vtk/vtkGdcmReader.cxx

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: vtkGdcmReader.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2005/10/25 14:52:37 $
   7   Version:   $Revision: 1.85 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 =========================================================================*/
  18
  19 //-----------------------------------------------------------------------------
  20 // //////////////////////////////////////////////////////////////
  21 //
  22 //===>  Many users expect from vtkGdcmReader it 'orders' the images
  23 //     (that's the job of gdcm::SerieHelper ...)
  24 //     When user *knows* the files with same Serie UID
  25 //        have same sizes, same 'pixel' type, same color convention, ...
  26 //     the right way to proceed is as follow :
  27 //
  28 //      gdcm::SerieHelper *sh= new gdcm::SerieHelper();
  29 //      // if user wants *not* to load some parts of the file headers
  30 //      sh->SetLoadMode(loadMode);
  31 //      // if user wants *not* to load some files
  32 //      sh->AddRestriction(group, element, value, operator);
  33 //      sh->AddRestriction( ...
  34 //      sh->SetDirectory(directoryWithImages);
  35 //
  36 //      // if user wants to sort reverse order
  37 //      sh->SetSortOrderToReverse();
  38 //      // here, we suppose only the first Coherent File List is of interest
  39 //      gdcm::FileList *l = sh->GetFirstCoherentFileList();
  40 //      // if user is doesn't trust too much the files with same Serie UID
  41 //      if ( !sh->IsCoherent(l) )
  42 //         return; // not same sizes, same 'pixel' type -> stop
  43 //      sh->OrderFileList(l);        // sort the list
  44 //
  45 //      vtkGdcmReader *reader = vtkGdcmReader::New();
  46 //      // if user wants to modify pixel order (Mirror, TopDown, 90°Rotate, ...)
  47 //      // he has to supply the function that does the job
  48 //      // (a *very* simple example is given in vtkgdcmSerieViewer.cxx)
  49 //      reader->SetUserFunction (userSuppliedFunction);
  50 //      // to pass a 'Coherent File List' as produced by gdcm::SerieHelper
  51 //      reader->SetCoherentFileList(l);
  52 //      reader->Update();
  53 //
  54 // WARNING TODO CLEANME
  55 // Actual limitations of this code
  56 //  when a Coherent File List from SerieHelper is not used (bad idea :-(
  57 //
  58 // //////////////////////////////////////////////////////////////
  59
  60 #include "gdcmFileHelper.h"
  61 #include "gdcmFile.h"
  62
  63 #include "vtkGdcmReader.h"
  64 #include "gdcmDebug.h"
  65 #include "gdcmCommon.h"
  66
  67 #include <vtkObjectFactory.h>
  68 #include <vtkImageData.h>
  69 #include <vtkPointData.h>
  70 #include <vtkLookupTable.h>
  71
  72 vtkCxxRevisionMacro(vtkGdcmReader, "$Revision: 1.85 $")
  73 vtkStandardNewMacro(vtkGdcmReader)
  74
  75 //-----------------------------------------------------------------------------
  76 // Constructor / Destructor
  77 vtkGdcmReader::vtkGdcmReader()
  78 {
  79    this->LookupTable = NULL;
  80    this->AllowLookupTable = false;
  81    this->AllowLightChecking = false;
  82    this->LoadMode = gdcm::LD_ALL; // Load everything (possible values :
  83                                  //  - LD_NOSEQ,
  84                                  //  - LD_NOSHADOW,
  85                                  //  - LD_NOSHADOWSEQ)
  86    this->CoherentFileList = 0;
  87    this->UserFunction     = 0;
  88
  89    this->OwnFile=true;
  90    this->Execution=false;
  91 }
  92
  93 vtkGdcmReader::~vtkGdcmReader()
  94 {
  95    this->RemoveAllFileName();
  96    this->InternalFileNameList.clear();
  97    if(this->LookupTable)
  98       this->LookupTable->Delete();
  99 }
 100
 101 //-----------------------------------------------------------------------------
 102 // Print
 103 void vtkGdcmReader::PrintSelf(ostream &os, vtkIndent indent)
 104 {
 105    this->Superclass::PrintSelf(os,indent);
 106    os << indent << "Filenames  : " << endl;
 107    vtkIndent nextIndent = indent.GetNextIndent();
 108    for (std::list<std::string>::iterator it = FileNameList.begin();
 109         it != FileNameList.end();
 110         ++it)
 111    {
 112       os << nextIndent << it->c_str() << endl ;
 113    }
 114 }
 115
 116 //-----------------------------------------------------------------------------
 117 // Public
 118 /*
 119  * Remove all files from the list of images to read.
