]> Creatis software - gdcm.git/blob - vtk/vtkGdcmReader.cxx
Propagate Mathieu's modif from 1.2 to CVS version.
[gdcm.git] / vtk / vtkGdcmReader.cxx
1 /*=========================================================================
2                                                                                 
3   Program:   gdcm
4   Module:    $RCSfile: vtkGdcmReader.cxx,v $
5   Language:  C++
6   Date:      $Date: 2006/03/29 11:23:43 $
7   Version:   $Revision: 1.86 $
8                                                                                 
9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
12                                                                                 
13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
16                                                                                 
17 =========================================================================*/
18                                                                                 
19 //-----------------------------------------------------------------------------
20 // //////////////////////////////////////////////////////////////
21 //
22 //===>  Many users expect from vtkGdcmReader it 'orders' the images
23 //     (that's the job of gdcm::SerieHelper ...)
24 //     When user *knows* the files with same Serie UID 
25 //        have same sizes, same 'pixel' type, same color convention, ...
26 //     the right way to proceed is as follow :
27 //
28 //      gdcm::SerieHelper *sh= new gdcm::SerieHelper();
29 //      // if user wants *not* to load some parts of the file headers
30 //      sh->SetLoadMode(loadMode);
31 //      // if user wants *not* to load some files 
32 //      sh->AddRestriction(group, element, value, operator);
33 //      sh->AddRestriction( ...
34 //      sh->SetDirectory(directoryWithImages);
35 //
36 //      // if user wants to sort reverse order
37 //      sh->SetSortOrderToReverse(); 
38 //      // here, we suppose only the first Coherent File List is of interest
39 //      gdcm::FileList *l = sh->GetFirstCoherentFileList();
40 //      // if user is doesn't trust too much the files with same Serie UID 
41 //      if ( !sh->IsCoherent(l) )
42 //         return; // not same sizes, same 'pixel' type -> stop
43 //      sh->OrderFileList(l);        // sort the list
44 //
45 //      vtkGdcmReader *reader = vtkGdcmReader::New();
46 //      // if user wants to modify pixel order (Mirror, TopDown, 90°Rotate, ...)
47 //      // he has to supply the function that does the job 
48 //      // (a *very* simple example is given in vtkgdcmSerieViewer.cxx)
49 //      reader->SetUserFunction (userSuppliedFunction);
50 //      // to pass a 'Coherent File List' as produced by gdcm::SerieHelper
51 //      reader->SetCoherentFileList(l); 
52 //      reader->Update();
53 //
54 // WARNING TODO CLEANME 
55 // Actual limitations of this code 
56 //  when a Coherent File List from SerieHelper is not used (bad idea :-(
57 //
58 // //////////////////////////////////////////////////////////////
59
60 #include "gdcmFileHelper.h"
61 #include "gdcmFile.h"
62
63 #include "vtkGdcmReader.h"
64 #include "gdcmDebug.h"
65 #include "gdcmCommon.h"
66
67 #include <vtkObjectFactory.h>
68 #include <vtkImageData.h>
69 #include <vtkPointData.h>
70 #include <vtkLookupTable.h>
71
72 vtkCxxRevisionMacro(vtkGdcmReader, "$Revision: 1.86 $")
73 vtkStandardNewMacro(vtkGdcmReader)
74
75 //-----------------------------------------------------------------------------
76 // Constructor / Destructor
77 vtkGdcmReader::vtkGdcmReader()
78 {
79    this->LookupTable = NULL;
80    this->AllowLookupTable = false;
81    this->AllowLightChecking = false;
82    this->LoadMode = gdcm::LD_ALL; // Load everything (possible values : 
83                                  //  - LD_NOSEQ, 
84                                  //  - LD_NOSHADOW,
85                                  //  - LD_NOSHADOWSEQ)
86    this->CoherentFileList = 0;
87    this->UserFunction     = 0;
88
89    this->OwnFile=true;
90    // this->Execution=false; // For VTK5.0
91 }
92
93 vtkGdcmReader::~vtkGdcmReader()
94 {
95    this->RemoveAllFileName();
96    this->InternalFileNameList.clear();
97    if(this->LookupTable) 
98       this->LookupTable->Delete();
99 }
100
101 //-----------------------------------------------------------------------------
102 // Print
103 void vtkGdcmReader::PrintSelf(ostream &os, vtkIndent indent)
104 {
105    this->Superclass::PrintSelf(os,indent);
106    os << indent << "Filenames  : " << endl;
107    vtkIndent nextIndent = indent.GetNextIndent();
108    for (std::list<std::string>::iterator it = FileNameList.begin();
109         it != FileNameList.end();
110         ++it)
111    {
112       os << nextIndent << it->c_str() << endl ;
113    }
114 }
115
116 //-----------------------------------------------------------------------------
117 // Public
118 /*
119  * Remove all files from the list of images to read.
