vtk/vtkGdcmReader.cxx

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: vtkGdcmReader.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2004/12/09 10:59:59 $
   7   Version:   $Revision: 1.64 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 =========================================================================*/
  18
  19 //-----------------------------------------------------------------------------
  20 // //////////////////////////////////////////////////////////////
  21 // WARNING TODO CLEANME
  22 // Actual limitations of this code:
  23 //
  24 // /////// Redundant and unnecessary header parsing
  25 // In it's current state this code actually parses three times the Dicom
  26 // header of a file before the corresponding image gets loaded in the
  27 // ad-hoc vtkData !
  28 // Here is the process:
  29 //  1/ First loading happens in ExecuteInformation which in order to
  30 //     positionate the vtk extents calls CheckFileCoherence. The purpose
  31 //     of CheckFileCoherence is to make sure all the images in the future
  32 //     stack are "homogenous" (same size, same representation...). This
  33 //     can only be achieved by parsing all the Dicom headers...
  34 //  2/ ExecuteData is then responsible for the next two loadings:
  35 //  2a/ ExecuteData calls AllocateOutputData that in turn seems to
  36 //      (indirectely call) ExecuteInformation which ends up in a second
  37 //      header parsing
  38 //      This is fixed by adding a test at the beginning of ExecuteInformation
  39 //      on the modification of the object instance. If a modification have been
  40 //      made (method Modified() ), the MTime value is increased. The fileTime
  41 //      is compared to this new value to find a modification in the class
  42 //      parameters
  43 //  2b/ the core of ExecuteData then needs gdcmFile (which in turns
  44 //      initialises gdcmHeader in the constructor) in order to access
  45 //      the data-image.
  46 //
  47 // Possible solution:
  48 // maintain a list of gdcmFiles (created by say ExecuteInformation) created
  49 // once and for all accross the life of vtkGdcmHeader (it would only load
  50 // new gdcmFile if the user changes the list). ExecuteData would then use
  51 // those gdcmFile and hence avoid calling the construtor:
  52 //  - advantage: the header of the files would only be parser once.
  53 //  - drawback: once execute information is called (i.e. on creation of
  54 //              a vtkGdcmHeader) the gdcmFile structure is loaded in memory.
  55 //              The average size of a gdcmHeader being of 100Ko, is one
  56 //              loads 10 stacks of images with say 200 images each, you
  57 //              end-up with a loss of 200Mo...
  58 //
  59 // /////// Never unallocated memory:
  60 // ExecuteData allocates space for the pixel data [which will get pointed
  61 // by the vtkPointData() through the call
  62 // data->GetPointData()->GetScalars()->SetVoidArray(mem, StackNumPixels, 0);]
  63 // This data is never "freed" neither in the destructor nor when the
  64 // filename list is extended, ExecuteData is called a second (or third)
  65 // time...
  66 // //////////////////////////////////////////////////////////////
  67
  68 #include "gdcmFile.h"
  69 #include "gdcmHeader.h"
  70 #include "vtkGdcmReader.h"
  71
  72 //#include <stdio.h>
  73 #include <vtkObjectFactory.h>
  74 #include <vtkImageData.h>
  75 #include <vtkPointData.h>
  76 #include <vtkLookupTable.h>
  77
  78 vtkCxxRevisionMacro(vtkGdcmReader, "$Revision: 1.64 $");
  79 vtkStandardNewMacro(vtkGdcmReader);
  80
  81 //-----------------------------------------------------------------------------
  82 // Constructor / Destructor
  83 vtkGdcmReader::vtkGdcmReader()
  84 {
  85    this->LookupTable = NULL;
  86    this->AllowLookupTable = 0;
  87 }
  88
  89 vtkGdcmReader::~vtkGdcmReader()
  90 {
  91    this->RemoveAllFileName();
  92    this->InternalFileNameList.clear();
  93    if(this->LookupTable)
  94       this->LookupTable->Delete();
  95 }
  96
  97 //-----------------------------------------------------------------------------
  98 // Print
  99 void vtkGdcmReader::PrintSelf(ostream& os, vtkIndent indent)
 100 {
 101    this->Superclass::PrintSelf(os,indent);
 102    os << indent << "Filenames  : " << endl;
 103    vtkIndent nextIndent = indent.GetNextIndent();
 104    for (std::list<std::string>::iterator it = FileNameList.begin();
 105         it != FileNameList.end();
 106         ++it)
 107    {
 108       os << nextIndent << it->c_str() << endl ;
 109    }
 110 }
 111
 112 //-----------------------------------------------------------------------------
 113 // Public
 114 /*
 115  * Remove all files from the list of images to read.
