vtk/vtkGdcmReader.cxx

   1 // $Header: /cvs/public/gdcm/vtk/vtkGdcmReader.cxx,v 1.25 2003/11/05 18:15:41 malaterre Exp $
   2 // //////////////////////////////////////////////////////////////
   3 // WARNING TODO CLENAME
   4 // Actual limitations of this code:
   5 //
   6 // /////// Redundant and unnecessary header parsing
   7 // In it's current state this code actually parses three times the Dicom
   8 // header of a file before the corresponding image gets loaded in the
   9 // ad-hoc vtkData !
  10 // Here is the process:
  11 //  1/ First loading happens in ExecuteInformation which in order to
  12 //     positionate the vtk extents calls CheckFileCoherence. The purpose
  13 //     of CheckFileCoherence is to make sure all the images in the future
  14 //     stack are "homogenous" (same size, same representation...). This
  15 //     can only be achieved by parsing all the Dicom headers...
  16 //  2/ ExecuteData is then responsible for the next two loadings:
  17 //  2a/ ExecuteData calls AllocateOutputData that in turn seems to
  18 //      (indirectely call) ExecuteInformation which ends up in a second
  19 //      header parsing
  20 //  2b/ the core of ExecuteData then needs gdcmFile (which in turns
  21 //      initialises gdcmHeader in the constructor) in order to access
  22 //      the data-image.
  23 //
  24 // Possible solution:
  25 // maintain a list of gdcmFiles (created by say ExecuteInformation) created
  26 // once and for all accross the life of vtkGdcmHeader (it would only load
  27 // new gdcmFile if the user changes the list). ExecuteData would then use
  28 // those gdcmFile and hence avoid calling the construtor:
  29 //  - advantage: the header of the files would only be parser once.
  30 //  - drawback: once execute information is called (i.e. on creation of
  31 //              a vtkGdcmHeader) the gdcmFile structure is loaded in memory.
  32 //              The average size of a gdcmHeader being of 100Ko, is one
  33 //              loads 10 stacks of images with say 200 images each, you
  34 //              end-up with a loss of 200Mo...
  35 //
  36 // /////// Never unallocated memory:
  37 // ExecuteData allocates space for the pixel data [which will get pointed
  38 // by the vtkPointData() through the call
  39 // data->GetPointData()->GetScalars()->SetVoidArray(mem, StackNumPixels, 0);]
  40 // This data is never "freed" neither in the destructor nor when the
  41 // filename list is extended, ExecuteData is called a second (or third)
  42 // time...
  43 // //////////////////////////////////////////////////////////////
  44
  45 #include <stdio.h>
  46 #include <vtkObjectFactory.h>
  47 #include <vtkImageData.h>
  48 #include <vtkPointData.h>
  49 #include <vtkLookupTable.h>
  50 #include "vtkGdcmReader.h"
  51 #include "gdcm.h"
  52 #include "gdcmHeaderHelper.h"
  53
  54 vtkGdcmReader::vtkGdcmReader()
  55 {
  56   // Constructor
  57   this->LookupTable = vtkLookupTable::New();
  58 }
  59
  60 //----------------------------------------------------------------------------
  61 vtkGdcmReader::~vtkGdcmReader()
  62 {
  63   this->RemoveAllFileName();
  64   this->InternalFileNameList.clear();
  65   this->LookupTable->Delete();
  66 }
  67
  68 //----------------------------------------------------------------------------
  69 // Remove all files from the list of images to read.
  70 void vtkGdcmReader::RemoveAllFileName(void)
  71 {
  72   this->FileNameList.clear();
  73 }
  74
  75 //----------------------------------------------------------------------------
  76 // Adds a file name to the list of images to read.