120  */
121 void vtkGdcmReader::RemoveAllFileName(void)
122 {
123    this->FileNameList.clear();
124    this->Modified();
125 }
126
127 /*
128  * Adds a file name to the list of images to read.
129  */
130 void vtkGdcmReader::AddFileName(const char* name)
131 {
132    // We need to bypass the const pointer [since list<>.push_bash() only
133    // takes a char* (but not a const char*)] by making a local copy:
134    this->FileNameList.push_back(name);
135    this->Modified();
136 }
137
138 /*
139  * Sets up a filename to be read.
140  */
141 void vtkGdcmReader::SetFileName(const char *name) 
142 {
143    vtkImageReader2::SetFileName(name);
144    // Since we maintain a list of filenames, when building a volume,
145    // (see vtkGdcmReader::AddFileName), we additionaly need to purge
146    // this list when we manually positionate the filename.
147    vtkDebugMacro(<< "Clearing all files given with AddFileName");
148    this->FileNameList.clear();
149    this->Modified();
150 }
151
152 //-----------------------------------------------------------------------------
153 // Protected
154 /*
155  * Configure the output e.g. WholeExtent, spacing, origin, scalar type...
156  */
157 void vtkGdcmReader::ExecuteInformation()
158 {
159 //   if(this->Execution)  // For VTK5.0
160 //      return;
161 //
162 //   this->Execution=true; // end For VTK5.0
163    this->RemoveAllInternalFile();
164    if(this->MTime>this->fileTime)
165    {
166       this->TotalNumberOfPlanes = 0;
167
168       if ( this->CoherentFileList != 0 )
169       {
170          this->UpdateFileInformation();
171       }
172       else
173       {
174          this->BuildFileListFromPattern();
175          this->LoadFileInformation();
176       }
177
178       if ( this->TotalNumberOfPlanes == 0)
179       {
180          vtkErrorMacro(<< "File set is not coherent. Exiting...");
181          return;
182       }
183
184       // if the user has not set the extent, but has set the VOI
185       // set the z axis extent to the VOI z axis
186       if (this->DataExtent[4]==0 && this->DataExtent[5] == 0 &&
187          (this->DataVOI[4] || this->DataVOI[5]))
188       {
189          this->DataExtent[4] = this->DataVOI[4];
190          this->DataExtent[5] = this->DataVOI[5];
191       }
192
193       // When the user has set the VOI, check it's coherence with the file content.
