tools/clitkWriteDicomSeriesGenericFilter.txx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ===========================================================================**/
  18 #ifndef clitkWriteDicomSeriesGenericFilter_txx
  19 #define clitkWriteDicomSeriesGenericFilter_txx
  20
  21 /* =================================================
  22  * @file   clitkWriteDicomSeriesGenericFilter.txx
  23  * @author
  24  * @date
  25  *
  26  * @brief
  27  *
  28  ===================================================*/
  29
  30 // clitk
  31 #include "clitkResampleImageWithOptionsFilter.h"
  32 #if GDCM_MAJOR_VERSION >= 2
  33 #include "gdcmUIDGenerator.h"
  34 #else
  35 #include "gdcmFile.h"
  36 #include "gdcmUtil.h"
  37 #endif
  38
  39
  40 namespace clitk
  41 {
  42
  43
  44 //-----------------------------------------------------------
  45 // Constructor
  46 //-----------------------------------------------------------
  47 template<class args_info_type>
  48 WriteDicomSeriesGenericFilter<args_info_type>::WriteDicomSeriesGenericFilter()
  49 {
  50   m_Verbose=false;
  51   m_InputFileName="";
  52 }
  53
  54
  55 //-----------------------------------------------------------
  56 // Update
  57 //-----------------------------------------------------------
  58 template<class args_info_type>
  59 void WriteDicomSeriesGenericFilter<args_info_type>::Update()
  60 {
  61   // Read the Dimension and PixelType
  62   int Dimension;
  63   std::string PixelType;
  64   ReadImageDimensionAndPixelType(m_InputFileName, Dimension, PixelType);
  65
  66
  67   // Call UpdateWithDim
  68   if(Dimension==2) UpdateWithDim<2>(PixelType);
  69   else if(Dimension==3) UpdateWithDim<3>(PixelType);
  70   // else if (Dimension==4)UpdateWithDim<4>(PixelType);
  71   else {
  72     std::cout<<"Error, Only for 2 or 3  Dimensions!!!"<<std::endl ;
  73     return;
  74   }
  75 }
  76
  77 //-------------------------------------------------------------------
  78 // Update with the number of dimensions
  79 //-------------------------------------------------------------------
  80 template<class args_info_type>
  81 template<unsigned int Dimension>
  82 void
  83 WriteDicomSeriesGenericFilter<args_info_type>::UpdateWithDim(std::string PixelType)
  84 {
  85   if (m_Verbose) std::cout << "Image was detected to be "<<Dimension<<"D and "<< PixelType<<"..."<<std::endl;
  86
  87   if(PixelType == "short") {
  88     if (m_Verbose) std::cout << "Launching filter in "<< Dimension <<"D and signed short..." << std::endl;
  89     UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, signed short>();
  90   }
  91   else if(PixelType == "unsigned_short"){
  92     if (m_Verbose) std::cout  << "Launching filter in "<< Dimension <<"D and unsigned_short..." << std::endl;
  93     UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, unsigned short>();
  94   }
  95
  96   else if (PixelType == "unsigned_char") {
  97     if (m_Verbose) std::cout  << "Launching filter in "<< Dimension <<"D and unsigned_char..." << std::endl;
  98     UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, unsigned char>();
  99   }
 100
 101   //     else if (PixelType == "char"){
 102   //       if (m_Verbose) std::cout  << "Launching filter in "<< Dimension <<"D and signed_char..." << std::endl;
 103   //       UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, signed char>();
 104   //     }
 105   else if (PixelType == "double") {
 106     if (m_Verbose) std::cout  << "Launching filter in "<< Dimension <<"D and double..." << std::endl;
 107     UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, double>();
 108   }
 109   else {
 110     if (m_Verbose) std::cout  << "Launching filter in "<< Dimension <<"D and float..." << std::endl;
 111     UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, float>();
 112   }
 113 }
 114
 115 //-------------------------------------------------------------------
 116 // Update with the number of dimensions and the pixeltype read from
 117 // the dicom files. The MHD files may be resampled to match the
 118 // dicom spacing (and number of slices). Rounding errors in resampling
 119 // are handled by removing files when generating the output dicom
 120 // series.
