tools/clitkWriteDicomSeriesGenericFilter.txx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ===========================================================================**/
  18 #ifndef clitkWriteDicomSeriesGenericFilter_txx
  19 #define clitkWriteDicomSeriesGenericFilter_txx
  20
  21 /* =================================================
  22  * @file   clitkWriteDicomSeriesGenericFilter.txx
  23  * @author
  24  * @date
  25  *
  26  * @brief
  27  *
  28  ===================================================*/
  29
  30 // clitk
  31 #include "clitkResampleImageWithOptionsFilter.h"
  32 #if GDCM_MAJOR_VERSION >= 2
  33 #include "gdcmUIDGenerator.h"
  34 #else
  35 #include "gdcmFile.h"
  36 #include "gdcmUtil.h"
  37 #endif
  38
  39
  40 namespace clitk
  41 {
  42
  43
  44 //-----------------------------------------------------------
  45 // Constructor
  46 //-----------------------------------------------------------
  47 template<class args_info_type>
  48 WriteDicomSeriesGenericFilter<args_info_type>::WriteDicomSeriesGenericFilter()
  49 {
  50   m_Verbose=false;
  51   m_InputFileName="";
  52 }
  53
  54
  55 //-----------------------------------------------------------
  56 // Update
  57 //-----------------------------------------------------------
  58 template<class args_info_type>
  59 void WriteDicomSeriesGenericFilter<args_info_type>::Update()
  60 {
  61   // Read the Dimension and PixelType
  62   int Dimension;
  63   std::string PixelType;
  64   ReadImageDimensionAndPixelType(m_InputFileName, Dimension, PixelType);
  65
  66
  67   // Call UpdateWithDim
  68   if(Dimension==2) UpdateWithDim<2>(PixelType);
  69   else if(Dimension==3) UpdateWithDim<3>(PixelType);
  70   // else if (Dimension==4)UpdateWithDim<4>(PixelType);
  71   else {
  72     std::cout<<"Error, Only for 2 or 3  Dimensions!!!"<<std::endl ;
  73     return;
  74   }
  75 }
  76
  77 //-------------------------------------------------------------------
  78 // Update with the number of dimensions
  79 //-------------------------------------------------------------------
  80 template<class args_info_type>
  81 template<unsigned int Dimension>
  82 void
  83 WriteDicomSeriesGenericFilter<args_info_type>::UpdateWithDim(std::string PixelType)
  84 {
  85   if (m_Verbose) std::cout << "Image was detected to be "<<Dimension<<"D and "<< PixelType<<"..."<<std::endl;
  86
  87   if(PixelType == "short") {
  88     if (m_Verbose) std::cout << "Launching filter in "<< Dimension <<"D and signed short..." << std::endl;
  89     UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, signed short>();
  90   }
  91   else if(PixelType == "unsigned_short"){
  92     if (m_Verbose) std::cout  << "Launching filter in "<< Dimension <<"D and unsigned_short..." << std::endl;
  93     UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, unsigned short>();
  94   }
  95
  96   else if (PixelType == "unsigned_char") {
  97     if (m_Verbose) std::cout  << "Launching filter in "<< Dimension <<"D and unsigned_char..." << std::endl;
  98     UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, unsigned char>();
  99   }
 100
 101   //     else if (PixelType == "char"){
 102   //       if (m_Verbose) std::cout  << "Launching filter in "<< Dimension <<"D and signed_char..." << std::endl;
 103   //       UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, signed char>();
 104   //     }
 105   else if (PixelType == "double") {
 106     if (m_Verbose) std::cout  << "Launching filter in "<< Dimension <<"D and double..." << std::endl;
 107     UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, double>();
 108   }
 109   else {
 110     if (m_Verbose) std::cout  << "Launching filter in "<< Dimension <<"D and float..." << std::endl;
 111     UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, float>();
 112   }
 113 }
 114
 115 //-------------------------------------------------------------------
 116 // Update with the number of dimensions and the pixeltype read from
 117 // the dicom files. The MHD files may be resampled to match the
 118 // dicom spacing (and number of slices). Rounding errors in resampling
 119 // are handled by removing files when generating the output dicom
 120 // series.
