vtk/vtkGdcmReader.cxx

   1 // $Header: /cvs/public/gdcm/vtk/vtkGdcmReader.cxx,v 1.27 2003/11/12 14:06:36 malaterre Exp $
   2 // //////////////////////////////////////////////////////////////
   3 // WARNING TODO CLENAME
   4 // Actual limitations of this code:
   5 //
   6 // /////// Redundant and unnecessary header parsing
   7 // In it's current state this code actually parses three times the Dicom
   8 // header of a file before the corresponding image gets loaded in the
   9 // ad-hoc vtkData !
  10 // Here is the process:
  11 //  1/ First loading happens in ExecuteInformation which in order to
  12 //     positionate the vtk extents calls CheckFileCoherence. The purpose
  13 //     of CheckFileCoherence is to make sure all the images in the future
  14 //     stack are "homogenous" (same size, same representation...). This
  15 //     can only be achieved by parsing all the Dicom headers...
  16 //  2/ ExecuteData is then responsible for the next two loadings:
  17 //  2a/ ExecuteData calls AllocateOutputData that in turn seems to
  18 //      (indirectely call) ExecuteInformation which ends up in a second
  19 //      header parsing
  20 //  2b/ the core of ExecuteData then needs gdcmFile (which in turns
  21 //      initialises gdcmHeader in the constructor) in order to access
  22 //      the data-image.
  23 //
  24 // Possible solution:
  25 // maintain a list of gdcmFiles (created by say ExecuteInformation) created
  26 // once and for all accross the life of vtkGdcmHeader (it would only load
  27 // new gdcmFile if the user changes the list). ExecuteData would then use
  28 // those gdcmFile and hence avoid calling the construtor:
  29 //  - advantage: the header of the files would only be parser once.
  30 //  - drawback: once execute information is called (i.e. on creation of
  31 //              a vtkGdcmHeader) the gdcmFile structure is loaded in memory.
  32 //              The average size of a gdcmHeader being of 100Ko, is one
  33 //              loads 10 stacks of images with say 200 images each, you
  34 //              end-up with a loss of 200Mo...
  35 //
  36 // /////// Never unallocated memory:
  37 // ExecuteData allocates space for the pixel data [which will get pointed
  38 // by the vtkPointData() through the call
  39 // data->GetPointData()->GetScalars()->SetVoidArray(mem, StackNumPixels, 0);]
  40 // This data is never "freed" neither in the destructor nor when the
  41 // filename list is extended, ExecuteData is called a second (or third)
  42 // time...
  43 // //////////////////////////////////////////////////////////////
  44
  45 #include "gdcmFile.h"
  46 #include "gdcmHeaderHelper.h"
  47 #include "vtkGdcmReader.h"
  48
  49 //#include <stdio.h>
  50 #include <vtkObjectFactory.h>
  51 #include <vtkImageData.h>
  52 #include <vtkPointData.h>
  53 #include <vtkLookupTable.h>
  54
  55
  56 vtkGdcmReader::vtkGdcmReader()
  57 {
  58   // Constructor
  59   this->LookupTable = NULL;
  60 }
  61
  62 //----------------------------------------------------------------------------
  63 vtkGdcmReader::~vtkGdcmReader()
  64 {
  65   this->RemoveAllFileName();
  66   this->InternalFileNameList.clear();
  67   if(this->LookupTable) this->LookupTable->Delete();
  68 }
  69
  70 //----------------------------------------------------------------------------
  71 // Remove all files from the list of images to read.
  72 void vtkGdcmReader::RemoveAllFileName(void)
  73 {
  74   this->FileNameList.clear();
  75 }
  76
  77 //----------------------------------------------------------------------------
  78 // Adds a file name to the list of images to read.
