vtk/Bmp2Dcm.cxx

   1 /*=========================================================================\r
   2                                                                                 \r
   3   Program:   gdcm\r
   4   Module:    $RCSfile: Bmp2Dcm.cxx,v $\r
   5   Language:  C++\r
   6   Date:      $Date: 2007/06/26 15:40:38 $\r
   7   Version:   $Revision: 1.1 $\r
   8                                                                                 \r
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de\r
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or\r
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.\r
  12                                                                                 \r
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even\r
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR\r
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.\r
  16                                                                                 \r
  17 =========================================================================*/\r
  18 \r
  19 #include "gdcmArgMgr.h"\r
  20 #include "gdcmDirList.h"\r
  21 #include "gdcmDebug.h"\r
  22 #include "gdcmUtil.h"\r
  23 \r
  24 #include <vtkImageData.h>\r
  25 \r
  26 #include <vtkBMPReader.h>\r
  27 #include <vtkBMPWriter.h>\r
  28 #include "vtkGdcmWriter.h"\r
  29 \r
  30 #include <vtkImageExtractComponents.h>\r
  31 #include <vtkPointData.h>\r
  32 #include <vtkDataArray.h>\r
  33 \r
  34 #include <stdio.h>\r
  35 #include <string.h>\r
  36 #include <stdlib.h>\r
  37 #include <math.h>\r
  38 \r
  39 //---------------------------------------------------------------------------\r
  40 \r
  41 int main( int argc, char *argv[] )\r
  42 {\r
  43    START_USAGE(usage)\r
  44    "\n Bmp2Dcm :\n                                                            ",  \r
  45    "usage: Bmp2Dcm {filein=inputFileName|dirin=inputDirectoryName}            ",\r
  46    "              [studyUID = ] [patName = ] [debug]                          ", \r
  47    "                                                                          ",\r
  48    " inputFileName : Name of the (single) file user wants to transform        ",\r
  49    " inputDirectoryName : user wants to transform *all* the files             ",\r
  50    " studyUID   : *aware* user wants to add the serie                         ",\r
  51    "                                             to an already existing study ", \r
  52    " verbose    : user wants to run the program in 'verbose mode'             ",       \r
  53    " debug      : *developper* wants to run the program in 'debug mode'       ",\r
  54    \r
  55    FINISH_USAGE\r
  56 \r
  57    // ----- Initialize Arguments Manager ------\r
  58   \r
  59    GDCM_NAME_SPACE::ArgMgr *am = new GDCM_NAME_SPACE::ArgMgr(argc, argv);\r
  60   \r
  61    if (am->ArgMgrDefined("usage") || argc == 1) \r
  62    {\r
  63       am->ArgMgrUsage(usage); // Display 'usage'\r
  64       delete am;\r
  65       return 0;\r
  66    }\r
  67 \r
  68    if (am->ArgMgrDefined("debug"))\r
  69       GDCM_NAME_SPACE::Debug::DebugOn();\r
  70       \r
  71    int verbose  = am->ArgMgrDefined("verbose");\r
  72          \r
  73    const char *fileName = am->ArgMgrGetString("filein");\r
  74    const char *dirName  = am->ArgMgrGetString("dirin");\r
  75 \r
  76    if ( (fileName == 0 && dirName == 0)\r
  77         ||\r
  78         (fileName != 0 && dirName != 0) )\r
  79    {\r
  80        std::cout <<std::endl\r
  81                  << "Either 'filein=' or 'dirin=' must be present;" \r
  82                  << std::endl << "Not both" << std::endl;\r
  83        am->ArgMgrUsage(usage); // Display 'usage'  \r
  84        delete am;\r
  85        return 0;\r
  86  }\r
  87  \r
  88    std::string patName  = am->ArgMgrGetString("patname", dirName);\r
  89     \r
  90    bool userDefinedStudy = am->ArgMgrDefined("studyUID");\r
  91    const char *studyUID  = am->ArgMgrGetString("studyUID");  \r
  92 \r
  93 // not described *on purpose* in the Usage ! \r
  94    bool userDefinedSerie = am->ArgMgrDefined("serieUID");   \r
  95    const char *serieUID  = am->ArgMgrGetString("serieUID");\r
  96        \r
  97     /* if unused Param we give up */\r
  98    if ( am->ArgMgrPrintUnusedLabels() )\r
  99    {\r
 100       am->ArgMgrUsage(usage);\r
 101       delete am;\r
