tools/clitkWriteDicomSeriesGenericFilter.txx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ===========================================================================**/
  18 #ifndef clitkWriteDicomSeriesGenericFilter_txx
  19 #define clitkWriteDicomSeriesGenericFilter_txx
  20
  21 /* =================================================
  22  * @file   clitkWriteDicomSeriesGenericFilter.txx
  23  * @author
  24  * @date
  25  *
  26  * @brief
  27  *
  28  ===================================================*/
  29
  30 // clitk
  31 #include "clitkResampleImageWithOptionsFilter.h"
  32 #if GDCM_MAJOR_VERSION >= 2
  33 #include "gdcmUIDGenerator.h"
  34 #else
  35 #include "gdcmFile.h"
  36 #include "gdcmUtil.h"
  37 #endif
  38
  39
  40 namespace clitk
  41 {
  42
  43
  44 //-----------------------------------------------------------
  45 // Constructor
  46 //-----------------------------------------------------------
  47 template<class args_info_type>
  48 WriteDicomSeriesGenericFilter<args_info_type>::WriteDicomSeriesGenericFilter()
  49 {
  50   m_Verbose=false;
  51   m_InputFileName="";
  52 }
  53
  54
  55 //-----------------------------------------------------------
  56 // Update
  57 //-----------------------------------------------------------
  58 template<class args_info_type>
  59 void WriteDicomSeriesGenericFilter<args_info_type>::Update()
  60 {
  61   // Read the Dimension and PixelType
  62   int Dimension;
  63   std::string PixelType;
  64   ReadImageDimensionAndPixelType(m_InputFileName, Dimension, PixelType);
  65
  66
  67   // Call UpdateWithDim
  68   if(Dimension==2) UpdateWithDim<2>(PixelType);
  69   else if(Dimension==3) UpdateWithDim<3>(PixelType);
  70   // else if (Dimension==4)UpdateWithDim<4>(PixelType);
  71   else {
  72     std::cout<<"Error, Only for 2 or 3  Dimensions!!!"<<std::endl ;
  73     return;
  74   }
  75 }
  76
  77 //-------------------------------------------------------------------
  78 // Update with the number of dimensions
  79 //-------------------------------------------------------------------
  80 template<class args_info_type>
  81 template<unsigned int Dimension>
  82 void
  83 WriteDicomSeriesGenericFilter<args_info_type>::UpdateWithDim(std::string PixelType)
  84 {
  85   if (m_Verbose) std::cout << "Image was detected to be "<<Dimension<<"D and "<< PixelType<<"..."<<std::endl;
  86
  87   if(PixelType == "short") {
  88     if (m_Verbose) std::cout << "Launching filter in "<< Dimension <<"D and signed short..." << std::endl;
  89     UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, signed short>();
  90   }
  91   else if(PixelType == "unsigned_short"){
  92     if (m_Verbose) std::cout  << "Launching filter in "<< Dimension <<"D and unsigned_short..." << std::endl;
  93     UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, unsigned short>();
  94   }
  95
  96   else if (PixelType == "unsigned_char") {
  97     if (m_Verbose) std::cout  << "Launching filter in "<< Dimension <<"D and unsigned_char..." << std::endl;
  98     UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, unsigned char>();
  99   }
 100
 101   //     else if (PixelType == "char"){
 102   //       if (m_Verbose) std::cout  << "Launching filter in "<< Dimension <<"D and signed_char..." << std::endl;
 103   //       UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, signed char>();
 104   //     }
 105   else if (PixelType == "double") {
 106     if (m_Verbose) std::cout  << "Launching filter in "<< Dimension <<"D and double..." << std::endl;
 107     UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, double>();
 108   }
 109   else {
 110     if (m_Verbose) std::cout  << "Launching filter in "<< Dimension <<"D and float..." << std::endl;
 111     UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, float>();
 112   }
 113 }
 114
 115 //-------------------------------------------------------------------
 116 // Update with the number of dimensions and the pixeltype read from
 117 // the dicom files. The MHD files may be resampled to match the
 118 // dicom spacing (and number of slices). Rounding errors in resampling
 119 // are handled by removing files when generating the output dicom
 120 // series.