194       if (this->DataVOI[0] || this->DataVOI[1] || 
195       this->DataVOI[2] || this->DataVOI[3] ||
196       this->DataVOI[4] || this->DataVOI[5])
197       { 
198          if ((this->DataVOI[0] < 0) ||
199              (this->DataVOI[1] >= this->NumColumns) ||
200              (this->DataVOI[2] < 0) ||
201              (this->DataVOI[3] >= this->NumLines) ||
202              (this->DataVOI[4] < 0) ||
203              (this->DataVOI[5] >= this->TotalNumberOfPlanes ))
204          {
205             vtkWarningMacro(<< "The requested VOI is larger than expected extent.");
206             this->DataVOI[0] = 0;
207             this->DataVOI[1] = this->NumColumns - 1;
208             this->DataVOI[2] = 0;
209             this->DataVOI[3] = this->NumLines - 1;
210             this->DataVOI[4] = 0;
211             this->DataVOI[5] = this->TotalNumberOfPlanes - 1;
212          }
213       }
214
215       // Set the Extents.
216       this->DataExtent[0] = 0;
217       this->DataExtent[1] = this->NumColumns - 1;
218       this->DataExtent[2] = 0;
219       this->DataExtent[3] = this->NumLines - 1;
220       this->DataExtent[4] = 0;
221       this->DataExtent[5] = this->TotalNumberOfPlanes - 1;
222   
223       // We don't need to set the Endian related stuff (by using
224       // this->SetDataByteOrderToBigEndian() or SetDataByteOrderToLittleEndian()
225       // since the reading of the file is done by gdcm.
226       // But we do need to set up the data type for downstream filters:
227       if      ( ImageType == "8U" )
228       {
229          vtkDebugMacro(<< "8 bits unsigned image");
230          this->SetDataScalarTypeToUnsignedChar(); 
231       }
232       else if ( ImageType == "8S" )
233       {
234          vtkErrorMacro(<< "Cannot handle 8 bit signed files");
235          return;
236       }
237       else if ( ImageType == "16U" )
238       {
239          vtkDebugMacro(<< "16 bits unsigned image");
240          this->SetDataScalarTypeToUnsignedShort();
241       }
242       else if ( ImageType == "16S" )
243       {
244          vtkDebugMacro(<< "16 bits signed image");
245          this->SetDataScalarTypeToShort();
246       }
247       else if ( ImageType == "32U" )
248       {
249          vtkDebugMacro(<< "32 bits unsigned image");
250          vtkDebugMacro(<< "WARNING: forced to signed int !");
251          this->SetDataScalarTypeToInt();
252       }
253       else if ( ImageType == "32S" )
254       {
255          vtkDebugMacro(<< "32 bits signed image");
256          this->SetDataScalarTypeToInt();
257       }
258       else if ( ImageType == "FD" )
259       {
260          vtkDebugMacro(<< "64 bits Double image");
261          this->SetDataScalarTypeToDouble();
262       }
263       //Set number of scalar components:
264       this->SetNumberOfScalarComponents(this->NumComponents);
265
266       this->fileTime=this->MTime;
267    }
268
269    this->Superclass::ExecuteInformation();  
270
271    //this->GetOutput()->SetUpdateExtentToWholeExtent();// For VTK5.0
272    //this->BuildData(this->GetOutput());
273
274    //this->Execution=false;
275    //this->RemoveAllInternalFile();                   // End For VTK5.0
276 }
277  
278 /*
279  * Update => ouput->Update => UpdateData => Execute => ExecuteData 
280  * (see vtkSource.cxx for last step).
281  * This function (redefinition of vtkImageReader::ExecuteData, see 
282  * VTK/IO/vtkImageReader.cxx) reads a data from a file. The data
283  * extent/axes are assumed to be the same as the file extent/order.
