tools/clitkNVectorImageTo4DImageGenericFilter.txx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ===========================================================================**/
  18 #ifndef clitkNVectorImageTo4DImageGenericFilter_txx
  19 #define clitkNVectorImageTo4DImageGenericFilter_txx
  20
  21 /* =================================================
  22  * @file   clitkNVectorImageTo4DImageGenericFilter.txx
  23  * @author
  24  * @date
  25  *
  26  * @brief
  27  *
  28  ===================================================*/
  29
  30 #include "itkVectorImageToImageAdaptor.h"
  31
  32 namespace clitk
  33 {
  34
  35   //-------------------------------------------------------------------
  36   // Update with the number of dimensions
  37   //-------------------------------------------------------------------
  38   template<unsigned int Dimension>
  39   void
  40   NVectorImageTo4DImageGenericFilter::UpdateWithDim(std::string PixelType, unsigned int Components)
  41   {
  42     if (m_Verbose) std::cout << "Image was detected to be "<<Dimension<<"D and "<< PixelType<<"..."<<std::endl;
  43
  44     if (PixelType == "short") {
  45       UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, short>();
  46     } else if (PixelType == "unsigned short") {
  47       UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, unsigned short>();
  48     } else if (PixelType == "unsigned_short") {
  49       UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, unsigned short>();
  50     } else if (PixelType == "char") {
  51       UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, char>();
  52     } else if (PixelType == "unsigned_char") {
  53       UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, unsigned char>();
  54     } else if (PixelType == "int") {
  55       UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, int>();
  56     } else if (PixelType == "unsigned_int") {
  57       UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, unsigned int>();
  58     } else if (PixelType == "double") {
  59       UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, double>();
  60     } else if (PixelType == "float") {
  61       UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, float>();
  62     } else {
  63       std::cerr << "Error, pixel type : \"" << PixelType << "\" unknown !" << std::endl;
  64     }
  65   }
  66
  67
  68   //-------------------------------------------------------------------
  69   // Update with the number of dimensions and the pixeltype
  70   //-------------------------------------------------------------------
  71   template <unsigned int Dimension, class  PixelType>
  72   void
  73   NVectorImageTo4DImageGenericFilter::UpdateWithDimAndPixelType()
  74   {
  75     // ImageTypes
  76     typedef itk::VectorImage<PixelType, Dimension> InputImageType;
  77     typedef itk::Image<PixelType, Dimension+1> OutputImageType;
  78
  79     // Read the input
  80     typedef itk::ImageFileReader<InputImageType> InputReaderType;
  81     typename InputReaderType::Pointer reader = InputReaderType::New();
  82     reader->SetFileName( m_InputFileName);
  83     reader->Update();
  84     typename InputImageType::Pointer input= reader->GetOutput();
  85
  86     //Filter
  87     typedef itk::VectorImageToImageAdaptor<PixelType, Dimension> ImageAdaptorType;
  88     typedef itk::ImageFileWriter<OutputImageType> WriterType;
  89     typename ImageAdaptorType::Pointer adaptor = ImageAdaptorType::New();
  90     typename OutputImageType::Pointer output = OutputImageType::New();
  91     typename WriterType::Pointer writer = WriterType::New();
  92
  93     adaptor->SetExtractComponentIndex(0);
  94     adaptor->SetImage(input);
  95     std::string fileName=m_ArgsInfo.output_arg;
  96
  97     //Create the output
  98     typename OutputImageType::IndexType index;
  99     index.Fill(0);
 100     typename OutputImageType::SizeType size;
 101     size.Fill(input->GetNumberOfComponentsPerPixel());
 102     typename OutputImageType::SpacingType spacing;
 103     spacing.Fill(1);
 104     typename OutputImageType::PointType origin;
 105     origin.Fill(0);
 106     typename OutputImageType::DirectionType direction;
 107     direction.SetIdentity();
 108     for (unsigned int pixelDim=0; pixelDim<Dimension; ++pixelDim)
 109     {
 110       size[pixelDim]=adaptor->GetLargestPossibleRegion().GetSize(pixelDim);
 111       spacing[pixelDim]=input->GetSpacing()[pixelDim];
 112       origin[pixelDim]=input->GetOrigin()[pixelDim];
 113       for (unsigned int pixelDim2=0; pixelDim2<Dimension; ++pixelDim2)
 114       {
 115         direction[pixelDim][pixelDim2]=input->GetDirection()[pixelDim][pixelDim2];
 116       }
 117     }
 118     typename OutputImageType::RegionType region;
 119     region.SetSize(size);
 120     region.SetIndex(index);
 121     output->SetRegions(region);
 122     output->SetOrigin(origin);
 123     output->SetDirection(direction);
 124     output->SetSpacing(spacing);
 125     output->Allocate();
 126     writer->SetInput(output);
 127
 128     //Copy each channel
 129     for (unsigned int pixelDim=0; pixelDim<input->GetNumberOfComponentsPerPixel(); ++pixelDim)
 130     {
 131       adaptor->SetExtractComponentIndex(pixelDim);
 132
 133       itk::ImageRegionIterator<InputImageType> imageIterator(input,input->GetLargestPossibleRegion());
 134
 135       while(!imageIterator.IsAtEnd())
 136       {
 137         typename OutputImageType::IndexType indexVector;
 138         indexVector.Fill(0);
 139         for (unsigned int indexDim=0; indexDim<Dimension; ++indexDim)
 140         {
 141           indexVector[indexDim]=imageIterator.GetIndex().GetElement(indexDim);
 142         }
 143         indexVector[Dimension]=pixelDim;
 144
 145         output->SetPixel(indexVector, adaptor->GetPixel(imageIterator.GetIndex()));
 146         ++imageIterator;
 147       }
 148     }
 149     // Output
 150     writer->SetFileName(fileName);
 151     writer->Update();
 152   }
 153 }//end clitk
 154
 155 #endif //#define clitkNVectorImageTo4DImageGenericFilter_txx