tools/clitkSetBackgroundGenericFilter.txx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ===========================================================================**/
  18 #ifndef clitkSetBackgroundGenericFilter_txx
  19 #define clitkSetBackgroundGenericFilter_txx
  20
  21 namespace clitk
  22 {
  23
  24 //-------------------------------------------------------------------
  25 // Update with the number of dimensions
  26 //-------------------------------------------------------------------
  27 template<unsigned int Dimension>
  28 void
  29 SetBackgroundGenericFilter::UpdateWithDim(std::string PixelType)
  30 {
  31   if (m_Verbose) std::cout << "Image was detected to be "<<Dimension<<"D and "<< PixelType<<"..."<<std::endl;
  32
  33   if(PixelType == "short") {
  34     if (m_Verbose) std::cout << "Launching filter in "<< Dimension <<"D and signed short..." << std::endl;
  35     UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, signed short>();
  36   }
  37   //    else if(PixelType == "unsigned_short"){
  38   //       if (m_Verbose) std::cout  << "Launching filter in "<< Dimension <<"D and unsigned_short..." << std::endl;
  39   //       UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, unsigned short>();
  40   //     }
  41
  42   else if (PixelType == "unsigned_char") {
  43     if (m_Verbose) std::cout  << "Launching filter in "<< Dimension <<"D and unsigned_char..." << std::endl;
  44     UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, unsigned char>();
  45   }
  46
  47   //     else if (PixelType == "char"){
  48   //       if (m_Verbose) std::cout  << "Launching filter in "<< Dimension <<"D and signed_char..." << std::endl;
  49   //       UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, signed char>();
  50   //     }
  51   else {
  52     if (m_Verbose) std::cout  << "Launching filter in "<< Dimension <<"D and float..." << std::endl;
  53     UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, float>();
  54   }
  55 }
  56
  57 //-------------------------------------------------------------------
  58 // Update with the number of dimensions and the pixeltype
  59 //-------------------------------------------------------------------
  60 template <unsigned int Dimension, class  PixelType>
  61 void
  62 SetBackgroundGenericFilter::UpdateWithDimAndPixelType()
  63 {
  64
  65   // ImageTypes
  66   typedef itk::Image<PixelType, Dimension> InputImageType;
  67   typedef itk::Image<unsigned char, Dimension> MaskImageType;
  68
  69   // Read the input
  70   typedef itk::ImageFileReader<InputImageType> InputReaderType;
  71   typename InputReaderType::Pointer reader = InputReaderType::New();
  72   reader->SetFileName( m_InputFileName);
  73   typename InputImageType::Pointer input= reader->GetOutput();
  74
  75   // Read the mask
  76   typedef itk::ImageFileReader<MaskImageType> MaskReaderType;
  77   typename MaskReaderType::Pointer maskReader = MaskReaderType::New();
  78   maskReader->SetFileName( m_ArgsInfo.mask_arg);
  79   typename MaskImageType::Pointer mask= maskReader->GetOutput();
  80
  81   // Filter setting background
  82   typedef clitk::SetBackgroundImageFilter<InputImageType,MaskImageType, InputImageType> SetBackgroundFilterType;
  83   typename SetBackgroundFilterType::Pointer setBackgroundFilter = SetBackgroundFilterType::New();
  84   setBackgroundFilter->SetInput(input);
  85   setBackgroundFilter->SetInput2(mask);
  86   if(m_ArgsInfo.fg_flag)  setBackgroundFilter->SetForeground(m_ArgsInfo.fg_flag);
  87   if(m_ArgsInfo.maskValue_given)  setBackgroundFilter->SetMaskValue(m_ArgsInfo.maskValue_arg);
  88   if(m_ArgsInfo.outsideValue_given)  setBackgroundFilter->SetOutsideValue(m_ArgsInfo.outsideValue_arg);
  89   setBackgroundFilter->Update();
  90   typename InputImageType::Pointer output =setBackgroundFilter->GetOutput();
  91
  92   // Output
  93   typedef itk::ImageFileWriter<InputImageType> WriterType;
  94   typename WriterType::Pointer writer = WriterType::New();
  95   writer->SetFileName(m_ArgsInfo.output_arg);
  96   writer->SetInput(output);
  97   writer->Update();
  98
  99 }
 100
 101
 102 }//end clitk
 103
 104 #endif //#define clitkSetBackgroundGenericFilter_txx