vtk/vtkGdcmReader.cxx

   1 // vtkGdcmReader.cxx
   2 //-----------------------------------------------------------------------------
   3 // //////////////////////////////////////////////////////////////
   4 // WARNING TODO CLENAME
   5 // Actual limitations of this code:
   6 //
   7 // /////// Redundant and unnecessary header parsing
   8 // In it's current state this code actually parses three times the Dicom
   9 // header of a file before the corresponding image gets loaded in the
  10 // ad-hoc vtkData !
  11 // Here is the process:
  12 //  1/ First loading happens in ExecuteInformation which in order to
  13 //     positionate the vtk extents calls CheckFileCoherence. The purpose
  14 //     of CheckFileCoherence is to make sure all the images in the future
  15 //     stack are "homogenous" (same size, same representation...). This
  16 //     can only be achieved by parsing all the Dicom headers...
  17 //  2/ ExecuteData is then responsible for the next two loadings:
  18 //  2a/ ExecuteData calls AllocateOutputData that in turn seems to
  19 //      (indirectely call) ExecuteInformation which ends up in a second
  20 //      header parsing
  21 //      This is fixed by adding a test at the beginning of ExecuteInformation
  22 //      on the modification of the object instance. If a modification have been
  23 //      made (method Modified() ), the MTime value is increased. The fileTime
  24 //      is compared to this new value to find a modification in the class
  25 //      parameters
  26 //  2b/ the core of ExecuteData then needs gdcmFile (which in turns
  27 //      initialises gdcmHeader in the constructor) in order to access
  28 //      the data-image.
  29 //
  30 // Possible solution:
  31 // maintain a list of gdcmFiles (created by say ExecuteInformation) created
  32 // once and for all accross the life of vtkGdcmHeader (it would only load
  33 // new gdcmFile if the user changes the list). ExecuteData would then use
  34 // those gdcmFile and hence avoid calling the construtor:
  35 //  - advantage: the header of the files would only be parser once.
  36 //  - drawback: once execute information is called (i.e. on creation of
  37 //              a vtkGdcmHeader) the gdcmFile structure is loaded in memory.
  38 //              The average size of a gdcmHeader being of 100Ko, is one
  39 //              loads 10 stacks of images with say 200 images each, you
  40 //              end-up with a loss of 200Mo...
  41 //
  42 // /////// Never unallocated memory:
  43 // ExecuteData allocates space for the pixel data [which will get pointed
  44 // by the vtkPointData() through the call
  45 // data->GetPointData()->GetScalars()->SetVoidArray(mem, StackNumPixels, 0);]
  46 // This data is never "freed" neither in the destructor nor when the
  47 // filename list is extended, ExecuteData is called a second (or third)
  48 // time...
  49 // //////////////////////////////////////////////////////////////
  50
  51 #include "gdcmFile.h"
  52 #include "gdcmHeaderHelper.h"
  53 #include "vtkGdcmReader.h"
  54
  55 //#include <stdio.h>
  56 #include <vtkObjectFactory.h>
  57 #include <vtkImageData.h>
  58 #include <vtkPointData.h>
  59 #include <vtkLookupTable.h>
  60
  61 //-----------------------------------------------------------------------------
  62 // Constructor / Destructor
  63 vtkGdcmReader::vtkGdcmReader()
  64 {
  65    this->LookupTable = NULL;
  66 }
  67
  68 vtkGdcmReader::~vtkGdcmReader()
  69 {
  70    this->RemoveAllFileName();
  71    this->InternalFileNameList.clear();
  72    if(this->LookupTable)
  73       this->LookupTable->Delete();
  74 }
  75
  76 //-----------------------------------------------------------------------------
  77 // Print
  78 void vtkGdcmReader::PrintSelf(ostream& os, vtkIndent indent)
  79 {
  80    vtkImageReader::PrintSelf(os,indent);
  81    os << indent << "Filenames  : " << endl;
  82    vtkIndent nextIndent = indent.GetNextIndent();
  83    for (std::list<std::string>::iterator FileName  = FileNameList.begin();
  84         FileName != FileNameList.end();
  85         ++FileName)
  86    {
  87       os << nextIndent << FileName->c_str() << endl ;
  88    }
  89 }
  90
  91 //-----------------------------------------------------------------------------
  92 // Public
  93 /*
  94  * Remove all files from the list of images to read.