 121 //-------------------------------------------------------------------
 122 template<class args_info_type>
 123 template <unsigned int Dimension, class  PixelType>
 124 void
 125 WriteDicomSeriesGenericFilter<args_info_type>::UpdateWithDimAndPixelType()
 126 {
 127
 128   // ImageTypes
 129   typedef itk::Image<PixelType, Dimension> InputImageType;
 130   typedef itk::Image<PixelType, 2> OutputImageType;
 131
 132   // Read the dicom directory
 133   typedef itk::ImageSeriesReader< InputImageType >     ReaderType;
 134   typedef itk::GDCMImageIO ImageIOType;
 135   typedef itk::GDCMSeriesFileNames NamesGeneratorType;
 136
 137   ImageIOType::Pointer gdcmIO = ImageIOType::New();
 138   NamesGeneratorType::Pointer namesGenerator = NamesGeneratorType::New();
 139   namesGenerator->SetInputDirectory( m_ArgsInfo.inputDir_arg );
 140   namesGenerator->SetOutputDirectory( m_ArgsInfo.outputDir_arg  );
 141   typename   ReaderType::FileNamesContainer filenames_in = namesGenerator->GetInputFileNames();
 142   typename   ReaderType::FileNamesContainer filenames_out = namesGenerator->GetOutputFileNames();
 143
 144   // Output the dicom files
 145   unsigned int numberOfFilenames =  filenames_in.size();
 146   if (m_Verbose) {
 147     std::cout << numberOfFilenames <<" were read in the directory "<<m_ArgsInfo.inputDir_arg<<"..."<<std::endl<<std::endl;
 148     for(unsigned int fni = 0; fni<numberOfFilenames; fni++) {
 149       std::cout << "filename # " << fni << " = ";
 150       std::cout << filenames_in[fni] << std::endl;
 151     }
 152   }
 153
 154   // Read the series
 155   typename ReaderType::Pointer reader = ReaderType::New();
 156   reader->SetImageIO( gdcmIO );
 157   reader->SetFileNames( filenames_in );
 158   try {
 159     reader->Update();
 160   } catch (itk::ExceptionObject &excp) {
 161     std::cerr << "Error: Exception thrown while reading the DICOM series!!" << std::endl;
 162     std::cerr << excp << std::endl;
 163   }
 164
 165   // Read the input (MHD file)
 166   typedef typename InputImageType::RegionType RegionType;
 167   typedef typename RegionType::SizeType SizeType;
 168   typedef itk::ImageFileReader<InputImageType> InputReaderType;
 169   typename InputReaderType::Pointer volumeReader = InputReaderType::New();
 170   volumeReader->SetFileName( m_InputFileName);
 171   volumeReader->Update();
 172
 173   typename InputImageType::Pointer input = volumeReader->GetOutput();
 174   if ((!m_ArgsInfo.useSizeAsReference_flag && (input->GetSpacing() != reader->GetOutput()->GetSpacing())) ||
 175       (m_ArgsInfo.useSizeAsReference_flag && (input->GetLargestPossibleRegion().GetSize() != reader->GetOutput()->GetLargestPossibleRegion().GetSize()))) {
 176
 177     // resampling is carried out on the fly if resolution or size between
 178     // the input mhd and input dicom series is different
 179
 180     // Filter
 181     typedef clitk::ResampleImageWithOptionsFilter<InputImageType, InputImageType> ResampleImageFilterType;
 182     typename ResampleImageFilterType::Pointer filter = ResampleImageFilterType::New();
 183     filter->SetInput(input);
 184     filter->SetVerboseOptions(m_Verbose);
 185     filter->SetGaussianFilteringEnabled(false);
 186     filter->SetDefaultPixelValue(0);
 187
 188     if (!m_ArgsInfo.useSizeAsReference_flag) {
 189       filter->SetOutputSpacing(reader->GetOutput()->GetSpacing());
 190       if (m_Verbose) {
 191         std::cout << "Warning: The image spacing differs between the MHD file and the input dicom series. Performing resampling with default options using spacing as reference (for advanced options, use clitkResampleImage)." << std::endl;
 192         std::cout << "MHD -> " << input->GetSpacing() << std::endl;
 193         std::cout << "dicom -> " << reader->GetOutput()->GetSpacing() << std::endl;
 194       }
 195     }
 196     else {
 197       const SizeType& dicom_size = reader->GetOutput()->GetLargestPossibleRegion().GetSize();
 198       SizeType output_size;
 199       for (unsigned int i = 0; i < Dimension; i++)
 200         output_size[i] = dicom_size[i];
 201       filter->SetOutputSize(output_size);
 202       if (m_Verbose) {
 203           std::cout << "Warning: The image size differs between the MHD file and the input dicom series. Performing resampling with default options using size as reference (for advanced options, use clitkResampleImage)." << std::endl;
 204           std::cout << "MHD -> " << input->GetLargestPossibleRegion().GetSize() << std::endl;
 205           std::cout << "dicom -> " << reader->GetOutput()->GetLargestPossibleRegion().GetSize() << std::endl;
 206       }
 207     }
 208
 209     try {
 210       filter->Update();
 211       input = filter->GetOutput();
 212     } catch( itk::ExceptionObject & excp ) {
 213     std::cerr << "Error: Exception thrown while resampling!!" << std::endl;
 214     std::cerr << excp << std::endl;
 215     }
 216   }
 217
 218   //    In some cases, due to resampling approximation issues,
 219   //    the number of slices in the MHD file may be different (smaller)
 220   //    from the number of files in the template dicom directory.