 121 //-------------------------------------------------------------------
 122 template<class args_info_type>
 123 template <unsigned int Dimension, class  PixelType>
 124 void
 125 WriteDicomSeriesGenericFilter<args_info_type>::UpdateWithDimAndPixelType()
 126 {
 127
 128   // ImageTypes
 129   typedef itk::Image<PixelType, Dimension> InputImageType;
 130   typedef itk::Image<PixelType, 2> OutputImageType;
 131
 132   // Read the dicom directory
 133   typedef itk::ImageSeriesReader< InputImageType >     ReaderType;
 134   typedef itk::GDCMImageIO ImageIOType;
 135   typedef itk::GDCMSeriesFileNames NamesGeneratorType;
 136
 137   ImageIOType::Pointer gdcmIO = ImageIOType::New();
 138   NamesGeneratorType::Pointer namesGenerator = NamesGeneratorType::New();
 139   namesGenerator->SetInputDirectory( m_ArgsInfo.inputDir_arg );
 140   namesGenerator->SetOutputDirectory( m_ArgsInfo.outputDir_arg  );
 141   typename   ReaderType::FileNamesContainer filenames_in = namesGenerator->GetInputFileNames();
 142   typename   ReaderType::FileNamesContainer filenames_out = namesGenerator->GetOutputFileNames();
 143
 144   // Output the dicom files
 145   unsigned int numberOfFilenames =  filenames_in.size();
 146   if (m_Verbose) {
 147     std::cout << numberOfFilenames <<" were read in the directory "<<m_ArgsInfo.inputDir_arg<<"..."<<std::endl<<std::endl;
 148     for(unsigned int fni = 0; fni<numberOfFilenames; fni++) {
 149       std::cout << "filename # " << fni << " = ";
 150       std::cout << filenames_in[fni] << std::endl;
 151     }
 152   }
 153
 154   // Read the series
 155   typename ReaderType::Pointer reader = ReaderType::New();
 156   gdcmIO->LoadPrivateTagsOn();
 157   gdcmIO->KeepOriginalUIDOn();
 158   reader->SetImageIO( gdcmIO );
 159   reader->SetFileNames( filenames_in );
 160   try {
 161     reader->Update();
 162   } catch (itk::ExceptionObject &excp) {
 163     std::cerr << "Error: Exception thrown while reading the DICOM series!!" << std::endl;
 164     std::cerr << excp << std::endl;
 165   }
 166
 167   // Read the input (MHD file)
 168   typedef typename InputImageType::RegionType RegionType;
 169   typedef typename RegionType::SizeType SizeType;
 170   typedef itk::ImageFileReader<InputImageType> InputReaderType;
 171   typename InputReaderType::Pointer volumeReader = InputReaderType::New();
 172   volumeReader->SetFileName( m_InputFileName);
 173   volumeReader->Update();
 174
 175   typename InputImageType::Pointer input = volumeReader->GetOutput();
 176   if ((!m_ArgsInfo.useSizeAsReference_flag && (input->GetSpacing() != reader->GetOutput()->GetSpacing())) ||
 177       (m_ArgsInfo.useSizeAsReference_flag && (input->GetLargestPossibleRegion().GetSize() != reader->GetOutput()->GetLargestPossibleRegion().GetSize()))) {
 178
 179     // resampling is carried out on the fly if resolution or size between
 180     // the input mhd and input dicom series is different
 181
 182     // Filter
 183     typedef clitk::ResampleImageWithOptionsFilter<InputImageType, InputImageType> ResampleImageFilterType;
 184     typename ResampleImageFilterType::Pointer filter = ResampleImageFilterType::New();
 185     filter->SetInput(input);
 186     filter->SetVerboseOptions(m_Verbose);
 187     filter->SetGaussianFilteringEnabled(false);
 188     filter->SetDefaultPixelValue(0);
 189
 190     if (!m_ArgsInfo.useSizeAsReference_flag) {
 191       filter->SetOutputSpacing(reader->GetOutput()->GetSpacing());
 192       if (m_Verbose) {
 193         std::cout << "Warning: The image spacing differs between the MHD file and the input dicom series. Performing resampling with default options using spacing as reference (for advanced options, use clitkResampleImage)." << std::endl;
 194         std::cout << "MHD -> " << input->GetSpacing() << std::endl;
 195         std::cout << "dicom -> " << reader->GetOutput()->GetSpacing() << std::endl;
 196       }
 197     }
 198     else {
 199       const SizeType& dicom_size = reader->GetOutput()->GetLargestPossibleRegion().GetSize();
 200       SizeType output_size;
 201       for (unsigned int i = 0; i < Dimension; i++)
 202         output_size[i] = dicom_size[i];
 203       filter->SetOutputSize(output_size);
 204       if (m_Verbose) {
 205           std::cout << "Warning: The image size differs between the MHD file and the input dicom series. Performing resampling with default options using size as reference (for advanced options, use clitkResampleImage)." << std::endl;
 206           std::cout << "MHD -> " << input->GetLargestPossibleRegion().GetSize() << std::endl;
 207           std::cout << "dicom -> " << reader->GetOutput()->GetLargestPossibleRegion().GetSize() << std::endl;
 208       }
 209     }
 210
 211     try {
 212       filter->Update();
 213       input = filter->GetOutput();
 214     } catch( itk::ExceptionObject & excp ) {
 215     std::cerr << "Error: Exception thrown while resampling!!" << std::endl;
 216     std::cerr << excp << std::endl;
 217     }
 218   }
 219
 220   //    In some cases, due to resampling approximation issues,
 221   //    the number of slices in the MHD file may be different (smaller)
 222   //    from the number of files in the template dicom directory.
