vtk/vtkgdcmSerieViewer.cxx

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: vtkgdcmSerieViewer.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2005/08/30 14:40:35 $
   7   Version:   $Revision: 1.6 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 =========================================================================*/
  18 // This example illustrates how the vtkGdcmReader vtk class can be
  19 // used in order to:
  20 //  * produce a simple (vtk based) Dicom image STACK VIEWER.
  21 //  * dump the stack considered as a volume in a vtkStructuredPoints
  22 //    vtk file: the vtk gdcm wrappers can be seen as a simple way to convert
  23 //    a stack of Dicom images into a native vtk volume.
  24 //
  25 // Usage:
  26 //  * the Directory name that contains the Dicom images constituting the stack
  27 //    should be given as command line argument,
  28 //  * you can navigate through the stack by hitting any character key,
  29 //  * the produced vtk file is named "foo.vtk" (in the invocation directory).
  30 //
  31 //----------------------------------------------------------------------------
  32 #include <vtkRenderWindowInteractor.h>
  33 #include <vtkImageViewer.h>
  34 #include <vtkStructuredPoints.h>
  35 #include <vtkStructuredPointsWriter.h>
  36 #include <vtkCommand.h>
  37 #include <vtkRenderer.h>
  38 #include <vtkImageMapToColors.h>
  39 #include <vtkLookupTable.h>
  40
  41 #include "vtkGdcmReader.h"
  42 #include "gdcmDocument.h"  // for NO_SHADOWSEQ
  43 #include "gdcmSerieHelper.h"
  44 #include "gdcmDebug.h"
  45 #include "gdcmArgMgr.h" // for Argument Manager functions
  46 #ifndef vtkFloatingPointType
  47 #define vtkFloatingPointType float
  48 #endif
  49
  50 void userSuppliedMirrorFunction (uint8_t *im, gdcm::File *f);
  51 void userSuppliedTopDownFunction(uint8_t *im, gdcm::File *f);
  52
  53 //----------------------------------------------------------------------------
  54 // Callback for the interaction
  55 class vtkgdcmObserver : public vtkCommand
  56 {
  57 public:
  58    virtual char const *GetClassName() const
  59    {
  60       return "vtkgdcmObserver";
  61    }
  62
  63    static vtkgdcmObserver *New()
  64    {
  65       return new vtkgdcmObserver;
  66    }
  67
  68    vtkgdcmObserver()
  69    {
  70       this->ImageViewer = NULL;
  71    }
  72
  73    virtual void Execute(vtkObject *, unsigned long event, void* )
  74    {
  75       if ( this->ImageViewer )
  76       {
  77          if ( event == vtkCommand::CharEvent )
  78          {
  79             int max = ImageViewer->GetWholeZMax();
  80             int slice = (ImageViewer->GetZSlice() + 1 ) % ++max;
  81             ImageViewer->SetZSlice( slice );
  82             ImageViewer->GetRenderer()->ResetCameraClippingRange();
  83             ImageViewer->Render();
  84          }
  85       }
  86    }
  87    vtkImageViewer *ImageViewer;
  88 };
  89
  90 int main(int argc, char *argv[])
  91 {
  92    START_USAGE(usage)
  93    " \n vtkgdcmSerieViewer : \n",
  94    " Display a 'Serie' (same Serie UID) within a Directory                    ",
  95    " You can navigate through the stack by hitting any character key.         ",
  96    " usage: vtkgdcmSerieViewer dirname=sourcedirectory                        ",
  97    "                           [noshadowseq][noshadow][noseq]                 ",
  98    "                           [reverse] [{[mirror]|[topdown]|[rotate]}]      ",
  99    "                           [check][debug]                                 ",
 100    "      sourcedirectory : name of the directory holding the images          ",
 101    "                        if it holds more than one serie,                  ",