  95  */
  96 void vtkGdcmReader::RemoveAllFileName(void)
  97 {
  98    this->FileNameList.clear();
  99    this->Modified();
 100 }
 101
 102 /*
 103  * Adds a file name to the list of images to read.
 104  */
 105 void vtkGdcmReader::AddFileName(const char* name)
 106 {
 107    // We need to bypass the const pointer [since list<>.push_bash() only
 108    // takes a char* (but not a const char*)] by making a local copy:
 109    char * LocalName = new char[strlen(name) + 1];
 110    strcpy(LocalName, name);
 111    this->FileNameList.push_back(LocalName);
 112    delete[] LocalName;
 113    this->Modified();
 114 }
 115
 116 /*
 117  * Sets up a filename to be read.
 118  */
 119 void vtkGdcmReader::SetFileName(const char *name)
 120 {
 121    vtkImageReader2::SetFileName(name);
 122    // Since we maintain a list of filenames, when building a volume,
 123    // (see vtkGdcmReader::AddFileName), we additionaly need to purge
 124    // this list when we manually positionate the filename.
 125    this->FileNameList.clear();
 126    this->Modified();
 127 }
 128
 129 //-----------------------------------------------------------------------------
 130 // Protected
 131 /*
 132  * Configure the output e.g. WholeExtent, spacing, origin, scalar type...
 133  */
 134 void vtkGdcmReader::ExecuteInformation()
 135 {
 136    if(this->MTime>this->fileTime)
 137    {
 138       this->TotalNumberOfPlanes = this->CheckFileCoherence();
 139       if ( this->TotalNumberOfPlanes == 0)
 140       {
 141          vtkErrorMacro("File set is not coherent. Exiting...");
 142          return;
 143       }
 144
 145       // if the user has not set the extent, but has set the VOI
 146       // set the z axis extent to the VOI z axis
 147       if (this->DataExtent[4]==0 && this->DataExtent[5] == 0 &&
 148       (this->DataVOI[4] || this->DataVOI[5]))
 149       {
 150          this->DataExtent[4] = this->DataVOI[4];
 151          this->DataExtent[5] = this->DataVOI[5];
 152       }
 153
 154       // When the user has set the VOI, check it's coherence with the file content.
 155       if (this->DataVOI[0] || this->DataVOI[1] ||
 156       this->DataVOI[2] || this->DataVOI[3] ||
 157       this->DataVOI[4] || this->DataVOI[5])
 158       {
 159          if ((this->DataVOI[0] < 0) ||
 160              (this->DataVOI[1] >= this->NumColumns) ||
 161              (this->DataVOI[2] < 0) ||
 162              (this->DataVOI[3] >= this->NumLines) ||
 163              (this->DataVOI[4] < 0) ||
 164              (this->DataVOI[5] >= this->TotalNumberOfPlanes ))
 165          {
 166             vtkWarningMacro("The requested VOI is larger than expected extent.");
 167             this->DataVOI[0] = 0;
 168             this->DataVOI[1] = this->NumColumns - 1;
 169             this->DataVOI[2] = 0;
 170             this->DataVOI[3] = this->NumLines - 1;
 171             this->DataVOI[4] = 0;
 172             this->DataVOI[5] = this->TotalNumberOfPlanes - 1;
 173          }
 174       }
 175
 176       // Positionate the Extent.