 223   //    To avoid ITK generating an exception, we reduce the number
 224   //    of DCM files to be considered, and a warning is printed
 225   //    in verbose mode
 226   const RegionType volumeRegion = input->GetLargestPossibleRegion();
 227   const SizeType& volumeSize = volumeRegion.GetSize();
 228   if (m_Verbose) {
 229     std::cout << volumeRegion << volumeSize << std::endl;
 230   }
 231   if (Dimension == 3 && volumeSize[2] < numberOfFilenames) {
 232     if (m_Verbose)
 233       std::cout << "Warning: The number of files in " << m_ArgsInfo.inputDir_arg << " (" << filenames_in.size() << " files) is greater than the number of slices in MHD (" << volumeSize[2] << " slices). Using only " << volumeSize[2] << " files." << std::endl;
 234
 235     filenames_in.resize(volumeSize[2]);
 236     filenames_out.resize(filenames_in.size());
 237     numberOfFilenames =  filenames_in.size();
 238   }
 239
 240   // Modify the meta dictionary
 241   typedef itk::MetaDataDictionary   DictionaryType;
 242   const std::vector<DictionaryType*>* dictionary = reader->GetMetaDataDictionaryArray();
 243
 244   // Get keys
 245   unsigned int numberOfKeysGiven=m_ArgsInfo.key_given;
 246     if (m_ArgsInfo.verbose_flag)
 247       DD(numberOfKeysGiven);
 248
 249   std::string seriesUID;
 250   std::string frameOfReferenceUID;
 251   std::string studyUID;
 252
 253   // one pass through the keys given on the cmd-line, to check what will be recreated
 254   std::string seriesUIDkey = "0020|000e";
 255   std::string seriesNumberKey = "0020|0011";
 256   std::string seriesDescriptionKey = "0008|103e";
 257   std::string frameOfReferenceUIDKey = "0020|0052";
 258   std::string studyUIDKey = "0020|000d";
 259   std::string studyIDKey = "0020|0010";
 260   std::string studyDescriptionKey = "0008|1030";
 261   bool seriesUIDGiven = false;
 262   bool seriesNumberGiven = false;
 263   bool seriesDescriptionGiven = false;
 264   bool studyUIDGiven = false;
 265   bool studyIDGiven = false;
 266   bool studyDescriptionGiven = false;
 267   for (unsigned int i = 0; i < numberOfKeysGiven; i++) {
 268     std::string entryId( m_ArgsInfo.key_arg[i] );
 269     if (m_ArgsInfo.verbose_flag)
 270       DD(entryId);
 271
 272     seriesUIDGiven |= (entryId ==  seriesUIDkey || entryId ==  frameOfReferenceUIDKey);
 273     seriesNumberGiven |= (entryId == seriesNumberKey);
 274     seriesDescriptionGiven |= (entryId == seriesDescriptionKey);
 275     studyUIDGiven |= (entryId == studyUIDKey);
 276     studyIDGiven |= (entryId == studyIDKey);
 277     studyDescriptionGiven |= (entryId == studyDescriptionKey);
 278   }
 279
 280   // force the creation of a new series if a new study was specified
 281   if (!studyUIDGiven && m_ArgsInfo.newStudyUID_flag) {
 282     m_ArgsInfo.newSeriesUID_flag = true;
 283 #if GDCM_MAJOR_VERSION >= 2
 284     gdcm::UIDGenerator suid;
 285     studyUID = suid.Generate();
 286 #else
 287     studyUID = gdcm::Util::CreateUniqueUID( gdcmIO->GetUIDPrefix());
 288 #endif
 289   }
 290
 291   if (!seriesUIDGiven && m_ArgsInfo.newSeriesUID_flag) {
 292 #if GDCM_MAJOR_VERSION >= 2
 293     gdcm::UIDGenerator suid;
 294     seriesUID = suid.Generate();
 295     gdcm::UIDGenerator fuid;
 296     frameOfReferenceUID = fuid.Generate();
 297 #else
 298     seriesUID = gdcm::Util::CreateUniqueUID( gdcmIO->GetUIDPrefix());
 299     frameOfReferenceUID = gdcm::Util::CreateUniqueUID( gdcmIO->GetUIDPrefix());
 300 #endif
 301   }
 302
 303   if (m_ArgsInfo.verbose_flag) {
 304     DD(seriesUID);
 305     DD(frameOfReferenceUID);
 306     DD(studyUID);
 307   }
 308
