vtk/vtkGdcmReader.cxx

   1 // vtkGdcmReader.cxx
   2 //-----------------------------------------------------------------------------
   3 // //////////////////////////////////////////////////////////////
   4 // WARNING TODO CLENAME
   5 // Actual limitations of this code:
   6 //
   7 // /////// Redundant and unnecessary header parsing
   8 // In it's current state this code actually parses three times the Dicom
   9 // header of a file before the corresponding image gets loaded in the
  10 // ad-hoc vtkData !
  11 // Here is the process:
  12 //  1/ First loading happens in ExecuteInformation which in order to
  13 //     positionate the vtk extents calls CheckFileCoherence. The purpose
  14 //     of CheckFileCoherence is to make sure all the images in the future
  15 //     stack are "homogenous" (same size, same representation...). This
  16 //     can only be achieved by parsing all the Dicom headers...
  17 //  2/ ExecuteData is then responsible for the next two loadings:
  18 //  2a/ ExecuteData calls AllocateOutputData that in turn seems to
  19 //      (indirectely call) ExecuteInformation which ends up in a second
  20 //      header parsing
  21 //  2b/ the core of ExecuteData then needs gdcmFile (which in turns
  22 //      initialises gdcmHeader in the constructor) in order to access
  23 //      the data-image.
  24 //
  25 // Possible solution:
  26 // maintain a list of gdcmFiles (created by say ExecuteInformation) created
  27 // once and for all accross the life of vtkGdcmHeader (it would only load
  28 // new gdcmFile if the user changes the list). ExecuteData would then use
  29 // those gdcmFile and hence avoid calling the construtor:
  30 //  - advantage: the header of the files would only be parser once.
  31 //  - drawback: once execute information is called (i.e. on creation of
  32 //              a vtkGdcmHeader) the gdcmFile structure is loaded in memory.
  33 //              The average size of a gdcmHeader being of 100Ko, is one
  34 //              loads 10 stacks of images with say 200 images each, you
  35 //              end-up with a loss of 200Mo...
  36 //
  37 // /////// Never unallocated memory:
  38 // ExecuteData allocates space for the pixel data [which will get pointed
  39 // by the vtkPointData() through the call
  40 // data->GetPointData()->GetScalars()->SetVoidArray(mem, StackNumPixels, 0);]
  41 // This data is never "freed" neither in the destructor nor when the
  42 // filename list is extended, ExecuteData is called a second (or third)
  43 // time...
  44 // //////////////////////////////////////////////////////////////
  45
  46 #include "gdcmFile.h"
  47 #include "gdcmHeaderHelper.h"
  48 #include "vtkGdcmReader.h"
  49
  50 //#include <stdio.h>
  51 #include <vtkObjectFactory.h>
  52 #include <vtkImageData.h>
  53 #include <vtkPointData.h>
  54 #include <vtkLookupTable.h>
  55
  56 //-----------------------------------------------------------------------------
  57 // Constructor / Destructor
  58 vtkGdcmReader::vtkGdcmReader()
  59 {
  60    this->LookupTable = NULL;
  61 }
  62
  63 vtkGdcmReader::~vtkGdcmReader()
  64 {
  65    this->RemoveAllFileName();
  66    this->InternalFileNameList.clear();
  67    if(this->LookupTable)
  68       this->LookupTable->Delete();
  69 }
  70
  71 //-----------------------------------------------------------------------------
  72 // Print
  73 void vtkGdcmReader::PrintSelf(ostream& os, vtkIndent indent)
  74 {
  75    vtkImageReader::PrintSelf(os,indent);
  76    os << indent << "Filenames  : " << endl;
  77    vtkIndent nextIndent = indent.GetNextIndent();
  78    for (std::list<std::string>::iterator FileName  = FileNameList.begin();
  79         FileName != FileNameList.end();
  80         ++FileName)
  81    {
  82       os << nextIndent << FileName->c_str() << endl ;
  83    }
  84 }
  85
  86 //-----------------------------------------------------------------------------
  87 // Public
  88 /*
  89  * Remove all files from the list of images to read.