  79 void vtkGdcmReader::AddFileName(const char* name)
  80 {
  81   // We need to bypass the const pointer [since list<>.push_bash() only
  82   // takes a char* (but not a const char*)] by making a local copy:
  83   char * LocalName = new char[strlen(name) + 1];
  84   strcpy(LocalName, name);
  85   this->FileNameList.push_back(LocalName);
  86   this->Modified();
  87   delete[] LocalName;
  88 }
  89
  90 //----------------------------------------------------------------------------
  91 // Sets up a filename to be read.
  92 void vtkGdcmReader::SetFileName(const char *name) {
  93   vtkImageReader2::SetFileName(name);
  94   // Since we maintain a list of filenames, when building a volume,
  95   // (see vtkGdcmReader::AddFileName), we additionaly need to purge
  96   // this list when we manually positionate the filename.
  97   this->FileNameList.clear();
  98   this->Modified();
  99 }
 100
 101 //----------------------------------------------------------------------------
 102 // Adds a file name to the internal list of images to read.
 103 void vtkGdcmReader::RemoveAllInternalFileName(void)
 104 {
 105   this->InternalFileNameList.clear();
 106 }
 107
 108 //----------------------------------------------------------------------------
 109 // Adds a file name to the internal list of images to read.
 110 void vtkGdcmReader::AddInternalFileName(const char* name)
 111 {
 112   char * LocalName = new char[strlen(name) + 1];
 113   strcpy(LocalName, name);
 114   this->InternalFileNameList.push_back(LocalName);
 115   delete[] LocalName;
 116 }
 117
 118 //----------------------------------------------------------------------------
 119 // vtkGdcmReader can have the file names specified through two ways:
 120 // (1) by calling the vtkImageReader2::SetFileName(), SetFilePrefix() and
 121 //     SetFilePattern()
 122 // (2) By successive calls to vtkGdcmReader::AddFileName()
 123 // When the first method was used by caller we need to update the local
 124 // filename list
 125 void vtkGdcmReader::BuildFileListFromPattern()
 126 {
 127    if ((! this->FileNameList.empty()) && this->FileName )
 128      {
 129      vtkErrorMacro("Both file patterns and AddFileName schemes were used");
 130      vtkErrorMacro("Only the files specified with AddFileName shall be used");
 131      return;
 132      }
 133
 134    if (! this->FileNameList.empty()  )
 135      {
 136      vtkDebugMacro("Using the AddFileName specified files");
 137           this->InternalFileNameList=this->FileNameList;
 138      return;
 139      }
 140
 141    if (!this->FileName && !this->FilePattern)
 142      {
 143      vtkErrorMacro("FileNames are not set. Either use AddFileName() or");
 144      vtkErrorMacro("specify a FileName or FilePattern.");
 145      return;
 146      }
 147
 148    this->RemoveAllInternalFileName();
 149    if( this->FileNameList.empty() )
 150      {
 151      //Multiframe case:
 152      this->ComputeInternalFileName(this->DataExtent[4]);
 153      vtkDebugMacro("Adding file " << this->InternalFileName);
 154      this->AddInternalFileName(this->InternalFileName);
 155      }
 156    else
 157      {
 158      //stack of 2D dicom case:
 159      for (int idx = this->DataExtent[4]; idx <= this->DataExtent[5]; ++idx)
 160        {
 161        this->ComputeInternalFileName(idx);
 162        vtkDebugMacro("Adding file " << this->InternalFileName);
 163        this->AddInternalFileName(this->InternalFileName);
 164        }
 165     }
 166 }
 167
 168 //----------------------------------------------------------------------------
 169 // When more than one filename is specified (i.e. we expect loading
 170 // a stack or volume) we need to check that the corresponding images/volumes
 171 // to be loaded are coherent i.e. to make sure:
 172 //     - they all share the same X dimensions
 173 //     - they all share the same Y dimensions
 174 //     - they all share the same ImageType ( 8 bit signed, or unsigned...)
 175 //
 176 // Eventually, we emit a warning when all the files do NOT share the
 177 // Z dimension, since we can still build a stack but the
 178 // files are not coherent in Z, which is probably a source a trouble...