 120  */
 121 void vtkGdcmReader::RemoveAllFileName(void)
 122 {
 123    this->FileNameList.clear();
 124    this->Modified();
 125 }
 126
 127 /*
 128  * Adds a file name to the list of images to read.
 129  */
 130 void vtkGdcmReader::AddFileName(const char* name)
 131 {
 132    // We need to bypass the const pointer [since list<>.push_bash() only
 133    // takes a char* (but not a const char*)] by making a local copy:
 134    this->FileNameList.push_back(name);
 135    this->Modified();
 136 }
 137
 138 /*
 139  * Sets up a filename to be read.
 140  */
 141 void vtkGdcmReader::SetFileName(const char *name)
 142 {
 143    vtkImageReader2::SetFileName(name);
 144    // Since we maintain a list of filenames, when building a volume,
 145    // (see vtkGdcmReader::AddFileName), we additionaly need to purge
 146    // this list when we manually positionate the filename.
 147    vtkDebugMacro(<< "Clearing all files given with AddFileName");
 148    this->FileNameList.clear();
 149    this->Modified();
 150 }
 151
 152 //-----------------------------------------------------------------------------
 153 // Protected
 154 /*
 155  * Configure the output e.g. WholeExtent, spacing, origin, scalar type...
 156  */
 157 void vtkGdcmReader::ExecuteInformation()
 158 {
 159    if(this->Execution)
 160       return;
 161
 162    this->Execution=true;
 163    this->RemoveAllInternalFile();
 164    if(this->MTime>this->fileTime)
 165    {
 166       this->TotalNumberOfPlanes = 0;
 167
 168       if ( this->CoherentFileList != 0 )
 169       {
 170          this->UpdateFileInformation();
 171       }
 172       else
 173       {
 174          this->BuildFileListFromPattern();
 175          this->LoadFileInformation();
 176       }
 177
 178       if ( this->TotalNumberOfPlanes == 0)
 179       {
 180          vtkErrorMacro(<< "File set is not coherent. Exiting...");
 181          return;
 182       }
 183
 184       // if the user has not set the extent, but has set the VOI
 185       // set the z axis extent to the VOI z axis
 186       if (this->DataExtent[4]==0 && this->DataExtent[5] == 0 &&
 187          (this->DataVOI[4] || this->DataVOI[5]))
 188       {
 189          this->DataExtent[4] = this->DataVOI[4];
 190          this->DataExtent[5] = this->DataVOI[5];
 191       }
 192
 193       // When the user has set the VOI, check it's coherence with the file content.
 194       if (this->DataVOI[0] || this->DataVOI[1] ||
 195       this->DataVOI[2] || this->DataVOI[3] ||
 196       this->DataVOI[4] || this->DataVOI[5])
 197       {
 198          if ((this->DataVOI[0] < 0) ||
 199              (this->DataVOI[1] >= this->NumColumns) ||
 200              (this->DataVOI[2] < 0) ||
 201              (this->DataVOI[3] >= this->NumLines) ||
 202              (this->DataVOI[4] < 0) ||
 203              (this->DataVOI[5] >= this->TotalNumberOfPlanes ))
 204          {
 205             vtkWarningMacro(<< "The requested VOI is larger than expected extent.");
 206             this->DataVOI[0] = 0;
 207             this->DataVOI[1] = this->NumColumns - 1;
 208             this->DataVOI[2] = 0;
 209             this->DataVOI[3] = this->NumLines - 1;
 210             this->DataVOI[4] = 0;
 211             this->DataVOI[5] = this->TotalNumberOfPlanes - 1;
 212          }
 213       }
 214
 215       // Set the Extents.