 102    "                        only the first one id displayed.                  ",
 103    "      noshadowseq: user doesn't want to load Private Sequences            ",
 104    "      noshadow   : user doesn't want to load Private groups (odd number)  ",
 105    "      noseq      : user doesn't want to load Sequences                    ",
 106    "      reverse    : user wants to sort the images reverse order            ",
 107    "      mirror     : user wants to 'mirror' the images | just some simple   ",
 108    "      topdown    : user wants to 'topdown' the images| examples of user   ",
 109    "      rotate     : user wants NOT YET MADE           | supplied functions ",
 110    "      check      : user wants to force more coherence checking            ",
 111    "      debug      : user wants to run the program in 'debug mode'          ",
 112    FINISH_USAGE
 113
 114
 115    // Initialize Arguments Manager
 116    gdcm::ArgMgr *am= new gdcm::ArgMgr(argc, argv);
 117
 118    if (argc == 1 || am->ArgMgrDefined("usage") )
 119    {
 120       am->ArgMgrUsage(usage); // Display 'usage'
 121       delete am;
 122       return 0;
 123    }
 124
 125    char *dirName = am->ArgMgrWantString("dirname",usage);
 126
 127    int loadMode = GDCM_LD_ALL;
 128    if ( am->ArgMgrDefined("noshadowseq") )
 129       loadMode |= GDCM_LD_NOSHADOWSEQ;
 130    else
 131    {
 132       if ( am->ArgMgrDefined("noshadow") )
 133          loadMode |= GDCM_LD_NOSHADOW;
 134       if ( am->ArgMgrDefined("noseq") )
 135          loadMode |= GDCM_LD_NOSEQ;
 136    }
 137
 138    int reverse = am->ArgMgrDefined("reverse");
 139
 140    int mirror  = am->ArgMgrDefined("mirror");
 141    int topdown = am->ArgMgrDefined("topdown");
 142    int rotate  = am->ArgMgrDefined("rotate");
 143
 144    int check   = am->ArgMgrDefined("check");
 145
 146    if ( (int)mirror + (int)topdown + (int)rotate > 1)
 147    {
 148       std::cout << "mirror *OR* topDown *OR* rotate !"
 149                 << std::endl;
 150       delete am;
 151       return 0;
 152    }
 153
 154    if (am->ArgMgrDefined("debug"))
 155       gdcm::Debug::DebugOn();
 156
 157    /* if unused Param we give up */
 158    if ( am->ArgMgrPrintUnusedLabels() )
 159    {
 160       am->ArgMgrUsage(usage);
 161       delete am;
 162       return 0;
 163    }
 164
 165    delete am;  // we don't need Argument Manager any longer
 166
 167    // ----------------------- End Arguments Manager ----------------------
 168
 169    // ------------ to check Coherent File List as a parameter
 170
 171    gdcm::SerieHelper *sh = new gdcm::SerieHelper();
 172    sh->SetLoadMode(loadMode);
 173    if (reverse)
 174       sh->SetSortOrderToReverse();
 175    sh->SetDirectory( dirName, true);
 176
 177    // Just to see
 178
 179    int nbFiles;
 180    // For all the Coherent Files lists of the gdcm::Serie
 181    gdcm::FileList *l = sh->GetFirstCoherentFileList();
 182    if (l == 0 )
 183    {
 184       std::cout << "Oops! No CoherentFileList found ?!?" << std::endl;
 185       return 0;
 186    }
 187    while (l)
 188    {
 189       nbFiles = l->size() ;
 190       if ( l->size() > 1 )
 191       {
 192          std::cout << "Sort list : " << nbFiles << " long" << std::endl;
 193          sh->OrderFileList(l);  // sort the list
 194          break;  // The first one is OK. user will have to check
 195       }
 196       else
 197       {
 198          std::cout << "Oops! Empty CoherentFileList found ?!?" << std::endl;
 199       }
 200       l = sh->GetNextCoherentFileList();
 201    }
 202
 203    if (check)
 204    {
 205       if ( !sh->IsCoherent(l) ) // just be sure (?)
