vtk/test4DSplitter.cxx

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: test4DSplitter.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2011/09/20 16:09:05 $
   7   Version:   $Revision: 1.8 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 =========================================================================*/
  18
  19 /* Raisons ne pas utiliser itkImageSeriesReader:
  20
  21 On Wed, Feb 16, 2011 at 11:51 AM, Roger Bramon Feixas <rogerbramon@gmail.com>
  22     Hi,
  23     I'm developing with ITK 3.20 + GDCM 2.0.17 + VTK 5.6 and I've noticed
  24     itkImageSeriesReader is ~2x slower than vtkGDCMImageReader (from GDCM2).
  25     I compared both codes and I think the difference is the extra copy which
  26     itkImageSeriesReader makes from ImageFileReader's output to its own output
  27     (ImageSeriesReader::GenerateData() line 393). I've commented it just to test
  28     the time needed without making the copy and now both readers take more or less
  29     the same time.
  30 */
  31
  32 #include "gdcmFile.h"
  33 #include "gdcmSerieHelper.h"
  34 #include <vtkImageData.h>
  35 #include <iostream>
  36 #include "vtkGdcmReader.h"
  37
  38 #include <algorithm>
  39 #include "vtkGdcm4DSplitter.h"
  40
  41 /**
  42   * \brief
  43   */
  44
  45 typedef std::map<std::string, GDCM_NAME_SPACE::File*> SortedFiles;
  46
  47 // Due to a deep C++ trouble in 'SortOnTag', we use 'SortOnUserFunction'
  48 bool myCompareFunction(GDCM_NAME_SPACE::File *file1, GDCM_NAME_SPACE::File *file2)
  49  {
  50    return atof(file1->GetEntryString(0x0018,0x1060).c_str()) < atof(file2->GetEntryString(0x0018,0x1060).c_str());
  51  }
  52
  53 bool myCompareFunction0008_0032(GDCM_NAME_SPACE::File *file1, GDCM_NAME_SPACE::File *file2)
  54  {
  55    return atof(file1->GetEntryString(0x0008,0x0032).c_str()) < atof(file2->GetEntryString(0x0008,0x0032).c_str());
  56  }
  57 int main(int argc, char *argv[])
  58 {
  59
  60
  61    std::cout << "... inside : " << argv[0] << std::endl;
  62
  63 // 3D
  64 //std::string strDirName("/home/jpr/Desktop/Patients_Emilie/Patient.3T/AUB Jos/AUBERTIN JOSEPH/PROSTATE - 305629373/dSSh_DWISENSE_602");
  65
  66 // 4D
  67 //std::string strDirName("/home/jpr/Desktop/Patients_Emilie/Patient.3T/AUB Jos/AUBERTIN JOSEPH/PROSTATE - 305629373/DYN7INJDYN6_901");
  68
  69 // n directories
  70 std::string strDirName("/home/jpr/Desktop/patient Andrei Dyn/dyn");
  71 //std::string strDirName("/home/jpr/Desktop/patient Andrei Dyn/dyn2"); // very small sample
  72    // ----- Begin Processing -----
  73
  74    unsigned short int grSplit;
  75    unsigned short int elSplit;
  76
  77    unsigned short int grSort;
  78    unsigned short int elSort;
  79
  80 // Pour un directory '4D'
  81 // en sortie, chaque vtkImageData contiendra une coupe au cours du temps
  82 // n * 2D+T
  83
  84   std::vector<vtkImageData*> *output;
  85   std::vector<vtkImageData*>::iterator it;
  86
  87 //  ========================================
  88 //  Split on Position (IPP)
  89 //  Sort on UserFunction (use 0008|0032 : Aquisition Time )
  90 //
  91 // Should give a vector of 2D+T vtkImageData*
  92 //  ========================================
  93
  94 //vtkGdcm4DSplitter *spl = new vtkGdcm4DSplitter();
  95
  96 if (1) {
  97
  98    std::cout << "Try with :  Split on Position (IPP) / Sort on UserFunction (use 0008|0032 : Aquisition Time )" << std::endl;
  99
 100    vtkGdcm4DSplitter *spl = new vtkGdcm4DSplitter();
 101    spl->setFlipY(false);
 102    spl->setDirName(strDirName);
 103    spl->setRecursive(true);
 104
 105    spl->setSplitOnPosition();
 106
 107    // Time triger : 0018|1060
 108    //grSort=0x0018;
 109    //elSort=0x1060;
 110
 111    // ==> use SortOnUserFunction !
