tools/clitkNVectorImageTo4DImageGenericFilter.txx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ===========================================================================**/
  18 #ifndef clitkNVectorImageTo4DImageGenericFilter_txx
  19 #define clitkNVectorImageTo4DImageGenericFilter_txx
  20
  21 /* =================================================
  22  * @file   clitkNVectorImageTo4DImageGenericFilter.txx
  23  * @author
  24  * @date
  25  *
  26  * @brief
  27  *
  28  ===================================================*/
  29
  30 #include "itkVectorImageToImageAdaptor.h"
  31 #include <sstream>
  32
  33 namespace clitk
  34 {
  35
  36   //-------------------------------------------------------------------
  37   // Update with the number of dimensions
  38   //-------------------------------------------------------------------
  39   template<unsigned int Dimension>
  40   void
  41   NVectorImageTo4DImageGenericFilter::UpdateWithDim(std::string PixelType, unsigned int Components)
  42   {
  43     if (m_Verbose) std::cout << "Image was detected to be "<<Dimension<<"D and "<< PixelType<<"..."<<std::endl;
  44
  45     if (PixelType == "short") {
  46       UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, short>();
  47     } else if (PixelType == "unsigned short") {
  48       UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, unsigned short>();
  49     } else if (PixelType == "unsigned_short") {
  50       UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, unsigned short>();
  51     } else if (PixelType == "char") {
  52       UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, char>();
  53     } else if (PixelType == "unsigned_char") {
  54       UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, unsigned char>();
  55     } else if (PixelType == "int") {
  56       UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, int>();
  57     } else if (PixelType == "unsigned_int") {
  58       UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, unsigned int>();
  59     } else if (PixelType == "double") {
  60       UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, double>();
  61     } else if (PixelType == "float") {
  62       UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, float>();
  63     } else {
  64       std::cerr << "Error, pixel type : \"" << PixelType << "\" unknown !" << std::endl;
  65     }
  66   }
  67
  68
  69   //-------------------------------------------------------------------
  70   // Update with the number of dimensions and the pixeltype
  71   //-------------------------------------------------------------------
  72   template <unsigned int Dimension, class  PixelType>
  73   void
  74   NVectorImageTo4DImageGenericFilter::UpdateWithDimAndPixelType()
  75   {
  76     // ImageTypes
  77     typedef itk::VectorImage<PixelType, Dimension> InputImageType;
  78     typedef itk::Image<PixelType, Dimension+1> OutputImageType;
  79
  80     // Read the input
  81     typedef itk::ImageFileReader<InputImageType> InputReaderType;
  82     typename InputReaderType::Pointer reader = InputReaderType::New();
  83     reader->SetFileName( m_InputFileName);
  84     reader->Update();
  85     typename InputImageType::Pointer input= reader->GetOutput();
  86
  87     //Filter
  88     typedef itk::VectorImageToImageAdaptor<PixelType, Dimension> ImageAdaptorType;
  89     typedef itk::ImageFileWriter<OutputImageType> WriterType;
  90     typename ImageAdaptorType::Pointer adaptor = ImageAdaptorType::New();
  91     typename OutputImageType::Pointer output = OutputImageType::New();
  92     typename WriterType::Pointer writer = WriterType::New();
  93
  94     adaptor->SetExtractComponentIndex(0);
  95     adaptor->SetImage(input);
  96     std::string fileName=m_ArgsInfo.output_arg;
  97
  98     //Create the output
  99     typename OutputImageType::IndexType index;
 100     index.Fill(0);
 101     typename OutputImageType::SizeType size;
 102     size.Fill(input->GetNumberOfComponentsPerPixel());
 103     typename OutputImageType::SpacingType spacing;
 104     spacing.Fill(1);
 105     typename OutputImageType::PointType origin;
 106     origin.Fill(0);
 107     for (unsigned int pixelDim=0; pixelDim<Dimension; ++pixelDim)
 108     {
 109       size[pixelDim]=adaptor->GetLargestPossibleRegion().GetSize(pixelDim);
 110       spacing[pixelDim]=input->GetSpacing()[pixelDim];
 111       origin[pixelDim]=input->GetOrigin()[pixelDim];
 112     }
 113     typename OutputImageType::RegionType region;
 114     region.SetSize(size);
 115     region.SetIndex(index);
 116     output->SetRegions(region);
 117     output->SetOrigin(origin);
 118     output->SetSpacing(spacing);
 119     output->Allocate();
 120     writer->SetInput(output);
 121
 122     //Copy each channel
 123     for (unsigned int pixelDim=0; pixelDim<input->GetNumberOfComponentsPerPixel(); ++pixelDim)
 124     {
 125       adaptor->SetExtractComponentIndex(pixelDim);
 126
 127       itk::ImageRegionIterator<InputImageType> imageIterator(input,input->GetLargestPossibleRegion());
 128
 129       while(!imageIterator.IsAtEnd())
 130       {
 131         typename OutputImageType::IndexType indexVector;
 132         indexVector.Fill(0);
 133         for (unsigned int indexDim=0; indexDim<Dimension; ++indexDim)
 134         {
 135           indexVector[indexDim]=imageIterator.GetIndex().GetElement(indexDim);
 136         }
 137         indexVector[Dimension]=pixelDim;
 138
 139         output->SetPixel(indexVector, adaptor->GetPixel(imageIterator.GetIndex()));
 140         ++imageIterator;
 141       }
 142     }
 143     // Output
 144     writer->SetFileName(fileName);
 145     writer->Update();
 146   }
 147 }//end clitk
 148
 149 #endif //#define clitkNVectorImageTo4DImageGenericFilter_txx