284  */
285 void vtkGdcmReader::ExecuteData(vtkDataObject *output)
286 {
287    vtkImageData *data=vtkImageData::SafeDownCast(output);
288    data->SetExtent(this->DataExtent);
289
290 /*   if ( CoherentFileList != 0 )   // When a list of names is passed
291    {
292       if (this->CoherentFileList->empty())
293       {
294          vtkErrorMacro(<< "Coherent File List must have at least a valid File*.");
295          return;
296       }
297    }
298    else if (this->InternalFileNameList.empty())
299    {
300       vtkErrorMacro(<< "A least a valid FileName must be specified.");
301       return;
302    }
303 */
304   
305   // data->AllocateScalars();  // For VTK5.0
306   // if (this->UpdateExtentIsEmpty(output))
307   // {
308   //    return;
309   // }
310 //}                           // end For VTK5.0
311
312    data->AllocateScalars();  // For VTK5.0
313    if (this->UpdateExtentIsEmpty(output))
314    {
315       return;
316    }
317    
318 //void vtkGdcmReader::BuildData(vtkDataObject *output)  // For VTK5.0
319 //{
320 //   vtkImageData *data = this->AllocateOutputData(output);  // end For VTK5.0
321
322    data->GetPointData()->GetScalars()->SetName("DicomImage-Volume");
323
324    // Test if output has valid extent
325    // Prevent memory errors
326    if((this->DataExtent[1]-this->DataExtent[0]>=0) &&
327       (this->DataExtent[3]-this->DataExtent[2]>=0) &&
328       (this->DataExtent[5]-this->DataExtent[4]>=0))
329    {
330       // The memory size for a full stack of images of course depends
331       // on the number of planes and the size of each image:
332       //size_t StackNumPixels = this->NumColumns * this->NumLines
333       //                      * this->TotalNumberOfPlanes * this->NumComponents;
334       //size_t stack_size = StackNumPixels * this->PixelSize; //not used
335       // Allocate pixel data space itself.
336
337       // Variables for the UpdateProgress. We shall use 50 steps to signify
338       // the advance of the process:
339       unsigned long UpdateProgressTarget = (unsigned long) ceil (this->NumLines
340                                          * this->TotalNumberOfPlanes
341                                          / 50.0);
342       // The actual advance measure:
343       unsigned long UpdateProgressCount = 0;
344
345       // Filling the allocated memory space with each image/volume:
346
347       size_t size = this->NumColumns * this->NumLines * this->NumPlanes
348                   * data->GetScalarSize() * this->NumComponents;
349       unsigned char *Dest = (unsigned char *)data->GetScalarPointer();
350       for (std::vector<gdcm::File* >::iterator it =  InternalFileList.begin();
351                                                it != InternalFileList.end();
352                                              ++it)
353       {
354          this->LoadImageInMemory(*it, Dest,
355                                  UpdateProgressTarget,
356                                  UpdateProgressCount); 
357          Dest += size;
358       }
359    }
360    this->RemoveAllInternalFile(); // For VTK5.0
361 }
362
363 /*
364  * vtkGdcmReader can have the file names specified through two ways:
365  * (1) by calling the vtkImageReader2::SetFileName(), SetFilePrefix() and
366  *     SetFilePattern()
367  * (2) By successive calls to vtkGdcmReader::AddFileName()
368  * When the first method was used by caller we need to update the local
369  * filename list
370  */
371 void vtkGdcmReader::BuildFileListFromPattern()
372 {
373    this->RemoveAllInternalFileName();
374
375    // Test miscellanous cases
376    if ((! this->FileNameList.empty()) && this->FileName )
377    {
378       vtkErrorMacro(<< "Both AddFileName and SetFileName schemes were used");
379       vtkErrorMacro(<< "No images loaded ! ");
380       return;
381    }
382
383    if ((! this->FileNameList.empty()) && this->FilePrefix )
384    {
385       vtkErrorMacro(<< "Both AddFileName and SetFilePrefix schemes were used");
386       vtkErrorMacro(<< "No images loaded ! ");
387       return;
388    }
389
390    if (this->FileName && this->FilePrefix)
391    {
392       vtkErrorMacro(<< "Both SetFileName and SetFilePrefix schemes were used");
393       vtkErrorMacro(<< "No images loaded ! ");
394       return;
395    }
396
397    // Create the InternalFileNameList
398    if (! this->FileNameList.empty()  )
399    {
