vtk/vtkGdcmReader.cxx

   1 // vtkGdcmReader.cxx
   2 //-----------------------------------------------------------------------------
   3 // //////////////////////////////////////////////////////////////
   4 // WARNING TODO CLENAME
   5 // Actual limitations of this code:
   6 //
   7 // /////// Redundant and unnecessary header parsing
   8 // In it's current state this code actually parses three times the Dicom
   9 // header of a file before the corresponding image gets loaded in the
  10 // ad-hoc vtkData !
  11 // Here is the process:
  12 //  1/ First loading happens in ExecuteInformation which in order to
  13 //     positionate the vtk extents calls CheckFileCoherence. The purpose
  14 //     of CheckFileCoherence is to make sure all the images in the future
  15 //     stack are "homogenous" (same size, same representation...). This
  16 //     can only be achieved by parsing all the Dicom headers...
  17 //  2/ ExecuteData is then responsible for the next two loadings:
  18 //  2a/ ExecuteData calls AllocateOutputData that in turn seems to
  19 //      (indirectely call) ExecuteInformation which ends up in a second
  20 //      header parsing
  21 //  2b/ the core of ExecuteData then needs gdcmFile (which in turns
  22 //      initialises gdcmHeader in the constructor) in order to access
  23 //      the data-image.
  24 //
  25 // Possible solution:
  26 // maintain a list of gdcmFiles (created by say ExecuteInformation) created
  27 // once and for all accross the life of vtkGdcmHeader (it would only load
  28 // new gdcmFile if the user changes the list). ExecuteData would then use
  29 // those gdcmFile and hence avoid calling the construtor:
  30 //  - advantage: the header of the files would only be parser once.
  31 //  - drawback: once execute information is called (i.e. on creation of
  32 //              a vtkGdcmHeader) the gdcmFile structure is loaded in memory.
  33 //              The average size of a gdcmHeader being of 100Ko, is one
  34 //              loads 10 stacks of images with say 200 images each, you
  35 //              end-up with a loss of 200Mo...
  36 //
  37 // /////// Never unallocated memory:
  38 // ExecuteData allocates space for the pixel data [which will get pointed
  39 // by the vtkPointData() through the call
  40 // data->GetPointData()->GetScalars()->SetVoidArray(mem, StackNumPixels, 0);]
  41 // This data is never "freed" neither in the destructor nor when the
  42 // filename list is extended, ExecuteData is called a second (or third)
  43 // time...
  44 // //////////////////////////////////////////////////////////////
  45
  46 #include "gdcmFile.h"
  47 #include "gdcmHeaderHelper.h"
  48 #include "vtkGdcmReader.h"
  49
  50 //#include <stdio.h>
  51 #include <vtkObjectFactory.h>
  52 #include <vtkImageData.h>
  53 #include <vtkPointData.h>
  54 #include <vtkLookupTable.h>
  55
  56 //-----------------------------------------------------------------------------
  57 // Constructor / Destructor
  58 vtkGdcmReader::vtkGdcmReader()
  59 {
  60    this->LookupTable = NULL;
  61 }
  62
  63 vtkGdcmReader::~vtkGdcmReader()
  64 {
  65    this->RemoveAllFileName();
  66    this->InternalFileNameList.clear();
  67    if(this->LookupTable)
  68       this->LookupTable->Delete();
  69 }
  70
  71 //-----------------------------------------------------------------------------
  72 // Print
  73 void vtkGdcmReader::PrintSelf(ostream& os, vtkIndent indent)
  74 {
  75   vtkImageReader::PrintSelf(os,indent);
  76   os << indent << "Filenames  : " << endl;
  77   vtkIndent nextIndent = indent.GetNextIndent();
  78   for (std::list<std::string>::iterator FileName  = FileNameList.begin();
  79                                         FileName != FileNameList.end();
  80                                       ++FileName)
  81     {
  82     os << nextIndent << FileName->c_str() << endl ;
  83     }
  84 }
  85
  86 //-----------------------------------------------------------------------------
  87 // Public
  88 /*
  89  * Remove all files from the list of images to read.