  90  */
  91 void vtkGdcmReader::RemoveAllFileName(void)
  92 {
  93    this->FileNameList.clear();
  94 }
  95
  96 /*
  97  * Adds a file name to the list of images to read.
  98  */
  99 void vtkGdcmReader::AddFileName(const char* name)
 100 {
 101    // We need to bypass the const pointer [since list<>.push_bash() only
 102    // takes a char* (but not a const char*)] by making a local copy:
 103    char * LocalName = new char[strlen(name) + 1];
 104    strcpy(LocalName, name);
 105    this->FileNameList.push_back(LocalName);
 106    this->Modified();
 107    delete[] LocalName;
 108 }
 109
 110 /*
 111  * Sets up a filename to be read.
 112  */
 113 void vtkGdcmReader::SetFileName(const char *name)
 114 {
 115    vtkImageReader2::SetFileName(name);
 116    // Since we maintain a list of filenames, when building a volume,
 117    // (see vtkGdcmReader::AddFileName), we additionaly need to purge
 118    // this list when we manually positionate the filename.
 119    this->FileNameList.clear();
 120    this->Modified();
 121 }
 122
 123 //-----------------------------------------------------------------------------
 124 // Protected
 125 /*
 126  * Configure the output e.g. WholeExtent, spacing, origin, scalar type...
 127  */
 128 void vtkGdcmReader::ExecuteInformation()
 129 {
 130    this->TotalNumberOfPlanes = this->CheckFileCoherence();
 131    if ( this->TotalNumberOfPlanes == 0)
 132    {
 133       vtkErrorMacro("File set is not coherent. Exiting...");
 134       return;
 135    }
 136
 137    // if the user has not set the extent, but has set the VOI
 138    // set the z axis extent to the VOI z axis
 139    if (this->DataExtent[4]==0 && this->DataExtent[5] == 0 &&
 140    (this->DataVOI[4] || this->DataVOI[5]))
 141    {
 142       this->DataExtent[4] = this->DataVOI[4];
 143       this->DataExtent[5] = this->DataVOI[5];
 144    }
 145
 146    // When the user has set the VOI, check it's coherence with the file content.
 147    if (this->DataVOI[0] || this->DataVOI[1] ||
 148    this->DataVOI[2] || this->DataVOI[3] ||
 149    this->DataVOI[4] || this->DataVOI[5])
 150    {
 151       if ((this->DataVOI[0] < 0) ||
 152           (this->DataVOI[1] >= this->NumColumns) ||
 153           (this->DataVOI[2] < 0) ||
 154           (this->DataVOI[3] >= this->NumLines) ||
 155           (this->DataVOI[4] < 0) ||
 156           (this->DataVOI[5] >= this->TotalNumberOfPlanes ))
 157       {
 158          vtkWarningMacro("The requested VOI is larger than expected extent.");
 159          this->DataVOI[0] = 0;
 160          this->DataVOI[1] = this->NumColumns - 1;
 161          this->DataVOI[2] = 0;
 162          this->DataVOI[3] = this->NumLines - 1;
 163          this->DataVOI[4] = 0;
 164          this->DataVOI[5] = this->TotalNumberOfPlanes - 1;
 165       }
 166    }
 167
 168    // Positionate the Extent.
 169    this->DataExtent[0] = 0;
 170    this->DataExtent[1] = this->NumColumns - 1;
 171    this->DataExtent[2] = 0;
 172    this->DataExtent[3] = this->NumLines - 1;
 173    this->DataExtent[4] = 0;
 174    this->DataExtent[5] = this->TotalNumberOfPlanes - 1;
 175
 176    // We don't need to positionate the Endian related stuff (by using
 177    // this->SetDataByteOrderToBigEndian() or SetDataByteOrderToLittleEndian()
 178    // since the reading of the file is done by gdcm.