400       vtkDebugMacro(<< "Using the AddFileName specified files");
401       this->InternalFileNameList=this->FileNameList;
402       return;
403    }
404
405    if (!this->FileName && !this->FilePrefix)
406    {
407       vtkErrorMacro(<< "FileNames are not set. Either use AddFileName() or");
408       vtkErrorMacro(<< "specify a FileName or FilePrefix.");
409       return;
410    }
411
412    if( this->FileName )
413    {
414       // Single file loading (as given with ::SetFileName()):
415       // Case of multi-frame file considered here
416       this->ComputeInternalFileName(this->DataExtent[4]);
417       vtkDebugMacro(<< "Adding file " << this->InternalFileName);
418       this->AddInternalFileName(this->InternalFileName);
419    }
420    else
421    {
422       // Multi file loading (as given with ::SetFilePattern()):
423       for (int idx = this->DataExtent[4]; idx <= this->DataExtent[5]; ++idx)
424       {
425          this->ComputeInternalFileName(idx);
426          vtkDebugMacro(<< "Adding file " << this->InternalFileName);
427          this->AddInternalFileName(this->InternalFileName);
428       }
429    }
430 }
431
432 /**
433  * Load all the files and set it in the InternalFileList
434  * For each file, the readability and the coherence of image caracteristics 
435  * are tested. If an image doesn't agree the required specifications, it
436  * isn't considered and no data will be set for the planes corresponding
437  * to this image
438  *
439  * The source of this work is the list of file name generated by the
440  * BuildFileListFromPattern method
441  */
442 void vtkGdcmReader::LoadFileInformation()
443 {
444    gdcm::File *file;
445    bool foundReference=false;
446    std::string type;
447
448    this->OwnFile=true;
449    for (std::list<std::string>::iterator filename = InternalFileNameList.begin();
450         filename != InternalFileNameList.end();
451         ++filename)
452    {
453       // check for file readability
454       FILE *fp;
455       fp = fopen(filename->c_str(),"rb");
456       if (!fp)
457       {
458          vtkErrorMacro(<< "Unable to open file " << filename->c_str());
459          vtkErrorMacro(<< "Removing this file from read files: "
460                        << filename->c_str());
461          file = NULL;
462          InternalFileList.push_back(file);
463          continue;
464       }
465       fclose(fp);
466
467       // Read the file
468       file=gdcm::File::New();
469       file->SetLoadMode( LoadMode );
470       file->SetFileName(filename->c_str() );
471       file->Load();
472
473       // Test the Dicom file readability
474       if(!file->IsReadable())
475       {
476          vtkErrorMacro(<< "Gdcm cannot parse file " << filename->c_str());
477          vtkErrorMacro(<< "Removing this file from read files: "
478                         << filename->c_str());
479          file->Delete();
480          file=NULL;
481          InternalFileList.push_back(file);
482          continue;
483       }
484
485       // Test the Pixel Type recognition
486       type = file->GetPixelType();
487       if (   (type !=  "8U") && (type !=  "8S")
488           && (type != "16U") && (type != "16S")
489           && (type != "32U") && (type != "32S") )
490       {
491          vtkErrorMacro(<< "Bad File Type for file " << filename->c_str() << "\n"
492                        << "   File type found : " << type.c_str() 
493                        << " (might be 8U, 8S, 16U, 16S, 32U, 32S) \n"
494                        << "   Removing this file from read files");
495          file->Delete();
496          file=NULL;
497          InternalFileList.push_back(file);
498          continue;
499       }
500
501       // Test the image informations
502       if(!foundReference)
503       {
504          foundReference = true;
505          GetFileInformation(file);
506
507          vtkDebugMacro(<< "This file taken as coherence reference:"
508                         << filename->c_str());
509          vtkDebugMacro(<< "Image dimensions of reference file as read from Gdcm:" 
510                         << this->NumColumns << " " << this->NumLines << " " 
511                         << this->NumPlanes);
512       }
513       else if(!TestFileInformation(file))
514       {
515          file->Delete();
516          file=NULL;
517       }
518
519       InternalFileList.push_back(file);
520    }
521 }
522
523 /**
524  * Update the file informations.