 121 //-------------------------------------------------------------------
 122 template<class args_info_type>
 123 template <unsigned int Dimension, class  PixelType>
 124 void
 125 WriteDicomSeriesGenericFilter<args_info_type>::UpdateWithDimAndPixelType()
 126 {
 127
 128   // ImageTypes
 129   typedef itk::Image<PixelType, Dimension> InputImageType;
 130   typedef itk::Image<PixelType, 2> OutputImageType;
 131
 132   // Read the dicom directory
 133   typedef itk::ImageSeriesReader< InputImageType >     ReaderType;
 134   typedef itk::GDCMImageIO ImageIOType;
 135   typedef itk::GDCMSeriesFileNames NamesGeneratorType;
 136
 137   ImageIOType::Pointer gdcmIO = ImageIOType::New();
 138   NamesGeneratorType::Pointer namesGenerator = NamesGeneratorType::New();
 139   namesGenerator->SetInputDirectory( m_ArgsInfo.inputDir_arg );
 140   namesGenerator->SetOutputDirectory( m_ArgsInfo.outputDir_arg  );
 141   typename   ReaderType::FileNamesContainer filenames_in = namesGenerator->GetInputFileNames();
 142   typename   ReaderType::FileNamesContainer filenames_out = namesGenerator->GetOutputFileNames();
 143
 144   // Output the dicom files
 145   unsigned int numberOfFilenames =  filenames_in.size();
 146   if (m_Verbose) {
 147     std::cout << numberOfFilenames <<" were read in the directory "<<m_ArgsInfo.inputDir_arg<<"..."<<std::endl<<std::endl;
 148     for(unsigned int fni = 0; fni<numberOfFilenames; fni++) {
 149       std::cout << "filename # " << fni << " = ";
 150       std::cout << filenames_in[fni] << std::endl;
 151     }
 152   }
 153
 154   // Read the series
 155   typename ReaderType::Pointer reader = ReaderType::New();
 156   if (m_ArgsInfo.preserve_flag) {
 157 #if GDCM_MAJOR_VERSION >= 2
 158     gdcmIO->LoadPrivateTagsOn();
 159     gdcmIO->KeepOriginalUIDOn();
 160 #endif
 161   }
 162   reader->SetImageIO( gdcmIO );
 163   reader->SetFileNames( filenames_in );
 164   try {
 165     reader->Update();
 166   } catch (itk::ExceptionObject &excp) {
 167     std::cerr << "Error: Exception thrown while reading the DICOM series!!" << std::endl;
 168     std::cerr << excp << std::endl;
 169   }
 170
 171   // Read the input (MHD file)
 172   typedef typename InputImageType::RegionType RegionType;
 173   typedef typename RegionType::SizeType SizeType;
 174   typedef itk::ImageFileReader<InputImageType> InputReaderType;
 175   typename InputReaderType::Pointer volumeReader = InputReaderType::New();
 176   volumeReader->SetFileName( m_InputFileName);
 177   volumeReader->Update();
 178
 179   typename InputImageType::Pointer input = volumeReader->GetOutput();
 180   if ((!m_ArgsInfo.useSizeAsReference_flag && (input->GetSpacing() != reader->GetOutput()->GetSpacing())) ||
 181       (m_ArgsInfo.useSizeAsReference_flag && (input->GetLargestPossibleRegion().GetSize() != reader->GetOutput()->GetLargestPossibleRegion().GetSize()))) {
 182
 183     // resampling is carried out on the fly if resolution or size between
 184     // the input mhd and input dicom series is different
 185
 186     // Filter
 187     typedef clitk::ResampleImageWithOptionsFilter<InputImageType, InputImageType> ResampleImageFilterType;
 188     typename ResampleImageFilterType::Pointer filter = ResampleImageFilterType::New();
 189     filter->SetInput(input);
 190     filter->SetVerboseOptions(m_Verbose);
 191     filter->SetGaussianFilteringEnabled(false);
 192     filter->SetDefaultPixelValue(0);
 193
 194     if (!m_ArgsInfo.useSizeAsReference_flag) {
 195       filter->SetOutputSpacing(reader->GetOutput()->GetSpacing());
 196       if (m_Verbose) {
 197         std::cout << "Warning: The image spacing differs between the MHD file and the input dicom series. Performing resampling with default options using spacing as reference (for advanced options, use clitkResampleImage)." << std::endl;
 198         std::cout << "MHD -> " << input->GetSpacing() << std::endl;
 199         std::cout << "dicom -> " << reader->GetOutput()->GetSpacing() << std::endl;
 200       }
 201     }
 202     else {
 203       const SizeType& dicom_size = reader->GetOutput()->GetLargestPossibleRegion().GetSize();
 204       SizeType output_size;
 205       for (unsigned int i = 0; i < Dimension; i++)
 206         output_size[i] = dicom_size[i];
 207       filter->SetOutputSize(output_size);
 208       if (m_Verbose) {
 209           std::cout << "Warning: The image size differs between the MHD file and the input dicom series. Performing resampling with default options using size as reference (for advanced options, use clitkResampleImage)." << std::endl;
 210           std::cout << "MHD -> " << input->GetLargestPossibleRegion().GetSize() << std::endl;
 211           std::cout << "dicom -> " << reader->GetOutput()->GetLargestPossibleRegion().GetSize() << std::endl;
 212       }
 213     }
 214
 215     try {
 216       filter->Update();
 217       input = filter->GetOutput();
 218     } catch( itk::ExceptionObject & excp ) {
 219     std::cerr << "Error: Exception thrown while resampling!!" << std::endl;
 220     std::cerr << excp << std::endl;
 221     }
 222   }
 223
 224   //    In some cases, due to resampling approximation issues,
 225   //    the number of slices in the MHD file may be different (smaller)
 226   //    from the number of files in the template dicom directory.