  77 void vtkGdcmReader::AddFileName(const char* name)
  78 {
  79   // We need to bypass the const pointer [since list<>.push_bash() only
  80   // takes a char* (but not a const char*)] by making a local copy:
  81   char * LocalName = new char[strlen(name) + 1];
  82   strcpy(LocalName, name);
  83   this->FileNameList.push_back(LocalName);
  84   this->Modified();
  85   delete[] LocalName;
  86 }
  87
  88 //----------------------------------------------------------------------------
  89 // Sets up a filename to be read.
  90 void vtkGdcmReader::SetFileName(const char *name) {
  91   vtkImageReader2::SetFileName(name);
  92   // Since we maintain a list of filenames, when building a volume,
  93   // (see vtkGdcmReader::AddFileName), we additionaly need to purge
  94   // this list when we manually positionate the filename.
  95   this->FileNameList.clear();
  96   this->Modified();
  97 }
  98
  99 //----------------------------------------------------------------------------
 100 // Adds a file name to the internal list of images to read.
 101 void vtkGdcmReader::RemoveAllInternalFileName(void)
 102 {
 103   this->InternalFileNameList.clear();
 104 }
 105
 106 //----------------------------------------------------------------------------
 107 // Adds a file name to the internal list of images to read.
 108 void vtkGdcmReader::AddInternalFileName(const char* name)
 109 {
 110   char * LocalName = new char[strlen(name) + 1];
 111   strcpy(LocalName, name);
 112   this->InternalFileNameList.push_back(LocalName);
 113   delete[] LocalName;
 114 }
 115
 116 //----------------------------------------------------------------------------
 117 // vtkGdcmReader can have the file names specified through two ways:
 118 // (1) by calling the vtkImageReader2::SetFileName(), SetFilePrefix() and
 119 //     SetFilePattern()
 120 // (2) By successive calls to vtkGdcmReader::AddFileName()
 121 // When the first method was used by caller we need to update the local
 122 // filename list
 123 void vtkGdcmReader::BuildFileListFromPattern()
 124 {
 125    if ((! this->FileNameList.empty()) && this->FileName )
 126      {
 127      vtkErrorMacro("Both file patterns and AddFileName schemes were used");
 128      vtkErrorMacro("Only the files specified with AddFileName shall be used");
 129      return;
 130      }
 131
 132    if (! this->FileNameList.empty()  )
 133      {
 134      vtkDebugMacro("Using the AddFileName specified files");
 135           this->InternalFileNameList=this->FileNameList;
 136      return;
 137      }
 138
 139    if (!this->FileName && !this->FilePattern)
 140      {
 141      vtkErrorMacro("FileNames are not set. Either use AddFileName() or");
 142      vtkErrorMacro("specify a FileName or FilePattern.");
 143      return;
 144      }
 145
 146    this->RemoveAllInternalFileName();
 147    if( this->FileNameList.empty() )
 148      {
 149      //Multiframe case:
 150      this->ComputeInternalFileName(this->DataExtent[4]);
 151      vtkDebugMacro("Adding file " << this->InternalFileName);
 152      this->AddInternalFileName(this->InternalFileName);
 153      }
 154    else
 155      {
 156      //stack of 2D dicom case:
 157      for (int idx = this->DataExtent[4]; idx <= this->DataExtent[5]; ++idx)
 158        {
 159        this->ComputeInternalFileName(idx);
 160        vtkDebugMacro("Adding file " << this->InternalFileName);
 161        this->AddInternalFileName(this->InternalFileName);
 162        }
 163     }
 164 }
 165
 166 //----------------------------------------------------------------------------
 167 // When more than one filename is specified (i.e. we expect loading
 168 // a stack or volume) we need to check that the corresponding images/volumes
 169 // to be loaded are coherent i.e. to make sure:
 170 //     - they all share the same X dimensions
 171 //     - they all share the same Y dimensions
 172 //     - they all share the same ImageType ( 8 bit signed, or unsigned...)
 173 //
 174 // Eventually, we emit a warning when all the files do NOT share the
 175 // Z dimension, since we can still build a stack but the
 176 // files are not coherent in Z, which is probably a source a trouble...