525  * This works exactly like LoadFileInformation, but the source of work
526  * is the list of coherent files
527  */
528 void vtkGdcmReader::UpdateFileInformation()
529 {
530    this->InternalFileList=*(this->CoherentFileList);
531    this->OwnFile=false;
532
533    for(gdcmFileList::iterator it=InternalFileList.begin();
534                               it!=InternalFileList.end();
535                               ++it)
536    {
537       if( *it != NULL)
538       {
539          GetFileInformation(*it);
540          break;
541       }
542    }
543 }
544
545 /**
546  * Get the informations from a file.
547  * These informations are required to specify the output image
548  * caracteristics
549  */
550 void vtkGdcmReader::GetFileInformation(gdcm::File *file)
551 {
552    // Get the image caracteristics
553    this->NumColumns = file->GetXSize();
554    this->NumLines   = file->GetYSize();
555    this->NumPlanes  = file->GetZSize();
556
557    if (CoherentFileList == 0)
558       this->TotalNumberOfPlanes = this->NumPlanes*InternalFileNameList.size();
559    else
560       this->TotalNumberOfPlanes = this->NumPlanes*CoherentFileList->size();
561
562    this->ImageType = file->GetPixelType();
563    this->PixelSize = file->GetPixelSize();
564
565    this->DataSpacing[0] = file->GetXSpacing();
566    this->DataSpacing[1] = file->GetYSpacing();
567    this->DataSpacing[2] = file->GetZSpacing();
568
569    // Get the image data caracteristics
570    if( file->HasLUT() && this->AllowLookupTable )
571    {
572       // I could raise an error is AllowLookupTable is on and HasLUT() off
573       this->NumComponents = file->GetNumberOfScalarComponentsRaw();
574    }
575    else
576    {
577       this->NumComponents = file->GetNumberOfScalarComponents(); //rgb or mono
578    }
579 }
580
581 /*
582  * When more than one filename is specified (i.e. we expect loading
583  * a stack or volume) we need to check that the corresponding images/volumes
584  * to be loaded are coherent i.e. to make sure:
585  *     - they all share the same X dimensions
586  *     - they all share the same Y dimensions
587  *     - they all share the same ImageType ( 8 bit signed, or unsigned...)
588  *
589  * Eventually, we emit a warning when all the files do NOT share the
590  * Z dimension, since we can still build a stack but the
591  * files are not coherent in Z, which is probably a source a trouble...
592  *   When files are not readable (either the file cannot be opened or
593  * because gdcm cannot parse it), they are flagged as "GDCM_UNREADABLE".  
594  *   This method returns the total number of planar images to be loaded
595  * (i.e. an image represents one plane, but a volume represents many planes)
596  */
597 /**
598  * Test the coherent informations of the file with the reference informations
599  * used as image caracteristics. The tested informations are :
600  * - they all share the same X dimensions
601  * - they all share the same Y dimensions
602  * - they all share the same Z dimensions
603  * - they all share the same number of components
604  * - they all share the same ImageType ( 8 bit signed, or unsigned...)