 102       return 0;\r
 103    } \r
 104  \r
 105    delete am;  // ------ we don't need Arguments Manager any longer ------\r
 106 \r
 107    int *dim;\r
 108    std::string nomFich;\r
 109    \r
 110    if ( fileName != 0 ) // ====== Deal with a single file ======\r
 111    { \r
 112      vtkBMPReader* Reader = vtkBMPReader::New();\r
 113      if ( Reader->CanReadFile(fileName ) == 0) {\r
 114          // skip 'non BMP' files   \r
 115         Reader->Delete();\r
 116         if (verbose)\r
 117             std::cout << "Sorry, [" << fileName << "] is not a BMP file!" << std::endl;\r
 118         return 0;\r
 119     }\r
 120     \r
 121     if (verbose)\r
 122        std::cout << "deal with [" <<  fileName << "]" << std::endl;\r
 123      //Read BMP file\r
 124 \r
 125      Reader->SetFileName(fileName);\r
 126      Reader->Update();\r
 127 \r
 128      vtkImageExtractComponents* Red = vtkImageExtractComponents::New();\r
 129      Red->SetInput(Reader->GetOutput());\r
 130      Red->SetComponents(0);\r
 131      Red->Update();\r
 132 \r
 133      vtkGdcmWriter* Writer = vtkGdcmWriter::New();\r
 134      Writer->SetInput(Red->GetOutput());\r
 135      nomFich = "";\r
 136      nomFich = nomFich+fileName+".acr";   \r
 137      Writer->Write();\r
 138    \r
 139      Reader->Delete();\r
 140      Red->Delete();\r
 141      Writer->Delete();\r
 142    \r
 143      }\r
 144      else  // ====== Deal with a (single Patient) Directory ======\r
 145      {    \r
 146         std::string strStudyUID;\r
 147         std::string strSerieUID;\r
 148 \r
 149         if (userDefinedStudy)\r
 150            strSerieUID =  studyUID;\r
 151         else\r
 152            strStudyUID =  GDCM_NAME_SPACE::Util::CreateUniqueUID();\r
 153    \r
 154         if (userDefinedStudy)\r
 155           strSerieUID =  serieUID;\r
 156         else\r
 157            strStudyUID =  GDCM_NAME_SPACE::Util::CreateUniqueUID();    \r
 158 \r
 159        if(verbose)\r
 160            std::cout << "dirName [" << dirName << "]" << std::endl;\r
 161        \r
 162         GDCM_NAME_SPACE::DirList dirList(dirName,1); // gets recursively the file list\r
 163         GDCM_NAME_SPACE::DirListType fileList = dirList.GetFilenames();\r
 164 \r
 165         for( GDCM_NAME_SPACE::DirListType::iterator it  = fileList.begin();\r
 166                                    it != fileList.end();\r
 167                                    ++it )\r
 168         {\r
 169            if ( GDCM_NAME_SPACE::Util::GetName((*it)).c_str()[0] == '.' ) \r
 170            {\r
 171               // skip hidden files\r
 172               continue;\r
 173            }\r
 174       \r
 175            vtkBMPReader* Reader = vtkBMPReader::New();\r
 176   \r
 177            if ( Reader->CanReadFile(it->c_str() ) == 0) {\r
 178               // skip 'non BMP' files  \r
 179                Reader->Delete();\r
 180                continue;\r
 181             }\r
 182    \r
 183            if (verbose)\r
 184              std::cout << "deal with [" <<  it->c_str() << "]" << std::endl;  \r
 185    \r
 186            Reader->SetFileName(it->c_str());    \r
 187            Reader->Update();\r
 188    \r
 189            dim=Reader->GetOutput()->GetDimensions();\r
 190            vtkImageExtractComponents* Red = vtkImageExtractComponents::New();\r
 191            Red->SetInput(Reader->GetOutput());\r
 192            Red->SetComponents(0);\r
 193            Red->Update();\r
 194 \r
 195            // At least, created files will look like a Serie from a single Study ...  \r
 196            GDCM_NAME_SPACE::File *f = GDCM_NAME_SPACE::File::New();\r
 197            f->InsertEntryString(strStudyUID, 0x0020, 0x000d, "UI");      \r
 198            f->InsertEntryString(strSerieUID, 0x0020, 0x000e, "UI");\r
 199            f->InsertEntryString(patName,     0x0010, 0x0010, "PN");   // Patient's Name \r
 200 \r
 201            vtkGdcmWriter* Writer = vtkGdcmWriter::New();\r
 202            Writer->SetInput(Red->GetOutput());\r
 203            nomFich = "";\r
 204            nomFich = nomFich+it->c_str()+".acr";\r
 205            Writer->SetFileName(nomFich.c_str());\r
 206            Writer->SetGdcmFile(f);\r
 207            Writer->Write();\r
 208    \r
 209            f->Delete(); \r
 210         \r
 211       }\r
 212    }   \r
 213    return 0;   \r
 214 }\r