 216       this->DataExtent[0] = 0;
 217       this->DataExtent[1] = this->NumColumns - 1;
 218       this->DataExtent[2] = 0;
 219       this->DataExtent[3] = this->NumLines - 1;
 220       this->DataExtent[4] = 0;
 221       this->DataExtent[5] = this->TotalNumberOfPlanes - 1;
 222
 223       // We don't need to set the Endian related stuff (by using
 224       // this->SetDataByteOrderToBigEndian() or SetDataByteOrderToLittleEndian()
 225       // since the reading of the file is done by gdcm.
 226       // But we do need to set up the data type for downstream filters:
 227       if      ( ImageType == "8U" )
 228       {
 229          vtkDebugMacro(<< "8 bits unsigned image");
 230          this->SetDataScalarTypeToUnsignedChar();
 231       }
 232       else if ( ImageType == "8S" )
 233       {
 234          vtkErrorMacro(<< "Cannot handle 8 bit signed files");
 235          return;
 236       }
 237       else if ( ImageType == "16U" )
 238       {
 239          vtkDebugMacro(<< "16 bits unsigned image");
 240          this->SetDataScalarTypeToUnsignedShort();
 241       }
 242       else if ( ImageType == "16S" )
 243       {
 244          vtkDebugMacro(<< "16 bits signed image");
 245          this->SetDataScalarTypeToShort();
 246       }
 247       else if ( ImageType == "32U" )
 248       {
 249          vtkDebugMacro(<< "32 bits unsigned image");
 250          vtkDebugMacro(<< "WARNING: forced to signed int !");
 251          this->SetDataScalarTypeToInt();
 252       }
 253       else if ( ImageType == "32S" )
 254       {
 255          vtkDebugMacro(<< "32 bits signed image");
 256          this->SetDataScalarTypeToInt();
 257       }
 258       else if ( ImageType == "FD" )
 259       {
 260          vtkDebugMacro(<< "64 bits Double image");
 261          this->SetDataScalarTypeToDouble();
 262       }
 263       //Set number of scalar components:
 264       this->SetNumberOfScalarComponents(this->NumComponents);
 265
 266       this->fileTime=this->MTime;
 267    }
 268
 269    this->Superclass::ExecuteInformation();
 270
 271    this->GetOutput()->SetUpdateExtentToWholeExtent();
 272    this->BuildData(this->GetOutput());
 273
 274    this->Execution=false;
 275    this->RemoveAllInternalFile();
 276 }
 277
 278 /*
 279  * Update => ouput->Update => UpdateData => Execute => ExecuteData
 280  * (see vtkSource.cxx for last step).
 281  * This function (redefinition of vtkImageReader::ExecuteData, see
 282  * VTK/IO/vtkImageReader.cxx) reads a data from a file. The data
 283  * extent/axes are assumed to be the same as the file extent/order.
 284  */
 285 void vtkGdcmReader::ExecuteData(vtkDataObject *output)
 286 {
 287    vtkImageData *data=vtkImageData::SafeDownCast(output);
 288    data->SetExtent(this->DataExtent);
 289
 290 /*   if ( CoherentFileList != 0 )   // When a list of names is passed
 291    {
 292       if (this->CoherentFileList->empty())
 293       {
 294          vtkErrorMacro(<< "Coherent File List must have at least a valid File*.");
 295          return;
 296       }
 297    }
 298    else if (this->InternalFileNameList.empty())
 299    {
 300       vtkErrorMacro(<< "A least a valid FileName must be specified.");
 301       return;
 302    }
 303 */
 304 }
 305
 306 void vtkGdcmReader::BuildData(vtkDataObject *output)
 307 {
 308    vtkImageData *data = this->AllocateOutputData(output);
 309
 310    data->GetPointData()->GetScalars()->SetName("DicomImage-Volume");
 311
 312    // Test if output has valid extent
 313    // Prevent memory errors
 314    if((this->DataExtent[1]-this->DataExtent[0]>=0) &&
 315       (this->DataExtent[3]-this->DataExtent[2]>=0) &&
 316       (this->DataExtent[5]-this->DataExtent[4]>=0))
 317    {
 318       // The memory size for a full stack of images of course depends
 319       // on the number of planes and the size of each image:
 320       //size_t StackNumPixels = this->NumColumns * this->NumLines
 321       //                      * this->TotalNumberOfPlanes * this->NumComponents;
 322       //size_t stack_size = StackNumPixels * this->PixelSize; //not used
 323       // Allocate pixel data space itself.
