageAdaptorType::Pointer adaptor = ImageAdaptorType::New();
  72     typename OutputImageType::Pointer output = OutputImageType::New();
  73     typename WriterType::Pointer writer = WriterType::New();
  74
  75     adaptor->SetExtractComponentIndex(0);
  76     adaptor->SetImage(input);
  77     std::string fileName=m_ArgsInfo.output_arg;
  78
  79     //Create the output
  80     typename OutputImageType::IndexType index;
  81     index.Fill(0);
  82     typename OutputImageType::SizeType size;
  83     for (unsigned int pixelDim=0; pixelDim<input->GetNumberOfComponentsPerPixel(); ++pixelDim)
  84     {
  85       size[pixelDim]=input->GetLargestPossibleRegion().GetSize(pixelDim);
  86     }
  87     size[Dimension]=input->GetNumberOfComponentsPerPixel();
  88     typename OutputImageType::RegionType region;
  89     region.SetSize(size);
  90     region.SetIndex(index);
  91     output->SetRegions(region);
  92     output->Allocate();
  93     writer->SetInput(output);
  94
  95     //Copy each channel
  96     for (unsigned int pixelDim=0; pixelDim<input->GetNumberOfComponentsPerPixel(); ++pixelDim)
  97     {
  98       adaptor->SetExtractComponentIndex(pixelDim);
  99
 100       itk::ImageRegionIterator<InputImageType> imageIterator(input,input->GetLargestPossibleRegion());
 101
 102       while(!imageIterator.IsAtEnd())
 103       {
 104         typename OutputImageType::IndexType indexVector;
 105         indexVector.Fill(0);
 106         for (unsigned int indexDim=0; indexDim<Dimension; ++indexDim)
 107         {
 108           indexVector[indexDim]=imageIterator.GetIndex().GetElement(indexDim);
 109         }
 110         indexVector[Dimension]=pixelDim;
 111
 112         output->SetPixel(indexVector, adaptor->GetPixel(imageIterator.GetIndex()));
 113         ++imageIterator;
 114       }
 115     }
 116     // Output
 117     writer->SetFileName(fileName);
 118     writer->Update();
 119   }
 120 }//end clitk
 121
 122 #endif //#define clitkNVectorImageTo4DImageGenericFilter_txx