 309   // check if file UIDs will be be preserved
 310   bool useInputFileUID = true;
 311   if (m_ArgsInfo.newSeriesUID_flag || m_ArgsInfo.newStudyUID_flag || seriesUIDGiven || studyUIDGiven) {
 312     useInputFileUID = false;
 313   }
 314   else {
 315 #if GDCM_MAJOR_VERSION < 2
 316     gdcmIO->SetKeepOriginalUID(true);
 317 #endif
 318     namesGenerator->SetOutputDirectory( m_ArgsInfo.outputDir_arg  );
 319   }
 320
 321   filenames_out.resize(numberOfFilenames);
 322
 323   time_t t;
 324   t = time(&t);
 325   struct tm* instanceDateTimeTm = localtime(&t);
 326   char datetime[16];
 327   strftime(datetime, 16, "%Y%m%d", instanceDateTimeTm);
 328   std::ostringstream instanceDate;
 329   instanceDate << datetime;
 330   std::ostringstream instanceTime;
 331   strftime(datetime, 16, "%H%M%S", instanceDateTimeTm);
 332   instanceTime << datetime;
 333
 334   // update output dicom keys/tags
 335   for(unsigned int fni = 0; fni<numberOfFilenames; fni++) {
 336     for (unsigned int i = 0; i < numberOfKeysGiven; i++) {
 337       std::string entryId(m_ArgsInfo.key_arg[i]  );
 338       std::string value( m_ArgsInfo.tag_arg[i] );
 339
 340       itk::EncapsulateMetaData<std::string>( *((*dictionary)[fni]), entryId, value );
 341     }
 342
 343     // series UID
 344     if (!seriesUIDGiven) {
 345       if (m_ArgsInfo.newSeriesUID_flag) {
 346         itk::EncapsulateMetaData<std::string>( *((*dictionary)[fni]), seriesUIDkey, seriesUID );
 347         itk::EncapsulateMetaData<std::string>( *((*dictionary)[fni]), frameOfReferenceUIDKey, frameOfReferenceUID );
 348       }
 349     }
 350
 351     // study UID
 352     if (!studyUIDGiven) {
 353       if (m_ArgsInfo.newStudyUID_flag)
 354         itk::EncapsulateMetaData<std::string>( *((*dictionary)[fni]), studyUIDKey, studyUID );
 355     }
 356
 357     // study description
 358     if (studyUIDGiven || m_ArgsInfo.newStudyUID_flag) {
 359       if (!studyIDGiven)
 360         itk::EncapsulateMetaData<std::string>( *((*dictionary)[fni]), studyIDKey,itksys::SystemTools::GetFilenameName( m_ArgsInfo.outputDir_arg ));
 361       if (!studyDescriptionGiven)
 362         itk::EncapsulateMetaData<std::string>( *((*dictionary)[fni]), studyDescriptionKey,itksys::SystemTools::GetFilenameName( m_ArgsInfo.outputDir_arg ));
 363
 364       itk::EncapsulateMetaData<std::string>( *((*dictionary)[fni]), "0008|0020", instanceDate.str() );
 365       itk::EncapsulateMetaData<std::string>( *((*dictionary)[fni]), "0008|0030", instanceTime.str() );
 366     }
 367
 368     // series description/number
 369     if (seriesUIDGiven || m_ArgsInfo.newSeriesUID_flag) {
 370       if (!seriesDescriptionGiven)
 371         itk::EncapsulateMetaData<std::string>( *((*dictionary)[fni]), seriesDescriptionKey, itksys::SystemTools::GetFilenameName(m_ArgsInfo.outputDir_arg) );
 372       if (!seriesNumberGiven)
 373         itk::EncapsulateMetaData<std::string>( *((*dictionary)[fni]), seriesNumberKey, itksys::SystemTools::GetFilenameName(m_ArgsInfo.outputDir_arg) );
 374
 375       itk::EncapsulateMetaData<std::string>( *((*dictionary)[fni]), "0008|0012", instanceDate.str() );
 376       itk::EncapsulateMetaData<std::string>( *((*dictionary)[fni]), "0008|0013", instanceTime.str() );
 377     }
 378
 379     // file UIDs are recreated for new studies or series
 380     if (!useInputFileUID)
 381     {
 382       if (m_ArgsInfo.verbose_flag)
 383         std::cout << "Recreating file UIDs" << std::endl;
 384
 385       std::string fileUID;
 386 #if GDCM_MAJOR_VERSION >= 2
 387       gdcm::UIDGenerator fid;
 388       fileUID = fid.Generate();
 389 #else