 227   //    To avoid ITK generating an exception, we reduce the number
 228   //    of DCM files to be considered, and a warning is printed
 229   //    in verbose mode
 230   const RegionType volumeRegion = input->GetLargestPossibleRegion();
 231   const SizeType& volumeSize = volumeRegion.GetSize();
 232   if (m_Verbose) {
 233     std::cout << volumeRegion << volumeSize << std::endl;
 234   }
 235   if (Dimension == 3 && volumeSize[2] < numberOfFilenames) {
 236     if (m_Verbose)
 237       std::cout << "Warning: The number of files in " << m_ArgsInfo.inputDir_arg << " (" << filenames_in.size() << " files) is greater than the number of slices in MHD (" << volumeSize[2] << " slices). Using only " << volumeSize[2] << " files." << std::endl;
 238
 239     filenames_in.resize(volumeSize[2]);
 240     filenames_out.resize(filenames_in.size());
 241     numberOfFilenames =  filenames_in.size();
 242   }
 243
 244   // Modify the meta dictionary
 245   typedef itk::MetaDataDictionary   DictionaryType;
 246   const std::vector<DictionaryType*>* dictionary = reader->GetMetaDataDictionaryArray();
 247
 248   // Get keys
 249   unsigned int numberOfKeysGiven=m_ArgsInfo.key_given;
 250     if (m_ArgsInfo.verbose_flag)
 251       DD(numberOfKeysGiven);
 252
 253   std::string seriesUID;
 254   std::string frameOfReferenceUID;
 255   std::string studyUID;
 256
 257   // one pass through the keys given on the cmd-line, to check what will be recreated
 258   std::string seriesUIDkey = "0020|000e";
 259   std::string seriesNumberKey = "0020|0011";
 260   std::string seriesDescriptionKey = "0008|103e";
 261   std::string frameOfReferenceUIDKey = "0020|0052";
 262   std::string studyUIDKey = "0020|000d";
 263   std::string studyIDKey = "0020|0010";
 264   std::string studyDescriptionKey = "0008|1030";
 265   bool seriesUIDGiven = false;
 266   bool seriesNumberGiven = false;
 267   bool seriesDescriptionGiven = false;
 268   bool studyUIDGiven = false;
 269   bool studyIDGiven = false;
 270   bool studyDescriptionGiven = false;
 271   for (unsigned int i = 0; i < numberOfKeysGiven; i++) {
 272     std::string entryId( m_ArgsInfo.key_arg[i] );
 273     if (m_ArgsInfo.verbose_flag)
 274       DD(entryId);
 275
 276     seriesUIDGiven |= (entryId ==  seriesUIDkey || entryId ==  frameOfReferenceUIDKey);
 277     seriesNumberGiven |= (entryId == seriesNumberKey);
 278     seriesDescriptionGiven |= (entryId == seriesDescriptionKey);
 279     studyUIDGiven |= (entryId == studyUIDKey);
 280     studyIDGiven |= (entryId == studyIDKey);
 281     studyDescriptionGiven |= (entryId == studyDescriptionKey);
 282   }
 283
 284   // force the creation of a new series if a new study was specified
 285   if (!studyUIDGiven && m_ArgsInfo.newStudyUID_flag) {
 286     m_ArgsInfo.newSeriesUID_flag = true;
 287 #if GDCM_MAJOR_VERSION >= 2
 288     gdcm::UIDGenerator suid;
 289     studyUID = suid.Generate();
 290 #else
 291     studyUID = gdcm::Util::CreateUniqueUID( gdcmIO->GetUIDPrefix());
 292 #endif
 293   }
 294
 295   if (!seriesUIDGiven && m_ArgsInfo.newSeriesUID_flag) {
 296 #if GDCM_MAJOR_VERSION >= 2
 297     gdcm::UIDGenerator suid;
 298     seriesUID = suid.Generate();
 299     gdcm::UIDGenerator fuid;
 300     frameOfReferenceUID = fuid.Generate();
 301 #else
 302     seriesUID = gdcm::Util::CreateUniqueUID( gdcmIO->GetUIDPrefix());
 303     frameOfReferenceUID = gdcm::Util::CreateUniqueUID( gdcmIO->GetUIDPrefix());
 304 #endif
 305   }
 306
 307   if (m_ArgsInfo.verbose_flag) {
 308     DD(seriesUID);
 309     DD(frameOfReferenceUID);
 310     DD(studyUID);
 311   }
 312
