tools/clitkProfileImageGenericFilter.cxx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ===========================================================================**/
  18 #ifndef clitkProfileImageGenericFilter_cxx
  19 #define clitkProfileImageGenericFilter_cxx
  20
  21 /* =================================================
  22  * @file   clitkProfileImageGenericFilter.cxx
  23  * @author Thomas Baudier <thomas.baudier@creatis.insa-lyon.fr>
  24  * @date   22 dec 2015
  25  *
  26  * @brief
  27  *
  28  ===================================================*/
  29
  30 #include "clitkProfileImageGenericFilter.h"
  31
  32 // itk include
  33 #include <itkLineIterator.h>
  34
  35 #include <clitkCommon.h>
  36
  37
  38
  39 namespace clitk
  40 {
  41
  42 //--------------------------------------------------------------------
  43 ProfileImageGenericFilter::ProfileImageGenericFilter():
  44   ImageToImageGenericFilter<Self>("ProfileImage")
  45 {
  46   InitializeImageType<2>();
  47   InitializeImageType<3>();
  48   InitializeImageType<4>();
  49 }
  50 //--------------------------------------------------------------------
  51
  52
  53 //--------------------------------------------------------------------
  54 template<unsigned int Dim>
  55 void ProfileImageGenericFilter::InitializeImageType()
  56 {
  57   ADD_DEFAULT_IMAGE_TYPES(Dim);
  58 }
  59 //--------------------------------------------------------------------
  60
  61
  62 //--------------------------------------------------------------------
  63 vtkFloatArray* ProfileImageGenericFilter::GetArrayX()
  64 {
  65   return(mArrayX);
  66 }
  67 //--------------------------------------------------------------------
  68
  69
  70 //--------------------------------------------------------------------
  71 vtkFloatArray* ProfileImageGenericFilter::GetArrayY()
  72 {
  73   return(mArrayY);
  74 }
  75 //--------------------------------------------------------------------
  76
  77
  78 //--------------------------------------------------------------------
  79 vtkFloatArray* ProfileImageGenericFilter::GetCoord()
  80 {
  81   return(mCoord);
  82 }
  83 //--------------------------------------------------------------------
  84
  85
  86 //--------------------------------------------------------------------
  87 void ProfileImageGenericFilter::SetArgsInfo(const args_info_type & a)
  88 {
  89   mArgsInfo=a;
  90   if (mArgsInfo.verbose_given)
  91     SetIOVerbose(mArgsInfo.verbose_flag);
  92   if (mArgsInfo.imagetypes_given && mArgsInfo.imagetypes_flag)
  93     this->PrintAvailableImageTypes();
  94
  95   if (mArgsInfo.input_given) {
  96     SetInputFilename(mArgsInfo.input_arg);
  97   }
  98   if (mArgsInfo.output_given) {
  99     SetOutputFilename(mArgsInfo.output_arg);
 100   }
 101 }
 102 //--------------------------------------------------------------------
 103
 104
 105 //--------------------------------------------------------------------
 106 // Update with the number of dimensions and the pixeltype
 107 //--------------------------------------------------------------------
 108 template<class InputImageType>
 109 void
 110 ProfileImageGenericFilter::UpdateWithInputImageType()
 111 {
 112
 113   // Reading input
 114   typename InputImageType::Pointer input = this->template GetInput<InputImageType>(0);
 115   typedef typename InputImageType::PixelType PixelType;
 116   typedef typename InputImageType::IndexType IndexType;
 117
 118   mArrayX = vtkSmartPointer<vtkFloatArray>::New();
 119   mArrayY = vtkSmartPointer<vtkFloatArray>::New();
 120   mCoord = vtkSmartPointer<vtkFloatArray>::New();
 121   mCoord->SetNumberOfComponents(InputImageType::ImageDimension);
 122
 123   /*typename InputImageType::Pointer outputImage;
 124   outputImage = InputImageType::New();
 125
 126   outputImage->SetRegions(input->GetLargestPossibleRegion());
 127   outputImage->Allocate();
 128   outputImage->FillBuffer(0); */
 129
 130   //Iterator
 131   IndexType pointBegin, pointEnd;
 132
 133   for (int i = 0; i < mArgsInfo.point1_given; ++i) {
 134     pointBegin[i] = mArgsInfo.point1_arg[i];
 135     pointEnd[i] = mArgsInfo.point2_arg[i];
 136   }
 137
 138   itk::LineConstIterator<InputImageType> itProfile(input, pointBegin, pointEnd);
 139   itProfile.GoToBegin();
 140   int lineNumber(1);
 141   double *tuple;
 142   tuple = new double[InputImageType::ImageDimension];
 143
 144   while (!itProfile.IsAtEnd())
 145   {
 146     // Fill in the table
 147     mArrayX->InsertNextTuple1(lineNumber);
 148     mArrayY->InsertNextTuple1(itProfile.Get());
 149
 150     for (int i=0; i<InputImageType::ImageDimension; ++i) {
 151         tuple[i] = itProfile.GetIndex()[i];
 152     }
 153
 154     mCoord->InsertNextTuple(tuple);
 155     ++lineNumber;
 156     ++itProfile;
 157   }
 158
 159   /*
 160   itk::LineIterator<InputImageType> otProfile(outputImage, pointBegin, pointEnd);
 161   otProfile.GoToBegin();
 162   while (!otProfile.IsAtEnd())
 163   {
 164     otProfile.Set(1.0);
 165     ++otProfile;
 166   }
 167
 168   this->template SetNextOutput<InputImageType>(outputImage): */
 169
 170   delete [] tuple;
 171 }
 172 //--------------------------------------------------------------------
 173
 174
 175 }//end clitk
 176
 177 #endif  //#define clitkProfileImageGenericFilter_cxx