 177       this->DataExtent[0] = 0;
 178       this->DataExtent[1] = this->NumColumns - 1;
 179       this->DataExtent[2] = 0;
 180       this->DataExtent[3] = this->NumLines - 1;
 181       this->DataExtent[4] = 0;
 182       this->DataExtent[5] = this->TotalNumberOfPlanes - 1;
 183
 184       // We don't need to positionate the Endian related stuff (by using
 185       // this->SetDataByteOrderToBigEndian() or SetDataByteOrderToLittleEndian()
 186       // since the reading of the file is done by gdcm.
 187       // But we do need to set up the data type for downstream filters:
 188       if      ( ImageType == "8U" )
 189       {
 190          vtkDebugMacro("8 bits unsigned image");
 191          this->SetDataScalarTypeToUnsignedChar();
 192       }
 193       else if ( ImageType == "8S" )
 194       {
 195          vtkErrorMacro("Cannot handle 8 bit signed files");
 196          return;
 197       }
 198       else if ( ImageType == "16U" )
 199       {
 200          vtkDebugMacro("16 bits unsigned image");
 201          this->SetDataScalarTypeToUnsignedShort();
 202       }
 203       else if ( ImageType == "16S" )
 204       {
 205          vtkDebugMacro("16 bits signed image");
 206          this->SetDataScalarTypeToShort();
 207          //vtkErrorMacro("Cannot handle 16 bit signed files");
 208       }
 209       else if ( ImageType == "32U" )
 210       {
 211          vtkDebugMacro("32 bits unsigned image");
 212          vtkDebugMacro("WARNING: forced to signed int !");
 213          this->SetDataScalarTypeToInt();
 214       }
 215       else if ( ImageType == "32S" )
 216       {
 217          vtkDebugMacro("32 bits signed image");
 218          this->SetDataScalarTypeToInt();
 219       }
 220       else if ( ImageType == "FD" )
 221       {
 222          vtkDebugMacro("64 bits Double image");
 223          this->SetDataScalarTypeToDouble();
 224       }
 225       //Set number of scalar components:
 226       this->SetNumberOfScalarComponents(this->NumComponents);
 227
 228       this->fileTime=this->MTime;
 229    }
 230
 231    this->Superclass::ExecuteInformation();
 232 }
 233
 234 /*
 235  * Update => ouput->Update => UpdateData => Execute => ExecuteData
 236  * (see vtkSource.cxx for last step).
 237  * This function (redefinition of vtkImageReader::ExecuteData, see
 238  * VTK/IO/vtkImageReader.cxx) reads a data from a file. The datas
 239  * extent/axes are assumed to be the same as the file extent/order.
 240  */
 241 void vtkGdcmReader::ExecuteData(vtkDataObject *output)
 242 {
 243    if (this->InternalFileNameList.empty())
 244    {
 245       vtkErrorMacro("A least a valid FileName must be specified.");
 246       return;
 247    }
 248
 249    // FIXME : extraneous parsing of header is made when allocating OuputData
 250    vtkImageData *data = this->AllocateOutputData(output);
 251    data->SetExtent(this->DataExtent);
 252    data->GetPointData()->GetScalars()->SetName("DicomImage-Volume");
 253
 254    // Test if output has valid extent
 255    // Prevent memory errors
 256    if((this->DataExtent[1]-this->DataExtent[0]>=0) &&
 257       (this->DataExtent[3]-this->DataExtent[2]>=0) &&
 258       (this->DataExtent[5]-this->DataExtent[4]>=0))
 259    {
 260       // The memory size for a full stack of images of course depends
 261       // on the number of planes and the size of each image:
 262       size_t StackNumPixels = this->NumColumns * this->NumLines
 263                             * this->TotalNumberOfPlanes * this->NumComponents;
 264       size_t stack_size = StackNumPixels * this->PixelSize;
 265       // Allocate pixel data space itself.
