vtk/vtkGdcmReader.cxx

   1 // vtkGdcmReader.cxx
   2 //-----------------------------------------------------------------------------
   3 // //////////////////////////////////////////////////////////////
   4 // WARNING TODO CLENAME
   5 // Actual limitations of this code:
   6 //
   7 // /////// Redundant and unnecessary header parsing
   8 // In it's current state this code actually parses three times the Dicom
   9 // header of a file before the corresponding image gets loaded in the
  10 // ad-hoc vtkData !
  11 // Here is the process:
  12 //  1/ First loading happens in ExecuteInformation which in order to
  13 //     positionate the vtk extents calls CheckFileCoherence. The purpose
  14 //     of CheckFileCoherence is to make sure all the images in the future
  15 //     stack are "homogenous" (same size, same representation...). This
  16 //     can only be achieved by parsing all the Dicom headers...
  17 //  2/ ExecuteData is then responsible for the next two loadings:
  18 //  2a/ ExecuteData calls AllocateOutputData that in turn seems to
  19 //      (indirectely call) ExecuteInformation which ends up in a second
  20 //      header parsing
  21 //      This is fixed by adding a test at the beginning of ExecuteInformation
  22 //      on the modification of the object instance. If a modification have been
  23 //      made (method Modified() ), the MTime value is increased. The fileTime
  24 //      is compared to this new value to find a modification in the class
  25 //      parameters
  26 //  2b/ the core of ExecuteData then needs gdcmFile (which in turns
  27 //      initialises gdcmHeader in the constructor) in order to access
  28 //      the data-image.
  29 //
  30 // Possible solution:
  31 // maintain a list of gdcmFiles (created by say ExecuteInformation) created
  32 // once and for all accross the life of vtkGdcmHeader (it would only load
  33 // new gdcmFile if the user changes the list). ExecuteData would then use
  34 // those gdcmFile and hence avoid calling the construtor:
  35 //  - advantage: the header of the files would only be parser once.
  36 //  - drawback: once execute information is called (i.e. on creation of
  37 //              a vtkGdcmHeader) the gdcmFile structure is loaded in memory.
  38 //              The average size of a gdcmHeader being of 100Ko, is one
  39 //              loads 10 stacks of images with say 200 images each, you
  40 //              end-up with a loss of 200Mo...
  41 //
  42 // /////// Never unallocated memory:
  43 // ExecuteData allocates space for the pixel data [which will get pointed
  44 // by the vtkPointData() through the call
  45 // data->GetPointData()->GetScalars()->SetVoidArray(mem, StackNumPixels, 0);]
  46 // This data is never "freed" neither in the destructor nor when the
  47 // filename list is extended, ExecuteData is called a second (or third)
  48 // time...
  49 // //////////////////////////////////////////////////////////////
  50
  51 #include "gdcmFile.h"
  52 #include "gdcmHeaderHelper.h"
  53 #include "vtkGdcmReader.h"
  54
  55 //#include <stdio.h>
  56 #include <vtkObjectFactory.h>
  57 #include <vtkImageData.h>
  58 #include <vtkPointData.h>
  59 #include <vtkLookupTable.h>
  60
  61 //-----------------------------------------------------------------------------
  62 // Constructor / Destructor
  63 vtkGdcmReader::vtkGdcmReader()
  64 {
  65    this->LookupTable = NULL;
  66 }
  67
  68 vtkGdcmReader::~vtkGdcmReader()
  69 {
  70    this->RemoveAllFileName();
  71    this->InternalFileNameList.clear();
  72    if(this->LookupTable)
  73       this->LookupTable->Delete();
  74 }
  75
  76 //-----------------------------------------------------------------------------
  77 // Print
  78 void vtkGdcmReader::PrintSelf(ostream& os, vtkIndent indent)
  79 {
  80    vtkImageReader::PrintSelf(os,indent);
  81    os << indent << "Filenames  : " << endl;
  82    vtkIndent nextIndent = indent.GetNextIndent();
  83    for (std::list<std::string>::iterator FileName  = FileNameList.begin();
  84         FileName != FileNameList.end();
  85         ++FileName)
  86    {
  87       os << nextIndent << FileName->c_str() << endl ;
  88    }
  89 }
  90
  91 //-----------------------------------------------------------------------------
  92 // Public
  93 /*
  94  * Remove all files from the list of images to read.