 313   // check if file UIDs will be be preserved
 314   bool useInputFileUID = true;
 315   if (m_ArgsInfo.newSeriesUID_flag || m_ArgsInfo.newStudyUID_flag || seriesUIDGiven || studyUIDGiven) {
 316     useInputFileUID = false;
 317   }
 318   else {
 319 #if GDCM_MAJOR_VERSION < 2
 320     gdcmIO->SetKeepOriginalUID(true);
 321 #endif
 322     namesGenerator->SetOutputDirectory( m_ArgsInfo.outputDir_arg  );
 323   }
 324
 325   filenames_out.resize(numberOfFilenames);
 326
 327   time_t t;
 328   t = time(&t);
 329   struct tm* instanceDateTimeTm = localtime(&t);
 330   char datetime[16];
 331   strftime(datetime, 16, "%Y%m%d", instanceDateTimeTm);
 332   std::ostringstream instanceDate;
 333   instanceDate << datetime;
 334   std::ostringstream instanceTime;
 335   strftime(datetime, 16, "%H%M%S", instanceDateTimeTm);
 336   instanceTime << datetime;
 337
 338   // update output dicom keys/tags
 339   for(unsigned int fni = 0; fni<numberOfFilenames; fni++) {
 340     for (unsigned int i = 0; i < numberOfKeysGiven; i++) {
 341       std::string entryId(m_ArgsInfo.key_arg[i]  );
 342       std::string value( m_ArgsInfo.tag_arg[i] );
 343
 344       itk::EncapsulateMetaData<std::string>( *((*dictionary)[fni]), entryId, value );
 345     }
 346
 347     // series UID
 348     if (!seriesUIDGiven) {
 349       if (m_ArgsInfo.newSeriesUID_flag) {
 350         itk::EncapsulateMetaData<std::string>( *((*dictionary)[fni]), seriesUIDkey, seriesUID );
 351         itk::EncapsulateMetaData<std::string>( *((*dictionary)[fni]), frameOfReferenceUIDKey, frameOfReferenceUID );
 352       }
 353     }
 354
 355     // study UID
 356     if (!studyUIDGiven) {
 357       if (m_ArgsInfo.newStudyUID_flag)
 358         itk::EncapsulateMetaData<std::string>( *((*dictionary)[fni]), studyUIDKey, studyUID );
 359     }
 360
 361     // study description
 362     if (studyUIDGiven || m_ArgsInfo.newStudyUID_flag) {
 363       if (!studyIDGiven)
 364         itk::EncapsulateMetaData<std::string>( *((*dictionary)[fni]), studyIDKey,itksys::SystemTools::GetFilenameName( m_ArgsInfo.outputDir_arg ));
 365       if (!studyDescriptionGiven)
 366         itk::EncapsulateMetaData<std::string>( *((*dictionary)[fni]), studyDescriptionKey,itksys::SystemTools::GetFilenameName( m_ArgsInfo.outputDir_arg ));
 367
 368       itk::EncapsulateMetaData<std::string>( *((*dictionary)[fni]), "0008|0020", instanceDate.str() );
 369       itk::EncapsulateMetaData<std::string>( *((*dictionary)[fni]), "0008|0030", instanceTime.str() );
 370     }
 371
 372     // series description/number
 373     if (seriesUIDGiven || m_ArgsInfo.newSeriesUID_flag) {
 374       if (!seriesDescriptionGiven)
 375         itk::EncapsulateMetaData<std::string>( *((*dictionary)[fni]), seriesDescriptionKey, itksys::SystemTools::GetFilenameName(m_ArgsInfo.outputDir_arg) );
 376       if (!seriesNumberGiven)
 377         itk::EncapsulateMetaData<std::string>( *((*dictionary)[fni]), seriesNumberKey, itksys::SystemTools::GetFilenameName(m_ArgsInfo.outputDir_arg) );
 378
 379       itk::EncapsulateMetaData<std::string>( *((*dictionary)[fni]), "0008|0012", instanceDate.str() );
 380       itk::EncapsulateMetaData<std::string>( *((*dictionary)[fni]), "0008|0013", instanceTime.str() );
 381     }
 382
 383     // file UIDs are recreated for new studies or series
 384     if (!useInputFileUID)
 385     {
 386       if (m_ArgsInfo.verbose_flag)
 387         std::cout << "Recreating file UIDs" << std::endl;
 388
 389       std::string fileUID;
 390 #if GDCM_MAJOR_VERSION >= 2
 391       gdcm::UIDGenerator fid;
 392       fileUID = fid.Generate();
 393 #else