605  *
606  * \return True if the file match, False otherwise
607  */
608 bool vtkGdcmReader::TestFileInformation(gdcm::File *file)
609 {
610    int numColumns = file->GetXSize();
611    int numLines   = file->GetYSize();
612    int numPlanes  = file->GetZSize();
613    int numComponents;
614    unsigned int pixelSize  = file->GetPixelSize();
615
616    if( file->HasLUT() && this->AllowLookupTable )
617       numComponents = file->GetNumberOfScalarComponentsRaw();
618    else
619       numComponents = file->GetNumberOfScalarComponents(); //rgb or mono
620
621    if( numColumns != this->NumColumns )
622    {
623       vtkErrorMacro(<< "File X value doesn't match with the previous ones: "
624                     << file->GetFileName().c_str()
625                     << ". Found " << numColumns << ", must be "
626                     << this->NumColumns);
627       return false;
628    }
629    if( numLines != this->NumLines )
630    {
631       vtkErrorMacro(<< "File Y value doesn't match with the previous ones: "
632                     << file->GetFileName().c_str()
633                     << ". Found " << numLines << ", must be "
634                     << this->NumLines);
635       return false;
636    }
637    if( numPlanes != this->NumPlanes )
638    {
639       vtkErrorMacro(<< "File Z value doesn't match with the previous ones: "
640                     << file->GetFileName().c_str()
641                     << ". Found " << numPlanes << ", must be "
642                     << this->NumPlanes);
643       return false;
644    }
645    if( numComponents != this->NumComponents )
646    {
647       vtkErrorMacro(<< "File Components count doesn't match with the previous ones: "
648                     << file->GetFileName().c_str()
649                     << ". Found " << numComponents << ", must be "
650                     << this->NumComponents);
651       return false;
652    }
653    if( pixelSize != this->PixelSize )
654    {
655       vtkErrorMacro(<< "File pixel size doesn't match with the previous ones: "
656                     << file->GetFileName().c_str()
657                     << ". Found " << pixelSize << ", must be "
658                     << this->PixelSize);
659       return false;
660    }
661
662    return true;
663 }
664
665 //-----------------------------------------------------------------------------
666 // Private
667 /*
668  * Remove all file names to the internal list of images to read.
669  */
670 void vtkGdcmReader::RemoveAllInternalFileName(void)
671 {
672    this->InternalFileNameList.clear();
673 }
674
675 /*
676  * Adds a file name to the internal list of images to read.
677  */
678 void vtkGdcmReader::AddInternalFileName(const char *name)
679 {
680    char *LocalName = new char[strlen(name) + 1];
681    strcpy(LocalName, name);
682    this->InternalFileNameList.push_back(LocalName);
683    delete[] LocalName;
684 }
685
686 /*
687  * Remove all file names to the internal list of images to read.
688  */
689 void vtkGdcmReader::RemoveAllInternalFile(void)
690 {
691    if(this->OwnFile)
692    {
693       for(gdcmFileList::iterator it=InternalFileList.begin();
694                                  it!=InternalFileList.end();
695                                  ++it)
696       {
697          (*it)->Delete();
698       }
699    }
700    this->InternalFileList.clear();
701 }
702
703 void vtkGdcmReader::IncrementProgress(const unsigned long updateProgressTarget,
704                                       unsigned long &updateProgressCount)
705 {
706    // Update progress related for bad files:
707    updateProgressCount += this->NumLines;
708    if (updateProgressTarget > 0)
709    {
710       if (!(updateProgressCount%updateProgressTarget))
711       {
712          this->UpdateProgress(
713              updateProgressCount/(50.0*updateProgressTarget));
714       }
715    }
716 }
717
718 /*
719  * Loads the contents of the image/volume contained by char *fileName at
720  * the dest memory address. Returns the size of the data loaded.
721  */
722 /*void vtkGdcmReader::LoadImageInMemory(
723              std::string fileName, 
724              unsigned char *dest,
725              const unsigned long updateProgressTarget,
726              unsigned long &updateProgressCount)
727 {
728    vtkDebugMacro(<< "Copying to memory image [" << fileName.c_str() << "]");
729
730    gdcm::File *f;
731    f = new gdcm::File();
732    f->SetLoadMode( LoadMode );
733    f->SetFileName( fileName.c_str() );
734    f->Load( );
735
736    LoadImageInMemory(f,dest,
737                      updateProgressTarget,
738                      updateProgressCount);
739    delete f;
740 }*/
741
742 /*
743  * Loads the contents of the image/volume contained by gdcm::File* f at
744  * the Dest memory address. Returns the size of the data loaded.