 390       fileUID = gdcm::Util::CreateUniqueUID( gdcmIO->GetUIDPrefix());
 391 #endif
 392       itk::EncapsulateMetaData<std::string>( *((*dictionary)[fni]), "0008|0018", fileUID );
 393       itk::EncapsulateMetaData<std::string>( *((*dictionary)[fni]), "0002|0003", fileUID );
 394
 395       filenames_out[fni] = itksys::SystemTools::CollapseFullPath(fileUID.c_str(), m_ArgsInfo.outputDir_arg) + std::string(".dcm");
 396     }
 397   }
 398
 399   // Output directory and filenames
 400   itksys::SystemTools::MakeDirectory( m_ArgsInfo.outputDir_arg ); // create if it doesn't exist
 401   typedef itk::ImageSeriesWriter<InputImageType, OutputImageType >  SeriesWriterType;
 402   typename SeriesWriterType::Pointer seriesWriter = SeriesWriterType::New();
 403
 404   seriesWriter->SetInput( input );
 405   seriesWriter->SetImageIO( gdcmIO );
 406
 407   seriesWriter->SetFileNames( filenames_out );
 408   seriesWriter->SetMetaDataDictionaryArray( dictionary );
 409
 410   // Write
 411   try {
 412     if (m_ArgsInfo.verbose_flag)
 413       std::cout << seriesWriter << std::endl;
 414     seriesWriter->Update();
 415   } catch( itk::ExceptionObject & excp ) {
 416     std::cerr << "Error: Exception thrown while writing the series!!" << std::endl;
 417     std::cerr << excp << std::endl;
 418   }
 419
 420 }
 421
 422 /*
 423 //-------------------------------------------------------------------
 424 // Update with the number of dimensions and the pixeltype
 425 //-------------------------------------------------------------------
 426 template<class args_info_type>
 427 template <unsigned int Dimension, class  PixelType>
 428 void
 429 WriteDicomSeriesGenericFilter<args_info_type>::UpdateWithDimAndPixelType()
 430 {
 431
 432   // ImageTypes
 433   typedef itk::Image<PixelType, Dimension> InputImageType;
 434   typedef itk::Image<PixelType, 2> OutputImageType;
 435
 436   // Read the input (volumetric)
 437   typedef itk::ImageFileReader<InputImageType> InputReaderType;
 438   typename InputReaderType::Pointer volumeReader = InputReaderType::New();
 439   volumeReader->SetFileName( m_InputFileName);
 440   volumeReader->Update();
 441   typename InputImageType::Pointer input= volumeReader->GetOutput();
 442
 443   // Read the dicom directory
 444   typedef itk::ImageSeriesReader< InputImageType >     ReaderType;
 445   typedef itk::GDCMImageIO ImageIOType;
 446   typedef itk::GDCMSeriesFileNames NamesGeneratorType;
 447
 448   ImageIOType::Pointer gdcmIO = ImageIOType::New();
 449   NamesGeneratorType::Pointer namesGenerator = NamesGeneratorType::New();
 450   namesGenerator->SetInputDirectory( m_ArgsInfo.inputDir_arg );
 451   namesGenerator->SetOutputDirectory( m_ArgsInfo.outputDir_arg  );
 452   typename   ReaderType::FileNamesContainer filenames_in = namesGenerator->GetInputFileNames();
 453   typename   ReaderType::FileNamesContainer filenames_out = namesGenerator->GetOutputFileNames();
 454
 455   // Output the dicom files
 456   unsigned int numberOfFilenames =  filenames_in.size();
 457   if (m_Verbose) {
 458     std::cout << numberOfFilenames <<" were read in the directory "<<m_ArgsInfo.inputDir_arg<<"..."<<std::endl<<std::endl;
 459     for(unsigned int fni = 0; fni<numberOfFilenames; fni++) {
 460       std::cout << "filename # " << fni << " = ";
 461       std::cout << filenames_in[fni] << std::endl;
 462     }
 463   }
 464
 465   // RP: 16/03/2011
 466   //    In some cases, due to resampling approximation issues,
 467   //    the number of slices in the MHD file may be different
 468   //    from the number of slices in the template DCM directory.