 221   //    To avoid ITK generating an exception, we reduce the number
 222   //    of DCM files to be considered, and a warning is printed
 223   //    in verbose mode
 224   const RegionType volumeRegion = input->GetLargestPossibleRegion();
 225   const SizeType& volumeSize = volumeRegion.GetSize();
 226   if (m_Verbose) {
 227     std::cout << volumeRegion << volumeSize << std::endl;
 228   }
 229   if (Dimension == 3 && volumeSize[2] < numberOfFilenames) {
 230     if (m_Verbose)
 231       std::cout << "Warning: The number of files in " << m_ArgsInfo.inputDir_arg << " (" << filenames_in.size() << " files) is greater than the number of slices in MHD (" << volumeSize[2] << " slices). Using only " << volumeSize[2] << " files." << std::endl;
 232
 233     filenames_in.resize(volumeSize[2]);
 234     filenames_out.resize(filenames_in.size());
 235     numberOfFilenames =  filenames_in.size();
 236   }
 237
 238   // Modify the meta dictionary
 239   typedef itk::MetaDataDictionary   DictionaryType;
 240   const std::vector<DictionaryType*>* dictionary = reader->GetMetaDataDictionaryArray();
 241
 242   // Get keys
 243   unsigned int numberOfKeysGiven=m_ArgsInfo.key_given;
 244     if (m_ArgsInfo.verbose_flag)
 245       DD(numberOfKeysGiven);
 246
 247   std::string seriesUID;
 248   std::string frameOfReferenceUID;
 249   std::string studyUID;
 250
 251   // one pass through the keys given on the cmd-line, to check what will be recreated
 252   std::string seriesUIDkey = "0020|000e";
 253   std::string seriesNumberKey = "0020|0011";
 254   std::string seriesDescriptionKey = "0008|103e";
 255   std::string frameOfReferenceUIDKey = "0020|0052";
 256   std::string studyUIDKey = "0020|000d";
 257   std::string studyIDKey = "0020|0010";
 258   std::string studyDescriptionKey = "0008|1030";
 259   bool seriesUIDGiven = false;
 260   bool seriesNumberGiven = false;
 261   bool seriesDescriptionGiven = false;
 262   bool studyUIDGiven = false;
 263   bool studyIDGiven = false;
 264   bool studyDescriptionGiven = false;
 265   for (unsigned int i = 0; i < numberOfKeysGiven; i++) {
 266     std::string entryId( m_ArgsInfo.key_arg[i] );
 267     if (m_ArgsInfo.verbose_flag)
 268       DD(entryId);
 269
 270     seriesUIDGiven |= (entryId ==  seriesUIDkey || entryId ==  frameOfReferenceUIDKey);
 271     seriesNumberGiven |= (entryId == seriesNumberKey);
 272     seriesDescriptionGiven |= (entryId == seriesDescriptionKey);
 273     studyUIDGiven |= (entryId == studyUIDKey);
 274     studyIDGiven |= (entryId == studyIDKey);
 275     studyDescriptionGiven |= (entryId == studyDescriptionKey);
 276   }
 277
 278   // force the creation of a new series if a new study was specified
 279   if (!studyUIDGiven && m_ArgsInfo.newStudyUID_flag) {
 280     m_ArgsInfo.newSeriesUID_flag = true;
 281 #if GDCM_MAJOR_VERSION >= 2
 282     gdcm::UIDGenerator suid;
 283     studyUID = suid.Generate();
 284 #else
 285     studyUID = gdcm::Util::CreateUniqueUID( gdcmIO->GetUIDPrefix());
 286 #endif
 287   }
 288
 289   if (!seriesUIDGiven && m_ArgsInfo.newSeriesUID_flag) {
 290 #if GDCM_MAJOR_VERSION >= 2
 291     gdcm::UIDGenerator suid;
 292     seriesUID = suid.Generate();
 293     gdcm::UIDGenerator fuid;
 294     frameOfReferenceUID = fuid.Generate();
 295 #else
 296     seriesUID = gdcm::Util::CreateUniqueUID( gdcmIO->GetUIDPrefix());
 297     frameOfReferenceUID = gdcm::Util::CreateUniqueUID( gdcmIO->GetUIDPrefix());
 298 #endif
 299   }
 300
 301   if (m_ArgsInfo.verbose_flag) {
 302     DD(seriesUID);
 303     DD(frameOfReferenceUID);
 304     DD(studyUID);
 305   }
 306