 266
 267       // Variables for the UpdateProgress. We shall use 50 steps to signify
 268       // the advance of the process:
 269       unsigned long UpdateProgressTarget = (unsigned long) ceil (this->NumLines
 270                                          * this->TotalNumberOfPlanes
 271                                          / 50.0);
 272       // The actual advance measure:
 273       unsigned long UpdateProgressCount = 0;
 274
 275       // Feeling the allocated memory space with each image/volume:
 276       unsigned char *Dest = (unsigned char *)data->GetPointData()->GetScalars()->GetVoidPointer(0);
 277       for (std::list<std::string>::iterator FileName  = InternalFileNameList.begin();
 278            FileName != InternalFileNameList.end();
 279            ++FileName)
 280       {
 281          // Images that were tagged as unreadable in CheckFileCoherence()
 282          // are substituted with a black image to let the caller visually
 283          // notice something wrong is going on:
 284          if (*FileName != "GDCM_UNREADABLE")
 285          {
 286             // Update progress related for good files is made in LoadImageInMemory
 287             Dest += this->LoadImageInMemory(*FileName, Dest,
 288                                             UpdateProgressTarget,
 289                                             UpdateProgressCount);
 290          }
 291          else
 292          {
 293             // We insert a black image in the stack for the user to be aware that
 294             // this image/volume couldn't be loaded. We simply skip one image
 295             // size:
 296             Dest += this->NumColumns * this->NumLines * this->PixelSize;
 297
 298             // Update progress related for bad files:
 299             UpdateProgressCount += this->NumLines;
 300             if (UpdateProgressTarget > 0)
 301             {
 302                if (!(UpdateProgressCount%UpdateProgressTarget))
 303                {
 304                   this->UpdateProgress(UpdateProgressCount/(50.0*UpdateProgressTarget));
 305                }
 306             }
 307          } // Else, file not loadable
 308       } // Loop on files
 309    }
 310 }
 311
 312 /*
 313  * vtkGdcmReader can have the file names specified through two ways:
 314  * (1) by calling the vtkImageReader2::SetFileName(), SetFilePrefix() and
 315  *     SetFilePattern()
 316  * (2) By successive calls to vtkGdcmReader::AddFileName()
 317  * When the first method was used by caller we need to update the local
 318  * filename list
 319  */
 320 void vtkGdcmReader::BuildFileListFromPattern()
 321 {
 322    if ((! this->FileNameList.empty()) && this->FileName )
 323    {
 324       vtkErrorMacro("Both file patterns and AddFileName schemes were used");
 325       vtkErrorMacro("Only the files specified with AddFileName shall be used");
 326       return;
 327    }
 328
 329    if (! this->FileNameList.empty()  )
 330    {
 331       vtkDebugMacro("Using the AddFileName specified files");
 332       this->InternalFileNameList=this->FileNameList;
 333       return;
 334    }
 335
 336    if (!this->FileName && !this->FilePattern)
 337    {
 338       vtkErrorMacro("FileNames are not set. Either use AddFileName() or");
 339       vtkErrorMacro("specify a FileName or FilePattern.");
 340       return;
 341    }
 342
 343    this->RemoveAllInternalFileName();
 344    if( this->FileNameList.empty() )
 345    {
 346       //Multiframe case:
 347       this->ComputeInternalFileName(this->DataExtent[4]);
 348       vtkDebugMacro("Adding file " << this->InternalFileName);
 349       this->AddInternalFileName(this->InternalFileName);
 350    }
 351    else
 352    {
 353       //stack of 2D dicom case:
 354       for (int idx = this->DataExtent[4]; idx <= this->DataExtent[5]; ++idx)
 355       {
 356          this->ComputeInternalFileName(idx);
 357          vtkDebugMacro("Adding file " << this->InternalFileName);
 358          this->AddInternalFileName(this->InternalFileName);
 359       }
 360    }
 361 }
 362
 363 /*
 364  * When more than one filename is specified (i.e. we expect loading
 365  * a stack or volume) we need to check that the corresponding images/volumes
 366  * to be loaded are coherent i.e. to make sure:
 367  *     - they all share the same X dimensions
 368  *     - they all share the same Y dimensions
 369  *     - they all share the same ImageType ( 8 bit signed, or unsigned...)