 177 //   When files are not readable (either the file cannot be opened or
 178 // because gdcm cannot parse it), they are flagged as "GDCM_UNREADABLE".
 179 //   This method returns the total number of planar images to be loaded
 180 // (i.e. an image represents one plane, but a volume represents many planes)
 181 int vtkGdcmReader::CheckFileCoherence()
 182 {
 183    int ReturnedTotalNumberOfPlanes = 0;   // The returned value.
 184
 185    this->BuildFileListFromPattern();
 186    if (this->InternalFileNameList.empty())
 187      {
 188      vtkErrorMacro("FileNames are not set.");
 189      return 0;
 190      }
 191
 192    bool FoundReferenceFile = false;
 193    int  ReferenceNZ = 0;
 194
 195    // Loop on the filenames:
 196    // - check for their existence and gdcm "parsability"
 197    // - get the coherence check done:
 198    for (std::list<std::string>::iterator FileName  = InternalFileNameList.begin();
 199                                         FileName != InternalFileNameList.end();
 200                                       ++FileName)
 201      {
 202      // The file is always added in the number of planes
 203      //  - If file doesn't exist, it will be replaced by a black plane in the
 204      //    ExecuteData method
 205      //  - If file has more than 1 plane, other planes will be added later to
 206      //    to the ReturnedTotalNumberOfPlanes variable counter
 207      ReturnedTotalNumberOfPlanes += 1;
 208
 209      /////// Stage 0: check for file name:
 210           if(*FileName==std::string("GDCM_UNREADABLE"))
 211                   continue;
 212
 213      /////// Stage 1: check for file readability:
 214      // Stage 1.1: check for file existence.
 215      FILE *fp;
 216      fp = fopen(FileName->c_str(),"rb");
 217      if (!fp)
 218        {
 219        vtkErrorMacro("Unable to open file " << FileName->c_str());
 220        vtkErrorMacro("Removing this file from readed files "
 221                      << FileName->c_str());
 222        *FileName = "GDCM_UNREADABLE";
 223        continue;
 224        }
 225      fclose(fp);
 226
 227      // Stage 1.2: check for Gdcm parsability
 228      gdcmHeaderHelper GdcmHeader(FileName->c_str());
 229      if (!GdcmHeader.IsReadable())
 230        {
 231        vtkErrorMacro("Gdcm cannot parse file " << FileName->c_str());
 232        vtkErrorMacro("Removing this file from readed files "
 233                      << FileName->c_str());
 234        *FileName = "GDCM_UNREADABLE";
 235        continue;
 236        }
 237
 238      // Stage 1.3: further gdcm compatibility on PixelType
 239      std::string type = GdcmHeader.GetPixelType();
 240      if (   (type !=  "8U") && (type !=  "8S")
 241          && (type != "16U") && (type != "16S")
 242          && (type != "32U") && (type != "32S") )
 243        {
 244        vtkErrorMacro("Bad File Type for file" << FileName->c_str());
 245        vtkErrorMacro("                      " << type.c_str());
 246        vtkErrorMacro("Removing this file from readed files "
 247                      << FileName->c_str());
 248        *FileName = "GDCM_UNREADABLE";
 249        continue;
 250        }
 251
 252      /////// Stage 2: check coherence of the set of files
 253      int NX = GdcmHeader.GetXSize();
 254      int NY = GdcmHeader.GetYSize();
 255      int NZ = GdcmHeader.GetZSize();
 256      if (FoundReferenceFile)
 257        {
 258
 259        // Stage 2.1: mandatory coherence stage:
 260        if (   ( NX   != this->NumColumns )
 261            || ( NY   != this->NumLines )
 262            || ( type != this->ImageType ) )
 263          {
 264          vtkErrorMacro("This file is not coherent with previous ones"
 265                        << FileName->c_str());
 266          vtkErrorMacro("Removing this file from readed files "
 267                        << FileName->c_str());
 268          *FileName = "GDCM_UNREADABLE";
 269          continue;
 270          }
 271
 272        // Stage 2.2: optional coherence stage
 273        if ( NZ != ReferenceNZ )
 274          {
 275          vtkErrorMacro("File is not coherent in Z with previous ones"
 276                        << FileName->c_str());
 277          }
 278        else
 279          {
 280          vtkDebugMacro("File is coherent with previous ones"
 281                        << FileName->c_str());
 282          }
 283
 284        // Stage 2.3: when the file contains a volume (as opposed to an image),
 285        // notify the caller.
