tools/clitkVectorImageToImageGenericFilter.txx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ===========================================================================**/
  18 #ifndef clitkVectorImageToImageGenericFilter_txx
  19 #define clitkVectorImageToImageGenericFilter_txx
  20
  21 /* =================================================
  22  * @file   clitkVectorImageToImageGenericFilter.txx
  23  * @author
  24  * @date
  25  *
  26  * @brief
  27  *
  28  ===================================================*/
  29
  30
  31 namespace clitk
  32 {
  33
  34   //-------------------------------------------------------------------
  35   // Update with the number of dimensions
  36   //-------------------------------------------------------------------
  37   template<unsigned int Dimension>
  38   void
  39   VectorImageToImageGenericFilter::UpdateWithDim(std::string PixelType, unsigned int Components)
  40   {
  41     if (m_Verbose) std::cout << "Image was detected to be "<<Dimension<<"D and "<< PixelType<<"..."<<std::endl;
  42
  43     if (Components==3)
  44       {
  45         if (PixelType == "unsigned_char")
  46             UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, itk::Vector<unsigned char, 3> >();
  47         else
  48         {
  49             if (m_Verbose) std::cout  << "Launching filter in "<< Dimension <<"D and 3D float..." << std::endl;
  50             UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, itk::Vector<float, 3> >();
  51         }
  52       }
  53     else std::cerr<<"Number of components is "<<Components<<", not supported!"<<std::endl;
  54   }
  55
  56
  57   //-------------------------------------------------------------------
  58   // Update with the number of dimensions and the pixeltype
  59   //-------------------------------------------------------------------
  60   template <unsigned int Dimension, class  PixelType>
  61   void
  62   VectorImageToImageGenericFilter::UpdateWithDimAndPixelType()
  63   {
  64     // ImageTypes
  65     typedef itk::Image<PixelType, Dimension> InputImageType;
  66     typedef typename PixelType::ComponentType ComponentType;
  67     typedef itk::Image<ComponentType, Dimension> OutputImageType;
  68
  69     // Read the input
  70     typedef itk::ImageFileReader<InputImageType> InputReaderType;
  71     typename InputReaderType::Pointer reader = InputReaderType::New();
  72     reader->SetFileName( m_InputFileName);
  73     reader->Update();
  74     typename InputImageType::Pointer input= reader->GetOutput();
  75
  76     // Filter
  77     typedef clitk::VectorImageToImageFilter<InputImageType, OutputImageType> FilterType;
  78     typename FilterType::Pointer filter=FilterType::New();
  79     filter->SetInput(input);
  80     filter->SetComponentIndex(m_ArgsInfo.componentIndex_arg);
  81     filter->Update();
  82     typename OutputImageType::Pointer output=filter->GetOutput();
  83
  84     // Output
  85     typedef itk::ImageFileWriter<OutputImageType> WriterType;
  86     typename WriterType::Pointer writer = WriterType::New();
  87     writer->SetFileName(m_ArgsInfo.output_arg);
  88     writer->SetInput(output);
  89     writer->Update();
  90
  91   }
  92
  93
  94 }//end clitk
  95
  96 #endif //#define clitkVectorImageToImageGenericFilter_txx