 116  */
 117 void vtkGdcmReader::RemoveAllFileName(void)
 118 {
 119    this->FileNameList.clear();
 120    this->Modified();
 121 }
 122
 123 /*
 124  * Adds a file name to the list of images to read.
 125  */
 126 void vtkGdcmReader::AddFileName(const char* name)
 127 {
 128    // We need to bypass the const pointer [since list<>.push_bash() only
 129    // takes a char* (but not a const char*)] by making a local copy:
 130    char * LocalName = new char[strlen(name) + 1];
 131    strcpy(LocalName, name);
 132    this->FileNameList.push_back(LocalName);
 133    delete[] LocalName;
 134    this->Modified();
 135 }
 136
 137 /*
 138  * Sets up a filename to be read.
 139  */
 140 void vtkGdcmReader::SetFileName(const char *name)
 141 {
 142    vtkImageReader2::SetFileName(name);
 143    // Since we maintain a list of filenames, when building a volume,
 144    // (see vtkGdcmReader::AddFileName), we additionaly need to purge
 145    // this list when we manually positionate the filename.
 146    vtkDebugMacro(<< "Clearing all files given with AddFileName");
 147    this->FileNameList.clear();
 148    this->Modified();
 149 }
 150
 151 //-----------------------------------------------------------------------------
 152 // Protected
 153 /*
 154  * Configure the output e.g. WholeExtent, spacing, origin, scalar type...
 155  */
 156 void vtkGdcmReader::ExecuteInformation()
 157 {
 158    if(this->MTime>this->fileTime)
 159    {
 160       this->TotalNumberOfPlanes = this->CheckFileCoherence();
 161       if ( this->TotalNumberOfPlanes == 0)
 162       {
 163          vtkErrorMacro(<< "File set is not coherent. Exiting...");
 164          return;
 165       }
 166
 167       // if the user has not set the extent, but has set the VOI
 168       // set the z axis extent to the VOI z axis
 169       if (this->DataExtent[4]==0 && this->DataExtent[5] == 0 &&
 170       (this->DataVOI[4] || this->DataVOI[5]))
 171       {
 172          this->DataExtent[4] = this->DataVOI[4];
 173          this->DataExtent[5] = this->DataVOI[5];
 174       }
 175
 176       // When the user has set the VOI, check it's coherence with the file content.
 177       if (this->DataVOI[0] || this->DataVOI[1] ||
 178       this->DataVOI[2] || this->DataVOI[3] ||
 179       this->DataVOI[4] || this->DataVOI[5])
 180       {
 181          if ((this->DataVOI[0] < 0) ||
 182              (this->DataVOI[1] >= this->NumColumns) ||
 183              (this->DataVOI[2] < 0) ||
 184              (this->DataVOI[3] >= this->NumLines) ||
 185              (this->DataVOI[4] < 0) ||
 186              (this->DataVOI[5] >= this->TotalNumberOfPlanes ))
 187          {
 188             vtkWarningMacro(<< "The requested VOI is larger than expected extent.");
 189             this->DataVOI[0] = 0;
 190             this->DataVOI[1] = this->NumColumns - 1;
 191             this->DataVOI[2] = 0;
 192             this->DataVOI[3] = this->NumLines - 1;
 193             this->DataVOI[4] = 0;
 194             this->DataVOI[5] = this->TotalNumberOfPlanes - 1;
 195          }
 196       }
 197
 198       // Positionate the Extent.