 286        if (NZ > 1)
 287          {
 288          vtkErrorMacro("This file contains multiple planes (images)"
 289                        << FileName->c_str());
 290          }
 291
 292        // Eventually, this file can be added on the stack. Update the
 293        // full size of the stack
 294        vtkDebugMacro("Number of planes added to the stack: " << NZ);
 295        ReturnedTotalNumberOfPlanes += NZ - 1; // First plane already added
 296        continue;
 297
 298        } else {
 299        // We didn't have a workable reference file yet. Set this one
 300        // as the reference.
 301        FoundReferenceFile = true;
 302        vtkDebugMacro("This file taken as coherence reference:"
 303                      << FileName->c_str());
 304        vtkDebugMacro("Image dimension of reference file as read from Gdcm:" <<
 305                      NX << " " << NY << " " << NZ);
 306        vtkDebugMacro("Number of planes added to the stack: " << NZ);
 307        // Set aside the size of the image
 308        this->NumColumns = NX;
 309        this->NumLines   = NY;
 310        ReferenceNZ      = NZ;
 311        ReturnedTotalNumberOfPlanes += NZ - 1; // First plane already added
 312        this->ImageType = type;
 313        this->PixelSize = GdcmHeader.GetPixelSize();
 314
 315        if( GdcmHeader.HasLUT() )
 316          {
 317          this->NumComponents = GdcmHeader.GetNumberOfScalarComponentsRaw();
 318          }
 319        else
 320          {
 321          this->NumComponents = GdcmHeader.GetNumberOfScalarComponents(); //rgb or mono
 322          }
 323
 324        //Set image spacing
 325        this->DataSpacing[0] = GdcmHeader.GetXSpacing();
 326        this->DataSpacing[1] = GdcmHeader.GetYSpacing();
 327        this->DataSpacing[2] = GdcmHeader.GetZSpacing();
 328
 329        //Set image origin
 330        this->DataOrigin[0] = GdcmHeader.GetXOrigin();
 331        this->DataOrigin[1] = GdcmHeader.GetYOrigin();
 332        this->DataOrigin[2] = GdcmHeader.GetZOrigin();
 333
 334        }
 335      } // End of loop on FileName
 336
 337    ///////// The files we CANNOT load are flaged. On debugging purposes
 338    // count the loadable number of files and display their number:
 339    int NumberCoherentFiles = 0;
 340    for (std::list<std::string>::iterator Filename  = InternalFileNameList.begin();
 341                                         Filename != InternalFileNameList.end();
 342                                       ++Filename)
 343      {
 344      if (*Filename != "GDCM_UNREADABLE")
 345         NumberCoherentFiles++;
 346      }
 347    vtkDebugMacro("Number of coherent files: " << NumberCoherentFiles);
 348
 349    if (ReturnedTotalNumberOfPlanes == 0)
 350      {
 351      vtkErrorMacro("No loadable file.");
 352      }
 353
 354    vtkDebugMacro("Total number of planes on the stack: "
 355                  << ReturnedTotalNumberOfPlanes);
 356
 357         return ReturnedTotalNumberOfPlanes;
 358 }
 359
 360 //----------------------------------------------------------------------------
 361 // Configure the output e.g. WholeExtent, spacing, origin, scalar type...