745  * \ param f File to consider. NULL if the file must be skiped
746  * \remarks Assume that if (f != NULL) then its caracteristics match
747  * with the previous ones
748  */
749 void vtkGdcmReader::LoadImageInMemory(
750              gdcm::File *f, 
751              unsigned char *dest,
752              const unsigned long updateProgressTarget,
753              unsigned long &updateProgressCount)
754 {
755    if(!f)
756       return;
757
758    gdcm::FileHelper *fileH = gdcm::FileHelper::New( f );
759    fileH->SetUserFunction( UserFunction );
760
761    int numColumns = f->GetXSize();
762    int numLines   = f->GetYSize();
763    int numPlanes  = f->GetZSize();
764    int numComponents;
765
766    if( f->HasLUT() && this->AllowLookupTable )
767       numComponents = f->GetNumberOfScalarComponentsRaw();
768    else
769       numComponents = f->GetNumberOfScalarComponents(); //rgb or mono
770    vtkDebugMacro(<< "numComponents:" << numComponents);
771    vtkDebugMacro(<< "Copying to memory image [" << f->GetFileName().c_str() << "]");
772    //size_t size;
773
774    // If the data structure of vtk for image/volume representation
775    // were straigthforwards the following would be enough:
776    //    GdcmFile.GetImageDataIntoVector((void*)Dest, size);
777    // But vtk chooses to invert the lines of an image, that is the last
778    // line comes first (for some axis related reasons?). Hence we need
779    // to load the image line by line, starting from the end.
780
781    int lineSize   = NumComponents * numColumns * f->GetPixelSize();
782    int planeSize  = lineSize * numLines;
783
784    unsigned char *src;
785    
786    if( fileH->GetFile()->HasLUT() && AllowLookupTable )
787    {
788       // to avoid bcc 5.5 w
789       /*size               = */ fileH->GetImageDataSize(); 
790       src                = (unsigned char*) fileH->GetImageDataRaw();
791       unsigned char *lut = (unsigned char*) fileH->GetLutRGBA();
792
793       if(!this->LookupTable)
794       {
795          this->LookupTable = vtkLookupTable::New();
796       }
797
798       this->LookupTable->SetNumberOfTableValues(256);
799       for (int tmp=0; tmp<256; tmp++)
800       {
801          this->LookupTable->SetTableValue(tmp,
802          (float)lut[4*tmp+0]/255.0,
803          (float)lut[4*tmp+1]/255.0,
804          (float)lut[4*tmp+2]/255.0,
805          1);
806       }
807       this->LookupTable->SetRange(0,255);
808       vtkDataSetAttributes *a = this->GetOutput()->GetPointData();
809       a->GetScalars()->SetLookupTable(this->LookupTable);
810       free(lut);
811    }
812    else
813    {
814       //size = fileH->GetImageDataSize(); 
815       // useless - just an accessor;  'size' unused
816       src  = (unsigned char*)fileH->GetImageData();  
817    } 
818
819    unsigned char *dst = dest + planeSize - lineSize;
820    for (int plane = 0; plane < numPlanes; plane++)
821    {
822       for (int line = 0; line < numLines; line++)
823       {
824          // Copy one line at proper destination:
825          memcpy((void*)dst, (void*)src, lineSize);
826          src += lineSize;
827          dst -= lineSize;
828          // Update progress related:
829          if (!(updateProgressCount%updateProgressTarget))
830          {
831             this->UpdateProgress(
832                updateProgressCount/(50.0*updateProgressTarget));
833          }
834          updateProgressCount++;
835       }
836       dst += 2 * planeSize;
837    }
838
839    fileH->Delete();
840 }
841
842 //-----------------------------------------------------------------------------