tools/clitkResampleImageGenericFilter.txx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://oncora1.lyon.fnclcc.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17   ======================================================================-====*/
  18
  19 #ifndef CLITKRESAMPLEIMAGEGENERICFILTER_TXX
  20 #define CLITKRESAMPLEIMAGEGENERICFILTER_TXX
  21
  22 // clitk
  23 #include "clitkResampleImageWithOptionsFilter.h"
  24
  25 //--------------------------------------------------------------------
  26 // Update with the number of dimensions and the pixeltype
  27 //--------------------------------------------------------------------
  28 template<class InputImageType>
  29 void
  30 clitk::ResampleImageGenericFilter::UpdateWithInputImageType()
  31 {
  32
  33   // Reading input
  34   typename InputImageType::Pointer input = this->template GetInput<InputImageType>(0);
  35
  36   // Main filter
  37   typedef typename InputImageType::PixelType PixelType;
  38   typedef InputImageType OutputImageType; // to change to float is user ask it (?)
  39
  40   // Filter
  41   typedef clitk::ResampleImageWithOptionsFilter<InputImageType, OutputImageType> ResampleImageFilterType;
  42   typename ResampleImageFilterType::Pointer filter = ResampleImageFilterType::New();
  43   filter->SetInput(input);
  44
  45   // Set Verbose
  46   filter->SetVerboseOptions(mArgsInfo.verbose_flag);
  47
  48   // Set size / spacing
  49   static const unsigned int dim = OutputImageType::ImageDimension;
  50   typename OutputImageType::SpacingType spacing;
  51   typename OutputImageType::SizeType size;
  52
  53   if (mArgsInfo.like_given) {
  54     DD("like");
  55
  56   }
  57   else {
  58     if (mArgsInfo.spacing_given == 1) {
  59       filter->SetOutputIsoSpacing(mArgsInfo.spacing_arg[0]);
  60     } else {
  61       if ((mArgsInfo.spacing_given != 0) && (mArgsInfo.size_given != 0)) {
  62         std::cerr << "Error: use spacing or size, not both." << std::endl;
  63         exit(0);
  64       }
  65
  66       if (!((mArgsInfo.spacing_given == 0) && (mArgsInfo.size_given == 0))) {
  67
  68         if ((mArgsInfo.spacing_given != 0) && (mArgsInfo.spacing_given != dim)) {
  69           std::cerr << "Error: spacing should have one or " << dim << " values." << std::endl;
  70           exit(0);
  71         }
  72         if ((mArgsInfo.size_given != 0) && (mArgsInfo.size_given != dim)) {
  73           std::cerr << "Error: size should have " << dim << " values." << std::endl;
  74           exit(0);
  75         }
  76         if (mArgsInfo.spacing_given)
  77           for(unsigned int i=0; i<dim; i++)
  78             spacing[i] = mArgsInfo.spacing_arg[i];
  79         if (mArgsInfo.size_given)
  80           for(unsigned int i=0; i<dim; i++)
  81             size[i] = mArgsInfo.size_arg[i];
  82         filter->SetOutputSpacing(spacing);
  83         filter->SetOutputSize(size);
  84       }
  85     }
  86   }
  87
  88   // Set temporal dimension
  89   filter->SetLastDimensionIsTime(mArgsInfo.time_flag);
  90
  91   // Set Gauss
  92   filter->SetGaussianFilteringEnabled(mArgsInfo.autogauss_flag);
  93   if (mArgsInfo.gauss_given != 0) {
  94     typename ResampleImageFilterType::GaussianSigmaType g;
  95     for(unsigned int i=0; i<dim; i++) {
  96       g[i] = mArgsInfo.gauss_arg[i];
  97     }
  98     filter->SetGaussianSigma(g);
  99   }
 100
 101   // Set Interpolation
 102   std::string interp = std::string(mArgsInfo.interp_arg);
 103   if (interp == "nn") {
 104     filter->SetInterpolationType(ResampleImageFilterType::NearestNeighbor);
 105   } else {
 106     if (interp == "linear") {
 107       filter->SetInterpolationType(ResampleImageFilterType::Linear);
 108     } else {
 109       if (interp == "bspline") {
 110         filter->SetInterpolationType(ResampleImageFilterType::BSpline);
 111       } else {
 112         if (interp == "blut") {
 113           filter->SetInterpolationType(ResampleImageFilterType::B_LUT);
 114         } else {
 115           if (interp == "windowed sinc") {
 116             filter->SetInterpolationType(ResampleImageFilterType::WSINC);
 117           } else {
 118             std::cerr << "Error. I do not know interpolation '" << mArgsInfo.interp_arg
 119                       << "'. Choose among: nn, linear, bspline, blut, windowed sinc" << std::endl;
 120             exit(0);
 121           }
 122         }
 123       }
 124     }
 125   }
 126
 127   // Set default pixel value
 128   filter->SetDefaultPixelValue(mArgsInfo.default_arg);
 129
 130   // Set thread
 131   if (mArgsInfo.thread_given) {
 132     filter->SetNumberOfThreads(mArgsInfo.thread_arg);
 133   }
 134
 135   // Go !
 136   filter->Update();
 137   typename OutputImageType::Pointer outputImage = filter->GetOutput();
 138   this->template SetNextOutput<OutputImageType>(outputImage);
 139 }
 140 //--------------------------------------------------------------------
 141
 142 #endif /* end #define CLITKRESAMPLEIMAGEGENERICFILTER_TXX */
 143