 112    spl->setSortOnUserFunction(myCompareFunction0008_0032);
 113
 114    std::cout << "Everything set" << std::endl;
 115    bool res=spl->Go();
 116
 117     std::cout << "GO() done, status " << res << std::endl;
 118     if(!res)
 119     {
 120        std::cout << "plantage!" << std::endl;
 121     }
 122
 123    output = spl->GetImageDataVector();
 124
 125 std::cout << "--------------------------------" << std::endl;
 126 std::cout << "Vector size " << output->size()   << std::endl;
 127 std::cout << "--------------------------------" << std::endl;
 128
 129 // Print the first one (why not?)
 130 //(*output)[0]->PrintSelf(std::cout, vtkIndent(2));
 131
 132    for(it=output->begin(); it!=output->end(); ++it) {
 133       //std::cout << "========================================" << std::endl;
 134       //(*it)->PrintSelf(std::cout, vtkIndent(2));
 135    }
 136
 137    delete spl;
 138
 139    // To please valgring
 140    std::vector<vtkImageData*>::iterator it2;
 141    for ( it2 = output->begin(); // for each vtkImageData*
 142              it2 != output->end();
 143            ++it2)
 144    {
 145            (*it2)->Delete(); // delete vtkImageData
 146    }
 147    delete output;
 148 }
 149
 150
 151 for(int i=0; i<3; i++)
 152    std::cout << "---------------------------------------------" << std::endl;
 153
 154
 155
 156 //  ========================================
 157 //  Split on Tag 0008|0032 (Aquisition Time)
 158 //  Sort on Position (IPP)
 159 //
 160 // Should give a vector of 'true 3D' vtkImageData*
 161 //  ========================================
 162
 163  if (1) {
 164
 165    std::cout << "Try with :  Split on Tag 0008|0032 (Aquisition Time) / Sort on Position (IPP)" << std::endl;
 166
 167    vtkGdcm4DSplitter *spl = new vtkGdcm4DSplitter();
 168    spl->setFlipY(false);
 169    spl->setDirName(strDirName);
 170    spl->setRecursive(true);
 171
 172    // Time triger : 0018|1060
 173    //grSort=0x0018;
 174    //elSort=0x1060;
 175
 176    // Aquisition Time  : 0008|0032
 177    spl->setSplitOnTag(0x0008, 0x0032);
 178
 179    spl->setSortOnPosition();
 180
 181    std::cout << "Everything set" << std::endl;
 182    bool res=spl->Go();
 183
 184     std::cout << "GO() done, status " << res << std::endl;
 185     if(!res)
 186     {
 187        std::cout << "plantage!" << std::endl;
 188     }
 189
 190    output = spl->GetImageDataVector();
 191
 192
 193 std::cout << "--------------------------------" << std::endl;
 194 std::cout << "Vector size " << output->size()   << std::endl;
 195 std::cout << "--------------------------------" << std::endl;
 196
 197 // Print the first one (why not?)
 198 //(*output)[0]->PrintSelf(std::cout, vtkIndent(2));
 199
 200
 201    for(it=output->begin(); it!=output->end(); ++it) {
 202       //std::cout << "========================================" << std::endl;
 203       //(*it)->PrintSelf(std::cout, vtkIndent(2));
 204    }
 205
 206    delete spl;
 207
 208    // To please valgring
 209    std::vector<vtkImageData*>::iterator it2;
 210    for ( it2 = output->begin(); // for each vtkImageData*
 211              it2 != output->end();
 212            ++it2)
 213    {
 214            (*it2)->Delete(); // delete vtkImageData
 215    }
 216    delete output;
 217 }
 218
 219 // Pour un directory '4D'
 220 // en sortie, chaque  vtkImageData contiendra un volume au cours du temps.
 221 // 3D + T
 222
 223
 224 }