 370  *
 371  * Eventually, we emit a warning when all the files do NOT share the
 372  * Z dimension, since we can still build a stack but the
 373  * files are not coherent in Z, which is probably a source a trouble...
 374  *   When files are not readable (either the file cannot be opened or
 375  * because gdcm cannot parse it), they are flagged as "GDCM_UNREADABLE".
 376  *   This method returns the total number of planar images to be loaded
 377  * (i.e. an image represents one plane, but a volume represents many planes)
 378  */
 379 int vtkGdcmReader::CheckFileCoherence()
 380 {
 381    int ReturnedTotalNumberOfPlanes = 0;   // The returned value.
 382
 383    this->BuildFileListFromPattern();
 384    if (this->InternalFileNameList.empty())
 385    {
 386       vtkErrorMacro("FileNames are not set.");
 387       return 0;
 388    }
 389
 390    bool FoundReferenceFile = false;
 391    int  ReferenceNZ = 0;
 392
 393    // Loop on the filenames:
 394    // - check for their existence and gdcm "parsability"
 395    // - get the coherence check done:
 396    for (std::list<std::string>::iterator FileName = InternalFileNameList.begin();
 397         FileName != InternalFileNameList.end();
 398         ++FileName)
 399    {
 400       // The file is always added in the number of planes
 401       //  - If file doesn't exist, it will be replaced by a black plane in the
 402       //    ExecuteData method
 403       //  - If file has more than 1 plane, other planes will be added later to
 404       //    to the ReturnedTotalNumberOfPlanes variable counter
 405       ReturnedTotalNumberOfPlanes += 1;
 406
 407       /////// Stage 0: check for file name:
 408       if(*FileName==std::string("GDCM_UNREADABLE"))
 409          continue;
 410
 411       /////// Stage 1: check for file readability:
 412       // Stage 1.1: check for file existence.
 413       FILE *fp;
 414       fp = fopen(FileName->c_str(),"rb");
 415       if (!fp)
 416       {
 417          vtkErrorMacro("Unable to open file " << FileName->c_str());
 418          vtkErrorMacro("Removing this file from readed files "
 419                      << FileName->c_str());
 420          *FileName = "GDCM_UNREADABLE";
 421          continue;
 422       }
 423       fclose(fp);
 424
 425       // Stage 1.2: check for Gdcm parsability
 426       gdcmHeaderHelper GdcmHeader(FileName->c_str());
 427       if (!GdcmHeader.IsReadable())
 428       {
 429          vtkErrorMacro("Gdcm cannot parse file " << FileName->c_str());
 430          vtkErrorMacro("Removing this file from readed files "
 431                         << FileName->c_str());
 432          *FileName = "GDCM_UNREADABLE";
 433          continue;
 434       }
 435
 436       // Stage 1.3: further gdcm compatibility on PixelType
 437       std::string type = GdcmHeader.GetPixelType();
 438       if (   (type !=  "8U") && (type !=  "8S")
 439       && (type != "16U") && (type != "16S")
 440       && (type != "32U") && (type != "32S") )
 441       {
 442          vtkErrorMacro("Bad File Type for file" << FileName->c_str());
 443          vtkErrorMacro("                      " << type.c_str());
 444          vtkErrorMacro("Removing this file from readed files "
 445                         << FileName->c_str());
 446          *FileName = "GDCM_UNREADABLE";
 447          continue;
 448       }
 449
 450       // Stage 2: check coherence of the set of files
 451       int NX = GdcmHeader.GetXSize();
 452       int NY = GdcmHeader.GetYSize();
 453       int NZ = GdcmHeader.GetZSize();
 454       if (FoundReferenceFile)
 455       {
 456          // Stage 2.1: mandatory coherence stage:
 457          if (   ( NX   != this->NumColumns )
 458          || ( NY   != this->NumLines )
 459          || ( type != this->ImageType ) )
 460          {
 461             vtkErrorMacro("This file is not coherent with previous ones"
 462                            << FileName->c_str());
 463             vtkErrorMacro("Removing this file from readed files "
 464                            << FileName->c_str());
 465             *FileName = "GDCM_UNREADABLE";
 466             continue;
 467          }
 468
 469          // Stage 2.2: optional coherence stage
 470          if ( NZ != ReferenceNZ )
 471          {
 472             vtkErrorMacro("File is not coherent in Z with previous ones"
 473                            << FileName->c_str());
 474          }
 475          else
 476          {
 477             vtkDebugMacro("File is coherent with previous ones"
 478                            << FileName->c_str());
 479          }
 480
 481          // Stage 2.3: when the file contains a volume (as opposed to an image),
 482          // notify the caller.