 179 //   When files are not readable (either the file cannot be opened or
 180 // because gdcm cannot parse it), they are flagged as "GDCM_UNREADABLE".
 181 //   This method returns the total number of planar images to be loaded
 182 // (i.e. an image represents one plane, but a volume represents many planes)
 183 int vtkGdcmReader::CheckFileCoherence()
 184 {
 185    int ReturnedTotalNumberOfPlanes = 0;   // The returned value.
 186
 187    this->BuildFileListFromPattern();
 188    if (this->InternalFileNameList.empty())
 189      {
 190      vtkErrorMacro("FileNames are not set.");
 191      return 0;
 192      }
 193
 194    bool FoundReferenceFile = false;
 195    int  ReferenceNZ = 0;
 196
 197    // Loop on the filenames:
 198    // - check for their existence and gdcm "parsability"
 199    // - get the coherence check done:
 200    for (std::list<std::string>::iterator FileName  = InternalFileNameList.begin();
 201                                         FileName != InternalFileNameList.end();
 202                                       ++FileName)
 203      {
 204      // The file is always added in the number of planes
 205      //  - If file doesn't exist, it will be replaced by a black plane in the
 206      //    ExecuteData method
 207      //  - If file has more than 1 plane, other planes will be added later to
 208      //    to the ReturnedTotalNumberOfPlanes variable counter
 209      ReturnedTotalNumberOfPlanes += 1;
 210
 211      /////// Stage 0: check for file name:
 212           if(*FileName==std::string("GDCM_UNREADABLE"))
 213                   continue;
 214
 215      /////// Stage 1: check for file readability:
 216      // Stage 1.1: check for file existence.
 217      FILE *fp;
 218      fp = fopen(FileName->c_str(),"rb");
 219      if (!fp)
 220        {
 221        vtkErrorMacro("Unable to open file " << FileName->c_str());
 222        vtkErrorMacro("Removing this file from readed files "
 223                      << FileName->c_str());
 224        *FileName = "GDCM_UNREADABLE";
 225        continue;
 226        }
 227      fclose(fp);
 228
 229      // Stage 1.2: check for Gdcm parsability
 230      gdcmHeaderHelper GdcmHeader(FileName->c_str());
 231      if (!GdcmHeader.IsReadable())
 232        {
 233        vtkErrorMacro("Gdcm cannot parse file " << FileName->c_str());
 234        vtkErrorMacro("Removing this file from readed files "
 235                      << FileName->c_str());
 236        *FileName = "GDCM_UNREADABLE";
 237        continue;
 238        }
 239
 240      // Stage 1.3: further gdcm compatibility on PixelType
 241      std::string type = GdcmHeader.GetPixelType();
 242      if (   (type !=  "8U") && (type !=  "8S")
 243          && (type != "16U") && (type != "16S")
 244          && (type != "32U") && (type != "32S") )
 245        {
 246        vtkErrorMacro("Bad File Type for file" << FileName->c_str());
 247        vtkErrorMacro("                      " << type.c_str());
 248        vtkErrorMacro("Removing this file from readed files "
 249                      << FileName->c_str());
 250        *FileName = "GDCM_UNREADABLE";
 251        continue;
 252        }
 253
 254      /////// Stage 2: check coherence of the set of files
 255      int NX = GdcmHeader.GetXSize();
 256      int NY = GdcmHeader.GetYSize();
 257      int NZ = GdcmHeader.GetZSize();
 258      if (FoundReferenceFile)
 259        {
 260
 261        // Stage 2.1: mandatory coherence stage:
 262        if (   ( NX   != this->NumColumns )
 263            || ( NY   != this->NumLines )
 264            || ( type != this->ImageType ) )
 265          {
 266          vtkErrorMacro("This file is not coherent with previous ones"
 267                        << FileName->c_str());
 268          vtkErrorMacro("Removing this file from readed files "
 269                        << FileName->c_str());
 270          *FileName = "GDCM_UNREADABLE";
 271          continue;
 272          }
 273
 274        // Stage 2.2: optional coherence stage
 275        if ( NZ != ReferenceNZ )
 276          {
 277          vtkErrorMacro("File is not coherent in Z with previous ones"
 278                        << FileName->c_str());
 279          }
 280        else
 281          {
 282          vtkDebugMacro("File is coherent with previous ones"
 283                        << FileName->c_str());
 284          }
 285
 286        // Stage 2.3: when the file contains a volume (as opposed to an image),
 287        // notify the caller.
