tools/clitkVFResample.cxx

   1 /*-------------------------------------------------------------------------
   2
   3 Program:   clitk
   4 Language:  C++
   5
   6 Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
   7 l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
   8 http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
   9
  10 This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  11 the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  12 PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  13
  14 -------------------------------------------------------------------------*/
  15
  16 #ifndef CLITKVFRESAMPLE_CXX
  17 #define CLITKVFRESAMPLE_CXX
  18
  19 /**
  20    ------------------------------------------------=
  21    * @file   clitkImageResample.cxx
  22    * @author David Sarrut <David.Sarrut@creatis.insa-lyon.fr>
  23    * @date   23 Feb 2008 08:37:53
  24    ------------------------------------------------=*/
  25
  26 // clitk
  27 #include "clitkImageResample_ggo.h"
  28 #include "clitkIO.h"
  29 #include "clitkVFResampleGenericFilter.h"
  30
  31 //--------------------------------------------------------------------
  32 int main(int argc, char * argv[]) {
  33
  34   // Init command line
  35   GGO(clitkImageResample, args_info);
  36   CLITK_INIT;
  37
  38   // Read input image header to check image dimension
  39   itk::ImageIOBase::Pointer header = clitk::readImageHeader(args_info.input_arg);
  40   unsigned int dim = header->GetNumberOfDimensions();
  41   std::string pixelTypeName = header->GetComponentTypeAsString(header->GetComponentType());
  42
  43   // Print image info if verbose
  44   if (args_info.verbose_flag) {
  45     std::cout << "Input image <" << args_info.input_arg << "> is ";
  46     clitk::printImageHeader(header, std::cout);
  47     std::cout << std::endl;
  48   }
  49
  50   // Get input size/spacing
  51   std::vector<int>    inputSize;
  52   std::vector<double> inputSpacing;
  53   inputSize.resize(dim);
  54   inputSpacing.resize(dim);
  55   for(unsigned int i=0; i<dim; i++) {
  56     inputSpacing[i] = header->GetSpacing(i);
  57     inputSize[i] = header->GetDimensions(i);
  58   }
  59
  60   // Get options
  61   std::vector<int>    outputSize;
  62   std::vector<double> outputSpacing;
  63   outputSize.resize(dim);
  64   outputSpacing.resize(dim);
  65
  66   // Check options
  67   if (!args_info.size_given && !args_info.spacing_given) {
  68     std::cerr << "Please indicate output size or spacing." << std::endl;
  69     exit(0);
  70   }
  71
  72   // Check options
  73   if (args_info.size_given && args_info.spacing_given) {
  74     std::cerr << "Please indicate only output size or spacing, not both." << std::endl;
  75     exit(0);
  76   }
  77
  78   // Size is given and not spacing
  79   if (args_info.size_given && !args_info.spacing_given) {
  80     if (args_info.size_given != dim) {
  81       std::cerr << "Input image is " << dim << "D, please give " << dim << " size numbers." << std::endl;
  82       exit(0);
  83     }
  84     for(unsigned int i=0; i<dim; i++) {
  85       if ((args_info.size_arg[i] == -1) || (args_info.size_arg[i]==0))
  86         outputSize[i] = inputSize[i];
  87       else
  88         outputSize[i] = args_info.size_arg[i];
  89       outputSpacing[i] = inputSize[i]*inputSpacing[i]/outputSize[i];
  90     }
  91   }
  92
  93   // Spacing is given and not size
  94   if (!args_info.size_given && args_info.spacing_given) {
  95     if (args_info.spacing_given != dim) {
  96       if (args_info.spacing_given == 1) {
  97         for(unsigned int i=0; i<dim; i++) outputSpacing[i] = args_info.spacing_arg[0];
  98       }
  99       else {
 100         std::cerr << "Input image is " << dim << "D, please give " << dim << " spacing numbers." << std::endl;
 101         exit(0);
 102       }
 103     }
 104     else {
 105       for(unsigned int i=0; i<dim; i++) {
 106         if ((args_info.spacing_arg[i] == -1) || (args_info.spacing_arg[i]==0))
 107           outputSpacing[i] = inputSpacing[i];
 108         else
 109           outputSpacing[i] = args_info.spacing_arg[i];
 110
 111       }
 112     }
 113     for(unsigned int i=0; i<dim; i++)
 114       outputSize[i] = (int)lrint(inputSize[i]*inputSpacing[i]/outputSpacing[i]);
 115   }
 116
 117   if (args_info.verbose_flag) {
 118     std::cout << "Output image will be : " << std::endl;
 119     DDV(outputSize,dim);
 120     DDV(outputSpacing,dim);
 121   }
 122
 123   // Get sigma option for Gaussian filter
 124   std::vector<double> sigma;
 125   sigma.resize(args_info.gauss_given);
 126   std::copy(args_info.gauss_arg, args_info.gauss_arg+args_info.gauss_given, sigma.begin());
 127   if (args_info.gauss_given) {
 128     if (args_info.gauss_given != dim) {
 129       if (args_info.gauss_given == 1) {
 130         sigma.resize(dim);
 131         for(unsigned int i=0; i<dim; i++) sigma[i] = args_info.gauss_arg[0];
 132       }
 133       else {
 134         std::cerr << "Input image is " << dim << "D, please give " << dim << " sigma numbers for gaussian filter." << std::endl;
 135         exit(0);
 136       }
 137     }
 138   }
 139
 140   // Create a filter
 141   clitk::VFResampleGenericFilter::Pointer filter = clitk::VFResampleGenericFilter::New();
 142   filter->SetInputFilename(args_info.input_arg);
 143   filter->SetOutputSize(outputSize);
 144   filter->SetOutputSpacing(outputSpacing);
 145   filter->SetInterpolationName(args_info.interp_arg);
 146   filter->SetBSplineOrder(args_info.order_arg);
 147   filter->SetBLUTSampling(args_info.sampling_arg);
 148   if (args_info.gauss_given)
 149     filter->SetGaussianSigma(sigma);
 150   filter->SetOutputFilename(args_info.output_arg);
 151
 152   // Go !
 153   filter->Update();
 154
 155   // this is the end my friend
 156   return 0;
 157 }// end main
 158 //--------------------------------------------------------------------
 159
 160 #endif  /* end #define CLITKVFRESAMPLE_CXX */