 179    // But we do need to set up the data type for downstream filters:
 180    if      ( ImageType == "8U" )
 181    {
 182       vtkDebugMacro("8 bits unsigned image");
 183       this->SetDataScalarTypeToUnsignedChar();
 184    }
 185    else if ( ImageType == "8S" )
 186    {
 187       vtkErrorMacro("Cannot handle 8 bit signed files");
 188       return;
 189    }
 190    else if ( ImageType == "16U" )
 191    {
 192       vtkDebugMacro("16 bits unsigned image");
 193       this->SetDataScalarTypeToUnsignedShort();
 194    }
 195    else if ( ImageType == "16S" )
 196    {
 197       vtkDebugMacro("16 bits signed image");
 198       this->SetDataScalarTypeToShort();
 199       //vtkErrorMacro("Cannot handle 16 bit signed files");
 200    }
 201    else if ( ImageType == "32U" )
 202    {
 203       vtkDebugMacro("32 bits unsigned image");
 204       vtkDebugMacro("WARNING: forced to signed int !");
 205       this->SetDataScalarTypeToInt();
 206    }
 207    else if ( ImageType == "32S" )
 208    {
 209       vtkDebugMacro("32 bits signed image");
 210       this->SetDataScalarTypeToInt();
 211    }
 212    else if ( ImageType == "FD" )
 213    {
 214       vtkDebugMacro("64 bits Double image");
 215       this->SetDataScalarTypeToDouble();
 216    }
 217    //Set number of scalar components:
 218    this->SetNumberOfScalarComponents(this->NumComponents);
 219
 220    this->Superclass::ExecuteInformation();
 221 }
 222
 223 /*
 224  * Update => ouput->Update => UpdateData => Execute => ExecuteData
 225  * (see vtkSource.cxx for last step).
 226  * This function (redefinition of vtkImageReader::ExecuteData, see
 227  * VTK/IO/vtkImageReader.cxx) reads a data from a file. The datas
 228  * extent/axes are assumed to be the same as the file extent/order.
 229  */
 230 void vtkGdcmReader::ExecuteData(vtkDataObject *output)
 231 {
 232    if (this->InternalFileNameList.empty())
 233    {
 234       vtkErrorMacro("A least a valid FileName must be specified.");
 235       return;
 236    }
 237
 238    // FIXME : extraneous parsing of header is made when allocating OuputData
 239    vtkImageData *data = this->AllocateOutputData(output);
 240    data->SetExtent(this->DataExtent);
 241    data->GetPointData()->GetScalars()->SetName("DicomImage-Volume");
 242
 243    // Test if output has valid extent
 244    // Prevent memory errors
 245    if((this->DataExtent[1]-this->DataExtent[0]>=0) &&
 246       (this->DataExtent[3]-this->DataExtent[2]>=0) &&
 247       (this->DataExtent[5]-this->DataExtent[4]>=0))
 248    {
 249       // The memory size for a full stack of images of course depends
 250       // on the number of planes and the size of each image:
 251       size_t StackNumPixels = this->NumColumns * this->NumLines
 252                             * this->TotalNumberOfPlanes * this->NumComponents;
 253       size_t stack_size = StackNumPixels * this->PixelSize;
 254       // Allocate pixel data space itself.