 307   // check if file UIDs will be be preserved
 308   bool useInputFileUID = true;
 309   if (m_ArgsInfo.newSeriesUID_flag || m_ArgsInfo.newStudyUID_flag || seriesUIDGiven || studyUIDGiven) {
 310     useInputFileUID = false;
 311   }
 312   else {
 313 #if GDCM_MAJOR_VERSION < 2
 314     gdcmIO->SetKeepOriginalUID(true);
 315 #endif
 316     namesGenerator->SetOutputDirectory( m_ArgsInfo.outputDir_arg  );
 317   }
 318
 319   filenames_out.resize(numberOfFilenames);
 320
 321   time_t t;
 322   t = time(&t);
 323   struct tm* instanceDateTimeTm = localtime(&t);
 324   char datetime[16];
 325   strftime(datetime, 16, "%Y%m%d", instanceDateTimeTm);
 326   std::ostringstream instanceDate;
 327   instanceDate << datetime;
 328   std::ostringstream instanceTime;
 329   strftime(datetime, 16, "%H%M%S", instanceDateTimeTm);
 330   instanceTime << datetime;
 331
 332   // update output dicom keys/tags
 333   for(unsigned int fni = 0; fni<numberOfFilenames; fni++) {
 334     for (unsigned int i = 0; i < numberOfKeysGiven; i++) {
 335       std::string entryId(m_ArgsInfo.key_arg[i]  );
 336       std::string value( m_ArgsInfo.tag_arg[i] );
 337
 338       itk::EncapsulateMetaData<std::string>( *((*dictionary)[fni]), entryId, value );
 339     }
 340
 341     // series UID
 342     if (!seriesUIDGiven) {
 343       if (m_ArgsInfo.newSeriesUID_flag) {
 344         itk::EncapsulateMetaData<std::string>( *((*dictionary)[fni]), seriesUIDkey, seriesUID );
 345         itk::EncapsulateMetaData<std::string>( *((*dictionary)[fni]), frameOfReferenceUIDKey, frameOfReferenceUID );
 346       }
 347     }
 348
 349     // study UID
 350     if (!studyUIDGiven) {
 351       if (m_ArgsInfo.newStudyUID_flag)
 352         itk::EncapsulateMetaData<std::string>( *((*dictionary)[fni]), studyUIDKey, studyUID );
 353     }
 354
 355     // study description
 356     if (studyUIDGiven || m_ArgsInfo.newStudyUID_flag) {
 357       if (!studyIDGiven)
 358         itk::EncapsulateMetaData<std::string>( *((*dictionary)[fni]), studyIDKey,itksys::SystemTools::GetFilenameName( m_ArgsInfo.outputDir_arg ));
 359       if (!studyDescriptionGiven)
 360         itk::EncapsulateMetaData<std::string>( *((*dictionary)[fni]), studyDescriptionKey,itksys::SystemTools::GetFilenameName( m_ArgsInfo.outputDir_arg ));
 361
 362       itk::EncapsulateMetaData<std::string>( *((*dictionary)[fni]), "0008|0020", instanceDate.str() );
 363       itk::EncapsulateMetaData<std::string>( *((*dictionary)[fni]), "0008|0030", instanceTime.str() );
 364     }
 365
 366     // series description/number
 367     if (seriesUIDGiven || m_ArgsInfo.newSeriesUID_flag) {
 368       if (!seriesDescriptionGiven)
 369         itk::EncapsulateMetaData<std::string>( *((*dictionary)[fni]), seriesDescriptionKey, itksys::SystemTools::GetFilenameName(m_ArgsInfo.outputDir_arg) );
 370       if (!seriesNumberGiven)
 371         itk::EncapsulateMetaData<std::string>( *((*dictionary)[fni]), seriesNumberKey, itksys::SystemTools::GetFilenameName(m_ArgsInfo.outputDir_arg) );
 372
 373       itk::EncapsulateMetaData<std::string>( *((*dictionary)[fni]), "0008|0012", instanceDate.str() );
 374       itk::EncapsulateMetaData<std::string>( *((*dictionary)[fni]), "0008|0013", instanceTime.str() );
 375     }
 376
 377     // file UIDs are recreated for new studies or series
 378     if (!useInputFileUID)
 379     {
 380       if (m_ArgsInfo.verbose_flag)
 381         std::cout << "Recreating file UIDs" << std::endl;
 382
 383       std::string fileUID;
 384 #if GDCM_MAJOR_VERSION >= 2
 385       gdcm::UIDGenerator fid;
 386       fileUID = fid.Generate();
 387 #else