  90  */
  91 void vtkGdcmReader::RemoveAllFileName(void)
  92 {
  93    this->FileNameList.clear();
  94 }
  95
  96 /*
  97  * Adds a file name to the list of images to read.
  98  */
  99 void vtkGdcmReader::AddFileName(const char* name)
 100 {
 101    // We need to bypass the const pointer [since list<>.push_bash() only
 102    // takes a char* (but not a const char*)] by making a local copy:
 103    char * LocalName = new char[strlen(name) + 1];
 104    strcpy(LocalName, name);
 105    this->FileNameList.push_back(LocalName);
 106    this->Modified();
 107    delete[] LocalName;
 108 }
 109
 110 /*
 111  * Sets up a filename to be read.
 112  */
 113 void vtkGdcmReader::SetFileName(const char *name)
 114 {
 115    vtkImageReader2::SetFileName(name);
 116    // Since we maintain a list of filenames, when building a volume,
 117    // (see vtkGdcmReader::AddFileName), we additionaly need to purge
 118    // this list when we manually positionate the filename.
 119    this->FileNameList.clear();
 120    this->Modified();
 121 }
 122
 123 //-----------------------------------------------------------------------------
 124 // Protected
 125 /*
 126  * Configure the output e.g. WholeExtent, spacing, origin, scalar type...
 127  */
 128 void vtkGdcmReader::ExecuteInformation()
 129 {
 130    this->TotalNumberOfPlanes = this->CheckFileCoherence();
 131    if ( this->TotalNumberOfPlanes == 0)
 132    {
 133       vtkErrorMacro("File set is not coherent. Exiting...");
 134       return;
 135    }
 136
 137    // if the user has not set the extent, but has set the VOI
 138    // set the z axis extent to the VOI z axis
 139    if (this->DataExtent[4]==0 && this->DataExtent[5] == 0 &&
 140    (this->DataVOI[4] || this->DataVOI[5]))
 141    {
 142       this->DataExtent[4] = this->DataVOI[4];
 143       this->DataExtent[5] = this->DataVOI[5];
 144    }
 145
 146    // When the user has set the VOI, check it's coherence with the file content.
 147    if (this->DataVOI[0] || this->DataVOI[1] ||
 148    this->DataVOI[2] || this->DataVOI[3] ||
 149    this->DataVOI[4] || this->DataVOI[5])
 150    {
 151       if ((this->DataVOI[0] < 0) ||
 152           (this->DataVOI[1] >= this->NumColumns) ||
 153           (this->DataVOI[2] < 0) ||
 154           (this->DataVOI[3] >= this->NumLines) ||
 155           (this->DataVOI[4] < 0) ||
 156           (this->DataVOI[5] >= this->TotalNumberOfPlanes ))
 157       {
 158          vtkWarningMacro("The requested VOI is larger than expected extent.");
 159          this->DataVOI[0] = 0;
 160          this->DataVOI[1] = this->NumColumns - 1;
 161          this->DataVOI[2] = 0;
 162          this->DataVOI[3] = this->NumLines - 1;
 163          this->DataVOI[4] = 0;
 164          this->DataVOI[5] = this->TotalNumberOfPlanes - 1;
 165       }
 166    }
 167
 168    // Positionate the Extent.
 169    this->DataExtent[0] = 0;
 170    this->DataExtent[1] = this->NumColumns - 1;
 171    this->DataExtent[2] = 0;
 172    this->DataExtent[3] = this->NumLines - 1;
 173    this->DataExtent[4] = 0;
 174    this->DataExtent[5] = this->TotalNumberOfPlanes - 1;
 175
 176    // We don't need to positionate the Endian related stuff (by using
 177    // this->SetDataByteOrderToBigEndian() or SetDataByteOrderToLittleEndian()
 178    // since the reading of the file is done by gdcm.