 288        if (NZ > 1)
 289          {
 290          vtkErrorMacro("This file contains multiple planes (images)"
 291                        << FileName->c_str());
 292          }
 293
 294        // Eventually, this file can be added on the stack. Update the
 295        // full size of the stack
 296        vtkDebugMacro("Number of planes added to the stack: " << NZ);
 297        ReturnedTotalNumberOfPlanes += NZ - 1; // First plane already added
 298        continue;
 299
 300        } else {
 301        // We didn't have a workable reference file yet. Set this one
 302        // as the reference.
 303        FoundReferenceFile = true;
 304        vtkDebugMacro("This file taken as coherence reference:"
 305                      << FileName->c_str());
 306        vtkDebugMacro("Image dimension of reference file as read from Gdcm:" <<
 307                      NX << " " << NY << " " << NZ);
 308        vtkDebugMacro("Number of planes added to the stack: " << NZ);
 309        // Set aside the size of the image
 310        this->NumColumns = NX;
 311        this->NumLines   = NY;
 312        ReferenceNZ      = NZ;
 313        ReturnedTotalNumberOfPlanes += NZ - 1; // First plane already added
 314        this->ImageType = type;
 315        this->PixelSize = GdcmHeader.GetPixelSize();
 316
 317        if( GdcmHeader.HasLUT() )
 318          {
 319          this->NumComponents = GdcmHeader.GetNumberOfScalarComponentsRaw();
 320          }
 321        else
 322          {
 323          this->NumComponents = GdcmHeader.GetNumberOfScalarComponents(); //rgb or mono
 324          }
 325
 326        //Set image spacing
 327        this->DataSpacing[0] = GdcmHeader.GetXSpacing();
 328        this->DataSpacing[1] = GdcmHeader.GetYSpacing();
 329        this->DataSpacing[2] = GdcmHeader.GetZSpacing();
 330
 331        //Set image origin
 332        this->DataOrigin[0] = GdcmHeader.GetXOrigin();
 333        this->DataOrigin[1] = GdcmHeader.GetYOrigin();
 334        this->DataOrigin[2] = GdcmHeader.GetZOrigin();
 335
 336        }
 337      } // End of loop on FileName
 338
 339    ///////// The files we CANNOT load are flaged. On debugging purposes
 340    // count the loadable number of files and display their number:
 341    int NumberCoherentFiles = 0;
 342    for (std::list<std::string>::iterator Filename  = InternalFileNameList.begin();
 343                                         Filename != InternalFileNameList.end();
 344                                       ++Filename)
 345      {
 346      if (*Filename != "GDCM_UNREADABLE")
 347         NumberCoherentFiles++;
 348      }
 349    vtkDebugMacro("Number of coherent files: " << NumberCoherentFiles);
 350
 351    if (ReturnedTotalNumberOfPlanes == 0)
 352      {
 353      vtkErrorMacro("No loadable file.");
 354      }
 355
 356    vtkDebugMacro("Total number of planes on the stack: "
 357                  << ReturnedTotalNumberOfPlanes);
 358
 359         return ReturnedTotalNumberOfPlanes;
 360 }
 361
 362 //----------------------------------------------------------------------------
 363 // Configure the output e.g. WholeExtent, spacing, origin, scalar type...
