tools/clitkTransformLandmarks.cxx

   1 #include "clitkTransformLandmarks_ggo.h"
   2
   3 #include "clitkTransformUtilities.h"
   4 #include <string>
   5 #include <vector>
   6 #include <iostream>
   7 #include <fstream>
   8
   9 typedef itk::Matrix<double, 4, 4> MatrixType;
  10 typedef itk::Point<double, 4> PointType;
  11 typedef std::vector<PointType> PointArrayType;
  12
  13 void read_points(const std::string& fileName, PointArrayType& points);
  14 void transform_points(const PointArrayType& input, const MatrixType& matrix, PointArrayType& output);
  15 void write_points(const std::string& fileName, const PointArrayType& points);
  16
  17 bool verbose = false;
  18
  19 int main(int argc, char** argv)
  20 {
  21   GGO(clitkTransformLandmarks, args_info);
  22   verbose = args_info.verbose_flag;
  23
  24   PointArrayType inputPoints;
  25   read_points(args_info.input_arg, inputPoints);
  26
  27   MatrixType matrix = clitk::ReadMatrix3D(args_info.matrix_arg);
  28
  29   PointArrayType outputPoints;
  30   transform_points(inputPoints, matrix, outputPoints);
  31
  32   write_points(args_info.output_arg, outputPoints);
  33   return 0;
  34 }
  35
  36 void read_points(const std::string& fileName, PointArrayType& points)
  37 {
  38   std::ifstream landmarksFile(fileName.c_str());
  39   if (landmarksFile.fail()) {
  40     std::cout << "ERROR: could not open '" << fileName << "'" << std::endl;
  41     exit(-2);
  42   }
  43
  44   std::string line;
  45   std::getline(landmarksFile, line);
  46   if (line.find("LANDMARKS") == std::string::npos) {
  47     std::cout << "ERROR: invalid landmarks file '" << fileName << "'" << std::endl;
  48     exit(-3);
  49   }
  50
  51   int id = 0;
  52   PointType point;
  53   point.Fill(1);
  54
  55   std::istringstream linestr;
  56   while (!landmarksFile.eof()) {
  57     std::getline(landmarksFile, line);
  58     if (verbose) std::cout << "line " << line << std::endl;
  59
  60     if (!line.empty()) {
  61       linestr.str(line);
  62       linestr >> id >> point[0] >> point[1] >> point[2];
  63
  64       if (verbose) std::cout << "point " << point << std::endl;
  65
  66       points.push_back(point);
  67     }
  68   }
  69 }
  70
  71 void transform_points(const PointArrayType& input, const MatrixType& matrix, PointArrayType& output)
  72 {
  73   for (size_t i = 0; i < input.size(); i++) {
  74     output.push_back(matrix * input[i]);
  75   }
  76 }
  77
  78 void write_points(const std::string& fileName, const PointArrayType& points)
  79 {
  80   std::ofstream landmarksFile(fileName.c_str());
  81
  82   landmarksFile << "LANDMARKS1" << std::endl;
  83   for (size_t i = 0; i < points.size(); i++)
  84     landmarksFile << i << " " << points[i][0] << " " << points[i][1] << " " << points[i][2] << " " << "0" << " " << std::endl;
  85 }