 179    // But we do need to set up the data type for downstream filters:
 180    if      ( ImageType == "8U" )
 181    {
 182       vtkDebugMacro("8 bits unsigned image");
 183       this->SetDataScalarTypeToUnsignedChar();
 184    }
 185    else if ( ImageType == "8S" )
 186    {
 187       vtkErrorMacro("Cannot handle 8 bit signed files");
 188       return;
 189    }
 190    else if ( ImageType == "16U" )
 191    {
 192       vtkDebugMacro("16 bits unsigned image");
 193       this->SetDataScalarTypeToUnsignedShort();
 194    }
 195    else if ( ImageType == "16S" )
 196    {
 197       vtkDebugMacro("16 bits signed image");
 198       this->SetDataScalarTypeToShort();
 199       //vtkErrorMacro("Cannot handle 16 bit signed files");
 200    }
 201    else if ( ImageType == "32U" )
 202    {
 203       vtkDebugMacro("32 bits unsigned image");
 204       vtkDebugMacro("WARNING: forced to signed int !");
 205       this->SetDataScalarTypeToInt();
 206    }
 207    else if ( ImageType == "32S" )
 208    {
 209       vtkDebugMacro("32 bits signed image");
 210       this->SetDataScalarTypeToInt();
 211    }
 212
 213    //Set number of scalar components:
 214    this->SetNumberOfScalarComponents(this->NumComponents);
 215
 216    vtkImageReader::ExecuteInformation();
 217 }
 218
 219 /*
 220  * Update => ouput->Update => UpdateData => Execute => ExecuteData
 221  * (see vtkSource.cxx for last step).
 222  * This function (redefinition of vtkImageReader::ExecuteData, see
 223  * VTK/IO/vtkImageReader.cxx) reads a data from a file. The datas
 224  * extent/axes are assumed to be the same as the file extent/order.
 225  */
 226 void vtkGdcmReader::ExecuteData(vtkDataObject *output)
 227 {
 228    if (this->InternalFileNameList.empty())
 229    {
 230       vtkErrorMacro("A least a valid FileName must be specified.");
 231       return;
 232    }
 233
 234    // FIXME : extraneous parsing of header is made when allocating OuputData
 235    vtkImageData *data = this->AllocateOutputData(output);
 236    data->SetExtent(this->DataExtent);
 237    data->GetPointData()->GetScalars()->SetName("DicomImage-Volume");
 238
 239    // Test if output has valid extent
 240    // Prevent memory errors
 241    if((this->DataExtent[1]-this->DataExtent[0]>=0) &&
 242       (this->DataExtent[3]-this->DataExtent[2]>=0) &&
 243       (this->DataExtent[5]-this->DataExtent[4]>=0))
 244    {
 245       // The memory size for a full stack of images of course depends
 246       // on the number of planes and the size of each image:
 247       size_t StackNumPixels = this->NumColumns * this->NumLines
 248                             * this->TotalNumberOfPlanes * this->NumComponents;
 249       size_t stack_size = StackNumPixels * this->PixelSize;
 250       // Allocate pixel data space itself.
