tools/clitkVFResample.cxx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://oncora1.lyon.fnclcc.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ======================================================================-====*/
  18 #ifndef CLITKVFRESAMPLE_CXX
  19 #define CLITKVFRESAMPLE_CXX
  20 /**
  21    ------------------------------------------------=
  22    * @file   clitkImageResample.cxx
  23    * @author David Sarrut <David.Sarrut@creatis.insa-lyon.fr>
  24    * @date   23 Feb 2008 08:37:53
  25    ------------------------------------------------=*/
  26
  27 // clitk
  28 #include "clitkImageResample_ggo.h"
  29 #include "clitkIO.h"
  30 #include "clitkVFResampleGenericFilter.h"
  31
  32 //--------------------------------------------------------------------
  33 int main(int argc, char * argv[])
  34 {
  35
  36   // Init command line
  37   GGO(clitkImageResample, args_info);
  38   CLITK_INIT;
  39
  40   // Read input image header to check image dimension
  41   itk::ImageIOBase::Pointer header = clitk::readImageHeader(args_info.input_arg);
  42   unsigned int dim = header->GetNumberOfDimensions();
  43   std::string pixelTypeName = header->GetComponentTypeAsString(header->GetComponentType());
  44
  45   // Print image info if verbose
  46   if (args_info.verbose_flag) {
  47     std::cout << "Input image <" << args_info.input_arg << "> is ";
  48     clitk::printImageHeader(header, std::cout);
  49     std::cout << std::endl;
  50   }
  51
  52   // Get input size/spacing
  53   std::vector<int>    inputSize;
  54   std::vector<double> inputSpacing;
  55   inputSize.resize(dim);
  56   inputSpacing.resize(dim);
  57   for(unsigned int i=0; i<dim; i++) {
  58     inputSpacing[i] = header->GetSpacing(i);
  59     inputSize[i] = header->GetDimensions(i);
  60   }
  61
  62   // Get options
  63   std::vector<int>    outputSize;
  64   std::vector<double> outputSpacing;
  65   outputSize.resize(dim);
  66   outputSpacing.resize(dim);
  67
  68   // Check options
  69   if (!args_info.size_given && !args_info.spacing_given) {
  70     std::cerr << "Please indicate output size or spacing." << std::endl;
  71     exit(0);
  72   }
  73
  74   // Check options
  75   if (args_info.size_given && args_info.spacing_given) {
  76     std::cerr << "Please indicate only output size or spacing, not both." << std::endl;
  77     exit(0);
  78   }
  79
  80   // Size is given and not spacing
  81   if (args_info.size_given && !args_info.spacing_given) {
  82     if (args_info.size_given != dim) {
  83       std::cerr << "Input image is " << dim << "D, please give " << dim << " size numbers." << std::endl;
  84       exit(0);
  85     }
  86     for(unsigned int i=0; i<dim; i++) {
  87       if ((args_info.size_arg[i] == -1) || (args_info.size_arg[i]==0))
  88         outputSize[i] = inputSize[i];
  89       else
  90         outputSize[i] = args_info.size_arg[i];
  91       outputSpacing[i] = inputSize[i]*inputSpacing[i]/outputSize[i];
  92     }
  93   }
  94
  95   // Spacing is given and not size
  96   if (!args_info.size_given && args_info.spacing_given) {
  97     if (args_info.spacing_given != dim) {
  98       if (args_info.spacing_given == 1) {
  99         for(unsigned int i=0; i<dim; i++) outputSpacing[i] = args_info.spacing_arg[0];
 100       } else {
 101         std::cerr << "Input image is " << dim << "D, please give " << dim << " spacing numbers." << std::endl;
 102         exit(0);
 103       }
 104     } else {
 105       for(unsigned int i=0; i<dim; i++) {
 106         if ((args_info.spacing_arg[i] == -1) || (args_info.spacing_arg[i]==0))
 107           outputSpacing[i] = inputSpacing[i];
 108         else
 109           outputSpacing[i] = args_info.spacing_arg[i];
 110
 111       }
 112     }
 113     for(unsigned int i=0; i<dim; i++)
 114       outputSize[i] = (int)lrint(inputSize[i]*inputSpacing[i]/outputSpacing[i]);
 115   }
 116
 117   if (args_info.verbose_flag) {
 118     std::cout << "Output image will be : " << std::endl;
 119     DDV(outputSize,dim);
 120     DDV(outputSpacing,dim);
 121   }
 122
 123   // Get sigma option for Gaussian filter
 124   std::vector<double> sigma;
 125   sigma.resize(args_info.gauss_given);
 126   std::copy(args_info.gauss_arg, args_info.gauss_arg+args_info.gauss_given, sigma.begin());
 127   if (args_info.gauss_given) {
 128     if (args_info.gauss_given != dim) {
 129       if (args_info.gauss_given == 1) {
 130         sigma.resize(dim);
 131         for(unsigned int i=0; i<dim; i++) sigma[i] = args_info.gauss_arg[0];
 132       } else {
 133         std::cerr << "Input image is " << dim << "D, please give " << dim << " sigma numbers for gaussian filter." << std::endl;
 134         exit(0);
 135       }
 136     }
 137   }
 138
 139   // Create a filter
 140   clitk::VFResampleGenericFilter::Pointer filter = clitk::VFResampleGenericFilter::New();
 141   filter->SetInputFilename(args_info.input_arg);
 142   filter->SetOutputSize(outputSize);
 143   filter->SetOutputSpacing(outputSpacing);
 144   filter->SetInterpolationName(args_info.interp_arg);
 145   filter->SetBSplineOrder(args_info.order_arg);
 146   filter->SetBLUTSampling(args_info.sampling_arg);
 147   if (args_info.gauss_given)
 148     filter->SetGaussianSigma(sigma);
 149   filter->SetOutputFilename(args_info.output_arg);
 150
 151   // Go !
 152   filter->Update();
 153
 154   // this is the end my friend
 155   return 0;
 156 }// end main
 157 //--------------------------------------------------------------------
 158
 159 #endif  /* end #define CLITKVFRESAMPLE_CXX */