 255
 256       // Variables for the UpdateProgress. We shall use 50 steps to signify
 257       // the advance of the process:
 258       unsigned long UpdateProgressTarget = (unsigned long) ceil (this->NumLines
 259                                          * this->TotalNumberOfPlanes
 260                                          / 50.0);
 261       // The actual advance measure:
 262       unsigned long UpdateProgressCount = 0;
 263
 264       // Feeling the allocated memory space with each image/volume:
 265       unsigned char *Dest = (unsigned char *)data->GetPointData()->GetScalars()->GetVoidPointer(0);
 266       for (std::list<std::string>::iterator FileName  = InternalFileNameList.begin();
 267            FileName != InternalFileNameList.end();
 268            ++FileName)
 269       {
 270          // Images that were tagged as unreadable in CheckFileCoherence()
 271          // are substituted with a black image to let the caller visually
 272          // notice something wrong is going on:
 273          if (*FileName != "GDCM_UNREADABLE")
 274          {
 275             // Update progress related for good files is made in LoadImageInMemory
 276             Dest += this->LoadImageInMemory(*FileName, Dest,
 277                                             UpdateProgressTarget,
 278                                             UpdateProgressCount);
 279          }
 280          else
 281          {
 282             // We insert a black image in the stack for the user to be aware that
 283             // this image/volume couldn't be loaded. We simply skip one image
 284             // size:
 285             Dest += this->NumColumns * this->NumLines * this->PixelSize;
 286
 287             // Update progress related for bad files:
 288             UpdateProgressCount += this->NumLines;
 289             if (UpdateProgressTarget > 0)
 290             {
 291                if (!(UpdateProgressCount%UpdateProgressTarget))
 292                {
 293                   this->UpdateProgress(UpdateProgressCount/(50.0*UpdateProgressTarget));
 294                }
 295             }
 296          } // Else, file not loadable
 297       } // Loop on files
 298    }
 299 }
 300
 301 /*
 302  * vtkGdcmReader can have the file names specified through two ways:
 303  * (1) by calling the vtkImageReader2::SetFileName(), SetFilePrefix() and
 304  *     SetFilePattern()
 305  * (2) By successive calls to vtkGdcmReader::AddFileName()
 306  * When the first method was used by caller we need to update the local
 307  * filename list
 308  */
 309 void vtkGdcmReader::BuildFileListFromPattern()
 310 {
 311    if ((! this->FileNameList.empty()) && this->FileName )
 312    {
 313       vtkErrorMacro("Both file patterns and AddFileName schemes were used");
 314       vtkErrorMacro("Only the files specified with AddFileName shall be used");
 315       return;
 316    }
 317
 318    if (! this->FileNameList.empty()  )
 319    {
 320       vtkDebugMacro("Using the AddFileName specified files");
 321       this->InternalFileNameList=this->FileNameList;
 322       return;
 323    }
 324
 325    if (!this->FileName && !this->FilePattern)
 326    {
 327       vtkErrorMacro("FileNames are not set. Either use AddFileName() or");
 328       vtkErrorMacro("specify a FileName or FilePattern.");
 329       return;
 330    }
 331
 332    this->RemoveAllInternalFileName();
 333    if( this->FileNameList.empty() )
 334    {
 335       //Multiframe case:
 336       this->ComputeInternalFileName(this->DataExtent[4]);
 337       vtkDebugMacro("Adding file " << this->InternalFileName);
 338       this->AddInternalFileName(this->InternalFileName);
 339    }
 340    else
 341    {
 342       //stack of 2D dicom case:
 343       for (int idx = this->DataExtent[4]; idx <= this->DataExtent[5]; ++idx)
 344       {
 345          this->ComputeInternalFileName(idx);
 346          vtkDebugMacro("Adding file " << this->InternalFileName);
 347          this->AddInternalFileName(this->InternalFileName);
 348       }
 349    }
 350 }
 351
 352 /*
 353  * When more than one filename is specified (i.e. we expect loading
 354  * a stack or volume) we need to check that the corresponding images/volumes
 355  * to be loaded are coherent i.e. to make sure:
 356  *     - they all share the same X dimensions
 357  *     - they all share the same Y dimensions
 358  *     - they all share the same ImageType ( 8 bit signed, or unsigned...)
 359  *
 360  * Eventually, we emit a warning when all the files do NOT share the
 361  * Z dimension, since we can still build a stack but the
 362  * files are not coherent in Z, which is probably a source a trouble...