  95  */
  96 void vtkGdcmReader::RemoveAllFileName(void)
  97 {
  98    this->FileNameList.clear();
  99    this->Modified();
 100 }
 101
 102 /*
 103  * Adds a file name to the list of images to read.
 104  */
 105 void vtkGdcmReader::AddFileName(const char* name)
 106 {
 107    // We need to bypass the const pointer [since list<>.push_bash() only
 108    // takes a char* (but not a const char*)] by making a local copy:
 109    char * LocalName = new char[strlen(name) + 1];
 110    strcpy(LocalName, name);
 111    this->FileNameList.push_back(LocalName);
 112    delete[] LocalName;
 113    this->Modified();
 114 }
 115
 116 /*
 117  * Sets up a filename to be read.
 118  */
 119 void vtkGdcmReader::SetFileName(const char *name)
 120 {
 121    vtkImageReader2::SetFileName(name);
 122    // Since we maintain a list of filenames, when building a volume,
 123    // (see vtkGdcmReader::AddFileName), we additionaly need to purge
 124    // this list when we manually positionate the filename.
 125    vtkDebugMacro("Clearing all files given with AddFileName");
 126    this->SetFilePattern("");
 127    this->FileNameList.clear();
 128    this->Modified();
 129 }
 130
 131 //-----------------------------------------------------------------------------
 132 // Protected
 133 /*
 134  * Configure the output e.g. WholeExtent, spacing, origin, scalar type...
 135  */
 136 void vtkGdcmReader::ExecuteInformation()
 137 {
 138    if(this->MTime>this->fileTime)
 139    {
 140       this->TotalNumberOfPlanes = this->CheckFileCoherence();
 141       if ( this->TotalNumberOfPlanes == 0)
 142       {
 143          vtkErrorMacro("File set is not coherent. Exiting...");
 144          return;
 145       }
 146
 147       // if the user has not set the extent, but has set the VOI
 148       // set the z axis extent to the VOI z axis
 149       if (this->DataExtent[4]==0 && this->DataExtent[5] == 0 &&
 150       (this->DataVOI[4] || this->DataVOI[5]))
 151       {
 152          this->DataExtent[4] = this->DataVOI[4];
 153          this->DataExtent[5] = this->DataVOI[5];
 154       }
 155
 156       // When the user has set the VOI, check it's coherence with the file content.
 157       if (this->DataVOI[0] || this->DataVOI[1] ||
 158       this->DataVOI[2] || this->DataVOI[3] ||
 159       this->DataVOI[4] || this->DataVOI[5])
 160       {
 161          if ((this->DataVOI[0] < 0) ||
 162              (this->DataVOI[1] >= this->NumColumns) ||
 163              (this->DataVOI[2] < 0) ||
 164              (this->DataVOI[3] >= this->NumLines) ||
 165              (this->DataVOI[4] < 0) ||
 166              (this->DataVOI[5] >= this->TotalNumberOfPlanes ))
 167          {
 168             vtkWarningMacro("The requested VOI is larger than expected extent.");
 169             this->DataVOI[0] = 0;
 170             this->DataVOI[1] = this->NumColumns - 1;
 171             this->DataVOI[2] = 0;
 172             this->DataVOI[3] = this->NumLines - 1;
 173             this->DataVOI[4] = 0;
 174             this->DataVOI[5] = this->TotalNumberOfPlanes - 1;
 175          }
 176       }
 177
 178       // Positionate the Extent.
 179       this->DataExtent[0] = 0;
 180       this->DataExtent[1] = this->NumColumns - 1;
 181       this->DataExtent[2] = 0;
 182       this->DataExtent[3] = this->NumLines - 1;
 183       this->DataExtent[4] = 0;
 184       this->DataExtent[5] = this->TotalNumberOfPlanes - 1;
 185
 186       // We don't need to positionate the Endian related stuff (by using
 187       // this->SetDataByteOrderToBigEndian() or SetDataByteOrderToLittleEndian()
 188       // since the reading of the file is done by gdcm.