 483          if (NZ > 1)
 484          {
 485             vtkErrorMacro("This file contains multiple planes (images)"
 486                            << FileName->c_str());
 487          }
 488
 489          // Eventually, this file can be added on the stack. Update the
 490          // full size of the stack
 491          vtkDebugMacro("Number of planes added to the stack: " << NZ);
 492          ReturnedTotalNumberOfPlanes += NZ - 1; // First plane already added
 493          continue;
 494
 495       }
 496       else
 497       {
 498          // We didn't have a workable reference file yet. Set this one
 499          // as the reference.
 500          FoundReferenceFile = true;
 501          vtkDebugMacro("This file taken as coherence reference:"
 502                         << FileName->c_str());
 503          vtkDebugMacro("Image dimension of reference file as read from Gdcm:"
 504                         << NX << " " << NY << " " << NZ);
 505          vtkDebugMacro("Number of planes added to the stack: " << NZ);
 506          // Set aside the size of the image
 507          this->NumColumns = NX;
 508          this->NumLines   = NY;
 509          ReferenceNZ      = NZ;
 510          ReturnedTotalNumberOfPlanes += NZ - 1; // First plane already added
 511          this->ImageType = type;
 512          this->PixelSize = GdcmHeader.GetPixelSize();
 513
 514          if( GdcmHeader.HasLUT() )
 515          {
 516             this->NumComponents = GdcmHeader.GetNumberOfScalarComponentsRaw();
 517          }
 518          else
 519          {
 520             this->NumComponents = GdcmHeader.GetNumberOfScalarComponents(); //rgb or mono
 521          }
 522
 523          //Set image spacing
 524          this->DataSpacing[0] = GdcmHeader.GetXSpacing();
 525          this->DataSpacing[1] = GdcmHeader.GetYSpacing();
 526          this->DataSpacing[2] = GdcmHeader.GetZSpacing();
 527
 528          //Set image origin
 529          this->DataOrigin[0] = GdcmHeader.GetXOrigin();
 530          this->DataOrigin[1] = GdcmHeader.GetYOrigin();
 531          this->DataOrigin[2] = GdcmHeader.GetZOrigin();
 532
 533       }
 534    } // End of loop on FileName
 535
 536    ///////// The files we CANNOT load are flaged. On debugging purposes
 537    // count the loadable number of files and display their number:
 538    int NumberCoherentFiles = 0;
 539    for (std::list<std::string>::iterator Filename = InternalFileNameList.begin();
 540         Filename != InternalFileNameList.end();
 541         ++Filename)
 542    {
 543      if (*Filename != "GDCM_UNREADABLE")
 544         NumberCoherentFiles++;
 545    }
 546    vtkDebugMacro("Number of coherent files: " << NumberCoherentFiles);
 547
 548    if (ReturnedTotalNumberOfPlanes == 0)
 549    {
 550       vtkErrorMacro("No loadable file.");
 551    }
 552
 553    vtkDebugMacro("Total number of planes on the stack: "
 554                   << ReturnedTotalNumberOfPlanes);
 555
 556    return ReturnedTotalNumberOfPlanes;
 557 }
 558
 559 //-----------------------------------------------------------------------------
 560 // Private
 561 /*
 562  * Remove all file names to the internal list of images to read.