 324
 325       // Variables for the UpdateProgress. We shall use 50 steps to signify
 326       // the advance of the process:
 327       unsigned long UpdateProgressTarget = (unsigned long) ceil (this->NumLines
 328                                          * this->TotalNumberOfPlanes
 329                                          / 50.0);
 330       // The actual advance measure:
 331       unsigned long UpdateProgressCount = 0;
 332
 333       // Filling the allocated memory space with each image/volume:
 334
 335       size_t size = this->NumColumns * this->NumLines * this->NumPlanes
 336                   * data->GetScalarSize() * this->NumComponents;
 337       unsigned char *Dest = (unsigned char *)data->GetScalarPointer();
 338       for (std::vector<gdcm::File* >::iterator it =  InternalFileList.begin();
 339                                                it != InternalFileList.end();
 340                                              ++it)
 341       {
 342          this->LoadImageInMemory(*it, Dest,
 343                                  UpdateProgressTarget,
 344                                  UpdateProgressCount);
 345          Dest += size;
 346       }
 347    }
 348 }
 349
 350 /*
 351  * vtkGdcmReader can have the file names specified through two ways:
 352  * (1) by calling the vtkImageReader2::SetFileName(), SetFilePrefix() and
 353  *     SetFilePattern()
 354  * (2) By successive calls to vtkGdcmReader::AddFileName()
 355  * When the first method was used by caller we need to update the local
 356  * filename list
 357  */
 358 void vtkGdcmReader::BuildFileListFromPattern()
 359 {
 360    this->RemoveAllInternalFileName();
 361
 362    // Test miscellanous cases
 363    if ((! this->FileNameList.empty()) && this->FileName )
 364    {
 365       vtkErrorMacro(<< "Both AddFileName and SetFileName schemes were used");
 366       vtkErrorMacro(<< "No images loaded ! ");
 367       return;
 368    }
 369
 370    if ((! this->FileNameList.empty()) && this->FilePrefix )
 371    {
 372       vtkErrorMacro(<< "Both AddFileName and SetFilePrefix schemes were used");
 373       vtkErrorMacro(<< "No images loaded ! ");
 374       return;
 375    }
 376
 377    if (this->FileName && this->FilePrefix)
 378    {
 379       vtkErrorMacro(<< "Both SetFileName and SetFilePrefix schemes were used");
 380       vtkErrorMacro(<< "No images loaded ! ");
 381       return;
 382    }
 383
 384    // Create the InternalFileNameList
 385    if (! this->FileNameList.empty()  )
 386    {
 387       vtkDebugMacro(<< "Using the AddFileName specified files");
 388       this->InternalFileNameList=this->FileNameList;
 389       return;
 390    }
 391
 392    if (!this->FileName && !this->FilePrefix)
 393    {
 394       vtkErrorMacro(<< "FileNames are not set. Either use AddFileName() or");
 395       vtkErrorMacro(<< "specify a FileName or FilePrefix.");
 396       return;
 397    }
 398
 399    if( this->FileName )
 400    {
 401       // Single file loading (as given with ::SetFileName()):
 402       // Case of multi-frame file considered here
 403       this->ComputeInternalFileName(this->DataExtent[4]);
 404       vtkDebugMacro(<< "Adding file " << this->InternalFileName);
 405       this->AddInternalFileName(this->InternalFileName);
 406    }
 407    else
 408    {
 409       // Multi file loading (as given with ::SetFilePattern()):
 410       for (int idx = this->DataExtent[4]; idx <= this->DataExtent[5]; ++idx)
 411       {
 412          this->ComputeInternalFileName(idx);