 189       // But we do need to set up the data type for downstream filters:
 190       if      ( ImageType == "8U" )
 191       {
 192          vtkDebugMacro("8 bits unsigned image");
 193          this->SetDataScalarTypeToUnsignedChar();
 194       }
 195       else if ( ImageType == "8S" )
 196       {
 197          vtkErrorMacro("Cannot handle 8 bit signed files");
 198          return;
 199       }
 200       else if ( ImageType == "16U" )
 201       {
 202          vtkDebugMacro("16 bits unsigned image");
 203          this->SetDataScalarTypeToUnsignedShort();
 204       }
 205       else if ( ImageType == "16S" )
 206       {
 207          vtkDebugMacro("16 bits signed image");
 208          this->SetDataScalarTypeToShort();
 209          //vtkErrorMacro("Cannot handle 16 bit signed files");
 210       }
 211       else if ( ImageType == "32U" )
 212       {
 213          vtkDebugMacro("32 bits unsigned image");
 214          vtkDebugMacro("WARNING: forced to signed int !");
 215          this->SetDataScalarTypeToInt();
 216       }
 217       else if ( ImageType == "32S" )
 218       {
 219          vtkDebugMacro("32 bits signed image");
 220          this->SetDataScalarTypeToInt();
 221       }
 222       else if ( ImageType == "FD" )
 223       {
 224          vtkDebugMacro("64 bits Double image");
 225          this->SetDataScalarTypeToDouble();
 226       }
 227       //Set number of scalar components:
 228       this->SetNumberOfScalarComponents(this->NumComponents);
 229
 230       this->fileTime=this->MTime;
 231    }
 232
 233    this->Superclass::ExecuteInformation();
 234 }
 235
 236 /*
 237  * Update => ouput->Update => UpdateData => Execute => ExecuteData
 238  * (see vtkSource.cxx for last step).
 239  * This function (redefinition of vtkImageReader::ExecuteData, see
 240  * VTK/IO/vtkImageReader.cxx) reads a data from a file. The datas
 241  * extent/axes are assumed to be the same as the file extent/order.
 242  */
 243 void vtkGdcmReader::ExecuteData(vtkDataObject *output)
 244 {
 245    if (this->InternalFileNameList.empty())
 246    {
 247       vtkErrorMacro("A least a valid FileName must be specified.");
 248       return;
 249    }
 250
 251    // FIXME : extraneous parsing of header is made when allocating OuputData
 252    vtkImageData *data = this->AllocateOutputData(output);
 253    data->SetExtent(this->DataExtent);
 254    data->GetPointData()->GetScalars()->SetName("DicomImage-Volume");
 255
 256    // Test if output has valid extent
 257    // Prevent memory errors
 258    if((this->DataExtent[1]-this->DataExtent[0]>=0) &&
 259       (this->DataExtent[3]-this->DataExtent[2]>=0) &&
 260       (this->DataExtent[5]-this->DataExtent[4]>=0))
 261    {
 262       // The memory size for a full stack of images of course depends
 263       // on the number of planes and the size of each image:
 264       size_t StackNumPixels = this->NumColumns * this->NumLines
 265                             * this->TotalNumberOfPlanes * this->NumComponents;
 266       size_t stack_size = StackNumPixels * this->PixelSize;
 267       // Allocate pixel data space itself.