 363  *   When files are not readable (either the file cannot be opened or
 364  * because gdcm cannot parse it), they are flagged as "GDCM_UNREADABLE".
 365  *   This method returns the total number of planar images to be loaded
 366  * (i.e. an image represents one plane, but a volume represents many planes)
 367  */
 368 int vtkGdcmReader::CheckFileCoherence()
 369 {
 370    int ReturnedTotalNumberOfPlanes = 0;   // The returned value.
 371
 372    this->BuildFileListFromPattern();
 373    if (this->InternalFileNameList.empty())
 374    {
 375       vtkErrorMacro("FileNames are not set.");
 376       return 0;
 377    }
 378
 379    bool FoundReferenceFile = false;
 380    int  ReferenceNZ = 0;
 381
 382    // Loop on the filenames:
 383    // - check for their existence and gdcm "parsability"
 384    // - get the coherence check done:
 385    for (std::list<std::string>::iterator FileName = InternalFileNameList.begin();
 386         FileName != InternalFileNameList.end();
 387         ++FileName)
 388    {
 389       // The file is always added in the number of planes
 390       //  - If file doesn't exist, it will be replaced by a black plane in the
 391       //    ExecuteData method
 392       //  - If file has more than 1 plane, other planes will be added later to
 393       //    to the ReturnedTotalNumberOfPlanes variable counter
 394       ReturnedTotalNumberOfPlanes += 1;
 395
 396       /////// Stage 0: check for file name:
 397       if(*FileName==std::string("GDCM_UNREADABLE"))
 398          continue;
 399
 400       /////// Stage 1: check for file readability:
 401       // Stage 1.1: check for file existence.
 402       FILE *fp;
 403       fp = fopen(FileName->c_str(),"rb");
 404       if (!fp)
 405       {
 406          vtkErrorMacro("Unable to open file " << FileName->c_str());
 407          vtkErrorMacro("Removing this file from readed files "
 408                      << FileName->c_str());
 409          *FileName = "GDCM_UNREADABLE";
 410          continue;
 411       }
 412       fclose(fp);
 413
 414       // Stage 1.2: check for Gdcm parsability
 415       gdcmHeaderHelper GdcmHeader(FileName->c_str());
 416       if (!GdcmHeader.IsReadable())
 417       {
 418          vtkErrorMacro("Gdcm cannot parse file " << FileName->c_str());
 419          vtkErrorMacro("Removing this file from readed files "
 420                         << FileName->c_str());
 421          *FileName = "GDCM_UNREADABLE";
 422          continue;
 423       }
 424
 425       // Stage 1.3: further gdcm compatibility on PixelType
 426       std::string type = GdcmHeader.GetPixelType();
 427       if (   (type !=  "8U") && (type !=  "8S")
 428       && (type != "16U") && (type != "16S")
 429       && (type != "32U") && (type != "32S") )
 430       {
 431          vtkErrorMacro("Bad File Type for file" << FileName->c_str());
 432          vtkErrorMacro("                      " << type.c_str());
 433          vtkErrorMacro("Removing this file from readed files "
 434                         << FileName->c_str());
 435          *FileName = "GDCM_UNREADABLE";
 436          continue;
 437       }
 438
 439       // Stage 2: check coherence of the set of files
 440       int NX = GdcmHeader.GetXSize();
 441       int NY = GdcmHeader.GetYSize();
 442       int NZ = GdcmHeader.GetZSize();
 443       if (FoundReferenceFile)
 444       {
 445          // Stage 2.1: mandatory coherence stage:
 446          if (   ( NX   != this->NumColumns )
 447          || ( NY   != this->NumLines )
 448          || ( type != this->ImageType ) )
 449          {
 450             vtkErrorMacro("This file is not coherent with previous ones"
 451                            << FileName->c_str());
 452             vtkErrorMacro("Removing this file from readed files "
 453                            << FileName->c_str());
 454             *FileName = "GDCM_UNREADABLE";
 455             continue;
 456          }
 457
 458          // Stage 2.2: optional coherence stage
 459          if ( NZ != ReferenceNZ )
 460          {
 461             vtkErrorMacro("File is not coherent in Z with previous ones"
 462                            << FileName->c_str());
 463          }
 464          else
 465          {
 466             vtkDebugMacro("File is coherent with previous ones"
 467                            << FileName->c_str());
 468          }
 469
 470          // Stage 2.3: when the file contains a volume (as opposed to an image),
 471          // notify the caller.
