tools/clitkSetBackgroundGenericFilter.txx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ===========================================================================**/
  18 #ifndef clitkSetBackgroundGenericFilter_txx
  19 #define clitkSetBackgroundGenericFilter_txx
  20
  21 /* =================================================
  22  * @file   clitkSetBackgroundGenericFilter.txx
  23  * @author
  24  * @date
  25  *
  26  * @brief
  27  *
  28  ===================================================*/
  29
  30
  31 namespace clitk
  32 {
  33
  34 //-------------------------------------------------------------------
  35 // Update with the number of dimensions
  36 //-------------------------------------------------------------------
  37 template<unsigned int Dimension>
  38 void
  39 SetBackgroundGenericFilter::UpdateWithDim(std::string PixelType)
  40 {
  41   if (m_Verbose) std::cout << "Image was detected to be "<<Dimension<<"D and "<< PixelType<<"..."<<std::endl;
  42
  43   if(PixelType == "short") {
  44     if (m_Verbose) std::cout << "Launching filter in "<< Dimension <<"D and signed short..." << std::endl;
  45     UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, signed short>();
  46   }
  47   //    else if(PixelType == "unsigned_short"){
  48   //       if (m_Verbose) std::cout  << "Launching filter in "<< Dimension <<"D and unsigned_short..." << std::endl;
  49   //       UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, unsigned short>();
  50   //     }
  51
  52   else if (PixelType == "unsigned_char") {
  53     if (m_Verbose) std::cout  << "Launching filter in "<< Dimension <<"D and unsigned_char..." << std::endl;
  54     UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, unsigned char>();
  55   }
  56
  57   //     else if (PixelType == "char"){
  58   //       if (m_Verbose) std::cout  << "Launching filter in "<< Dimension <<"D and signed_char..." << std::endl;
  59   //       UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, signed char>();
  60   //     }
  61   else {
  62     if (m_Verbose) std::cout  << "Launching filter in "<< Dimension <<"D and float..." << std::endl;
  63     UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, float>();
  64   }
  65 }
  66
  67
  68 //-------------------------------------------------------------------
  69 // Update with the number of dimensions and the pixeltype
  70 //-------------------------------------------------------------------
  71 template <unsigned int Dimension, class  PixelType>
  72 void
  73 SetBackgroundGenericFilter::UpdateWithDimAndPixelType()
  74 {
  75
  76   // ImageTypes
  77   typedef itk::Image<PixelType, Dimension> InputImageType;
  78   typedef itk::Image<float, Dimension> MaskImageType;
  79
  80   // Read the input
  81   typedef itk::ImageFileReader<InputImageType> InputReaderType;
  82   typename InputReaderType::Pointer reader = InputReaderType::New();
  83   reader->SetFileName( m_InputFileName);
  84   typename InputImageType::Pointer input= reader->GetOutput();
  85
  86   // Read the mask
  87   typedef itk::ImageFileReader<MaskImageType> MaskReaderType;
  88   typename MaskReaderType::Pointer maskReader = MaskReaderType::New();
  89   maskReader->SetFileName( m_ArgsInfo.mask_arg);
  90   typename MaskImageType::Pointer mask= maskReader->GetOutput();
  91
  92   // Filter setting background
  93   typedef clitk::SetBackgroundImageFilter<InputImageType,MaskImageType, InputImageType> SetBackgroundFilterType;
  94   typename SetBackgroundFilterType::Pointer setBackgroundFilter = SetBackgroundFilterType::New();
  95   setBackgroundFilter->SetInput(input);
  96   setBackgroundFilter->SetInput2(mask);
  97   if(m_ArgsInfo.fg_flag)  setBackgroundFilter->SetForeground(m_ArgsInfo.fg_flag);
  98   if(m_ArgsInfo.maskValue_given)  setBackgroundFilter->SetMaskValue(m_ArgsInfo.maskValue_arg);
  99   if(m_ArgsInfo.outsideValue_given)  setBackgroundFilter->SetOutsideValue(m_ArgsInfo.outsideValue_arg);
 100   setBackgroundFilter->Update();
 101   typename InputImageType::Pointer output =setBackgroundFilter->GetOutput();
 102
 103   // Output
 104   typedef itk::ImageFileWriter<InputImageType> WriterType;
 105   typename WriterType::Pointer writer = WriterType::New();
 106   writer->SetFileName(m_ArgsInfo.output_arg);
 107   writer->SetInput(output);
 108   writer->Update();
 109
 110 }
 111
 112
 113 }//end clitk
 114
 115 #endif //#define clitkSetBackgroundGenericFilter_txx