 199       this->DataExtent[0] = 0;
 200       this->DataExtent[1] = this->NumColumns - 1;
 201       this->DataExtent[2] = 0;
 202       this->DataExtent[3] = this->NumLines - 1;
 203       this->DataExtent[4] = 0;
 204       this->DataExtent[5] = this->TotalNumberOfPlanes - 1;
 205
 206       // We don't need to positionate the Endian related stuff (by using
 207       // this->SetDataByteOrderToBigEndian() or SetDataByteOrderToLittleEndian()
 208       // since the reading of the file is done by gdcm.
 209       // But we do need to set up the data type for downstream filters:
 210       if      ( ImageType == "8U" )
 211       {
 212          vtkDebugMacro(<< "8 bits unsigned image");
 213          this->SetDataScalarTypeToUnsignedChar();
 214       }
 215       else if ( ImageType == "8S" )
 216       {
 217          vtkErrorMacro(<< "Cannot handle 8 bit signed files");
 218          return;
 219       }
 220       else if ( ImageType == "16U" )
 221       {
 222          vtkDebugMacro(<< "16 bits unsigned image");
 223          this->SetDataScalarTypeToUnsignedShort();
 224       }
 225       else if ( ImageType == "16S" )
 226       {
 227          vtkDebugMacro(<< "16 bits signed image");
 228          this->SetDataScalarTypeToShort();
 229          //vtkErrorMacro(<< "Cannot handle 16 bit signed files");
 230       }
 231       else if ( ImageType == "32U" )
 232       {
 233          vtkDebugMacro(<< "32 bits unsigned image");
 234          vtkDebugMacro(<< "WARNING: forced to signed int !");
 235          this->SetDataScalarTypeToInt();
 236       }
 237       else if ( ImageType == "32S" )
 238       {
 239          vtkDebugMacro(<< "32 bits signed image");
 240          this->SetDataScalarTypeToInt();
 241       }
 242       else if ( ImageType == "FD" )
 243       {
 244          vtkDebugMacro(<< "64 bits Double image");
 245          this->SetDataScalarTypeToDouble();
 246       }
 247       //Set number of scalar components:
 248       this->SetNumberOfScalarComponents(this->NumComponents);
 249
 250       this->fileTime=this->MTime;
 251    }
 252
 253    this->Superclass::ExecuteInformation();
 254 }
 255
 256 /*
 257  * Update => ouput->Update => UpdateData => Execute => ExecuteData
 258  * (see vtkSource.cxx for last step).
 259  * This function (redefinition of vtkImageReader::ExecuteData, see
 260  * VTK/IO/vtkImageReader.cxx) reads a data from a file. The datas
 261  * extent/axes are assumed to be the same as the file extent/order.
 262  */
 263 void vtkGdcmReader::ExecuteData(vtkDataObject *output)
 264 {
 265    if (this->InternalFileNameList.empty())
 266    {
 267       vtkErrorMacro(<< "A least a valid FileName must be specified.");
 268       return;
 269    }
 270
 271    // FIXME : extraneous parsing of header is made when allocating OuputData
 272    vtkImageData *data = this->AllocateOutputData(output);
 273    data->SetExtent(this->DataExtent);
 274    data->GetPointData()->GetScalars()->SetName("DicomImage-Volume");
 275
 276    // Test if output has valid extent
 277    // Prevent memory errors
 278    if((this->DataExtent[1]-this->DataExtent[0]>=0) &&
 279       (this->DataExtent[3]-this->DataExtent[2]>=0) &&
 280       (this->DataExtent[5]-this->DataExtent[4]>=0))
 281    {
 282       // The memory size for a full stack of images of course depends
 283       // on the number of planes and the size of each image:
 284       //size_t StackNumPixels = this->NumColumns * this->NumLines
 285       //                      * this->TotalNumberOfPlanes * this->NumComponents;
 286       //size_t stack_size = StackNumPixels * this->PixelSize; //not used
 287       // Allocate pixel data space itself.