 469   //    To avoid ITK generating an exception, we reduce the number
 470   //    of DCM files to be considered, provided the --force
 471   //    option is set.
 472   typedef typename InputImageType::RegionType RegionType;
 473   typedef typename RegionType::SizeType SizeType;
 474   const RegionType volumeRegion = input->GetLargestPossibleRegion();
 475   const SizeType& volumeSize = volumeRegion.GetSize();
 476   if (m_ArgsInfo.force_given && Dimension == 3 && volumeSize[2] < numberOfFilenames)
 477   {
 478     std::cout << "Warning: Number of files in " << m_ArgsInfo.inputDir_arg << " is greater than the number of slices in MHD. Using only " << volumeSize[2] << " files." << std::endl;
 479     filenames_in.resize(volumeSize[2]);
 480     filenames_out.resize(filenames_in.size());
 481     numberOfFilenames =  filenames_in.size();
 482   }
 483
 484   // Read the series
 485   typename ReaderType::Pointer reader = ReaderType::New();
 486   reader->SetImageIO( gdcmIO );
 487   reader->SetFileNames( filenames_in );
 488   try {
 489     reader->Update();
 490   } catch (itk::ExceptionObject &excp) {
 491     std::cerr << "Error: Exception thrown while reading the DICOM series!!" << std::endl;
 492     std::cerr << excp << std::endl;
 493   }
 494
 495
 496   // Modify the meta dictionary
 497   typedef itk::MetaDataDictionary   DictionaryType;
 498   const std::vector<DictionaryType*>* dictionary = reader->GetMetaDataDictionaryArray();
 499
 500   // Get keys
 501   unsigned int numberOfKeysGiven=0;
 502   if(m_ArgsInfo.midP_flag && m_ArgsInfo.key_given)
 503     std::cerr<<"Error: both keys and midP option are given"<<std::endl;
 504   else if (m_ArgsInfo.midP_flag)
 505     numberOfKeysGiven=1;
 506   else
 507     numberOfKeysGiven=m_ArgsInfo.key_given;
 508
 509   for (unsigned int i = 0; i < numberOfKeysGiven; i++) {
 510     std::string entryId(m_ArgsInfo.key_arg[i]  );
 511     std::string value( m_ArgsInfo.tag_arg[i] );
 512     for(unsigned int fni = 0; fni<numberOfFilenames; fni++)
 513       itk::EncapsulateMetaData<std::string>( *((*dictionary)[fni]), entryId, value );
 514   }
 515
 516   // Output directory and filenames
 517   itksys::SystemTools::MakeDirectory( m_ArgsInfo.outputDir_arg ); // create if it doesn't exist
 518   typedef itk::ImageSeriesWriter<InputImageType, OutputImageType >  SeriesWriterType;
 519   typename SeriesWriterType::Pointer seriesWriter = SeriesWriterType::New();
 520
 521   seriesWriter->SetInput( volumeReader->GetOutput() );
 522   seriesWriter->SetImageIO( gdcmIO );
 523
 524   seriesWriter->SetFileNames( filenames_out );
 525   seriesWriter->SetMetaDataDictionaryArray( dictionary );
 526
 527   // Write
 528   try {
 529     seriesWriter->Update();
 530   } catch( itk::ExceptionObject & excp ) {
 531     std::cerr << "Error: Exception thrown while writing the series!!" << std::endl;
 532     std::cerr << excp << std::endl;
 533   }
 534
 535 }
 536 */
 537
 538 }//end clitk
 539
 540 #endif //#define clitkWriteDicomSeriesGenericFilter_txx