tools/clitkRelativePositionGenericFilter.txx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17   ===========================================================================**/
  18
  19 #include "clitkImageCommon.h"
  20
  21 //--------------------------------------------------------------------
  22 template<class ArgsInfoType>
  23 clitk::RelativePositionGenericFilter<ArgsInfoType>::
  24 RelativePositionGenericFilter():
  25   ImageToImageGenericFilter<Self>("RelativePosition")
  26 {
  27   // Default values
  28   cmdline_parser_clitkRelativePosition_init(&mArgsInfo);
  29   InitializeImageType<3>();
  30 }
  31 //--------------------------------------------------------------------
  32
  33
  34 //--------------------------------------------------------------------
  35 template<class ArgsInfoType>
  36 template<unsigned int Dim>
  37 void clitk::RelativePositionGenericFilter<ArgsInfoType>::
  38 InitializeImageType()
  39 {
  40   ADD_IMAGE_TYPE(Dim, uchar);
  41 }
  42 //--------------------------------------------------------------------
  43
  44
  45 //--------------------------------------------------------------------
  46 template<class ArgsInfoType>
  47 void clitk::RelativePositionGenericFilter<ArgsInfoType>::
  48 SetArgsInfo(const ArgsInfoType & a)
  49 {
  50   mArgsInfo=a;
  51   SetIOVerbose(mArgsInfo.verbose_flag);
  52   if (mArgsInfo.imagetypes_flag) this->PrintAvailableImageTypes();
  53   if (mArgsInfo.input_given) AddInputFilename(mArgsInfo.input_arg);
  54   if (mArgsInfo.object_given) AddInputFilename(mArgsInfo.object_arg);
  55   if (mArgsInfo.output_given) AddOutputFilename(mArgsInfo.output_arg);
  56 }
  57 //--------------------------------------------------------------------
  58
  59
  60 //--------------------------------------------------------------------
  61 // Update with the number of dimensions and the pixeltype
  62 //--------------------------------------------------------------------
  63 template<class ArgsInfoType>
  64 template<class FilterType>
  65 void clitk::RelativePositionGenericFilter<ArgsInfoType>::
  66 SetOptionsFromArgsInfoToFilter(FilterType * f)
  67 {
  68   f->SetVerboseOptionFlag(mArgsInfo.verboseOptions_flag);
  69   f->SetVerboseStepFlag(mArgsInfo.verboseStep_flag);
  70   f->SetWriteStepFlag(mArgsInfo.writeStep_flag);
  71
  72   for(uint i=0; i<mArgsInfo.orientation_given; i++) {
  73     f->AddOrientationTypeString(mArgsInfo.orientation_arg[i]);
  74   }
  75
  76   if (mArgsInfo.spacing_given) {
  77     f->IntermediateSpacingFlagOn();
  78     f->SetIntermediateSpacing(mArgsInfo.spacing_arg);
  79   }
  80   else {
  81     f->IntermediateSpacingFlagOff();
  82   }
  83
  84   f->SetFuzzyThreshold(mArgsInfo.threshold_arg);
  85   f->SetRemoveObjectFlag(!mArgsInfo.doNotRemoveObject_flag);
  86   f->SetAutoCropFlag(!mArgsInfo.noAutoCrop_flag);
  87   f->SetCombineWithOrFlag(mArgsInfo.combineWithOr_flag);
  88   f->SetInverseOrientationFlag(mArgsInfo.inverse_flag);
  89
  90 }
  91
  92 //--------------------------------------------------------------------
  93 // Update with the number of dimensions and the pixeltype
  94 //--------------------------------------------------------------------
  95 template<class ArgsInfoType>
  96 template<class ImageType>
  97 void clitk::RelativePositionGenericFilter<ArgsInfoType>::
  98 UpdateWithInputImageType()
  99 {
 100   // Reading input
 101   typename ImageType::Pointer input = this->template GetInput<ImageType>(0);
 102   typename ImageType::Pointer object = this->template GetInput<ImageType>(1);
 103
 104   if (mArgsInfo.sliceBySlice_flag) {
 105     // Create filter
 106     typedef clitk::SliceBySliceRelativePositionFilter<ImageType> FilterType;
 107     typename FilterType::Pointer filter = FilterType::New();
 108
 109     // Set the filter (needed for example for threaded monitoring)
 110     this->SetFilterBase(filter);
 111
 112     // Set global Options
 113     filter->SetInput(input);
 114     filter->SetInputObject(object);
 115     SetOptionsFromArgsInfoToFilter<FilterType>(filter);
 116
 117     // Set options only for SliceBySliceRelativePositionFilter
 118     filter->SetDirection(mArgsInfo.direction_arg);
 119     filter->SetUniqueConnectedComponentBySliceFlag(mArgsInfo.uniqueCCL_flag);
 120     if (mArgsInfo.uniqueObjectCCL_flag) {
 121       filter->UseTheLargestObjectCCLFlagOn();
 122     }
 123     else {
 124       filter->UseTheLargestObjectCCLFlagOff();
 125     }
 126
 127     // Go !
 128     filter->Update();
 129
 130     // Write/Save results
 131     typename ImageType::Pointer output = filter->GetOutput();
 132     this->template SetNextOutput<ImageType>(output);
 133   }
 134   else {
 135     // Create filter
 136     typedef clitk::AddRelativePositionConstraintToLabelImageFilter<ImageType> FilterType;
 137     typename FilterType::Pointer filter = FilterType::New();
 138
 139     // Set the filter (needed for example for threaded monitoring)
 140     this->SetFilterBase(filter);
 141
 142     // Set global Options
 143     filter->SetInput(input);
 144     filter->SetInputObject(object);
 145     if (mArgsInfo.angle1_given && mArgsInfo.angle2_given)
 146       filter->AddAngles(mArgsInfo.angle1_arg, mArgsInfo.angle2_arg);
 147     SetOptionsFromArgsInfoToFilter<FilterType>(filter);
 148
 149     // Go !
 150     filter->Update();
 151
 152     // Write/Save results
 153     typename ImageType::Pointer output = filter->GetOutput();
 154     this->template SetNextOutput<ImageType>(output);
 155   }
 156 }
 157 //--------------------------------------------------------------------
 158
 159