 413          vtkDebugMacro(<< "Adding file " << this->InternalFileName);
 414          this->AddInternalFileName(this->InternalFileName);
 415       }
 416    }
 417 }
 418
 419 /**
 420  * Load all the files and set it in the InternalFileList
 421  * For each file, the readability and the coherence of image caracteristics
 422  * are tested. If an image doesn't agree the required specifications, it
 423  * isn't considered and no data will be set for the planes corresponding
 424  * to this image
 425  *
 426  * The source of this work is the list of file name generated by the
 427  * BuildFileListFromPattern method
 428  */
 429 void vtkGdcmReader::LoadFileInformation()
 430 {
 431    gdcm::File *file;
 432    bool foundReference=false;
 433    std::string type;
 434
 435    this->OwnFile=true;
 436    for (std::list<std::string>::iterator filename = InternalFileNameList.begin();
 437         filename != InternalFileNameList.end();
 438         ++filename)
 439    {
 440       // check for file readability
 441       FILE *fp;
 442       fp = fopen(filename->c_str(),"rb");
 443       if (!fp)
 444       {
 445          vtkErrorMacro(<< "Unable to open file " << filename->c_str());
 446          vtkErrorMacro(<< "Removing this file from read files: "
 447                        << filename->c_str());
 448          file = NULL;
 449          InternalFileList.push_back(file);
 450          continue;
 451       }
 452       fclose(fp);
 453
 454       // Read the file
 455       file=gdcm::File::New();
 456       file->SetLoadMode( LoadMode );
 457       file->SetFileName(filename->c_str() );
 458       file->Load();
 459
 460       // Test the Dicom file readability
 461       if(!file->IsReadable())
 462       {
 463          vtkErrorMacro(<< "Gdcm cannot parse file " << filename->c_str());
 464          vtkErrorMacro(<< "Removing this file from read files: "
 465                         << filename->c_str());
 466          file->Delete();
 467          file=NULL;
 468          InternalFileList.push_back(file);
 469          continue;
 470       }
 471
 472       // Test the Pixel Type recognition
 473       type = file->GetPixelType();
 474       if (   (type !=  "8U") && (type !=  "8S")
 475           && (type != "16U") && (type != "16S")
 476           && (type != "32U") && (type != "32S") )
 477       {
 478          vtkErrorMacro(<< "Bad File Type for file " << filename->c_str() << "\n"
 479                        << "   File type found : " << type.c_str()
 480                        << " (might be 8U, 8S, 16U, 16S, 32U, 32S) \n"
 481                        << "   Removing this file from read files");
 482          file->Delete();
 483          file=NULL;
 484          InternalFileList.push_back(file);
 485          continue;
 486       }
 487
 488       // Test the image informations
 489       if(!foundReference)
 490       {
 491          foundReference = true;
 492          GetFileInformation(file);
 493
 494          vtkDebugMacro(<< "This file taken as coherence reference:"
 495                         << filename->c_str());
 496          vtkDebugMacro(<< "Image dimensions of reference file as read from Gdcm:"
 497                         << this->NumColumns << " " << this->NumLines << " "
 498                         << this->NumPlanes);
 499       }
 500       else if(!TestFileInformation(file))
 501       {
 502          file->Delete();
 503          file=NULL;
 504       }
 505
 506       InternalFileList.push_back(file);
 507    }
 508 }
 509
 510 /**
 511  * Update the file informations.