 268
 269       // Variables for the UpdateProgress. We shall use 50 steps to signify
 270       // the advance of the process:
 271       unsigned long UpdateProgressTarget = (unsigned long) ceil (this->NumLines
 272                                          * this->TotalNumberOfPlanes
 273                                          / 50.0);
 274       // The actual advance measure:
 275       unsigned long UpdateProgressCount = 0;
 276
 277       // Feeling the allocated memory space with each image/volume:
 278       unsigned char *Dest = (unsigned char *)data->GetPointData()->GetScalars()->GetVoidPointer(0);
 279       for (std::list<std::string>::iterator FileName  = InternalFileNameList.begin();
 280            FileName != InternalFileNameList.end();
 281            ++FileName)
 282       {
 283          // Images that were tagged as unreadable in CheckFileCoherence()
 284          // are substituted with a black image to let the caller visually
 285          // notice something wrong is going on:
 286          if (*FileName != "GDCM_UNREADABLE")
 287          {
 288             // Update progress related for good files is made in LoadImageInMemory
 289             Dest += this->LoadImageInMemory(*FileName, Dest,
 290                                             UpdateProgressTarget,
 291                                             UpdateProgressCount);
 292          }
 293          else
 294          {
 295             // We insert a black image in the stack for the user to be aware that
 296             // this image/volume couldn't be loaded. We simply skip one image
 297             // size:
 298             Dest += this->NumColumns * this->NumLines * this->PixelSize;
 299
 300             // Update progress related for bad files:
 301             UpdateProgressCount += this->NumLines;
 302             if (UpdateProgressTarget > 0)
 303             {
 304                if (!(UpdateProgressCount%UpdateProgressTarget))
 305                {
 306                   this->UpdateProgress(UpdateProgressCount/(50.0*UpdateProgressTarget));
 307                }
 308             }
 309          } // Else, file not loadable
 310       } // Loop on files
 311    }
 312 }
 313
 314 /*
 315  * vtkGdcmReader can have the file names specified through two ways:
 316  * (1) by calling the vtkImageReader2::SetFileName(), SetFilePrefix() and
 317  *     SetFilePattern()
 318  * (2) By successive calls to vtkGdcmReader::AddFileName()
 319  * When the first method was used by caller we need to update the local
 320  * filename list
 321  */
 322 void vtkGdcmReader::BuildFileListFromPattern()
 323 {
 324    this->RemoveAllInternalFileName();
 325
 326    if ((! this->FileNameList.empty()) && this->FileName )
 327    {
 328       vtkErrorMacro("Both AddFileName and SetFileName schemes were used");
 329       vtkErrorMacro("No images loaded ! ");
 330       return;
 331    }
 332
 333    if ((! this->FileNameList.empty()) && this->FilePrefix )
 334    {
 335       vtkErrorMacro("Both AddFileName and SetFilePrefix schemes were used");
 336       vtkErrorMacro("No images loaded ! ");
 337       return;
 338    }
 339
 340    if (this->FileName && this->FilePrefix)
 341    {
 342       vtkErrorMacro("Both SetFileName and SetFilePrefix schemes were used");
 343       vtkErrorMacro("No images loaded ! ");
 344       return;
 345    }
 346
 347    if (! this->FileNameList.empty()  )
 348    {
 349       vtkDebugMacro("Using the AddFileName specified files");
 350       this->InternalFileNameList=this->FileNameList;
 351       return;
 352    }
 353
 354    if (!this->FileName && !this->FilePrefix)
 355    {
 356       vtkErrorMacro("FileNames are not set. Either use AddFileName() or");
 357       vtkErrorMacro("specify a FileName or FilePrefix.");
 358       return;
 359    }
 360
 361    if( this->FileName )
 362    {
 363       // Single file loading (as given with ::SetFileName()):
 364       // Case of multi-frame file considered here
 365       this->ComputeInternalFileName(this->DataExtent[4]);
 366       vtkDebugMacro("Adding file " << this->InternalFileName);
 367       this->AddInternalFileName(this->InternalFileName);
 368    }
 369    else
 370    {
 371       // Multi file loading (as given with ::SetFilePattern()):
 372       for (int idx = this->DataExtent[4]; idx <= this->DataExtent[5]; ++idx)
 373       {
 374          this->ComputeInternalFileName(idx);
 375          vtkDebugMacro("Adding file " << this->InternalFileName);
 376          this->AddInternalFileName(this->InternalFileName);
 377       }
 378    }
 379 }
 380
 381 /*
 382  * When more than one filename is specified (i.e. we expect loading
 383  * a stack or volume) we need to check that the corresponding images/volumes
 384  * to be loaded are coherent i.e. to make sure:
 385  *     - they all share the same X dimensions
 386  *     - they all share the same Y dimensions
 387  *     - they all share the same ImageType ( 8 bit signed, or unsigned...)
