tools/clitkRelativePositionGenericFilter.txx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17   ===========================================================================**/
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  19 #include "clitkImageCommon.h"
  20
  21 //--------------------------------------------------------------------
  22 template<class ArgsInfoType>
  23 clitk::RelativePositionGenericFilter<ArgsInfoType>::
  24 RelativePositionGenericFilter():
  25   ImageToImageGenericFilter<Self>("RelativePosition")
  26 {
  27   // Default values
  28   cmdline_parser_clitkRelativePosition_init(&mArgsInfo);
  29   InitializeImageType<3>();
  30 }
  31 //--------------------------------------------------------------------
  32
  33
  34 //--------------------------------------------------------------------
  35 template<class ArgsInfoType>
  36 template<unsigned int Dim>
  37 void clitk::RelativePositionGenericFilter<ArgsInfoType>::
  38 InitializeImageType()
  39 {
  40   ADD_IMAGE_TYPE(Dim, uchar);
  41 }
  42 //--------------------------------------------------------------------
  43
  44
  45 //--------------------------------------------------------------------
  46 template<class ArgsInfoType>
  47 void clitk::RelativePositionGenericFilter<ArgsInfoType>::
  48 SetArgsInfo(const ArgsInfoType & a)
  49 {
  50   mArgsInfo=a;
  51   SetIOVerbose(mArgsInfo.verbose_flag);
  52   if (mArgsInfo.imagetypes_flag) this->PrintAvailableImageTypes();
  53   if (mArgsInfo.input_given) AddInputFilename(mArgsInfo.input_arg);
  54   if (mArgsInfo.object_given) AddInputFilename(mArgsInfo.object_arg);
  55   if (mArgsInfo.output_given) AddOutputFilename(mArgsInfo.output_arg);
  56 }
  57 //--------------------------------------------------------------------
  58
  59
  60 //--------------------------------------------------------------------
  61 // Update with the number of dimensions and the pixeltype
  62 //--------------------------------------------------------------------
  63 template<class ArgsInfoType>
  64 template<class FilterType>
  65 void clitk::RelativePositionGenericFilter<ArgsInfoType>::
  66 SetOptionsFromArgsInfoToFilter(FilterType * f)
  67 {
  68   f->SetVerboseOptionFlag(mArgsInfo.verboseOptions_flag);
  69   f->SetVerboseStepFlag(mArgsInfo.verboseStep_flag);
  70   f->SetWriteStepFlag(mArgsInfo.writeStep_flag);
  71
  72   for(uint i=0; i<mArgsInfo.orientation_given; i++) {
  73     f->AddOrientationTypeString(mArgsInfo.orientation_arg[i]);
  74   }
  75
  76   if (mArgsInfo.spacing_given) {
  77     f->IntermediateSpacingFlagOn();
  78     f->SetIntermediateSpacing(mArgsInfo.spacing_arg);
  79   }
  80
  81   f->SetFuzzyThreshold(mArgsInfo.threshold_arg);
  82   f->SetRemoveObjectFlag(!mArgsInfo.doNotRemoveObject_flag);
  83   f->SetAutoCropFlag(!mArgsInfo.noAutoCrop_flag);
  84   f->SetCombineWithOrFlag(mArgsInfo.combineWithOr_flag);
  85   f->SetInverseOrientationFlag(mArgsInfo.inverse_flag);
  86 }
  87
  88 //--------------------------------------------------------------------
  89 // Update with the number of dimensions and the pixeltype
  90 //--------------------------------------------------------------------
  91 template<class ArgsInfoType>
  92 template<class ImageType>
  93 void clitk::RelativePositionGenericFilter<ArgsInfoType>::
  94 UpdateWithInputImageType()
  95 {
  96   // Reading input
  97   typename ImageType::Pointer input = this->template GetInput<ImageType>(0);
  98   typename ImageType::Pointer object = this->template GetInput<ImageType>(1);
  99
 100   if (mArgsInfo.sliceBySlice_flag) {
 101     // Create filter
 102     typedef clitk::SliceBySliceRelativePositionFilter<ImageType> FilterType;
 103     typename FilterType::Pointer filter = FilterType::New();
 104
 105     // Set the filter (needed for example for threaded monitoring)
 106     this->SetFilterBase(filter);
 107
 108     // Set global Options
 109     filter->SetInput(input);
 110     filter->SetInputObject(object);
 111     SetOptionsFromArgsInfoToFilter<FilterType>(filter);
 112
 113     // Set options only for SliceBySliceRelativePositionFilter
 114     filter->SetDirection(mArgsInfo.direction_arg);
 115     filter->SetUniqueConnectedComponentBySlice(mArgsInfo.uniqueCCL_flag);
 116
 117     // Go !
 118     filter->Update();
 119
 120     // Write/Save results
 121     typename ImageType::Pointer output = filter->GetOutput();
 122     this->template SetNextOutput<ImageType>(output);
 123   }
 124   else {
 125     // Create filter
 126     typedef clitk::AddRelativePositionConstraintToLabelImageFilter<ImageType> FilterType;
 127     typename FilterType::Pointer filter = FilterType::New();
 128
 129     // Set the filter (needed for example for threaded monitoring)
 130     this->SetFilterBase(filter);
 131
 132     // Set global Options
 133     filter->SetInput(input);
 134     filter->SetInputObject(object);
 135     if (mArgsInfo.angle1_given && mArgsInfo.angle2_given)
 136       filter->AddAngles(mArgsInfo.angle1_arg, mArgsInfo.angle2_arg);
 137     SetOptionsFromArgsInfoToFilter<FilterType>(filter);
 138
 139     // Go !
 140     filter->Update();
 141
 142     // Write/Save results
 143     typename ImageType::Pointer output = filter->GetOutput();
 144     this->template SetNextOutput<ImageType>(output);
 145   }
 146 }
 147 //--------------------------------------------------------------------
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