tools/clitkPadImageGenericFilter.cxx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ===========================================================================**/
  18 #ifndef clitkPadImageGenericFilter_cxx
  19 #define clitkPadImageGenericFilter_cxx
  20
  21 /* =================================================
  22  * @file   clitkPadImageGenericFilter.cxx
  23  * @author
  24  * @date
  25  *
  26  * @brief
  27  *
  28  ===================================================*/
  29
  30 #include "clitkPadImageGenericFilter.h"
  31
  32 // itk
  33 #include <itkConstantPadImageFilter.h>
  34
  35
  36 namespace clitk
  37 {
  38
  39
  40   //-----------------------------------------------------------
  41   // Constructor
  42   //-----------------------------------------------------------
  43   PadImageGenericFilter::PadImageGenericFilter():
  44     ImageToImageGenericFilter<Self>("PadImage")
  45   {
  46     cmdline_parser_clitkPadImage_init(&mArgsInfo);
  47     InitializeImageType<2>();
  48     InitializeImageType<3>();
  49     //InitializeImageType<4>();
  50   }
  51
  52   //--------------------------------------------------------------------
  53   template<unsigned int Dim>
  54   void PadImageGenericFilter::InitializeImageType()
  55   {
  56     ADD_DEFAULT_IMAGE_TYPES(Dim);
  57     //ADD_IMAGE_TYPE(Dim, uchar);
  58     //ADD_IMAGE_TYPE(Dim, short);
  59     // ADD_IMAGE_TYPE(Dim, uint);
  60     //  ADD_IMAGE_TYPE(Dim, ulong);
  61     // ADD_IMAGE_TYPE(Dim, int);
  62     // ADD_IMAGE_TYPE(Dim, float);
  63   }
  64   //--------------------------------------------------------------------
  65
  66   //--------------------------------------------------------------------
  67   void PadImageGenericFilter::SetArgsInfo(const args_info_type& a)
  68   {
  69     mArgsInfo=a;
  70     SetIOVerbose(mArgsInfo.verbose_flag);
  71     if (mArgsInfo.input_given)   AddInputFilename(mArgsInfo.input_arg);
  72     if (mArgsInfo.output_given)  AddOutputFilename(mArgsInfo.output_arg);
  73   }
  74   //--------------------------------------------------------------------
  75
  76   //--------------------------------------------------------------------
  77   // Update with the number of dimensions and the pixeltype
  78   //--------------------------------------------------------------------
  79   template<class ImageType>
  80   void PadImageGenericFilter::UpdateWithInputImageType()
  81   {
  82     typedef itk::ConstantPadImageFilter<ImageType, ImageType> PadFilterType;
  83     typedef typename PadFilterType::SizeValueType PadBoundType;
  84
  85     // Reading input
  86     typename ImageType::Pointer input = this->template GetInput<ImageType>(0);
  87
  88     const unsigned int dim = ImageType::ImageDimension;
  89     PadBoundType pad_lower[dim], pad_upper[dim];
  90     if (mArgsInfo.like_given) {
  91       int err = PadLike<ImageType, PadBoundType, ImageType::ImageDimension>(input, pad_lower, pad_upper);
  92       if (err) {
  93         std::cerr << "Error processing like image." << std::endl;
  94         return;
  95       }
  96     }
  97     else {
  98       if (mArgsInfo.lower_given != dim || mArgsInfo.upper_given != dim)
  99       {
 100         std::cerr << "The number of lower and upper padding parameters must be equal to the image dimension." << std::endl;
 101         return;
 102       }
 103
 104       for (unsigned int i = 0; i < dim; i++) {
 105         pad_lower[i] = mArgsInfo.lower_arg[i];
 106         pad_upper[i] = mArgsInfo.upper_arg[i];
 107       }
 108     }
 109
 110     typename PadFilterType::Pointer filter = PadFilterType::New();