 364 void vtkGdcmReader::ExecuteInformation()
 365 {
 366   this->TotalNumberOfPlanes = this->CheckFileCoherence();
 367   if ( this->TotalNumberOfPlanes == 0)
 368     {
 369        vtkErrorMacro("File set is not coherent. Exiting...");
 370        return;
 371     }
 372
 373   // if the user has not set the extent, but has set the VOI
 374   // set the z axis extent to the VOI z axis
 375   if (this->DataExtent[4]==0 && this->DataExtent[5] == 0 &&
 376      (this->DataVOI[4] || this->DataVOI[5]))
 377     {
 378     this->DataExtent[4] = this->DataVOI[4];
 379     this->DataExtent[5] = this->DataVOI[5];
 380     }
 381
 382   // When the user has set the VOI, check it's coherence with the file content.
 383   if (this->DataVOI[0] || this->DataVOI[1] ||
 384       this->DataVOI[2] || this->DataVOI[3] ||
 385       this->DataVOI[4] || this->DataVOI[5])
 386     {
 387     if ((this->DataVOI[0] < 0) ||
 388         (this->DataVOI[1] >= this->NumColumns) ||
 389         (this->DataVOI[2] < 0) ||
 390         (this->DataVOI[3] >= this->NumLines) ||
 391         (this->DataVOI[4] < 0) ||
 392         (this->DataVOI[5] >= this->TotalNumberOfPlanes ))
 393       {
 394       vtkWarningMacro("The requested VOI is larger than expected extent.");
 395       this->DataVOI[0] = 0;
 396       this->DataVOI[1] = this->NumColumns - 1;
 397       this->DataVOI[2] = 0;
 398       this->DataVOI[3] = this->NumLines - 1;
 399       this->DataVOI[4] = 0;
 400       this->DataVOI[5] = this->TotalNumberOfPlanes - 1;
 401       }
 402     }
 403
 404   // Positionate the Extent.
 405   this->DataExtent[0] = 0;
 406   this->DataExtent[1] = this->NumColumns - 1;
 407   this->DataExtent[2] = 0;
 408   this->DataExtent[3] = this->NumLines - 1;
 409   this->DataExtent[4] = 0;
 410   this->DataExtent[5] = this->TotalNumberOfPlanes - 1;
 411
 412   // We don't need to positionate the Endian related stuff (by using
 413   // this->SetDataByteOrderToBigEndian() or SetDataByteOrderToLittleEndian()
 414   // since the reading of the file is done by gdcm.
 415   // But we do need to set up the data type for downstream filters:
 416   if      ( ImageType == "8U" )
 417     {
 418     vtkDebugMacro("8 bits unsigned image");
 419     this->SetDataScalarTypeToUnsignedChar();
 420     }
 421   else if ( ImageType == "8S" )
 422     {
 423     vtkErrorMacro("Cannot handle 8 bit signed files");
 424     return;
 425     }
 426   else if ( ImageType == "16U" )
 427     {
 428     vtkDebugMacro("16 bits unsigned image");
 429     this->SetDataScalarTypeToUnsignedShort();
 430     }
 431   else if ( ImageType == "16S" )
 432     {
 433     vtkDebugMacro("16 bits signed image");
 434     this->SetDataScalarTypeToShort();
 435     //vtkErrorMacro("Cannot handle 16 bit signed files");
 436     }
 437   else if ( ImageType == "32U" )
 438     {
 439     vtkDebugMacro("32 bits unsigned image");
 440     vtkDebugMacro("WARNING: forced to signed int !");
 441     this->SetDataScalarTypeToInt();
 442     }
 443   else if ( ImageType == "32S" )
 444     {
 445     vtkDebugMacro("32 bits signed image");
 446     this->SetDataScalarTypeToInt();
 447     }
 448
 449   //Set number of scalar components:
 450   this->SetNumberOfScalarComponents(this->NumComponents);
 451
 452   vtkImageReader::ExecuteInformation();
 453 }
 454
 455 //----------------------------------------------------------------------------
 456 // Loads the contents of the image/volume contained by Filename at
 457 // the Dest memory address. Returns the size of the data loaded.