 512  * This works exactly like LoadFileInformation, but the source of work
 513  * is the list of coherent files
 514  */
 515 void vtkGdcmReader::UpdateFileInformation()
 516 {
 517    this->InternalFileList=*(this->CoherentFileList);
 518    this->OwnFile=false;
 519
 520    for(gdcmFileList::iterator it=InternalFileList.begin();
 521                               it!=InternalFileList.end();
 522                               ++it)
 523    {
 524       if( *it != NULL)
 525       {
 526          GetFileInformation(*it);
 527          break;
 528       }
 529    }
 530 }
 531
 532 /**
 533  * Get the informations from a file.
 534  * These informations are required to specify the output image
 535  * caracteristics
 536  */
 537 void vtkGdcmReader::GetFileInformation(gdcm::File *file)
 538 {
 539    // Get the image caracteristics
 540    this->NumColumns = file->GetXSize();
 541    this->NumLines   = file->GetYSize();
 542    this->NumPlanes  = file->GetZSize();
 543
 544    if (CoherentFileList == 0)
 545       this->TotalNumberOfPlanes = this->NumPlanes*InternalFileNameList.size();
 546    else
 547       this->TotalNumberOfPlanes = this->NumPlanes*CoherentFileList->size();
 548
 549    this->ImageType = file->GetPixelType();
 550    this->PixelSize = file->GetPixelSize();
 551
 552    this->DataSpacing[0] = file->GetXSpacing();
 553    this->DataSpacing[1] = file->GetYSpacing();
 554    this->DataSpacing[2] = file->GetZSpacing();
 555
 556    // Get the image data caracteristics
 557    if( file->HasLUT() && this->AllowLookupTable )
 558    {
 559       // I could raise an error is AllowLookupTable is on and HasLUT() off
 560       this->NumComponents = file->GetNumberOfScalarComponentsRaw();
 561    }
 562    else
 563    {
 564       this->NumComponents = file->GetNumberOfScalarComponents(); //rgb or mono
 565    }
 566 }
 567
 568 /*
 569  * When more than one filename is specified (i.e. we expect loading
 570  * a stack or volume) we need to check that the corresponding images/volumes
 571  * to be loaded are coherent i.e. to make sure:
 572  *     - they all share the same X dimensions
 573  *     - they all share the same Y dimensions
 574  *     - they all share the same ImageType ( 8 bit signed, or unsigned...)
 575  *
 576  * Eventually, we emit a warning when all the files do NOT share the
 577  * Z dimension, since we can still build a stack but the
 578  * files are not coherent in Z, which is probably a source a trouble...
 579  *   When files are not readable (either the file cannot be opened or
 580  * because gdcm cannot parse it), they are flagged as "GDCM_UNREADABLE".
 581  *   This method returns the total number of planar images to be loaded
 582  * (i.e. an image represents one plane, but a volume represents many planes)
 583  */
 584 /**
 585  * Test the coherent informations of the file with the reference informations
 586  * used as image caracteristics. The tested informations are :
 587  * - they all share the same X dimensions
 588  * - they all share the same Y dimensions
 589  * - they all share the same Z dimensions
 590  * - they all share the same number of components
 591  * - they all share the same ImageType ( 8 bit signed, or unsigned...)