 388  *
 389  * Eventually, we emit a warning when all the files do NOT share the
 390  * Z dimension, since we can still build a stack but the
 391  * files are not coherent in Z, which is probably a source a trouble...
 392  *   When files are not readable (either the file cannot be opened or
 393  * because gdcm cannot parse it), they are flagged as "GDCM_UNREADABLE".
 394  *   This method returns the total number of planar images to be loaded
 395  * (i.e. an image represents one plane, but a volume represents many planes)
 396  */
 397 int vtkGdcmReader::CheckFileCoherence()
 398 {
 399    int ReturnedTotalNumberOfPlanes = 0;   // The returned value.
 400
 401    this->BuildFileListFromPattern();
 402    if (this->InternalFileNameList.empty())
 403    {
 404       vtkErrorMacro("FileNames are not set.");
 405       return 0;
 406    }
 407
 408    bool FoundReferenceFile = false;
 409    int  ReferenceNZ = 0;
 410
 411    // Loop on the filenames:
 412    // - check for their existence and gdcm "parsability"
 413    // - get the coherence check done:
 414    for (std::list<std::string>::iterator FileName = InternalFileNameList.begin();
 415         FileName != InternalFileNameList.end();
 416         ++FileName)
 417    {
 418       // The file is always added in the number of planes
 419       //  - If file doesn't exist, it will be replaced by a black plane in the
 420       //    ExecuteData method
 421       //  - If file has more than 1 plane, other planes will be added later to
 422       //    to the ReturnedTotalNumberOfPlanes variable counter
 423       ReturnedTotalNumberOfPlanes += 1;
 424
 425       /////// Stage 0: check for file name:
 426       if(*FileName==std::string("GDCM_UNREADABLE"))
 427          continue;
 428
 429       /////// Stage 1: check for file readability:
 430       // Stage 1.1: check for file existence.
 431       FILE *fp;
 432       fp = fopen(FileName->c_str(),"rb");
 433       if (!fp)
 434       {
 435          vtkErrorMacro("Unable to open file " << FileName->c_str());
 436          vtkErrorMacro("Removing this file from readed files "
 437                      << FileName->c_str());
 438          *FileName = "GDCM_UNREADABLE";
 439          continue;
 440       }
 441       fclose(fp);
 442
 443       // Stage 1.2: check for Gdcm parsability
 444       gdcmHeaderHelper GdcmHeader(FileName->c_str(), false, true);
 445       //                             true : for enableSequences
 446       if (!GdcmHeader.IsReadable())
 447       {
 448          vtkErrorMacro("Gdcm cannot parse file " << FileName->c_str());
 449          vtkErrorMacro("Removing this file from readed files "
 450                         << FileName->c_str());
 451          *FileName = "GDCM_UNREADABLE";
 452          continue;
 453       }
 454
 455       // Stage 1.3: further gdcm compatibility on PixelType
 456       std::string type = GdcmHeader.GetPixelType();
 457       if (   (type !=  "8U") && (type !=  "8S")
 458       && (type != "16U") && (type != "16S")
 459       && (type != "32U") && (type != "32S") )
 460       {
 461          vtkErrorMacro("Bad File Type for file" << FileName->c_str());
 462          vtkErrorMacro("                      " << type.c_str());
 463          vtkErrorMacro("Removing this file from readed files "
 464                         << FileName->c_str());
 465          *FileName = "GDCM_UNREADABLE";
 466          continue;
 467       }
 468
 469       // Stage 2: check coherence of the set of files
 470       int NX = GdcmHeader.GetXSize();
 471       int NY = GdcmHeader.GetYSize();
 472       int NZ = GdcmHeader.GetZSize();
 473       if (FoundReferenceFile)
 474       {
 475          // Stage 2.1: mandatory coherence stage:
 476          if (   ( NX   != this->NumColumns )
 477          || ( NY   != this->NumLines )
 478          || ( type != this->ImageType ) )
 479          {
 480             vtkErrorMacro("This file is not coherent with previous ones"
 481                            << FileName->c_str());
 482             vtkErrorMacro("Removing this file from readed files "
 483                            << FileName->c_str());
 484             *FileName = "GDCM_UNREADABLE";
 485             continue;
 486          }
 487
 488          // Stage 2.2: optional coherence stage
 489          if ( NZ != ReferenceNZ )
 490          {
 491             vtkErrorMacro("File is not coherent in Z with previous ones"
 492                            << FileName->c_str());
 493          }
 494          else
 495          {
 496             vtkDebugMacro("File is coherent with previous ones"
 497                            << FileName->c_str());
 498          }
 499
 500          // Stage 2.3: when the file contains a volume (as opposed to an image),
 501          // notify the caller.