 458 size_t vtkGdcmReader::LoadImageInMemory(
 459              std::string FileName,
 460              unsigned char * Dest,
 461              const unsigned long UpdateProgressTarget,
 462              unsigned long & UpdateProgressCount)
 463 {
 464   vtkDebugMacro("Copying to memory image" << FileName.c_str());
 465   gdcmFile GdcmFile(FileName.c_str());
 466   size_t size;
 467
 468   // If the data structure of vtk for image/volume representation
 469   // were straigthforwards the following would suffice:
 470   //    GdcmFile.GetImageDataIntoVector((void*)Dest, size);
 471   // But vtk chooses to invert the lines of an image, that is the last
 472   // line comes first (for some axis related reasons?). Hence we need
 473   // to load the image line by line, starting from the end.
 474   int NumColumns = GdcmFile.GetXSize();
 475   int NumLines   = GdcmFile.GetYSize();
 476   int NumPlanes  = GdcmFile.GetZSize();
 477   int LineSize   = NumComponents * NumColumns * GdcmFile.GetPixelSize();
 478
 479   unsigned char * Source;
 480   if( GdcmFile.HasLUT() )
 481     {
 482     size               = GdcmFile.GetImageDataSizeRaw();
 483     Source             = (unsigned char*) GdcmFile.GetImageDataRaw();
 484     unsigned char *Lut = (unsigned char*) GdcmFile.GetLUTRGBA();
 485
 486     if(!this->LookupTable) this->LookupTable = vtkLookupTable::New();
 487     this->LookupTable->SetNumberOfTableValues(256);
 488     for (int tmp=0; tmp<256; tmp++)
 489       {
 490       this->LookupTable->SetTableValue(tmp,
 491         (float)Lut[4*tmp+0]/255.0,
 492         (float)Lut[4*tmp+1]/255.0,
 493         (float)Lut[4*tmp+2]/255.0,
 494         1);
 495       }
 496     this->LookupTable->SetRange(0,255);
 497     vtkDataSetAttributes *a=this->GetOutput()->GetPointData();
 498     a->GetScalars()->SetLookupTable(this->LookupTable);
 499     free(Lut);
 500     }
 501   else
 502     {
 503     size        = GdcmFile.GetImageDataSize();
 504     Source      = (unsigned char*)GdcmFile.GetImageData();
 505     }
 506   unsigned char * pSource     = Source; //pointer for later deletion
 507   unsigned char * Destination = Dest + size - LineSize;
 508
 509   for (int plane = 0; plane < NumPlanes; plane++)
 510     {
 511     for (int line = 0; line < NumLines; line++)
 512       {
 513       // Copy one line at proper destination:
 514       memcpy((void*)Destination, (void*)Source, LineSize);
 515       Source      += LineSize;
 516       Destination -= LineSize;
 517       // Update progress related:
 518       if (!(UpdateProgressCount%UpdateProgressTarget))
 519         {
 520         this->UpdateProgress(UpdateProgressCount/(50.0*UpdateProgressTarget));
 521         }
 522       UpdateProgressCount++;
 523       }
 524     }
 525   //GetImageData allocate a (void*)malloc, remove it:
 526   free(pSource);
 527
 528   return size;
 529 }
 530
 531 //----------------------------------------------------------------------------
 532 // Update => ouput->Update => UpdateData => Execute => ExecuteData
 533 // (see vtkSource.cxx for last step).
 534 // This function (redefinition of vtkImageReader::ExecuteData, see
 535 // VTK/IO/vtkImageReader.cxx) reads a data from a file. The datas
 536 // extent/axes are assumed to be the same as the file extent/order.