 362 void vtkGdcmReader::ExecuteInformation()
 363 {
 364   this->TotalNumberOfPlanes = this->CheckFileCoherence();
 365   if ( this->TotalNumberOfPlanes == 0)
 366     {
 367        vtkErrorMacro("File set is not coherent. Exiting...");
 368        return;
 369     }
 370
 371   // if the user has not set the extent, but has set the VOI
 372   // set the z axis extent to the VOI z axis
 373   if (this->DataExtent[4]==0 && this->DataExtent[5] == 0 &&
 374      (this->DataVOI[4] || this->DataVOI[5]))
 375     {
 376     this->DataExtent[4] = this->DataVOI[4];
 377     this->DataExtent[5] = this->DataVOI[5];
 378     }
 379
 380   // When the user has set the VOI, check it's coherence with the file content.
 381   if (this->DataVOI[0] || this->DataVOI[1] ||
 382       this->DataVOI[2] || this->DataVOI[3] ||
 383       this->DataVOI[4] || this->DataVOI[5])
 384     {
 385     if ((this->DataVOI[0] < 0) ||
 386         (this->DataVOI[1] >= this->NumColumns) ||
 387         (this->DataVOI[2] < 0) ||
 388         (this->DataVOI[3] >= this->NumLines) ||
 389         (this->DataVOI[4] < 0) ||
 390         (this->DataVOI[5] >= this->TotalNumberOfPlanes ))
 391       {
 392       vtkWarningMacro("The requested VOI is larger than expected extent.");
 393       this->DataVOI[0] = 0;
 394       this->DataVOI[1] = this->NumColumns - 1;
 395       this->DataVOI[2] = 0;
 396       this->DataVOI[3] = this->NumLines - 1;
 397       this->DataVOI[4] = 0;
 398       this->DataVOI[5] = this->TotalNumberOfPlanes - 1;
 399       }
 400     }
 401
 402   // Positionate the Extent.
 403   this->DataExtent[0] = 0;
 404   this->DataExtent[1] = this->NumColumns - 1;
 405   this->DataExtent[2] = 0;
 406   this->DataExtent[3] = this->NumLines - 1;
 407   this->DataExtent[4] = 0;
 408   this->DataExtent[5] = this->TotalNumberOfPlanes - 1;
 409
 410   // We don't need to positionate the Endian related stuff (by using
 411   // this->SetDataByteOrderToBigEndian() or SetDataByteOrderToLittleEndian()
 412   // since the reading of the file is done by gdcm.
 413   // But we do need to set up the data type for downstream filters:
 414   if      ( ImageType == "8U" )
 415     {
 416     vtkDebugMacro("8 bits unsigned image");
 417     this->SetDataScalarTypeToUnsignedChar();
 418     }
 419   else if ( ImageType == "8S" )
 420     {
 421     vtkErrorMacro("Cannot handle 8 bit signed files");
 422     return;
 423     }
 424   else if ( ImageType == "16U" )
 425     {
 426     vtkDebugMacro("16 bits unsigned image");
 427     this->SetDataScalarTypeToUnsignedShort();
 428     }
 429   else if ( ImageType == "16S" )
 430     {
 431     vtkDebugMacro("16 bits signed image");
 432     this->SetDataScalarTypeToShort();
 433     //vtkErrorMacro("Cannot handle 16 bit signed files");
 434     }
 435   else if ( ImageType == "32U" )
 436     {
 437     vtkDebugMacro("32 bits unsigned image");
 438     vtkDebugMacro("WARNING: forced to signed int !");
 439     this->SetDataScalarTypeToInt();
 440     }
 441   else if ( ImageType == "32S" )
 442     {
 443     vtkDebugMacro("32 bits signed image");
 444     this->SetDataScalarTypeToInt();
 445     }
 446
 447   //Set number of scalar components:
 448   this->SetNumberOfScalarComponents(this->NumComponents);
 449
 450   vtkImageReader::ExecuteInformation();
 451 }
 452
 453 //----------------------------------------------------------------------------
 454 // Loads the contents of the image/volume contained by Filename at
 455 // the Dest memory address. Returns the size of the data loaded.