 592  *
 593  * \return True if the file match, False otherwise
 594  */
 595 bool vtkGdcmReader::TestFileInformation(gdcm::File *file)
 596 {
 597    int numColumns = file->GetXSize();
 598    int numLines   = file->GetYSize();
 599    int numPlanes  = file->GetZSize();
 600    int numComponents;
 601    unsigned int pixelSize  = file->GetPixelSize();
 602
 603    if( file->HasLUT() && this->AllowLookupTable )
 604       numComponents = file->GetNumberOfScalarComponentsRaw();
 605    else
 606       numComponents = file->GetNumberOfScalarComponents(); //rgb or mono
 607
 608    if( numColumns != this->NumColumns )
 609    {
 610       vtkErrorMacro(<< "File X value doesn't match with the previous ones: "
 611                     << file->GetFileName().c_str()
 612                     << ". Found " << numColumns << ", must be "
 613                     << this->NumColumns);
 614       return false;
 615    }
 616    if( numLines != this->NumLines )
 617    {
 618       vtkErrorMacro(<< "File Y value doesn't match with the previous ones: "
 619                     << file->GetFileName().c_str()
 620                     << ". Found " << numLines << ", must be "
 621                     << this->NumLines);
 622       return false;
 623    }
 624    if( numPlanes != this->NumPlanes )
 625    {
 626       vtkErrorMacro(<< "File Z value doesn't match with the previous ones: "
 627                     << file->GetFileName().c_str()
 628                     << ". Found " << numPlanes << ", must be "
 629                     << this->NumPlanes);
 630       return false;
 631    }
 632    if( numComponents != this->NumComponents )
 633    {
 634       vtkErrorMacro(<< "File Components count doesn't match with the previous ones: "
 635                     << file->GetFileName().c_str()
 636                     << ". Found " << numComponents << ", must be "
 637                     << this->NumComponents);
 638       return false;
 639    }
 640    if( pixelSize != this->PixelSize )
 641    {
 642       vtkErrorMacro(<< "File pixel size doesn't match with the previous ones: "
 643                     << file->GetFileName().c_str()
 644                     << ". Found " << pixelSize << ", must be "
 645                     << this->PixelSize);
 646       return false;
 647    }
 648
 649    return true;
 650 }
 651
 652 //-----------------------------------------------------------------------------
 653 // Private
 654 /*
 655  * Remove all file names to the internal list of images to read.
 656  */
 657 void vtkGdcmReader::RemoveAllInternalFileName(void)
 658 {
 659    this->InternalFileNameList.clear();
 660 }
 661
 662 /*
 663  * Adds a file name to the internal list of images to read.
 664  */
 665 void vtkGdcmReader::AddInternalFileName(const char *name)
 666 {
 667    char *LocalName = new char[strlen(name) + 1];
 668    strcpy(LocalName, name);
 669    this->InternalFileNameList.push_back(LocalName);
 670    delete[] LocalName;
 671 }
 672
 673 /*
 674  * Remove all file names to the internal list of images to read.
 675  */
 676 void vtkGdcmReader::RemoveAllInternalFile(void)
 677 {
 678    if(this->OwnFile)
 679    {
 680       for(gdcmFileList::iterator it=InternalFileList.begin();
 681                                  it!=InternalFileList.end();
 682                                  ++it)
 683       {
 684          (*it)->Delete();
 685       }
 686    }
 687    this->InternalFileList.clear();
 688 }
 689
 690 void vtkGdcmReader::IncrementProgress(const unsigned long updateProgressTarget,
 691                                       unsigned long &updateProgressCount)
 692 {
 693    // Update progress related for bad files:
 694    updateProgressCount += this->NumLines;
 695    if (updateProgressTarget > 0)
 696    {
 697       if (!(updateProgressCount%updateProgressTarget))
 698       {
 699          this->UpdateProgress(updateProgressCount/(50.0*updateProgressTarget));
 700       }
 701    }
 702 }
 703
 704 /*
 705  * Loads the contents of the image/volume contained by char *fileName at
 706  * the dest memory address. Returns the size of the data loaded.
 707  */
 708 /*void vtkGdcmReader::LoadImageInMemory(
 709              std::string fileName,
 710              unsigned char *dest,
 711              const unsigned long updateProgressTarget,
 712              unsigned long &updateProgressCount)
 713 {
 714    vtkDebugMacro(<< "Copying to memory image [" << fileName.c_str() << "]");
 715
 716    gdcm::File *f;
 717    f = new gdcm::File();
 718    f->SetLoadMode( LoadMode );
 719    f->SetFileName( fileName.c_str() );
 720    f->Load( );
 721
 722    LoadImageInMemory(f,dest,
 723                      updateProgressTarget,
 724                      updateProgressCount);
 725    delete f;
 726 }*/
 727
 728 /*
 729  * Loads the contents of the image/volume contained by gdcm::File* f at
 730  * the Dest memory address. Returns the size of the data loaded.