 111     filter->SetPadLowerBound(pad_lower);
 112     filter->SetPadUpperBound(pad_upper);
 113     filter->SetInput(input);
 114     filter->SetConstant(mArgsInfo.value_arg);
 115     filter->Update();
 116
 117     // Prepare output
 118     typename ImageType::Pointer output;
 119     output = filter->GetOutput();
 120
 121     // Write/Save results
 122     this->template SetNextOutput<ImageType>(output);
 123   }
 124   //--------------------------------------------------------------------
 125
 126   //--------------------------------------------------------------------
 127   // Update with the number of dimensions and the pixeltype
 128   //--------------------------------------------------------------------
 129   template <class ImageType, class PadBoundType, unsigned int dim>
 130   int PadImageGenericFilter::PadLike(typename ImageType::Pointer input, PadBoundType* padLower, PadBoundType* padUpper)
 131   {
 132     if (mArgsInfo.verbose_flag)
 133       std::cout << "PadLike - IN" << std::endl;
 134
 135     typedef typename ImageType::SpacingType SpacingType;
 136     typedef typename ImageType::RegionType RegionType;
 137     typedef typename ImageType::SizeType SizeType;
 138     typedef typename ImageType::IndexType IndexType;
 139     typedef typename ImageType::PointType PointType;
 140     typedef typename ImageType::PointValueType PointValueType;
 141
 142     if (mArgsInfo.verbose_flag)
 143       std::cout << "Reading like image: " << mArgsInfo.like_arg << ::endl;
 144
 145     typedef itk::ImageFileReader<ImageType> ImageReaderType;
 146     typename ImageReaderType::Pointer reader = ImageReaderType::New();
 147     reader->SetFileName(mArgsInfo.like_arg);
 148     reader->Update();
 149
 150     typename ImageType::Pointer like_image = reader->GetOutput();
 151
 152     if (mArgsInfo.verbose_flag)
 153       std::cout << "Calculating padding." << std::endl;
 154
 155     SpacingType spacing = input->GetSpacing(), like_spacing = like_image->GetSpacing();
 156     if (spacing != like_spacing) {
 157       std::cerr << "Like-image must have same spacing as input: " << spacing << " " << like_spacing << std::endl;
 158       return PAD_ERR_NOT_SAME_SPACING;
 159     }
 160
 161     SizeType size = input->GetLargestPossibleRegion().GetSize(), like_size = like_image->GetLargestPossibleRegion().GetSize();
 162     PointType origin = input->GetOrigin(), like_origin = like_image->GetOrigin();
 163
 164     PointType lower_bound, like_lower_bound;
 165     PointType upper_bound, like_upper_bound;
 166     PointValueType auxl = 0, auxu = 0;
 167     for (unsigned int i = 0; i < dim; i++) {
 168       lower_bound[i] = origin[i];
 169       like_lower_bound[i] = like_origin[i];
 170       auxl = itk::Math::Round<PointValueType>(((lower_bound[i] - like_lower_bound[i])/spacing[i]));
 171
 172       upper_bound[i] = (lower_bound[i] + size[i]*spacing[i]);
 173       like_upper_bound[i] = (like_lower_bound[i] + like_size[i]*spacing[i]);
 174       auxu = itk::Math::Round<PointValueType>(((like_upper_bound[i] - upper_bound[i])/spacing[i]));
 175
 176       if (auxl < 0 || auxu < 0) {
 177         std::cerr << "Like-image's bounding box must be larger than input's" << std::endl;
 178         return PAD_ERR_NOT_LIKE_LARGER;
 179       }
 180
 181       padLower[i] = (PadBoundType)auxl;
 182       padUpper[i] = (PadBoundType)auxu;
 183     }
 184
 185     if (mArgsInfo.verbose_flag)
 186       std::cout << "PadLike - OUT" << std::endl;
 187     return PAD_ERR_SUCCESS;
 188   }
 189 } //end clitk
 190
 191 #endif  //#define clitkPadImageGenericFilter_cxx