 537 void vtkGdcmReader::ExecuteData(vtkDataObject *output)
 538 {
 539   if (this->InternalFileNameList.empty())
 540     {
 541     vtkErrorMacro("A least a valid FileName must be specified.");
 542     return;
 543     }
 544
 545   // FIXME : extraneous parsing of header is made when allocating OuputData
 546   vtkImageData *data = this->AllocateOutputData(output);
 547   data->SetExtent(this->DataExtent);
 548   data->GetPointData()->GetScalars()->SetName("DicomImage-Volume");
 549
 550   // Test if output has valid extent
 551   // Prevent memory errors
 552   if((this->DataExtent[1]-this->DataExtent[0]>=0) &&
 553      (this->DataExtent[3]-this->DataExtent[2]>=0) &&
 554      (this->DataExtent[5]-this->DataExtent[4]>=0))
 555     {
 556     // The memory size for a full stack of images of course depends
 557     // on the number of planes and the size of each image:
 558     size_t StackNumPixels = this->NumColumns * this->NumLines
 559                           * this->TotalNumberOfPlanes * this->NumComponents;
 560     size_t stack_size = StackNumPixels * this->PixelSize;
 561     // Allocate pixel data space itself.
 562     unsigned char *mem = new unsigned char [stack_size];
 563
 564     // Variables for the UpdateProgress. We shall use 50 steps to signify
 565     // the advance of the process:
 566     unsigned long UpdateProgressTarget = (unsigned long) ceil (this->NumLines
 567                                        * this->TotalNumberOfPlanes
 568                                        / 50.0);
 569     // The actual advance measure:
 570     unsigned long UpdateProgressCount = 0;
 571
 572     // Feeling the allocated memory space with each image/volume:
 573     unsigned char * Dest = mem;
 574     for (std::list<std::string>::iterator FileName  = InternalFileNameList.begin();
 575                                           FileName != InternalFileNameList.end();
 576                                         ++FileName)
 577       {
 578       // Images that were tagged as unreadable in CheckFileCoherence()
 579       // are substituted with a black image to let the caller visually
 580       // notice something wrong is going on:
 581       if (*FileName != "GDCM_UNREADABLE")
 582         {
 583         // Update progress related for good files is made in LoadImageInMemory
 584         Dest += this->LoadImageInMemory(*FileName, Dest,
 585                                         UpdateProgressTarget,
 586                                         UpdateProgressCount);
 587         } else {
 588         // We insert a black image in the stack for the user to be aware that
 589         // this image/volume couldn't be loaded. We simply skip one image
 590         // size:
 591         Dest += this->NumColumns * this->NumLines * this->PixelSize;
 592
 593         // Update progress related for bad files:
 594         UpdateProgressCount += this->NumLines;
 595         if (UpdateProgressTarget > 0)
 596                       {
 597           if (!(UpdateProgressCount%UpdateProgressTarget))
 598             {
 599                         this->UpdateProgress(UpdateProgressCount/(50.0*UpdateProgressTarget));
 600             }
 601                       }
 602         } // Else, file not loadable
 603       } // Loop on files
 604
 605     // The "size" of the vtkScalars data is expressed in number of points,
 606     // and is not the memory size representing those points:
 607     data->GetPointData()->GetScalars()->SetVoidArray(mem, StackNumPixels, 0);
 608     //don't know why it's here, it's calling one more time ExecuteInformation:
 609     //this->Modified();
 610     }
 611 }
 612
 613 //----------------------------------------------------------------------------
 614 void vtkGdcmReader::PrintSelf(ostream& os, vtkIndent indent)
 615 {
 616   vtkImageReader::PrintSelf(os,indent);
 617   os << indent << "Filenames  : " << endl;
 618   vtkIndent nextIndent = indent.GetNextIndent();
 619   for (std::list<std::string>::iterator FileName  = FileNameList.begin();
 620                                         FileName != FileNameList.end();
 621                                       ++FileName)
 622     {
 623     os << nextIndent << FileName->c_str() << endl ;
 624     }
 625 }