 288
 289       // Variables for the UpdateProgress. We shall use 50 steps to signify
 290       // the advance of the process:
 291       unsigned long UpdateProgressTarget = (unsigned long) ceil (this->NumLines
 292                                          * this->TotalNumberOfPlanes
 293                                          / 50.0);
 294       // The actual advance measure:
 295       unsigned long UpdateProgressCount = 0;
 296
 297       // Feeling the allocated memory space with each image/volume:
 298       unsigned char *Dest = (unsigned char *)data->GetScalarPointer();
 299       for (std::list<std::string>::iterator filename  = InternalFileNameList.begin();
 300            filename != InternalFileNameList.end();
 301            ++filename)
 302       {
 303          // Images that were tagged as unreadable in CheckFileCoherence()
 304          // are substituted with a black image to let the caller visually
 305          // notice something wrong is going on:
 306          if (*filename != "GDCM_UNREADABLE")
 307          {
 308             // Update progress related for good files is made in LoadImageInMemory
 309             Dest += this->LoadImageInMemory(*filename, Dest,
 310                                             UpdateProgressTarget,
 311                                             UpdateProgressCount);
 312          }
 313          else
 314          {
 315             // We insert a black image in the stack for the user to be aware that
 316             // this image/volume couldn't be loaded. We simply skip one image
 317             // size:
 318             Dest += this->NumColumns * this->NumLines * this->PixelSize;
 319
 320             // Update progress related for bad files:
 321             UpdateProgressCount += this->NumLines;
 322             if (UpdateProgressTarget > 0)
 323             {
 324                if (!(UpdateProgressCount%UpdateProgressTarget))
 325                {
 326                   this->UpdateProgress(UpdateProgressCount/(50.0*UpdateProgressTarget));
 327                }
 328             }
 329          } // Else, file not loadable
 330       } // Loop on files
 331    }
 332 }
 333
 334 /*
 335  * vtkGdcmReader can have the file names specified through two ways:
 336  * (1) by calling the vtkImageReader2::SetFileName(), SetFilePrefix() and
 337  *     SetFilePattern()
 338  * (2) By successive calls to vtkGdcmReader::AddFileName()
 339  * When the first method was used by caller we need to update the local
 340  * filename list
 341  */
 342 void vtkGdcmReader::BuildFileListFromPattern()
 343 {
 344    this->RemoveAllInternalFileName();
 345
 346    if ((! this->FileNameList.empty()) && this->FileName )
 347    {
 348       vtkErrorMacro(<< "Both AddFileName and SetFileName schemes were used");
 349       vtkErrorMacro(<< "No images loaded ! ");
 350       return;
 351    }
 352
 353    if ((! this->FileNameList.empty()) && this->FilePrefix )
 354    {
 355       vtkErrorMacro(<< "Both AddFileName and SetFilePrefix schemes were used");
 356       vtkErrorMacro(<< "No images loaded ! ");
 357       return;
 358    }
 359
 360    if (this->FileName && this->FilePrefix)
 361    {
 362       vtkErrorMacro(<< "Both SetFileName and SetFilePrefix schemes were used");
 363       vtkErrorMacro(<< "No images loaded ! ");
 364       return;
 365    }
 366
 367    if (! this->FileNameList.empty()  )
 368    {
 369       vtkDebugMacro(<< "Using the AddFileName specified files");
 370       this->InternalFileNameList=this->FileNameList;
 371       return;
 372    }
 373
 374    if (!this->FileName && !this->FilePrefix)
 375    {
 376       vtkErrorMacro(<< "FileNames are not set. Either use AddFileName() or");
 377       vtkErrorMacro(<< "specify a FileName or FilePrefix.");
 378       return;
 379    }
 380
 381    if( this->FileName )
 382    {
 383       // Single file loading (as given with ::SetFileName()):
 384       // Case of multi-frame file considered here
 385       this->ComputeInternalFileName(this->DataExtent[4]);
 386       vtkDebugMacro(<< "Adding file " << this->InternalFileName);
 387       this->AddInternalFileName(this->InternalFileName);
 388    }
 389    else
 390    {
 391       // Multi file loading (as given with ::SetFilePattern()):
 392       for (int idx = this->DataExtent[4]; idx <= this->DataExtent[5]; ++idx)
 393       {
 394          this->ComputeInternalFileName(idx);
 395          vtkDebugMacro(<< "Adding file " << this->InternalFileName);
 396          this->AddInternalFileName(this->InternalFileName);
 397       }
 398    }
 399 }
 400
 401 /*
 402  * When more than one filename is specified (i.e. we expect loading
 403  * a stack or volume) we need to check that the corresponding images/volumes
 404  * to be loaded are coherent i.e. to make sure:
 405  *     - they all share the same X dimensions
 406  *     - they all share the same Y dimensions
 407  *     - they all share the same ImageType ( 8 bit signed, or unsigned...)