 456 size_t vtkGdcmReader::LoadImageInMemory(
 457              std::string FileName,
 458              unsigned char * Dest,
 459              const unsigned long UpdateProgressTarget,
 460              unsigned long & UpdateProgressCount)
 461 {
 462   vtkDebugMacro("Copying to memory image" << FileName.c_str());
 463   gdcmFile GdcmFile(FileName.c_str());
 464   size_t size;
 465
 466   // If the data structure of vtk for image/volume representation
 467   // were straigthforwards the following would suffice:
 468   //    GdcmFile.GetImageDataIntoVector((void*)Dest, size);
 469   // But vtk chooses to invert the lines of an image, that is the last
 470   // line comes first (for some axis related reasons?). Hence we need
 471   // to load the image line by line, starting from the end.
 472   int NumColumns = GdcmFile.GetXSize();
 473   int NumLines   = GdcmFile.GetYSize();
 474   int NumPlanes  = GdcmFile.GetZSize();
 475   int LineSize   = NumComponents * NumColumns * GdcmFile.GetPixelSize();
 476
 477   unsigned char * Source;
 478   if( GdcmFile.HasLUT() )
 479     {
 480     size               = GdcmFile.GetImageDataSizeRaw();
 481     Source             = (unsigned char*) GdcmFile.GetImageDataRaw();
 482     unsigned char *Lut = (unsigned char*) GdcmFile.GetLUTRGBA();
 483
 484     this->LookupTable->SetNumberOfTableValues(256);
 485     for (int tmp=0; tmp<256; tmp++)
 486       {
 487       this->LookupTable->SetTableValue(tmp,
 488         (float)Lut[4*tmp+0]/255.0,
 489         (float)Lut[4*tmp+1]/255.0,
 490         (float)Lut[4*tmp+2]/255.0,
 491         1);
 492       }
 493     this->LookupTable->SetRange(0,255);
 494     vtkDataSetAttributes *a=this->GetOutput()->GetPointData();
 495     a->GetScalars()->SetLookupTable(this->LookupTable);
 496     free(Lut);
 497     }
 498   else
 499     {
 500     size        = GdcmFile.GetImageDataSize();
 501     Source      = (unsigned char*)GdcmFile.GetImageData();
 502     }
 503   unsigned char * pSource     = Source; //pointer for later deletion
 504   unsigned char * Destination = Dest + size - LineSize;
 505
 506   for (int plane = 0; plane < NumPlanes; plane++)
 507     {
 508     for (int line = 0; line < NumLines; line++)
 509       {
 510       // Copy one line at proper destination:
 511       memcpy((void*)Destination, (void*)Source, LineSize);
 512       Source      += LineSize;
 513       Destination -= LineSize;
 514       // Update progress related:
 515       if (!(UpdateProgressCount%UpdateProgressTarget))
 516         {
 517         this->UpdateProgress(UpdateProgressCount/(50.0*UpdateProgressTarget));
 518         }
 519       UpdateProgressCount++;
 520       }
 521     }
 522   //GetImageData allocate a (void*)malloc, remove it:
 523   free(pSource);
 524
 525   return size;
 526 }
 527
 528 //----------------------------------------------------------------------------
 529 // Update => ouput->Update => UpdateData => Execute => ExecuteData
 530 // (see vtkSource.cxx for last step).
 531 // This function (redefinition of vtkImageReader::ExecuteData, see
 532 // VTK/IO/vtkImageReader.cxx) reads a data from a file. The datas
 533 // extent/axes are assumed to be the same as the file extent/order.
