tools/clitkVFResample.cxx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://oncora1.lyon.fnclcc.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ======================================================================-====*/
  18 #ifndef CLITKVFRESAMPLE_CXX
  19 #define CLITKVFRESAMPLE_CXX
  20
  21 // clitk
  22 #include "clitkVFResample_ggo.h"
  23 #include "clitkIO.h"
  24 #include "clitkVFResampleGenericFilter.h"
  25
  26 //--------------------------------------------------------------------
  27 int main(int argc, char * argv[])
  28 {
  29
  30   // Init command line
  31   GGO(clitkVFResample, args_info);
  32   CLITK_INIT;
  33
  34   // Read input image header to check image dimension
  35   itk::ImageIOBase::Pointer header = clitk::readImageHeader(args_info.input_arg);
  36   unsigned int dim = header->GetNumberOfDimensions();
  37   std::string pixelTypeName = header->GetComponentTypeAsString(header->GetComponentType());
  38
  39   // Print image info if verbose
  40   if (args_info.verbose_flag) {
  41     std::cout << "Input image <" << args_info.input_arg << "> is ";
  42     clitk::printImageHeader(header, std::cout);
  43     std::cout << std::endl;
  44   }
  45
  46   // Get input size/spacing
  47   std::vector<int>    inputSize;
  48   std::vector<double> inputSpacing;
  49   inputSize.resize(dim);
  50   inputSpacing.resize(dim);
  51   for(unsigned int i=0; i<dim; i++) {
  52     inputSpacing[i] = header->GetSpacing(i);
  53     inputSize[i] = header->GetDimensions(i);
  54   }
  55
  56   // Get options
  57   std::vector<int>    outputSize;
  58   std::vector<double> outputSpacing;
  59   outputSize.resize(dim);
  60   outputSpacing.resize(dim);
  61
  62   // Check options
  63   if (!args_info.size_given && !args_info.spacing_given) {
  64     std::cerr << "Please indicate output size or spacing." << std::endl;
  65     exit(0);
  66   }
  67
  68   // Check options
  69   if (args_info.size_given && args_info.spacing_given) {
  70     std::cerr << "Please indicate only output size or spacing, not both." << std::endl;
  71     exit(0);
  72   }
  73
  74   // Size is given and not spacing
  75   if (args_info.size_given && !args_info.spacing_given) {
  76     if (args_info.size_given != dim) {
  77       std::cerr << "Input image is " << dim << "D, please give " << dim << " size numbers." << std::endl;
  78       exit(0);
  79     }
  80     for(unsigned int i=0; i<dim; i++) {
  81       if ((args_info.size_arg[i] == -1) || (args_info.size_arg[i]==0))
  82         outputSize[i] = inputSize[i];
  83       else
  84         outputSize[i] = args_info.size_arg[i];
  85       outputSpacing[i] = inputSize[i]*inputSpacing[i]/outputSize[i];
  86     }
  87   }
  88
  89   // Spacing is given and not size
  90   if (!args_info.size_given && args_info.spacing_given) {
  91     if (args_info.spacing_given != dim) {
  92       if (args_info.spacing_given == 1) {
  93         for(unsigned int i=0; i<dim; i++) outputSpacing[i] = args_info.spacing_arg[0];
  94       } else {
  95         std::cerr << "Input image is " << dim << "D, please give " << dim << " spacing numbers." << std::endl;
  96         exit(0);
  97       }
  98     } else {
  99       for(unsigned int i=0; i<dim; i++) {
 100         if ((args_info.spacing_arg[i] == -1) || (args_info.spacing_arg[i]==0))
 101           outputSpacing[i] = inputSpacing[i];
 102         else
 103           outputSpacing[i] = args_info.spacing_arg[i];
 104
 105       }
 106     }
 107     for(unsigned int i=0; i<dim; i++)
 108       outputSize[i] = (int)lrint(inputSize[i]*inputSpacing[i]/outputSpacing[i]);
 109   }
 110
 111   if (args_info.verbose_flag) {
 112     std::cout << "Output image will be : " << std::endl;
 113     DDV(outputSize,dim);
 114     DDV(outputSpacing,dim);
 115   }
 116
 117   // Get sigma option for Gaussian filter
 118   std::vector<double> sigma;
 119   sigma.resize(args_info.gauss_given);
 120   std::copy(args_info.gauss_arg, args_info.gauss_arg+args_info.gauss_given, sigma.begin());
 121   if (args_info.gauss_given) {
 122     if (args_info.gauss_given != dim) {
 123       if (args_info.gauss_given == 1) {
 124         sigma.resize(dim);
 125         for(unsigned int i=0; i<dim; i++) sigma[i] = args_info.gauss_arg[0];
 126       } else {
 127         std::cerr << "Input image is " << dim << "D, please give " << dim << " sigma numbers for gaussian filter." << std::endl;
 128         exit(0);
 129       }
 130     }
 131   }
 132
 133   // Create a filter
 134   clitk::VFResampleGenericFilter::Pointer filter = clitk::VFResampleGenericFilter::New();
 135   filter->SetInputFilename(args_info.input_arg);
 136   filter->SetOutputSize(outputSize);
 137   filter->SetOutputSpacing(outputSpacing);
 138   filter->SetInterpolationName(args_info.interp_arg);
 139   filter->SetBSplineOrder(args_info.order_arg);
 140   filter->SetBLUTSampling(args_info.sampling_arg);
 141   if (args_info.gauss_given)
 142     filter->SetGaussianSigma(sigma);
 143   filter->SetOutputFilename(args_info.output_arg);
 144
 145   // Go !
 146   filter->Update();
 147
 148   // this is the end my friend
 149   return 0;
 150 }// end main
 151 //--------------------------------------------------------------------
 152
 153 #endif  /* end #define CLITKVFRESAMPLE_CXX */