 394       fileUID = gdcm::Util::CreateUniqueUID( gdcmIO->GetUIDPrefix());
 395 #endif
 396       itk::EncapsulateMetaData<std::string>( *((*dictionary)[fni]), "0008|0018", fileUID );
 397       itk::EncapsulateMetaData<std::string>( *((*dictionary)[fni]), "0002|0003", fileUID );
 398
 399       filenames_out[fni] = itksys::SystemTools::CollapseFullPath(fileUID.c_str(), m_ArgsInfo.outputDir_arg) + std::string(".dcm");
 400     }
 401   }
 402
 403   // Output directory and filenames
 404   itksys::SystemTools::MakeDirectory( m_ArgsInfo.outputDir_arg ); // create if it doesn't exist
 405   typedef itk::ImageSeriesWriter<InputImageType, OutputImageType >  SeriesWriterType;
 406   typename SeriesWriterType::Pointer seriesWriter = SeriesWriterType::New();
 407
 408   seriesWriter->SetInput( input );
 409   seriesWriter->SetImageIO( gdcmIO );
 410
 411   seriesWriter->SetFileNames( filenames_out );
 412   seriesWriter->SetMetaDataDictionaryArray( dictionary );
 413
 414   // Write
 415   try {
 416     if (m_ArgsInfo.verbose_flag)
 417       std::cout << seriesWriter << std::endl;
 418     seriesWriter->Update();
 419   } catch( itk::ExceptionObject & excp ) {
 420     std::cerr << "Error: Exception thrown while writing the series!!" << std::endl;
 421     std::cerr << excp << std::endl;
 422   }
 423
 424 }
 425
 426 /*
 427 //-------------------------------------------------------------------
 428 // Update with the number of dimensions and the pixeltype
 429 //-------------------------------------------------------------------
 430 template<class args_info_type>
 431 template <unsigned int Dimension, class  PixelType>
 432 void
 433 WriteDicomSeriesGenericFilter<args_info_type>::UpdateWithDimAndPixelType()
 434 {
 435
 436   // ImageTypes
 437   typedef itk::Image<PixelType, Dimension> InputImageType;
 438   typedef itk::Image<PixelType, 2> OutputImageType;
 439
 440   // Read the input (volumetric)
 441   typedef itk::ImageFileReader<InputImageType> InputReaderType;
 442   typename InputReaderType::Pointer volumeReader = InputReaderType::New();
 443   volumeReader->SetFileName( m_InputFileName);
 444   volumeReader->Update();
 445   typename InputImageType::Pointer input= volumeReader->GetOutput();
 446
 447   // Read the dicom directory
 448   typedef itk::ImageSeriesReader< InputImageType >     ReaderType;
 449   typedef itk::GDCMImageIO ImageIOType;
 450   typedef itk::GDCMSeriesFileNames NamesGeneratorType;
 451
 452   ImageIOType::Pointer gdcmIO = ImageIOType::New();
 453   NamesGeneratorType::Pointer namesGenerator = NamesGeneratorType::New();
 454   namesGenerator->SetInputDirectory( m_ArgsInfo.inputDir_arg );
 455   namesGenerator->SetOutputDirectory( m_ArgsInfo.outputDir_arg  );
 456   typename   ReaderType::FileNamesContainer filenames_in = namesGenerator->GetInputFileNames();
 457   typename   ReaderType::FileNamesContainer filenames_out = namesGenerator->GetOutputFileNames();
 458
 459   // Output the dicom files
 460   unsigned int numberOfFilenames =  filenames_in.size();
 461   if (m_Verbose) {
 462     std::cout << numberOfFilenames <<" were read in the directory "<<m_ArgsInfo.inputDir_arg<<"..."<<std::endl<<std::endl;
 463     for(unsigned int fni = 0; fni<numberOfFilenames; fni++) {
 464       std::cout << "filename # " << fni << " = ";
 465       std::cout << filenames_in[fni] << std::endl;
 466     }
 467   }
 468
 469   // RP: 16/03/2011
 470   //    In some cases, due to resampling approximation issues,
 471   //    the number of slices in the MHD file may be different
 472   //    from the number of slices in the template DCM directory.