 251       unsigned char *mem = new unsigned char [stack_size];
 252
 253       // Variables for the UpdateProgress. We shall use 50 steps to signify
 254       // the advance of the process:
 255       unsigned long UpdateProgressTarget = (unsigned long) ceil (this->NumLines
 256                                          * this->TotalNumberOfPlanes
 257                                          / 50.0);
 258       // The actual advance measure:
 259       unsigned long UpdateProgressCount = 0;
 260
 261       // Feeling the allocated memory space with each image/volume:
 262       unsigned char * Dest = mem;
 263       for (std::list<std::string>::iterator FileName  = InternalFileNameList.begin();
 264            FileName != InternalFileNameList.end();
 265            ++FileName)
 266       {
 267          // Images that were tagged as unreadable in CheckFileCoherence()
 268          // are substituted with a black image to let the caller visually
 269          // notice something wrong is going on:
 270          if (*FileName != "GDCM_UNREADABLE")
 271          {
 272             // Update progress related for good files is made in LoadImageInMemory
 273             Dest += this->LoadImageInMemory(*FileName, Dest,
 274                                             UpdateProgressTarget,
 275                                             UpdateProgressCount);
 276          }
 277          else
 278          {
 279             // We insert a black image in the stack for the user to be aware that
 280             // this image/volume couldn't be loaded. We simply skip one image
 281             // size:
 282             Dest += this->NumColumns * this->NumLines * this->PixelSize;
 283
 284             // Update progress related for bad files:
 285             UpdateProgressCount += this->NumLines;
 286             if (UpdateProgressTarget > 0)
 287             {
 288                if (!(UpdateProgressCount%UpdateProgressTarget))
 289                {
 290                   this->UpdateProgress(UpdateProgressCount/(50.0*UpdateProgressTarget));
 291                }
 292             }
 293          } // Else, file not loadable
 294       } // Loop on files
 295
 296       // The "size" of the vtkScalars data is expressed in number of points,
 297       // and is not the memory size representing those points:
 298       data->GetPointData()->GetScalars()->SetVoidArray(mem, StackNumPixels, 0);
 299       //don't know why it's here, it's calling one more time ExecuteInformation:
 300       //this->Modified();
 301    }
 302 }
 303
 304 /*
 305  * vtkGdcmReader can have the file names specified through two ways:
 306  * (1) by calling the vtkImageReader2::SetFileName(), SetFilePrefix() and
 307  *     SetFilePattern()
 308  * (2) By successive calls to vtkGdcmReader::AddFileName()
 309  * When the first method was used by caller we need to update the local
 310  * filename list
 311  */
 312 void vtkGdcmReader::BuildFileListFromPattern()
 313 {
 314    if ((! this->FileNameList.empty()) && this->FileName )
 315    {
 316       vtkErrorMacro("Both file patterns and AddFileName schemes were used");
 317       vtkErrorMacro("Only the files specified with AddFileName shall be used");
 318       return;
 319    }
 320
 321    if (! this->FileNameList.empty()  )
 322    {
 323       vtkDebugMacro("Using the AddFileName specified files");
 324       this->InternalFileNameList=this->FileNameList;
 325       return;
 326    }
 327
 328    if (!this->FileName && !this->FilePattern)
 329    {
 330       vtkErrorMacro("FileNames are not set. Either use AddFileName() or");
 331       vtkErrorMacro("specify a FileName or FilePattern.");
 332       return;
 333    }
 334
 335    this->RemoveAllInternalFileName();
 336    if( this->FileNameList.empty() )
 337    {
 338       //Multiframe case:
 339       this->ComputeInternalFileName(this->DataExtent[4]);
 340       vtkDebugMacro("Adding file " << this->InternalFileName);
 341       this->AddInternalFileName(this->InternalFileName);
 342    }
 343    else
 344    {
 345       //stack of 2D dicom case:
 346       for (int idx = this->DataExtent[4]; idx <= this->DataExtent[5]; ++idx)
 347       {
 348          this->ComputeInternalFileName(idx);
 349          vtkDebugMacro("Adding file " << this->InternalFileName);
 350          this->AddInternalFileName(this->InternalFileName);
 351       }
 352    }
 353 }
 354
 355 /*
 356  * When more than one filename is specified (i.e. we expect loading
 357  * a stack or volume) we need to check that the corresponding images/volumes
 358  * to be loaded are coherent i.e. to make sure:
 359  *     - they all share the same X dimensions
 360  *     - they all share the same Y dimensions
 361  *     - they all share the same ImageType ( 8 bit signed, or unsigned...)
 362  *
 363  * Eventually, we emit a warning when all the files do NOT share the
 364  * Z dimension, since we can still build a stack but the
 365  * files are not coherent in Z, which is probably a source a trouble...