 408  *
 409  * Eventually, we emit a warning when all the files do NOT share the
 410  * Z dimension, since we can still build a stack but the
 411  * files are not coherent in Z, which is probably a source a trouble...
 412  *   When files are not readable (either the file cannot be opened or
 413  * because gdcm cannot parse it), they are flagged as "GDCM_UNREADABLE".
 414  *   This method returns the total number of planar images to be loaded
 415  * (i.e. an image represents one plane, but a volume represents many planes)
 416  */
 417 int vtkGdcmReader::CheckFileCoherence()
 418 {
 419    int ReturnedTotalNumberOfPlanes = 0;   // The returned value.
 420
 421    this->BuildFileListFromPattern();
 422    if (this->InternalFileNameList.empty())
 423    {
 424       vtkErrorMacro(<< "FileNames are not set.");
 425       return 0;
 426    }
 427
 428    bool FoundReferenceFile = false;
 429    int  ReferenceNZ = 0;
 430
 431    // Loop on the filenames:
 432    // - check for their existence and gdcm "parsability"
 433    // - get the coherence check done:
 434    for (std::list<std::string>::iterator filename = InternalFileNameList.begin();
 435         filename != InternalFileNameList.end();
 436         ++filename)
 437    {
 438       // The file is always added in the number of planes
 439       //  - If file doesn't exist, it will be replaced by a black plane in the
 440       //    ExecuteData method
 441       //  - If file has more than 1 plane, other planes will be added later to
 442       //    to the ReturnedTotalNumberOfPlanes variable counter
 443       ReturnedTotalNumberOfPlanes += 1;
 444
 445       /////// Stage 0: check for file name:
 446       if(*filename == std::string("GDCM_UNREADABLE"))
 447          continue;
 448
 449       /////// Stage 1: check for file readability:
 450       // Stage 1.1: check for file existence.
 451       FILE *fp;
 452       fp = fopen(filename->c_str(),"rb");
 453       if (!fp)
 454       {
 455          vtkErrorMacro(<< "Unable to open file " << filename->c_str());
 456          vtkErrorMacro(<< "Removing this file from readed files "
 457                      << filename->c_str());
 458          *filename = "GDCM_UNREADABLE";
 459          continue;
 460       }
 461       fclose(fp);
 462
 463       // Stage 1.2: check for Gdcm parsability
 464       gdcm::Header GdcmHeader(filename->c_str() );
 465       if (!GdcmHeader.IsReadable())
 466       {
 467          vtkErrorMacro(<< "Gdcm cannot parse file " << filename->c_str());
 468          vtkErrorMacro(<< "Removing this file from readed files "
 469                         << filename->c_str());
 470          *filename = "GDCM_UNREADABLE";
 471          continue;
 472       }
 473
 474       // Stage 1.3: further gdcm compatibility on PixelType
 475       std::string type = GdcmHeader.GetPixelType();
 476       if (   (type !=  "8U") && (type !=  "8S")
 477           && (type != "16U") && (type != "16S")
 478           && (type != "32U") && (type != "32S") )
 479       {
 480          vtkErrorMacro(<< "Bad File Type for file " << filename->c_str() << "\n"
 481                        << "   File type found : " << type.c_str()
 482                        << " (might be 8U, 8S, 16U, 16S, 32U, 32S) \n"
 483                        << "   Removing this file from readed files");
 484          *filename = "GDCM_UNREADABLE";
 485          continue;
 486       }
 487
 488       // Stage 2: check coherence of the set of files
 489       int NX = GdcmHeader.GetXSize();
 490       int NY = GdcmHeader.GetYSize();
 491       int NZ = GdcmHeader.GetZSize();
 492       if (FoundReferenceFile)
 493       {
 494          // Stage 2.1: mandatory coherence stage:
 495          if (   ( NX   != this->NumColumns )
 496              || ( NY   != this->NumLines )
 497              || ( type != this->ImageType ) )
 498          {
 499             vtkErrorMacro(<< "This file is not coherent with previous ones"
 500                            << filename->c_str());
 501             vtkErrorMacro(<< "Removing this file from readed files "
 502                            << filename->c_str());
 503             *filename = "GDCM_UNREADABLE";
 504             continue;
 505          }
 506
 507          // Stage 2.2: optional coherence stage
 508          if ( NZ != ReferenceNZ )
 509          {
 510             vtkErrorMacro(<< "File is not coherent in Z with previous ones"
 511                            << filename->c_str());
 512          }
 513          else
 514          {
 515             vtkDebugMacro(<< "File is coherent with previous ones"
 516                            << filename->c_str());
 517          }
 518
 519          // Stage 2.3: when the file contains a volume (as opposed to an image),
 520          // notify the caller.