 502          if (NZ > 1)
 503          {
 504             vtkErrorMacro("This file contains multiple planes (images)"
 505                            << FileName->c_str());
 506          }
 507
 508          // Eventually, this file can be added on the stack. Update the
 509          // full size of the stack
 510          vtkDebugMacro("Number of planes added to the stack: " << NZ);
 511          ReturnedTotalNumberOfPlanes += NZ - 1; // First plane already added
 512          continue;
 513
 514       }
 515       else
 516       {
 517          // We didn't have a workable reference file yet. Set this one
 518          // as the reference.
 519          FoundReferenceFile = true;
 520          vtkDebugMacro("This file taken as coherence reference:"
 521                         << FileName->c_str());
 522          vtkDebugMacro("Image dimension of reference file as read from Gdcm:"
 523                         << NX << " " << NY << " " << NZ);
 524          vtkDebugMacro("Number of planes added to the stack: " << NZ);
 525          // Set aside the size of the image
 526          this->NumColumns = NX;
 527          this->NumLines   = NY;
 528          ReferenceNZ      = NZ;
 529          ReturnedTotalNumberOfPlanes += NZ - 1; // First plane already added
 530          this->ImageType = type;
 531          this->PixelSize = GdcmHeader.GetPixelSize();
 532
 533          if( GdcmHeader.HasLUT() )
 534          {
 535             this->NumComponents = GdcmHeader.GetNumberOfScalarComponentsRaw();
 536          }
 537          else
 538          {
 539             this->NumComponents = GdcmHeader.GetNumberOfScalarComponents(); //rgb or mono
 540          }
 541
 542          //Set image spacing
 543          this->DataSpacing[0] = GdcmHeader.GetXSpacing();
 544          this->DataSpacing[1] = GdcmHeader.GetYSpacing();
 545          this->DataSpacing[2] = GdcmHeader.GetZSpacing();
 546
 547          //Set image origin
 548          this->DataOrigin[0] = GdcmHeader.GetXOrigin();
 549          this->DataOrigin[1] = GdcmHeader.GetYOrigin();
 550          this->DataOrigin[2] = GdcmHeader.GetZOrigin();
 551
 552       }
 553    } // End of loop on FileName
 554
 555    ///////// The files we CANNOT load are flaged. On debugging purposes
 556    // count the loadable number of files and display their number:
 557    int NumberCoherentFiles = 0;
 558    for (std::list<std::string>::iterator Filename = InternalFileNameList.begin();
 559         Filename != InternalFileNameList.end();
 560         ++Filename)
 561    {
 562      if (*Filename != "GDCM_UNREADABLE")
 563         NumberCoherentFiles++;
 564    }
 565    vtkDebugMacro("Number of coherent files: " << NumberCoherentFiles);
 566
 567    if (ReturnedTotalNumberOfPlanes == 0)
 568    {
 569       vtkErrorMacro("No loadable file.");
 570    }
 571
 572    vtkDebugMacro("Total number of planes on the stack: "
 573                   << ReturnedTotalNumberOfPlanes);
 574
 575    return ReturnedTotalNumberOfPlanes;
 576 }
 577
 578 //-----------------------------------------------------------------------------
 579 // Private
 580 /*
 581  * Remove all file names to the internal list of images to read.
 582  */
 583 void vtkGdcmReader::RemoveAllInternalFileName(void)
 584 {
 585    this->InternalFileNameList.clear();
 586 }
 587
 588 /*
 589  * Adds a file name to the internal list of images to read.
