tools/clitkTransformLandmarks.cxx

   1 #include "clitkTransformLandmarks_ggo.h"
   2
   3 #include "clitkTransformUtilities.h"
   4 #include <string>
   5 #include <vector>
   6 #include <iostream>
   7 #include <fstream>
   8
   9 typedef itk::Matrix<double, 4, 4> MatrixType;
  10 typedef itk::Point<double, 4> PointType;
  11 typedef std::vector<PointType> PointArrayType;
  12
  13 void read_points(const std::string& fileName, PointArrayType& points);
  14 void transform_points(const PointArrayType& input, const MatrixType& matrix, PointArrayType& output);
  15 void write_points(const PointArrayType& points);
  16
  17 bool verbose = false;
  18
  19 int main(int argc, char** argv)
  20 {
  21   GGO(clitkTransformLandmarks, args_info);
  22
  23   PointArrayType inputPoints;
  24   read_points(args_info.input_arg, inputPoints);
  25
  26   MatrixType matrix = clitk::ReadMatrix3D(args_info.matrix_arg);
  27
  28   PointArrayType outputPoints;
  29   transform_points(inputPoints, matrix, outputPoints);
  30
  31   write_points(outputPoints);
  32   return 0;
  33 }
  34
  35 void read_points(const std::string& fileName, PointArrayType& points)
  36 {
  37   std::ifstream landmarksFile(fileName.c_str());
  38   if (landmarksFile.fail()) {
  39     std::cout << "ERROR: could not open '" << fileName << "'" << std::endl;
  40     exit(-2);
  41   }
  42
  43   std::string line;
  44   std::getline(landmarksFile, line);
  45   if (line.find("LANDMARKS") == std::string::npos) {
  46     std::cout << "ERROR: invalid landmarks file '" << fileName << "'" << std::endl;
  47     exit(-3);
  48   }
  49
  50   int id = 0;
  51   PointType point;
  52   point.Fill(1);
  53
  54   std::istringstream linestr;
  55   while (!landmarksFile.eof()) {
  56     std::getline(landmarksFile, line);
  57     if (verbose) std::cout << "line " << line << std::endl;
  58
  59     if (!line.empty()) {
  60       linestr.str(line);
  61       linestr >> id >> point[0] >> point[1] >> point[2];
  62
  63       if (verbose) std::cout << "point " << point << std::endl;
  64
  65       points.push_back(point);
  66     }
  67   }
  68 }
  69
  70 void transform_points(const PointArrayType& input, const MatrixType& matrix, PointArrayType& output)
  71 {
  72   for (size_t i = 0; i < input.size(); i++) {
  73     output.push_back(matrix * input[i]);
  74   }
  75 }
  76
  77 void write_points(const PointArrayType& points)
  78 {
  79   std::cout << "LANDMARKS1" << std::endl;
  80   for (size_t i = 0; i < points.size(); i++)
  81     std::cout << i << " " << points[i][0] << " " << points[i][1] << " " << points[i][2] << " " << "0" << " " << std::endl;
  82 }