 521          if (NZ > 1)
 522          {
 523             vtkErrorMacro(<< "This file contains multiple planes (images)"
 524                            << filename->c_str());
 525          }
 526
 527          // Eventually, this file can be added on the stack. Update the
 528          // full size of the stack
 529          vtkDebugMacro("Number of planes added to the stack: " << NZ);
 530          ReturnedTotalNumberOfPlanes += NZ - 1; // First plane already added
 531          continue;
 532
 533       }
 534       else
 535       {
 536          // We didn't have a workable reference file yet. Set this one
 537          // as the reference.
 538          FoundReferenceFile = true;
 539          vtkDebugMacro(<< "This file taken as coherence reference:"
 540                         << filename->c_str());
 541          vtkDebugMacro(<< "Image dimension of reference file as read from Gdcm:"
 542                         << NX << " " << NY << " " << NZ);
 543          vtkDebugMacro(<< "Number of planes added to the stack: " << NZ);
 544          // Set aside the size of the image
 545          this->NumColumns = NX;
 546          this->NumLines   = NY;
 547          ReferenceNZ      = NZ;
 548          ReturnedTotalNumberOfPlanes += NZ - 1; // First plane already added
 549          this->ImageType = type;
 550          this->PixelSize = GdcmHeader.GetPixelSize();
 551
 552          if( GdcmHeader.HasLUT() && this->AllowLookupTable )
 553          {
 554             // I could raise an error is AllowLookupTable is on and HasLUT() off
 555             this->NumComponents = GdcmHeader.GetNumberOfScalarComponentsRaw();
 556          }
 557          else
 558          {
 559             this->NumComponents = GdcmHeader.GetNumberOfScalarComponents(); //rgb or mono
 560          }
 561
 562          //Set image spacing
 563          this->DataSpacing[0] = GdcmHeader.GetXSpacing();
 564          this->DataSpacing[1] = GdcmHeader.GetYSpacing();
 565          this->DataSpacing[2] = GdcmHeader.GetZSpacing();
 566
 567          //Set image origin
 568          //this->DataOrigin[0] = GdcmHeader.GetXOrigin();
 569          //this->DataOrigin[1] = GdcmHeader.GetYOrigin();
 570          //this->DataOrigin[2] = GdcmHeader.GetZOrigin();
 571
 572       }
 573    } // End of loop on filename
 574
 575    ///////// The files we CANNOT load are flaged. On debugging purposes
 576    // count the loadable number of files and display their number:
 577    int NumberCoherentFiles = 0;
 578    for (std::list<std::string>::iterator it = InternalFileNameList.begin();
 579         it != InternalFileNameList.end();
 580         ++it)
 581    {
 582       if (*it != "GDCM_UNREADABLE")
 583       {
 584          NumberCoherentFiles++;
 585       }
 586    }
 587    vtkDebugMacro(<< "Number of coherent files: " << NumberCoherentFiles);
 588
 589    if (ReturnedTotalNumberOfPlanes == 0)
 590    {
 591       vtkErrorMacro(<< "No loadable file.");
 592    }
 593
 594    vtkDebugMacro(<< "Total number of planes on the stack: "
 595                   << ReturnedTotalNumberOfPlanes);
 596
 597    return ReturnedTotalNumberOfPlanes;
 598 }
 599
 600 //-----------------------------------------------------------------------------
 601 // Private
 602 /*
 603  * Remove all file names to the internal list of images to read.