 366  *   When files are not readable (either the file cannot be opened or
 367  * because gdcm cannot parse it), they are flagged as "GDCM_UNREADABLE".
 368  *   This method returns the total number of planar images to be loaded
 369  * (i.e. an image represents one plane, but a volume represents many planes)
 370  */
 371 int vtkGdcmReader::CheckFileCoherence()
 372 {
 373    int ReturnedTotalNumberOfPlanes = 0;   // The returned value.
 374
 375    this->BuildFileListFromPattern();
 376    if (this->InternalFileNameList.empty())
 377    {
 378       vtkErrorMacro("FileNames are not set.");
 379       return 0;
 380    }
 381
 382    bool FoundReferenceFile = false;
 383    int  ReferenceNZ = 0;
 384
 385    // Loop on the filenames:
 386    // - check for their existence and gdcm "parsability"
 387    // - get the coherence check done:
 388    for (std::list<std::string>::iterator FileName = InternalFileNameList.begin();
 389         FileName != InternalFileNameList.end();
 390         ++FileName)
 391    {
 392       // The file is always added in the number of planes
 393       //  - If file doesn't exist, it will be replaced by a black plane in the
 394       //    ExecuteData method
 395       //  - If file has more than 1 plane, other planes will be added later to
 396       //    to the ReturnedTotalNumberOfPlanes variable counter
 397       ReturnedTotalNumberOfPlanes += 1;
 398
 399       /////// Stage 0: check for file name:
 400       if(*FileName==std::string("GDCM_UNREADABLE"))
 401          continue;
 402
 403       /////// Stage 1: check for file readability:
 404       // Stage 1.1: check for file existence.
 405       FILE *fp;
 406       fp = fopen(FileName->c_str(),"rb");
 407       if (!fp)
 408       {
 409          vtkErrorMacro("Unable to open file " << FileName->c_str());
 410          vtkErrorMacro("Removing this file from readed files "
 411                      << FileName->c_str());
 412          *FileName = "GDCM_UNREADABLE";
 413          continue;
 414       }
 415       fclose(fp);
 416
 417       // Stage 1.2: check for Gdcm parsability
 418       gdcmHeaderHelper GdcmHeader(FileName->c_str());
 419       if (!GdcmHeader.IsReadable())
 420       {
 421          vtkErrorMacro("Gdcm cannot parse file " << FileName->c_str());
 422          vtkErrorMacro("Removing this file from readed files "
 423                         << FileName->c_str());
 424          *FileName = "GDCM_UNREADABLE";
 425          continue;
 426       }
 427
 428       // Stage 1.3: further gdcm compatibility on PixelType
 429       std::string type = GdcmHeader.GetPixelType();
 430       if (   (type !=  "8U") && (type !=  "8S")
 431       && (type != "16U") && (type != "16S")
 432       && (type != "32U") && (type != "32S") )
 433       {
 434          vtkErrorMacro("Bad File Type for file" << FileName->c_str());
 435          vtkErrorMacro("                      " << type.c_str());
 436          vtkErrorMacro("Removing this file from readed files "
 437                         << FileName->c_str());
 438          *FileName = "GDCM_UNREADABLE";
 439          continue;
 440       }
 441
 442       // Stage 2: check coherence of the set of files
 443       int NX = GdcmHeader.GetXSize();
 444       int NY = GdcmHeader.GetYSize();
 445       int NZ = GdcmHeader.GetZSize();
 446       if (FoundReferenceFile)
 447       {
 448          // Stage 2.1: mandatory coherence stage:
 449          if (   ( NX   != this->NumColumns )
 450          || ( NY   != this->NumLines )
 451          || ( type != this->ImageType ) )
 452          {
 453             vtkErrorMacro("This file is not coherent with previous ones"
 454                            << FileName->c_str());
 455             vtkErrorMacro("Removing this file from readed files "
 456                            << FileName->c_str());
 457             *FileName = "GDCM_UNREADABLE";
 458             continue;
 459          }
 460
 461          // Stage 2.2: optional coherence stage
 462          if ( NZ != ReferenceNZ )
 463          {
 464             vtkErrorMacro("File is not coherent in Z with previous ones"
 465                            << FileName->c_str());
 466          }
 467          else
 468          {
 469             vtkDebugMacro("File is coherent with previous ones"
 470                            << FileName->c_str());
 471          }
 472
 473          // Stage 2.3: when the file contains a volume (as opposed to an image),
 474          // notify the caller.