 473   //    To avoid ITK generating an exception, we reduce the number
 474   //    of DCM files to be considered, provided the --force
 475   //    option is set.
 476   typedef typename InputImageType::RegionType RegionType;
 477   typedef typename RegionType::SizeType SizeType;
 478   const RegionType volumeRegion = input->GetLargestPossibleRegion();
 479   const SizeType& volumeSize = volumeRegion.GetSize();
 480   if (m_ArgsInfo.force_given && Dimension == 3 && volumeSize[2] < numberOfFilenames)
 481   {
 482     std::cout << "Warning: Number of files in " << m_ArgsInfo.inputDir_arg << " is greater than the number of slices in MHD. Using only " << volumeSize[2] << " files." << std::endl;
 483     filenames_in.resize(volumeSize[2]);
 484     filenames_out.resize(filenames_in.size());
 485     numberOfFilenames =  filenames_in.size();
 486   }
 487
 488   // Read the series
 489   typename ReaderType::Pointer reader = ReaderType::New();
 490   reader->SetImageIO( gdcmIO );
 491   reader->SetFileNames( filenames_in );
 492   try {
 493     reader->Update();
 494   } catch (itk::ExceptionObject &excp) {
 495     std::cerr << "Error: Exception thrown while reading the DICOM series!!" << std::endl;
 496     std::cerr << excp << std::endl;
 497   }
 498
 499
 500   // Modify the meta dictionary
 501   typedef itk::MetaDataDictionary   DictionaryType;
 502   const std::vector<DictionaryType*>* dictionary = reader->GetMetaDataDictionaryArray();
 503
 504   // Get keys
 505   unsigned int numberOfKeysGiven=0;
 506   if(m_ArgsInfo.midP_flag && m_ArgsInfo.key_given)
 507     std::cerr<<"Error: both keys and midP option are given"<<std::endl;
 508   else if (m_ArgsInfo.midP_flag)
 509     numberOfKeysGiven=1;
 510   else
 511     numberOfKeysGiven=m_ArgsInfo.key_given;
 512
 513   for (unsigned int i = 0; i < numberOfKeysGiven; i++) {
 514     std::string entryId(m_ArgsInfo.key_arg[i]  );
 515     std::string value( m_ArgsInfo.tag_arg[i] );
 516     for(unsigned int fni = 0; fni<numberOfFilenames; fni++)
 517       itk::EncapsulateMetaData<std::string>( *((*dictionary)[fni]), entryId, value );
 518   }
 519
 520   // Output directory and filenames
 521   itksys::SystemTools::MakeDirectory( m_ArgsInfo.outputDir_arg ); // create if it doesn't exist
 522   typedef itk::ImageSeriesWriter<InputImageType, OutputImageType >  SeriesWriterType;
 523   typename SeriesWriterType::Pointer seriesWriter = SeriesWriterType::New();
 524
 525   seriesWriter->SetInput( volumeReader->GetOutput() );
 526   seriesWriter->SetImageIO( gdcmIO );
 527
 528   seriesWriter->SetFileNames( filenames_out );
 529   seriesWriter->SetMetaDataDictionaryArray( dictionary );
 530
 531   // Write
 532   try {
 533     seriesWriter->Update();
 534   } catch( itk::ExceptionObject & excp ) {
 535     std::cerr << "Error: Exception thrown while writing the series!!" << std::endl;
 536     std::cerr << excp << std::endl;
 537   }
 538
 539 }
 540 */
 541
 542 }//end clitk
 543
 544 #endif //#define clitkWriteDicomSeriesGenericFilter_txx