 472          if (NZ > 1)
 473          {
 474             vtkErrorMacro("This file contains multiple planes (images)"
 475                            << FileName->c_str());
 476          }
 477
 478          // Eventually, this file can be added on the stack. Update the
 479          // full size of the stack
 480          vtkDebugMacro("Number of planes added to the stack: " << NZ);
 481          ReturnedTotalNumberOfPlanes += NZ - 1; // First plane already added
 482          continue;
 483
 484       }
 485       else
 486       {
 487          // We didn't have a workable reference file yet. Set this one
 488          // as the reference.
 489          FoundReferenceFile = true;
 490          vtkDebugMacro("This file taken as coherence reference:"
 491                         << FileName->c_str());
 492          vtkDebugMacro("Image dimension of reference file as read from Gdcm:"
 493                         << NX << " " << NY << " " << NZ);
 494          vtkDebugMacro("Number of planes added to the stack: " << NZ);
 495          // Set aside the size of the image
 496          this->NumColumns = NX;
 497          this->NumLines   = NY;
 498          ReferenceNZ      = NZ;
 499          ReturnedTotalNumberOfPlanes += NZ - 1; // First plane already added
 500          this->ImageType = type;
 501          this->PixelSize = GdcmHeader.GetPixelSize();
 502
 503          if( GdcmHeader.HasLUT() )
 504          {
 505             this->NumComponents = GdcmHeader.GetNumberOfScalarComponentsRaw();
 506          }
 507          else
 508          {
 509             this->NumComponents = GdcmHeader.GetNumberOfScalarComponents(); //rgb or mono
 510          }
 511
 512          //Set image spacing
 513          this->DataSpacing[0] = GdcmHeader.GetXSpacing();
 514          this->DataSpacing[1] = GdcmHeader.GetYSpacing();
 515          this->DataSpacing[2] = GdcmHeader.GetZSpacing();
 516
 517          //Set image origin
 518          this->DataOrigin[0] = GdcmHeader.GetXOrigin();
 519          this->DataOrigin[1] = GdcmHeader.GetYOrigin();
 520          this->DataOrigin[2] = GdcmHeader.GetZOrigin();
 521
 522       }
 523    } // End of loop on FileName
 524
 525    ///////// The files we CANNOT load are flaged. On debugging purposes
 526    // count the loadable number of files and display their number:
 527    int NumberCoherentFiles = 0;
 528    for (std::list<std::string>::iterator Filename = InternalFileNameList.begin();
 529         Filename != InternalFileNameList.end();
 530         ++Filename)
 531    {
 532      if (*Filename != "GDCM_UNREADABLE")
 533         NumberCoherentFiles++;
 534    }
 535    vtkDebugMacro("Number of coherent files: " << NumberCoherentFiles);
 536
 537    if (ReturnedTotalNumberOfPlanes == 0)
 538    {
 539       vtkErrorMacro("No loadable file.");
 540    }
 541
 542    vtkDebugMacro("Total number of planes on the stack: "
 543                   << ReturnedTotalNumberOfPlanes);
 544
 545    return ReturnedTotalNumberOfPlanes;
 546 }
 547
 548 //-----------------------------------------------------------------------------
 549 // Private
 550 /*
 551  * Remove all file names to the internal list of images to read.
 552  */
 553 void vtkGdcmReader::RemoveAllInternalFileName(void)
 554 {
 555    this->InternalFileNameList.clear();
 556 }
 557
 558 /*
 559  * Adds a file name to the internal list of images to read.
