tools/clitkResampleImageGenericFilter.txx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://oncora1.lyon.fnclcc.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17   ======================================================================-====*/
  18
  19 #ifndef CLITKRESAMPLEIMAGEGENERICFILTER_TXX
  20 #define CLITKRESAMPLEIMAGEGENERICFILTER_TXX
  21
  22 // clitk
  23 #include "clitkResampleImageWithOptionsFilter.h"
  24
  25 //--------------------------------------------------------------------
  26 // Update with the number of dimensions and the pixeltype
  27 //--------------------------------------------------------------------
  28 template<class InputImageType>
  29 void
  30 clitk::ResampleImageGenericFilter::UpdateWithInputImageType()
  31 {
  32
  33   // Reading input
  34   typename InputImageType::Pointer input = this->template GetInput<InputImageType>(0);
  35
  36   // Main filter
  37   typedef typename InputImageType::PixelType PixelType;
  38   typedef InputImageType OutputImageType; // to change to float is user ask it (?)
  39
  40   // Filter
  41   typedef clitk::ResampleImageWithOptionsFilter<InputImageType, OutputImageType> ResampleImageFilterType;
  42   typename ResampleImageFilterType::Pointer filter = ResampleImageFilterType::New();
  43   filter->SetInput(input);
  44
  45   // Set Verbose
  46   filter->SetVerboseOptions(mArgsInfo.verbose_flag);
  47
  48   // Set size / spacing
  49   static const unsigned int dim = OutputImageType::ImageDimension;
  50   typename OutputImageType::SpacingType spacing;
  51   typename OutputImageType::SizeType size;
  52
  53   if (mArgsInfo.like_given) {
  54     itk::ImageIOBase::Pointer header = clitk::readImageHeader(mArgsInfo.like_arg);
  55     if (header) {
  56       for(unsigned int i=0; i<dim; i++){
  57         spacing[i] = header->GetSpacing(i);
  58         size[i] = header->GetDimensions(i);
  59       }
  60       filter->SetOutputSpacing(spacing);
  61       filter->SetOutputSize(size);
  62     }
  63     else {
  64       std::cerr << "*** Warning : I could not read '" << mArgsInfo.like_arg << "' ***" << std::endl;
  65       exit(0);
  66     }
  67   }
  68   else {
  69     if (mArgsInfo.spacing_given == 1) {
  70       filter->SetOutputIsoSpacing(mArgsInfo.spacing_arg[0]);
  71     } else {
  72       if ((mArgsInfo.spacing_given != 0) && (mArgsInfo.size_given != 0)) {
  73         std::cerr << "Error: use spacing or size, not both." << std::endl;
  74         exit(0);
  75       }
  76
  77       if (!((mArgsInfo.spacing_given == 0) && (mArgsInfo.size_given == 0))) {
  78
  79         if ((mArgsInfo.spacing_given != 0) && (mArgsInfo.spacing_given != dim)) {
  80           std::cerr << "Error: spacing should have one or " << dim << " values." << std::endl;
  81           exit(0);
  82         }
  83         if ((mArgsInfo.size_given != 0) && (mArgsInfo.size_given != dim)) {
  84           std::cerr << "Error: size should have " << dim << " values." << std::endl;
  85           exit(0);
  86         }
  87         if (mArgsInfo.spacing_given)
  88           for(unsigned int i=0; i<dim; i++)
  89             spacing[i] = mArgsInfo.spacing_arg[i];
  90         if (mArgsInfo.size_given)
  91           for(unsigned int i=0; i<dim; i++)
  92             size[i] = mArgsInfo.size_arg[i];
  93         filter->SetOutputSpacing(spacing);
  94         filter->SetOutputSize(size);
  95       }
  96     }
  97   }
  98
  99   // Set temporal dimension
 100   filter->SetLastDimensionIsTime(mArgsInfo.time_flag);
 101
 102   // Set Gauss
 103   filter->SetGaussianFilteringEnabled(mArgsInfo.autogauss_flag);
 104   if (mArgsInfo.gauss_given != 0) {
 105     typename ResampleImageFilterType::GaussianSigmaType g;
 106     for(unsigned int i=0; i<dim; i++) {
 107       g[i] = mArgsInfo.gauss_arg[i];
 108     }
 109     filter->SetGaussianSigma(g);
 110   }
 111
 112   // Set Interpolation
 113   std::string interp = std::string(mArgsInfo.interp_arg);
 114   if (interp == "nn") {
 115     filter->SetInterpolationType(ResampleImageFilterType::NearestNeighbor);
 116   } else {
 117     if (interp == "linear") {
 118       filter->SetInterpolationType(ResampleImageFilterType::Linear);
 119     } else {
 120       if (interp == "bspline") {
 121         filter->SetInterpolationType(ResampleImageFilterType::BSpline);
 122       } else {
 123         if (interp == "blut") {
 124           filter->SetInterpolationType(ResampleImageFilterType::B_LUT);
 125         } else {
 126           if (interp == "windowed sinc") {
 127             filter->SetInterpolationType(ResampleImageFilterType::WSINC);
 128           } else {
 129             std::cerr << "Error. I do not know interpolation '" << mArgsInfo.interp_arg
 130                       << "'. Choose among: nn, linear, bspline, blut, windowed sinc" << std::endl;
 131             exit(0);
 132           }
 133         }
 134       }
 135     }
 136   }
 137
 138   // Set default pixel value
 139   filter->SetDefaultPixelValue(mArgsInfo.default_arg);
 140
 141   // Set thread
 142   if (mArgsInfo.thread_given) {
 143     filter->SetNumberOfThreads(mArgsInfo.thread_arg);
 144   }
 145
 146   // Go !
 147   filter->Update();
 148   typename OutputImageType::Pointer outputImage = filter->GetOutput();
 149   this->template SetNextOutput<OutputImageType>(outputImage);
 150 }
 151 //--------------------------------------------------------------------
 152
 153 #endif /* end #define CLITKRESAMPLEIMAGEGENERICFILTER_TXX */
 154