 388       fileUID = gdcm::Util::CreateUniqueUID( gdcmIO->GetUIDPrefix());
 389 #endif
 390       itk::EncapsulateMetaData<std::string>( *((*dictionary)[fni]), "0008|0018", fileUID );
 391       itk::EncapsulateMetaData<std::string>( *((*dictionary)[fni]), "0002|0003", fileUID );
 392
 393       filenames_out[fni] = itksys::SystemTools::CollapseFullPath(fileUID.c_str(), m_ArgsInfo.outputDir_arg) + std::string(".dcm");
 394     }
 395   }
 396
 397   // Output directory and filenames
 398   itksys::SystemTools::MakeDirectory( m_ArgsInfo.outputDir_arg ); // create if it doesn't exist
 399   typedef itk::ImageSeriesWriter<InputImageType, OutputImageType >  SeriesWriterType;
 400   typename SeriesWriterType::Pointer seriesWriter = SeriesWriterType::New();
 401
 402   seriesWriter->SetInput( input );
 403   seriesWriter->SetImageIO( gdcmIO );
 404
 405   seriesWriter->SetFileNames( filenames_out );
 406   seriesWriter->SetMetaDataDictionaryArray( dictionary );
 407
 408   // Write
 409   try {
 410     if (m_ArgsInfo.verbose_flag)
 411       std::cout << seriesWriter << std::endl;
 412     seriesWriter->Update();
 413   } catch( itk::ExceptionObject & excp ) {
 414     std::cerr << "Error: Exception thrown while writing the series!!" << std::endl;
 415     std::cerr << excp << std::endl;
 416   }
 417
 418 }
 419
 420 /*
 421 //-------------------------------------------------------------------
 422 // Update with the number of dimensions and the pixeltype
 423 //-------------------------------------------------------------------
 424 template<class args_info_type>
 425 template <unsigned int Dimension, class  PixelType>
 426 void
 427 WriteDicomSeriesGenericFilter<args_info_type>::UpdateWithDimAndPixelType()
 428 {
 429
 430   // ImageTypes
 431   typedef itk::Image<PixelType, Dimension> InputImageType;
 432   typedef itk::Image<PixelType, 2> OutputImageType;
 433
 434   // Read the input (volumetric)
 435   typedef itk::ImageFileReader<InputImageType> InputReaderType;
 436   typename InputReaderType::Pointer volumeReader = InputReaderType::New();
 437   volumeReader->SetFileName( m_InputFileName);
 438   volumeReader->Update();
 439   typename InputImageType::Pointer input= volumeReader->GetOutput();
 440
 441   // Read the dicom directory
 442   typedef itk::ImageSeriesReader< InputImageType >     ReaderType;
 443   typedef itk::GDCMImageIO ImageIOType;
 444   typedef itk::GDCMSeriesFileNames NamesGeneratorType;
 445
 446   ImageIOType::Pointer gdcmIO = ImageIOType::New();
 447   NamesGeneratorType::Pointer namesGenerator = NamesGeneratorType::New();
 448   namesGenerator->SetInputDirectory( m_ArgsInfo.inputDir_arg );
 449   namesGenerator->SetOutputDirectory( m_ArgsInfo.outputDir_arg  );
 450   typename   ReaderType::FileNamesContainer filenames_in = namesGenerator->GetInputFileNames();
 451   typename   ReaderType::FileNamesContainer filenames_out = namesGenerator->GetOutputFileNames();
 452
 453   // Output the dicom files
 454   unsigned int numberOfFilenames =  filenames_in.size();
 455   if (m_Verbose) {
 456     std::cout << numberOfFilenames <<" were read in the directory "<<m_ArgsInfo.inputDir_arg<<"..."<<std::endl<<std::endl;
 457     for(unsigned int fni = 0; fni<numberOfFilenames; fni++) {
 458       std::cout << "filename # " << fni << " = ";
 459       std::cout << filenames_in[fni] << std::endl;
 460     }
 461   }
 462
 463   // RP: 16/03/2011
 464   //    In some cases, due to resampling approximation issues,
 465   //    the number of slices in the MHD file may be different
 466   //    from the number of slices in the template DCM directory.