 560  */
 561 void vtkGdcmReader::AddInternalFileName(const char* name)
 562 {
 563    char * LocalName = new char[strlen(name) + 1];
 564    strcpy(LocalName, name);
 565    this->InternalFileNameList.push_back(LocalName);
 566    delete[] LocalName;
 567 }
 568
 569 /*
 570  * Loads the contents of the image/volume contained by Filename at
 571  * the Dest memory address. Returns the size of the data loaded.
 572  */
 573 size_t vtkGdcmReader::LoadImageInMemory(
 574              std::string FileName,
 575              unsigned char * Dest,
 576              const unsigned long UpdateProgressTarget,
 577              unsigned long & UpdateProgressCount)
 578 {
 579    vtkDebugMacro("Copying to memory image" << FileName.c_str());
 580    gdcmFile GdcmFile(FileName.c_str());
 581    size_t size;
 582
 583    // If the data structure of vtk for image/volume representation
 584    // were straigthforwards the following would suffice:
 585    //    GdcmFile.GetImageDataIntoVector((void*)Dest, size);
 586    // But vtk chooses to invert the lines of an image, that is the last
 587    // line comes first (for some axis related reasons?). Hence we need
 588    // to load the image line by line, starting from the end.
 589
 590    int NumColumns = GdcmFile.GetHeader()->GetXSize();
 591    int NumLines   = GdcmFile.GetHeader()->GetYSize();
 592    int NumPlanes  = GdcmFile.GetHeader()->GetZSize();
 593    int LineSize   = NumComponents * NumColumns * GdcmFile.GetHeader()->GetPixelSize();
 594
 595    unsigned char * Source;
 596    if( GdcmFile.GetHeader()->HasLUT() )
 597    {
 598       size               = GdcmFile.GetImageDataSizeRaw();
 599       Source             = (unsigned char*) GdcmFile.GetImageDataRaw();
 600       unsigned char *Lut =                  GdcmFile.GetHeader()->GetLUTRGBA();
 601
 602       if(!this->LookupTable)
 603          this->LookupTable = vtkLookupTable::New();
 604
 605       this->LookupTable->SetNumberOfTableValues(256);
 606       for (int tmp=0; tmp<256; tmp++)
 607       {
 608          this->LookupTable->SetTableValue(tmp,
 609          (float)Lut[4*tmp+0]/255.0,
 610          (float)Lut[4*tmp+1]/255.0,
 611          (float)Lut[4*tmp+2]/255.0,
 612          1);
 613       }
 614       this->LookupTable->SetRange(0,255);
 615       vtkDataSetAttributes *a=this->GetOutput()->GetPointData();
 616       a->GetScalars()->SetLookupTable(this->LookupTable);
 617       free(Lut);
 618    }
 619    else
 620    {
 621       size        = GdcmFile.GetImageDataSize();
 622       Source      = (unsigned char*)GdcmFile.GetImageData();
 623    }
 624    unsigned char * pSource     = Source; //pointer for later deletion
 625    unsigned char * Destination = Dest + size - LineSize;
 626
 627    for (int plane = 0; plane < NumPlanes; plane++)
 628    {
 629       for (int line = 0; line < NumLines; line++)
 630       {
 631          // Copy one line at proper destination:
 632          memcpy((void*)Destination, (void*)Source, LineSize);
 633          Source      += LineSize;
 634          Destination -= LineSize;
 635          // Update progress related:
 636          if (!(UpdateProgressCount%UpdateProgressTarget))
 637          {
 638             this->UpdateProgress(UpdateProgressCount/(50.0*UpdateProgressTarget));
 639          }
 640          UpdateProgressCount++;
 641       }
 642    }
 643    //GetImageData allocate a (void*)malloc, remove it:
 644    free(pSource);
 645
 646    return size;
 647 }
 648
 649 //-----------------------------------------------------------------------------