tools/clitkTransformLandmarks.cxx

   1 #include "clitkTransformLandmarks_ggo.h"
   2
   3 #include "clitkTransformUtilities.h"
   4 #include <string>
   5 #include <vector>
   6 #include <iostream>
   7 #include <fstream>
   8
   9 typedef itk::Matrix<double, 4, 4> MatrixType;
  10 typedef itk::Point<double, 4> PointType;
  11 typedef std::vector<PointType> PointArrayType;
  12 typedef itk::FixedArray<std::string, 2> TxtDataType;
  13 typedef std::vector<TxtDataType> TxtDataArrayType;
  14
  15
  16 void read_points_txt(const std::string& fileName, PointArrayType& points, TxtDataArrayType& data);
  17 void write_points_txt(const std::string& fileName, const PointArrayType& points, const TxtDataArrayType& data);
  18
  19 void read_points_pts(const std::string& fileName, PointArrayType& points);
  20 void write_points_pts(const std::string& fileName, const PointArrayType& points);
  21
  22 void transform_points(const PointArrayType& input, const MatrixType& matrix, PointArrayType& output);
  23
  24
  25 bool verbose = false;
  26
  27 int main(int argc, char** argv)
  28 {
  29   GGO(clitkTransformLandmarks, args_info);
  30   verbose = args_info.verbose_flag;
  31
  32   MatrixType matrix = clitk::ReadMatrix3D(args_info.matrix_arg);
  33
  34   TxtDataArrayType data;
  35   PointArrayType inputPoints;
  36   if (strcmp(args_info.type_arg, "txt") == 0) {
  37     read_points_txt(args_info.input_arg, inputPoints, data);
  38   }
  39   else {
  40     read_points_pts(args_info.input_arg, inputPoints);
  41   }
  42
  43   PointArrayType outputPoints;
  44   transform_points(inputPoints, matrix, outputPoints);
  45
  46   if (strcmp(args_info.type_arg, "txt") == 0) {
  47     write_points_txt(args_info.output_arg, outputPoints, data);
  48   }
  49   else {
  50     write_points_pts(args_info.output_arg, outputPoints);
  51   }
  52
  53   return 0;
  54 }
  55
  56 void read_points_txt(const std::string& fileName, PointArrayType& points, TxtDataArrayType& data)
  57 {
  58   std::ifstream landmarksFile(fileName.c_str());
  59   if (landmarksFile.fail()) {
  60     std::cout << "ERROR: could not open '" << fileName << "'" << std::endl;
  61     exit(-2);
  62   }
  63
  64   std::string line;
  65   std::getline(landmarksFile, line);
  66   if (line.find("LANDMARKS") == std::string::npos) {
  67     std::cout << "ERROR: invalid landmarks file '" << fileName << "'" << std::endl;
  68     exit(-3);
  69   }
  70
  71   PointType p;
  72   p.Fill(1);
  73
  74   TxtDataType d;
  75
  76   while (!landmarksFile.eof()) {
  77     // read id, x, y, z, d1, d2
  78     landmarksFile >> d[0] >> p[0] >> p[1] >> p[2] >> d[1];// >> d[2];
  79     if (landmarksFile.fail())
  80       break;
  81
  82     if (verbose){
  83       std::cout << "point " << p << std::endl;
  84       std::cout << "data " << " " << d[0] << " " << d[1] << std::endl;
  85     }
  86
  87     points.push_back(p);
  88     data.push_back(d);
  89   }
  90 }
  91
  92 void write_points_txt(const std::string& fileName, const PointArrayType& points, const TxtDataArrayType& data)
  93 {
  94   std::ofstream landmarksFile(fileName.c_str());
  95
  96   landmarksFile << "LANDMARKS1" << std::endl;
  97   for (size_t i = 0; i < points.size(); i++)
  98     landmarksFile << data[i][0] << " " << points[i][0] << " " << points[i][1] << " " << points[i][2] << " " << data[i][1] << " " << std::endl;
  99 }
 100
 101 void read_points_pts(const std::string& fileName, PointArrayType& points)
 102 {
 103   std::ifstream landmarksFile(fileName.c_str());
 104   if (landmarksFile.fail()) {
 105     std::cout << "ERROR: could not open '" << fileName << "'" << std::endl;
 106     exit(-2);
 107   }
 108
 109   std::string line;
 110   std::getline(landmarksFile, line);
 111   if (line.find("#X") != 0) {
 112     std::cout << "ERROR: invalid landmarks file '" << fileName << "'" << std::endl;
 113     exit(-3);
 114   }
 115
 116   PointType p;
 117   p.Fill(1);
 118
 119   while (!landmarksFile.eof()) {
 120     // read id, x, y, z, d1, d2
 121     landmarksFile >> p[0] >> p[1] >> p[2];
 122     if (landmarksFile.fail())
 123       break;
 124
 125     if (verbose){
 126       std::cout << "point " << p << std::endl;
 127     }
 128
 129     points.push_back(p);
 130   }
 131 }
 132
 133 void write_points_pts(const std::string& fileName, const PointArrayType& points)
 134 {
 135   std::ofstream landmarksFile(fileName.c_str());
 136
 137   landmarksFile << "#X\tY\tZ" << std::endl;
 138   for (size_t i = 0; i < points.size(); i++)
 139     landmarksFile << points[i][0] << "\t" << points[i][1] << "\t" << points[i][2] << "\t" << std::endl;
 140 }
 141
 142 void transform_points(const PointArrayType& input, const MatrixType& matrix, PointArrayType& output)
 143 {
 144   for (size_t i = 0; i < input.size(); i++) {
 145     output.push_back(matrix * input[i]);
 146   }
 147 }
 148