tools/clitkResampleImageGenericFilter.txx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17   ===========================================================================**/
  18
  19 #ifndef CLITKRESAMPLEIMAGEGENERICFILTER_TXX
  20 #define CLITKRESAMPLEIMAGEGENERICFILTER_TXX
  21
  22 // clitk
  23 #include "clitkResampleImageWithOptionsFilter.h"
  24
  25 //--------------------------------------------------------------------
  26 // Update with the number of dimensions and the pixeltype
  27 //--------------------------------------------------------------------
  28 template<class InputImageType>
  29 void
  30 clitk::ResampleImageGenericFilter::UpdateWithInputImageType()
  31 {
  32
  33   // Reading input
  34   typename InputImageType::Pointer input = this->template GetInput<InputImageType>(0);
  35
  36   // Main filter
  37   typedef typename InputImageType::PixelType PixelType;
  38   typedef InputImageType OutputImageType; // to change to float is user ask it (?)
  39
  40   // Filter
  41   typedef clitk::ResampleImageWithOptionsFilter<InputImageType, OutputImageType> ResampleImageFilterType;
  42   typename ResampleImageFilterType::Pointer filter = ResampleImageFilterType::New();
  43   filter->SetInput(input);
  44
  45   // Set Verbose
  46   filter->SetVerboseOptions(mArgsInfo.verbose_flag);
  47
  48   // Set size / spacing
  49   static const unsigned int dim = OutputImageType::ImageDimension;
  50   typename OutputImageType::SpacingType spacing;
  51   typename OutputImageType::SizeType size;
  52   typename OutputImageType::PointType origin;
  53   typename OutputImageType::DirectionType direction;
  54
  55   if (mArgsInfo.like_given) {
  56     itk::ImageIOBase::Pointer header = clitk::readImageHeader(mArgsInfo.like_arg);
  57     if (header) {
  58       for(unsigned int i=0; i<dim; i++){
  59         spacing[i] = header->GetSpacing(i);
  60         size[i] = header->GetDimensions(i);
  61         origin[i] = header->GetOrigin(i);
  62       }
  63       for(unsigned int i=0; i<dim; i++) {
  64         for(unsigned int j=0;j<dim;j++) {
  65             direction(i,j) = header->GetDirection(i)[j];
  66         }
  67       }
  68       filter->SetOutputSpacing(spacing);
  69       filter->SetOutputSize(size);
  70       filter->SetOutputOrigin(origin);
  71       filter->SetOutputDirection(direction);
  72     }
  73     else {
  74       std::cerr << "*** Warning : I could not read '" << mArgsInfo.like_arg << "' ***" << std::endl;
  75       exit(0);
  76     }
  77   }
  78   else {
  79     if (mArgsInfo.spacing_given == 1) {
  80       filter->SetOutputIsoSpacing(mArgsInfo.spacing_arg[0]);
  81     }
  82     else if ((mArgsInfo.spacing_given != 0) && (mArgsInfo.size_given != 0)) {
  83       std::cerr << "Error: use spacing or size, not both." << std::endl;
  84       exit(0);
  85     }
  86     else if (mArgsInfo.spacing_given) {
  87       if ((mArgsInfo.spacing_given != 0) && (mArgsInfo.spacing_given != dim)) {
  88         std::cerr << "Error: spacing should have one or " << dim << " values." << std::endl;
  89         exit(0);
  90       }
  91       for(unsigned int i=0; i<dim; i++)
  92         spacing[i] = mArgsInfo.spacing_arg[i];
  93       filter->SetOutputSpacing(spacing);
  94     }
  95     else if (mArgsInfo.size_given) {
  96       if ((mArgsInfo.size_given != 0) && (mArgsInfo.size_given != dim)) {
  97         std::cerr << "Error: size should have " << dim << " values." << std::endl;
  98         exit(0);
  99       }
 100       for(unsigned int i=0; i<dim; i++)
 101         size[i] = mArgsInfo.size_arg[i];
 102       filter->SetOutputSize(size);
 103     }
 104     itk::ImageIOBase::Pointer header = clitk::readImageHeader(mArgsInfo.input_arg);
 105     for(unsigned int i=0; i<dim; i++){
 106       origin[i] = header->GetOrigin(i);
 107     }
 108     for(unsigned int i=0; i<dim; i++) {
 109       for(unsigned int j=0;j<dim;j++) {
 110           direction(i,j) = header->GetDirection(i)[j];
 111       }
 112     }
 113     filter->SetOutputOrigin(origin);
 114     filter->SetOutputDirection(direction);
 115   }
 116
 117   // Set temporal dimension
 118   filter->SetLastDimensionIsTime(mArgsInfo.time_flag);
 119
 120   // Set Gauss
 121   filter->SetGaussianFilteringEnabled(mArgsInfo.autogauss_flag);
 122   if (mArgsInfo.gauss_given != 0) {
 123     typename ResampleImageFilterType::GaussianSigmaType g;
 124     for(unsigned int i=0; i<dim; i++) {
 125       g[i] = mArgsInfo.gauss_arg[i];
 126     }
 127     filter->SetGaussianSigma(g);
 128   }
 129
 130   // Set Interpolation
 131   std::string interp = std::string(mArgsInfo.interp_arg);
 132   if (interp == "nn") {
 133     filter->SetInterpolationType(ResampleImageFilterType::NearestNeighbor);
 134   } else {
 135     if (interp == "linear") {
 136       filter->SetInterpolationType(ResampleImageFilterType::Linear);
 137     } else {
 138       if (interp == "bspline") {
 139         filter->SetInterpolationType(ResampleImageFilterType::BSpline);
 140       } else {
 141         if (interp == "blut") {
 142           filter->SetInterpolationType(ResampleImageFilterType::B_LUT);
 143         } else {
 144           if (interp == "windowed sinc") {
 145             filter->SetInterpolationType(ResampleImageFilterType::WSINC);
 146           } else {
 147             std::cerr << "Error. I do not know interpolation '" << mArgsInfo.interp_arg
 148                       << "'. Choose among: nn, linear, bspline, blut, windowed sinc" << std::endl;
 149             exit(0);
 150           }
 151         }
 152       }
 153     }
 154   }
 155
 156   // Set default pixel value
 157   filter->SetDefaultPixelValue(mArgsInfo.default_arg);
 158
 159   // Set thread
 160   if (mArgsInfo.thread_given) {
 161     filter->SetNumberOfThreads(mArgsInfo.thread_arg);
 162   }
 163
 164   // Go !
 165   filter->Update();
 166   typename OutputImageType::Pointer outputImage = filter->GetOutput();
 167   this->template SetNextOutput<OutputImageType>(outputImage);
 168 }
 169 //--------------------------------------------------------------------
 170
 171 #endif /* end #define CLITKRESAMPLEIMAGEGENERICFILTER_TXX */
 172