 467   //    To avoid ITK generating an exception, we reduce the number
 468   //    of DCM files to be considered, provided the --force
 469   //    option is set.
 470   typedef typename InputImageType::RegionType RegionType;
 471   typedef typename RegionType::SizeType SizeType;
 472   const RegionType volumeRegion = input->GetLargestPossibleRegion();
 473   const SizeType& volumeSize = volumeRegion.GetSize();
 474   if (m_ArgsInfo.force_given && Dimension == 3 && volumeSize[2] < numberOfFilenames)
 475   {
 476     std::cout << "Warning: Number of files in " << m_ArgsInfo.inputDir_arg << " is greater than the number of slices in MHD. Using only " << volumeSize[2] << " files." << std::endl;
 477     filenames_in.resize(volumeSize[2]);
 478     filenames_out.resize(filenames_in.size());
 479     numberOfFilenames =  filenames_in.size();
 480   }
 481
 482   // Read the series
 483   typename ReaderType::Pointer reader = ReaderType::New();
 484   reader->SetImageIO( gdcmIO );
 485   reader->SetFileNames( filenames_in );
 486   try {
 487     reader->Update();
 488   } catch (itk::ExceptionObject &excp) {
 489     std::cerr << "Error: Exception thrown while reading the DICOM series!!" << std::endl;
 490     std::cerr << excp << std::endl;
 491   }
 492
 493
 494   // Modify the meta dictionary
 495   typedef itk::MetaDataDictionary   DictionaryType;
 496   const std::vector<DictionaryType*>* dictionary = reader->GetMetaDataDictionaryArray();
 497
 498   // Get keys
 499   unsigned int numberOfKeysGiven=0;
 500   if(m_ArgsInfo.midP_flag && m_ArgsInfo.key_given)
 501     std::cerr<<"Error: both keys and midP option are given"<<std::endl;
 502   else if (m_ArgsInfo.midP_flag)
 503     numberOfKeysGiven=1;
 504   else
 505     numberOfKeysGiven=m_ArgsInfo.key_given;
 506
 507   for (unsigned int i = 0; i < numberOfKeysGiven; i++) {
 508     std::string entryId(m_ArgsInfo.key_arg[i]  );
 509     std::string value( m_ArgsInfo.tag_arg[i] );
 510     for(unsigned int fni = 0; fni<numberOfFilenames; fni++)
 511       itk::EncapsulateMetaData<std::string>( *((*dictionary)[fni]), entryId, value );
 512   }
 513
 514   // Output directory and filenames
 515   itksys::SystemTools::MakeDirectory( m_ArgsInfo.outputDir_arg ); // create if it doesn't exist
 516   typedef itk::ImageSeriesWriter<InputImageType, OutputImageType >  SeriesWriterType;
 517   typename SeriesWriterType::Pointer seriesWriter = SeriesWriterType::New();
 518
 519   seriesWriter->SetInput( volumeReader->GetOutput() );
 520   seriesWriter->SetImageIO( gdcmIO );
 521
 522   seriesWriter->SetFileNames( filenames_out );
 523   seriesWriter->SetMetaDataDictionaryArray( dictionary );
 524
 525   // Write
 526   try {
 527     seriesWriter->Update();
 528   } catch( itk::ExceptionObject & excp ) {
 529     std::cerr << "Error: Exception thrown while writing the series!!" << std::endl;
 530     std::cerr << excp << std::endl;
 531   }
 532
 533 }
 534 */
 535
 536 }//end clitk
 537
 538 #endif //#define clitkWriteDicomSeriesGenericFilter_txx