 475          if (NZ > 1)
 476          {
 477             vtkErrorMacro("This file contains multiple planes (images)"
 478                            << FileName->c_str());
 479          }
 480
 481          // Eventually, this file can be added on the stack. Update the
 482          // full size of the stack
 483          vtkDebugMacro("Number of planes added to the stack: " << NZ);
 484          ReturnedTotalNumberOfPlanes += NZ - 1; // First plane already added
 485          continue;
 486
 487       }
 488       else
 489       {
 490          // We didn't have a workable reference file yet. Set this one
 491          // as the reference.
 492          FoundReferenceFile = true;
 493          vtkDebugMacro("This file taken as coherence reference:"
 494                         << FileName->c_str());
 495          vtkDebugMacro("Image dimension of reference file as read from Gdcm:"
 496                         << NX << " " << NY << " " << NZ);
 497          vtkDebugMacro("Number of planes added to the stack: " << NZ);
 498          // Set aside the size of the image
 499          this->NumColumns = NX;
 500          this->NumLines   = NY;
 501          ReferenceNZ      = NZ;
 502          ReturnedTotalNumberOfPlanes += NZ - 1; // First plane already added
 503          this->ImageType = type;
 504          this->PixelSize = GdcmHeader.GetPixelSize();
 505
 506          if( GdcmHeader.HasLUT() )
 507          {
 508             this->NumComponents = GdcmHeader.GetNumberOfScalarComponentsRaw();
 509          }
 510          else
 511          {
 512             this->NumComponents = GdcmHeader.GetNumberOfScalarComponents(); //rgb or mono
 513          }
 514
 515          //Set image spacing
 516          this->DataSpacing[0] = GdcmHeader.GetXSpacing();
 517          this->DataSpacing[1] = GdcmHeader.GetYSpacing();
 518          this->DataSpacing[2] = GdcmHeader.GetZSpacing();
 519
 520          //Set image origin
 521          this->DataOrigin[0] = GdcmHeader.GetXOrigin();
 522          this->DataOrigin[1] = GdcmHeader.GetYOrigin();
 523          this->DataOrigin[2] = GdcmHeader.GetZOrigin();
 524
 525       }
 526    } // End of loop on FileName
 527
 528    ///////// The files we CANNOT load are flaged. On debugging purposes
 529    // count the loadable number of files and display their number:
 530    int NumberCoherentFiles = 0;
 531    for (std::list<std::string>::iterator Filename = InternalFileNameList.begin();
 532         Filename != InternalFileNameList.end();
 533         ++Filename)
 534    {
 535      if (*Filename != "GDCM_UNREADABLE")
 536         NumberCoherentFiles++;
 537    }
 538    vtkDebugMacro("Number of coherent files: " << NumberCoherentFiles);
 539
 540    if (ReturnedTotalNumberOfPlanes == 0)
 541    {
 542       vtkErrorMacro("No loadable file.");
 543    }
 544
 545    vtkDebugMacro("Total number of planes on the stack: "
 546                   << ReturnedTotalNumberOfPlanes);
 547
 548    return ReturnedTotalNumberOfPlanes;
 549 }
 550
 551 //-----------------------------------------------------------------------------
 552 // Private
 553 /*
 554  * Remove all file names to the internal list of images to read.
 555  */
 556 void vtkGdcmReader::RemoveAllInternalFileName(void)
 557 {
 558    this->InternalFileNameList.clear();
 559 }
 560
 561 /*
 562  * Adds a file name to the internal list of images to read.
