vtk/vtkGdcmReader.h

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: vtkGdcmReader.h,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2005/08/22 12:30:36 $
   7   Version:   $Revision: 1.25 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 =========================================================================*/
  18
  19 #ifndef __vtkGdcmReader_h
  20 #define __vtkGdcmReader_h
  21
  22 #include "gdcmCommon.h" // To avoid warnings concerning the std
  23 #include "gdcmFile.h"
  24
  25 #include <vtkImageReader.h>
  26 #include <list>
  27 #include <string>
  28 #include <vector>
  29
  30 typedef void (*VOID_FUNCTION_PUINT8_PFILE_POINTER)(uint8_t *, gdcm::File *);
  31
  32 //-----------------------------------------------------------------------------
  33 class vtkLookupTable;
  34
  35 //-----------------------------------------------------------------------------
  36 class VTK_EXPORT vtkGdcmReader : public vtkImageReader
  37 {
  38 public:
  39    static vtkGdcmReader *New();
  40    vtkTypeRevisionMacro(vtkGdcmReader, vtkImageReader);
  41    void PrintSelf(ostream& os, vtkIndent indent);
  42
  43    virtual void RemoveAllFileName(void);
  44    virtual void AddFileName(const char *name);
  45    virtual void SetFileName(const char *name);
  46    void SetCoherentFileList( std::vector<gdcm::File* > *cfl) {
  47                                                       CoherentFileList = cfl; }
  48    //void SetCheckFileCoherenceLight();
  49    vtkSetMacro(AllowLightChecking, int);
  50    vtkGetMacro(AllowLightChecking, int);
  51    vtkBooleanMacro(AllowLightChecking, int);
  52
  53    void SetUserFunction (VOID_FUNCTION_PUINT8_PFILE_POINTER userFunc )
  54                         { UserFunction = userFunc; }
  55    // Description:
  56    // If this flag is set and the DICOM reader encounters a dicom file with
  57    // lookup table the data will be kept as unsigned chars and a lookuptable
  58    // will be exported and accessible through GetLookupTable()
  59    vtkSetMacro(AllowLookupTable, int);
  60    vtkGetMacro(AllowLookupTable, int);
  61    vtkBooleanMacro(AllowLookupTable, int);
  62
  63    vtkGetObjectMacro(LookupTable, vtkLookupTable);
  64
  65 /**
  66  * \brief Sets the LoadMode as a boolean string.
  67  *        NO_SEQ, NO_SHADOW, NO_SHADOWSEQ... (nothing more, right now)
  68  *        WARNING : before using NO_SHADOW, be sure *all* your files
  69  *        contain accurate values in the 0x0000 element (if any)
  70  *        of *each* Shadow Group. The parser will fail if the size is wrong !
  71  * @param   mode Load mode to be used
  72  */
  73    void SetLoadMode (int mode) { LoadMode = mode; }
  74
  75 protected:
  76    vtkGdcmReader();
  77    ~vtkGdcmReader();
  78
  79    virtual void ExecuteInformation();
  80    virtual void ExecuteData(vtkDataObject *output);
  81    virtual void BuildFileListFromPattern();
  82    virtual int CheckFileCoherence();
  83    virtual int CheckFileCoherenceLight();
  84    virtual int CheckFileCoherenceAlreadyDone();
  85 private:
  86    void RemoveAllInternalFileName(void);
  87    void AddInternalFileName(const char* name);
  88
  89    //BTX
  90    size_t LoadImageInMemory(std::string fileName, unsigned char *dest,
  91                            const unsigned long updateProgressTarget,
  92                            unsigned long &updateProgressCount);
  93
  94    size_t LoadImageInMemory(gdcm::File *f, unsigned char *dest,
  95                            const unsigned long updateProgressTarget,
  96                            unsigned long &updateProgressCount);
  97
  98    size_t DoTheLoadingJob (gdcm::File *f,
  99                            unsigned char *dest,
 100                            const unsigned long updateProgressTarget,
 101                            unsigned long &updateProgressCount);
 102    //ETX
 103
 104 // Variables
 105    vtkLookupTable *LookupTable;
 106    vtkTimeStamp fileTime;
 107    int AllowLookupTable;
 108
 109    int AllowLightChecking;
 110
 111    //BTX
 112    // Number of columns of the image/volume to be loaded
 113    int NumColumns;
 114    // Number of lines of the image/volume to be loaded
 115    int NumLines;
 116    // Total number of planes (or images) of the stack to be build.
 117    int TotalNumberOfPlanes;
 118    // Number of scalar components of the image to be loaded (1=monochrome 3=rgb)
 119    int NumComponents;
 120    // Type of the image[s]: 8/16/32 bits, signed/unsigned:
 121    std::string ImageType;
 122    // Pixel size (in number of bytes):
 123    size_t PixelSize;
 124    // List of filenames to be read in order to build a stack of images
 125    // or volume. The order in the list shall be the order of the images.
 126    std::list<std::string> FileNameList;
 127
 128    // List of filenames created in ExecuteInformation and used in
 129    // ExecuteData.
 130    // If FileNameList isn't empty, InternalFileNameList is a copy of
 131    //    FileNameList
 132    // Otherwise, InternalFileNameList correspond to the list of
 133    //    files patterned
 134    std::list<std::string> InternalFileNameList;
 135    std::vector<gdcm::File* > *CoherentFileList;
 136
 137    //ETX
 138
 139    /// \brief Bit string integer (each one considered as a boolean)
 140    ///        Bit 0 : Skip Sequences,    if possible
 141    ///        Bit 1 : Skip Shadow Groups if possible
 142    ///        Bit 2 : Skip Sequences inside a Shadow Group, if possible
 143    ///        Probabely (?), some more to add
 144    int LoadMode;
 145
 146    /// Pointer to a user suplied function to allow modification of pixel order
 147    VOID_FUNCTION_PUINT8_PFILE_POINTER UserFunction;
 148
 149 };
 150
 151 //-----------------------------------------------------------------------------
 152 #endif
 153