 534 void vtkGdcmReader::ExecuteData(vtkDataObject *output)
 535 {
 536   if (this->InternalFileNameList.empty())
 537     {
 538     vtkErrorMacro("A least a valid FileName must be specified.");
 539     return;
 540     }
 541
 542   // FIXME : extraneous parsing of header is made when allocating OuputData
 543   vtkImageData *data = this->AllocateOutputData(output);
 544   data->SetExtent(this->DataExtent);
 545   data->GetPointData()->GetScalars()->SetName("DicomImage-Volume");
 546
 547   // Test if output has valid extent
 548   // Prevent memory errors
 549   if((this->DataExtent[1]-this->DataExtent[0]>=0) &&
 550      (this->DataExtent[3]-this->DataExtent[2]>=0) &&
 551      (this->DataExtent[5]-this->DataExtent[4]>=0))
 552     {
 553     // The memory size for a full stack of images of course depends
 554     // on the number of planes and the size of each image:
 555     size_t StackNumPixels = this->NumColumns * this->NumLines
 556                           * this->TotalNumberOfPlanes * this->NumComponents;
 557     size_t stack_size = StackNumPixels * this->PixelSize;
 558     // Allocate pixel data space itself.
 559     unsigned char *mem = new unsigned char [stack_size];
 560
 561     // Variables for the UpdateProgress. We shall use 50 steps to signify
 562     // the advance of the process:
 563     unsigned long UpdateProgressTarget = (unsigned long) ceil (this->NumLines
 564                                        * this->TotalNumberOfPlanes
 565                                        / 50.0);
 566     // The actual advance measure:
 567     unsigned long UpdateProgressCount = 0;
 568
 569     // Feeling the allocated memory space with each image/volume:
 570     unsigned char * Dest = mem;
 571     for (std::list<std::string>::iterator FileName  = InternalFileNameList.begin();
 572                                           FileName != InternalFileNameList.end();
 573                                         ++FileName)
 574       {
 575       // Images that were tagged as unreadable in CheckFileCoherence()
 576       // are substituted with a black image to let the caller visually
 577       // notice something wrong is going on:
 578       if (*FileName != "GDCM_UNREADABLE")
 579         {
 580         // Update progress related for good files is made in LoadImageInMemory
 581         Dest += this->LoadImageInMemory(*FileName, Dest,
 582                                         UpdateProgressTarget,
 583                                         UpdateProgressCount);
 584         } else {
 585         // We insert a black image in the stack for the user to be aware that
 586         // this image/volume couldn't be loaded. We simply skip one image
 587         // size:
 588         Dest += this->NumColumns * this->NumLines * this->PixelSize;
 589
 590         // Update progress related for bad files:
 591         UpdateProgressCount += this->NumLines;
 592         if (UpdateProgressTarget > 0)
 593                       {
 594           if (!(UpdateProgressCount%UpdateProgressTarget))
 595             {
 596                         this->UpdateProgress(UpdateProgressCount/(50.0*UpdateProgressTarget));
 597             }
 598                       }
 599         } // Else, file not loadable
 600       } // Loop on files
 601
 602     // The "size" of the vtkScalars data is expressed in number of points,
 603     // and is not the memory size representing those points:
 604     data->GetPointData()->GetScalars()->SetVoidArray(mem, StackNumPixels, 0);
 605     //don't know why it's here, it's calling one more time ExecuteInformation:
 606     //this->Modified();
 607     }
 608 }
 609
 610 //----------------------------------------------------------------------------
 611 void vtkGdcmReader::PrintSelf(ostream& os, vtkIndent indent)
 612 {
 613   vtkImageReader::PrintSelf(os,indent);
 614   os << indent << "Filenames  : " << endl;
 615   vtkIndent nextIndent = indent.GetNextIndent();
 616   for (std::list<std::string>::iterator FileName  = FileNameList.begin();
 617                                         FileName != FileNameList.end();
 618                                       ++FileName)
 619     {
 620     os << nextIndent << FileName->c_str() << endl ;
 621     }
 622 }