 563  */
 564 void vtkGdcmReader::RemoveAllInternalFileName(void)
 565 {
 566    this->InternalFileNameList.clear();
 567 }
 568
 569 /*
 570  * Adds a file name to the internal list of images to read.
 571  */
 572 void vtkGdcmReader::AddInternalFileName(const char* name)
 573 {
 574    char * LocalName = new char[strlen(name) + 1];
 575    strcpy(LocalName, name);
 576    this->InternalFileNameList.push_back(LocalName);
 577    delete[] LocalName;
 578 }
 579
 580 /*
 581  * Loads the contents of the image/volume contained by Filename at
 582  * the Dest memory address. Returns the size of the data loaded.
 583  */
 584 size_t vtkGdcmReader::LoadImageInMemory(
 585              std::string FileName,
 586              unsigned char * Dest,
 587              const unsigned long UpdateProgressTarget,
 588              unsigned long & UpdateProgressCount)
 589 {
 590    vtkDebugMacro("Copying to memory image" << FileName.c_str());
 591    gdcmFile GdcmFile(FileName.c_str());
 592    size_t size;
 593
 594    // If the data structure of vtk for image/volume representation
 595    // were straigthforwards the following would be enough:
 596    //    GdcmFile.GetImageDataIntoVector((void*)Dest, size);
 597    // But vtk chooses to invert the lines of an image, that is the last
 598    // line comes first (for some axis related reasons?). Hence we need
 599    // to load the image line by line, starting from the end.
 600
 601    int NumColumns = GdcmFile.GetHeader()->GetXSize();
 602    int NumLines   = GdcmFile.GetHeader()->GetYSize();
 603    int NumPlanes  = GdcmFile.GetHeader()->GetZSize();
 604    int LineSize   = NumComponents * NumColumns * GdcmFile.GetHeader()->GetPixelSize();
 605
 606    unsigned char * Source;
 607
 608    if( GdcmFile.GetHeader()->HasLUT() )
 609    {
 610       size               = GdcmFile.GetImageDataSizeRaw();
 611       Source             = (unsigned char*) GdcmFile.GetImageDataRaw();
 612       unsigned char *Lut =                  GdcmFile.GetHeader()->GetLUTRGBA();
 613
 614       if(!this->LookupTable)
 615          this->LookupTable = vtkLookupTable::New();
 616
 617       this->LookupTable->SetNumberOfTableValues(256);
 618       for (int tmp=0; tmp<256; tmp++)
 619       {
 620          this->LookupTable->SetTableValue(tmp,
 621          (float)Lut[4*tmp+0]/255.0,
 622          (float)Lut[4*tmp+1]/255.0,
 623          (float)Lut[4*tmp+2]/255.0,
 624          1);
 625       }
 626       this->LookupTable->SetRange(0,255);
 627       vtkDataSetAttributes *a=this->GetOutput()->GetPointData();
 628       a->GetScalars()->SetLookupTable(this->LookupTable);
 629       free(Lut);
 630    }
 631    else
 632    {
 633       size        = GdcmFile.GetImageDataSize();
 634       Source      = (unsigned char*)GdcmFile.GetImageData();
 635    }
 636    unsigned char * pSource     = Source; //pointer for later deletion
 637    unsigned char * Destination = Dest + size - LineSize;
 638
 639    for (int plane = 0; plane < NumPlanes; plane++)
 640    {
 641       for (int line = 0; line < NumLines; line++)
 642       {
 643          // Copy one line at proper destination:
 644          memcpy((void*)Destination, (void*)Source, LineSize);
 645          Source      += LineSize;
 646          Destination -= LineSize;
 647          // Update progress related:
 648          if (!(UpdateProgressCount%UpdateProgressTarget))
 649          {
 650             this->UpdateProgress(UpdateProgressCount/(50.0*UpdateProgressTarget));
 651          }
 652          UpdateProgressCount++;
 653       }
 654    }
 655    //GetImageData allocate a (void*)malloc, remove it:
 656    free(pSource);
 657    return size;
 658 }
 659
 660 //-----------------------------------------------------------------------------