 563  */
 564 void vtkGdcmReader::AddInternalFileName(const char* name)
 565 {
 566    char * LocalName = new char[strlen(name) + 1];
 567    strcpy(LocalName, name);
 568    this->InternalFileNameList.push_back(LocalName);
 569    delete[] LocalName;
 570 }
 571
 572 /*
 573  * Loads the contents of the image/volume contained by Filename at
 574  * the Dest memory address. Returns the size of the data loaded.
 575  */
 576 size_t vtkGdcmReader::LoadImageInMemory(
 577              std::string FileName,
 578              unsigned char * Dest,
 579              const unsigned long UpdateProgressTarget,
 580              unsigned long & UpdateProgressCount)
 581 {
 582    vtkDebugMacro("Copying to memory image" << FileName.c_str());
 583    gdcmFile GdcmFile(FileName.c_str());
 584    size_t size;
 585
 586    // If the data structure of vtk for image/volume representation
 587    // were straigthforwards the following would suffice:
 588    //    GdcmFile.GetImageDataIntoVector((void*)Dest, size);
 589    // But vtk chooses to invert the lines of an image, that is the last
 590    // line comes first (for some axis related reasons?). Hence we need
 591    // to load the image line by line, starting from the end.
 592
 593    int NumColumns = GdcmFile.GetHeader()->GetXSize();
 594    int NumLines   = GdcmFile.GetHeader()->GetYSize();
 595    int NumPlanes  = GdcmFile.GetHeader()->GetZSize();
 596    int LineSize   = NumComponents * NumColumns * GdcmFile.GetHeader()->GetPixelSize();
 597
 598    unsigned char * Source;
 599    if( GdcmFile.GetHeader()->HasLUT() )
 600    {
 601       size               = GdcmFile.GetImageDataSizeRaw();
 602       Source             = (unsigned char*) GdcmFile.GetImageDataRaw();
 603       unsigned char *Lut =                  GdcmFile.GetHeader()->GetLUTRGBA();
 604
 605       if(!this->LookupTable)
 606          this->LookupTable = vtkLookupTable::New();
 607
 608       this->LookupTable->SetNumberOfTableValues(256);
 609       for (int tmp=0; tmp<256; tmp++)
 610       {
 611          this->LookupTable->SetTableValue(tmp,
 612          (float)Lut[4*tmp+0]/255.0,
 613          (float)Lut[4*tmp+1]/255.0,
 614          (float)Lut[4*tmp+2]/255.0,
 615          1);
 616       }
 617       this->LookupTable->SetRange(0,255);
 618       vtkDataSetAttributes *a=this->GetOutput()->GetPointData();
 619       a->GetScalars()->SetLookupTable(this->LookupTable);
 620       free(Lut);
 621    }
 622    else
 623    {
 624       size        = GdcmFile.GetImageDataSize();
 625       Source      = (unsigned char*)GdcmFile.GetImageData();
 626    }
 627    unsigned char * pSource     = Source; //pointer for later deletion
 628    unsigned char * Destination = Dest + size - LineSize;
 629
 630    for (int plane = 0; plane < NumPlanes; plane++)
 631    {
 632       for (int line = 0; line < NumLines; line++)
 633       {
 634          // Copy one line at proper destination:
 635          memcpy((void*)Destination, (void*)Source, LineSize);
 636          Source      += LineSize;
 637          Destination -= LineSize;
 638          // Update progress related:
 639          if (!(UpdateProgressCount%UpdateProgressTarget))
 640          {
 641             this->UpdateProgress(UpdateProgressCount/(50.0*UpdateProgressTarget));
 642          }
 643          UpdateProgressCount++;
 644       }
 645    }
 646    //GetImageData allocate a (void*)malloc, remove it:
 647    free(pSource);
 648
 649    return size;
 650 }
 651
 652 //-----------------------------------------------------------------------------