 731  * \ param f File to consider. NULL if the file must be skiped
 732  * \remarks Assume that if (f != NULL) then its caracteristics match
 733  * with the previous ones
 734  */
 735 void vtkGdcmReader::LoadImageInMemory(
 736              gdcm::File *f,
 737              unsigned char *dest,
 738              const unsigned long updateProgressTarget,
 739              unsigned long &updateProgressCount)
 740 {
 741    if(!f)
 742       return;
 743
 744    gdcm::FileHelper *fileH = gdcm::FileHelper::New( f );
 745    fileH->SetUserFunction( UserFunction );
 746
 747    int numColumns = f->GetXSize();
 748    int numLines   = f->GetYSize();
 749    int numPlanes  = f->GetZSize();
 750    int numComponents;
 751
 752    if( f->HasLUT() && this->AllowLookupTable )
 753       numComponents = f->GetNumberOfScalarComponentsRaw();
 754    else
 755       numComponents = f->GetNumberOfScalarComponents(); //rgb or mono
 756    vtkDebugMacro(<< "numComponents:" << numComponents);
 757    vtkDebugMacro(<< "Copying to memory image [" << f->GetFileName().c_str() << "]");
 758    //size_t size;
 759
 760    // If the data structure of vtk for image/volume representation
 761    // were straigthforwards the following would be enough:
 762    //    GdcmFile.GetImageDataIntoVector((void*)Dest, size);
 763    // But vtk chooses to invert the lines of an image, that is the last
 764    // line comes first (for some axis related reasons?). Hence we need
 765    // to load the image line by line, starting from the end.
 766
 767    int lineSize   = NumComponents * numColumns * f->GetPixelSize();
 768    int planeSize  = lineSize * numLines;
 769
 770    unsigned char *src;
 771
 772    if( fileH->GetFile()->HasLUT() && AllowLookupTable )
 773    {
 774       // to avoid bcc 5.5 w
 775       /*size               = */ fileH->GetImageDataSize();
 776       src                = (unsigned char*) fileH->GetImageDataRaw();
 777       unsigned char *lut = (unsigned char*) fileH->GetLutRGBA();
 778
 779       if(!this->LookupTable)
 780       {
 781          this->LookupTable = vtkLookupTable::New();
 782       }
 783
 784       this->LookupTable->SetNumberOfTableValues(256);
 785       for (int tmp=0; tmp<256; tmp++)
 786       {
 787          this->LookupTable->SetTableValue(tmp,
 788          (float)lut[4*tmp+0]/255.0,
 789          (float)lut[4*tmp+1]/255.0,
 790          (float)lut[4*tmp+2]/255.0,
 791          1);
 792       }
 793       this->LookupTable->SetRange(0,255);
 794       vtkDataSetAttributes *a = this->GetOutput()->GetPointData();
 795       a->GetScalars()->SetLookupTable(this->LookupTable);
 796       free(lut);
 797    }
 798    else
 799    {
 800       //size = fileH->GetImageDataSize();
 801       // useless - just an accessor;  'size' unused
 802       src  = (unsigned char*)fileH->GetImageData();
 803    }
 804
 805    unsigned char *dst = dest + planeSize - lineSize;
 806    for (int plane = 0; plane < numPlanes; plane++)
 807    {
 808       for (int line = 0; line < numLines; line++)
 809       {
 810          // Copy one line at proper destination:
 811          memcpy((void*)dst, (void*)src, lineSize);
 812          src += lineSize;
 813          dst -= lineSize;
 814          // Update progress related:
 815          if (!(updateProgressCount%updateProgressTarget))
 816          {
 817             this->UpdateProgress(updateProgressCount/(50.0*updateProgressTarget));
 818          }
 819          updateProgressCount++;
 820       }
 821       dst += 2 * planeSize;
 822    }
 823
 824    fileH->Delete();
 825 }
 826
 827 //-----------------------------------------------------------------------------