 590  */
 591 void vtkGdcmReader::AddInternalFileName(const char* name)
 592 {
 593    char * LocalName = new char[strlen(name) + 1];
 594    strcpy(LocalName, name);
 595    this->InternalFileNameList.push_back(LocalName);
 596    delete[] LocalName;
 597 }
 598
 599 /*
 600  * Loads the contents of the image/volume contained by Filename at
 601  * the Dest memory address. Returns the size of the data loaded.
 602  */
 603 size_t vtkGdcmReader::LoadImageInMemory(
 604              std::string FileName,
 605              unsigned char * Dest,
 606              const unsigned long UpdateProgressTarget,
 607              unsigned long & UpdateProgressCount)
 608 {
 609    vtkDebugMacro("Copying to memory image [" << FileName.c_str() << "]");
 610    gdcmFile GdcmFile(FileName.c_str(),false,true);
 611    // true : to enable SeQuences
 612    size_t size;
 613
 614    // If the data structure of vtk for image/volume representation
 615    // were straigthforwards the following would be enough:
 616    //    GdcmFile.GetImageDataIntoVector((void*)Dest, size);
 617    // But vtk chooses to invert the lines of an image, that is the last
 618    // line comes first (for some axis related reasons?). Hence we need
 619    // to load the image line by line, starting from the end.
 620
 621    int NumColumns = GdcmFile.GetHeader()->GetXSize();
 622    int NumLines   = GdcmFile.GetHeader()->GetYSize();
 623    int NumPlanes  = GdcmFile.GetHeader()->GetZSize();
 624    int LineSize   = NumComponents * NumColumns * GdcmFile.GetHeader()->GetPixelSize();
 625
 626    unsigned char * Source;
 627
 628    if( GdcmFile.GetHeader()->HasLUT() )
 629    {
 630       size               = GdcmFile.GetImageDataSizeRaw();
 631       Source             = (unsigned char*) GdcmFile.GetImageDataRaw();
 632       unsigned char *Lut =                  GdcmFile.GetHeader()->GetLUTRGBA();
 633
 634       if(!this->LookupTable)
 635          this->LookupTable = vtkLookupTable::New();
 636
 637       this->LookupTable->SetNumberOfTableValues(256);
 638       for (int tmp=0; tmp<256; tmp++)
 639       {
 640          this->LookupTable->SetTableValue(tmp,
 641          (float)Lut[4*tmp+0]/255.0,
 642          (float)Lut[4*tmp+1]/255.0,
 643          (float)Lut[4*tmp+2]/255.0,
 644          1);
 645       }
 646       this->LookupTable->SetRange(0,255);
 647       vtkDataSetAttributes *a=this->GetOutput()->GetPointData();
 648       a->GetScalars()->SetLookupTable(this->LookupTable);
 649       free(Lut);
 650    }
 651    else
 652    {
 653       size        = GdcmFile.GetImageDataSize();
 654       Source      = (unsigned char*)GdcmFile.GetImageData();
 655    }
 656
 657    unsigned char * pSource     = Source; //pointer for later deletion
 658    unsigned char * Destination = Dest + size - LineSize;
 659
 660    for (int plane = 0; plane < NumPlanes; plane++)
 661    {
 662       for (int line = 0; line < NumLines; line++)
 663       {
 664          // Copy one line at proper destination:
 665          memcpy((void*)Destination, (void*)Source, LineSize);
 666          Source      += LineSize;
 667          Destination -= LineSize;
 668          // Update progress related:
 669          if (!(UpdateProgressCount%UpdateProgressTarget))
 670          {
 671             this->UpdateProgress(UpdateProgressCount/(50.0*UpdateProgressTarget));
 672          }
 673          UpdateProgressCount++;
 674       }
 675    }
 676
 677 // DO NOT remove this commented out code .
 678 // Nobody knows what's expecting you ...
 679 // Just to 'see' what was actually read on disk :-(
 680
 681 //   FILE * f2;
 682 //   f2 = fopen("SpuriousFile.RAW","wb");
 683 //   fwrite(Dest,size,1,f2);
 684 //   fclose(f2);
 685
 686    //GetImageData allocate a (void*)malloc, remove it:
 687    free(pSource);
 688    return size;
 689 }
 690
 691 //-----------------------------------------------------------------------------