 604  */
 605 void vtkGdcmReader::RemoveAllInternalFileName(void)
 606 {
 607    this->InternalFileNameList.clear();
 608 }
 609
 610 /*
 611  * Adds a file name to the internal list of images to read.
 612  */
 613 void vtkGdcmReader::AddInternalFileName(const char* name)
 614 {
 615    char * LocalName = new char[strlen(name) + 1];
 616    strcpy(LocalName, name);
 617    this->InternalFileNameList.push_back(LocalName);
 618    delete[] LocalName;
 619 }
 620
 621 /*
 622  * Loads the contents of the image/volume contained by Filename at
 623  * the Dest memory address. Returns the size of the data loaded.
 624  */
 625 size_t vtkGdcmReader::LoadImageInMemory(
 626              std::string fileName,
 627              unsigned char *dest,
 628              const unsigned long updateProgressTarget,
 629              unsigned long & updateProgressCount)
 630 {
 631    vtkDebugMacro(<< "Copying to memory image [" << fileName.c_str() << "]");
 632    gdcm::File file( fileName.c_str() );
 633    size_t size;
 634
 635    // If the data structure of vtk for image/volume representation
 636    // were straigthforwards the following would be enough:
 637    //    GdcmFile.GetImageDataIntoVector((void*)Dest, size);
 638    // But vtk chooses to invert the lines of an image, that is the last
 639    // line comes first (for some axis related reasons?). Hence we need
 640    // to load the image line by line, starting from the end.
 641
 642    int numColumns = file.GetHeader()->GetXSize();
 643    int numLines   = file.GetHeader()->GetYSize();
 644    int numPlanes  = file.GetHeader()->GetZSize();
 645    int lineSize   = NumComponents * numColumns * file.GetHeader()->GetPixelSize();
 646    int planeSize  = lineSize * numLines;
 647
 648    unsigned char *src;
 649
 650    if( file.GetHeader()->HasLUT() && AllowLookupTable )
 651    {
 652       size               = file.GetImageDataSize();
 653       src                = (unsigned char*) file.GetImageDataRaw();
 654       unsigned char *lut = (unsigned char*) file.GetLutRGBA();
 655
 656       if(!this->LookupTable)
 657       {
 658          this->LookupTable = vtkLookupTable::New();
 659       }
 660
 661       this->LookupTable->SetNumberOfTableValues(256);
 662       for (int tmp=0; tmp<256; tmp++)
 663       {
 664          this->LookupTable->SetTableValue(tmp,
 665          (float)lut[4*tmp+0]/255.0,
 666          (float)lut[4*tmp+1]/255.0,
 667          (float)lut[4*tmp+2]/255.0,
 668          1);
 669       }
 670       this->LookupTable->SetRange(0,255);
 671       vtkDataSetAttributes *a = this->GetOutput()->GetPointData();
 672       a->GetScalars()->SetLookupTable(this->LookupTable);
 673       free(lut);
 674    }
 675    else
 676    {
 677       size = file.GetImageDataSize();
 678       src  = (unsigned char*)file.GetImageData();
 679    }
 680
 681    unsigned char *dst = dest + planeSize - lineSize;
 682    for (int plane = 0; plane < numPlanes; plane++)
 683    {
 684       for (int line = 0; line < numLines; line++)
 685       {
 686          // Copy one line at proper destination:
 687          memcpy((void*)dst, (void*)src, lineSize);
 688          src += lineSize;
 689          dst -= lineSize;
 690          // Update progress related:
 691          if (!(updateProgressCount%updateProgressTarget))
 692          {
 693             this->UpdateProgress(updateProgressCount/(50.0*updateProgressTarget));
 694          }
 695          updateProgressCount++;
 696       }
 697       dst += 2 * planeSize;
 698    }
 699
 700    return size;
 701 }
 702
 703 //-----------------------------------------------------------------------------