 206       {
 207          std::cout << "Files are not coherent. Stop everything " << std::endl;
 208          delete sh;
 209          return 0;
 210       }
 211    }
 212
 213    vtkGdcmReader *reader = vtkGdcmReader::New();
 214    reader->AllowLookupTableOff();
 215
 216    if (mirror)
 217       reader->SetUserFunction (userSuppliedMirrorFunction);
 218    else if (topdown)
 219       reader->SetUserFunction (userSuppliedTopDownFunction);
 220
 221    // Only the first FileList is dealt with (just an example)
 222    // (The files will not be parsed twice by the reader)
 223
 224    //---------------------------------------------------------
 225    reader->SetCoherentFileList(l);
 226    //---------------------------------------------------------
 227
 228    // because we passed a Coherent File List from a SerieHelper,
 229    // setting LoadMode is useless in this case
 230    //  reader->SetLoadMode(NO_SHADOWSEQ);
 231    reader->Update();
 232
 233    //print debug info:
 234    reader->GetOutput()->Print( cout );
 235
 236    vtkRenderWindowInteractor *iren = vtkRenderWindowInteractor::New();
 237
 238    vtkImageViewer *viewer = vtkImageViewer::New();
 239
 240    if( reader->GetLookupTable() )
 241    {
 242       //convert to color:
 243       vtkImageMapToColors *map = vtkImageMapToColors::New ();
 244       map->SetInput (reader->GetOutput());
 245       map->SetLookupTable (reader->GetLookupTable());
 246       map->SetOutputFormatToRGB();
 247       viewer->SetInput ( map->GetOutput() );
 248       map->Delete();
 249    }
 250    else
 251    {
 252       vtkFloatingPointType *range = reader->GetOutput()->GetScalarRange();
 253       viewer->SetColorLevel (0.5 * (range[1] + range[0]));
 254       viewer->SetColorWindow (range[1] - range[0]);
 255
 256       viewer->SetInput ( reader->GetOutput() );
 257    }
 258    viewer->SetupInteractor (iren);
 259
 260    //vtkFloatingPointType *range = reader->GetOutput()->GetScalarRange();
 261    //viewer->SetColorWindow (range[1] - range[0]);
 262    //viewer->SetColorLevel (0.5 * (range[1] + range[0]));
 263
 264    // Here is where we setup the observer,
 265    vtkgdcmObserver *obs = vtkgdcmObserver::New();
 266    obs->ImageViewer = viewer;
 267    iren->AddObserver(vtkCommand::CharEvent,obs);
 268    obs->Delete();
 269
 270    //viewer->Render();
 271    iren->Initialize();
 272    iren->Start();
 273
 274    //if you wish you can export dicom to a vtk file
 275    vtkStructuredPointsWriter *writer = vtkStructuredPointsWriter::New();
 276    writer->SetInput( reader->GetOutput());
 277    writer->SetFileName( "foo.vtk" );
 278    writer->SetFileTypeToBinary();
 279    //writer->Write();
 280
 281    reader->Delete();
 282    iren->Delete();
 283    viewer->Delete();
 284    writer->Delete();
 285
 286    return 0;
 287 }
 288
 289
 290 // --------------------------------------------------------
 291 // This is just a *very* simple example of user supplied function
 292 //      to mirror (why not ?) the image
 293 // It's *not* part of gdcm.
 294 // --------------------------------------------------------
 295
 296 #define UF(ty)                          \
 297    int i, j;                            \
 298    ty *imj;                             \
 299    ty tamp;                             \
 300    for (j=0;j<ny;j++)                   \
 301    {                                    \
 302       imj = (ty *)im +j*nx;             \
 303       for (i=0;i<nx/2;i++)              \
 304       {                                 \
 305         tamp       =imj[i];             \
 306         imj[i]     =imj[nx-1-i];        \
 307         imj[nx-1-i]=tamp;               \
 308       }                                 \
 309    }                                    \
 310    if (nx%2 != 0)                       \
 311    {                                    \
 312       for (j=0;j<ny;j++)                \
 313       {                                 \
 314         imj = (ty *)im  +j*nx;          \
 315         tamp       =imj[i];             \
 316         imj[i]     =imj[nx/2+1];        \
 317         imj[nx/2+1]=tamp;               \
 318       }                                 \
 319    }
 320
 321 void userSuppliedMirrorFunction(uint8_t *im, gdcm::File *f)
 322 {
 323    if (f->GetZSize() != 1)
 324    {
 325       std::cout << "mirror : Multiframe images not yet dealt with" << std::endl;
 326       return;
 327    }
 328
 329    if (f->GetSamplesPerPixel() != 1 || f->GetBitsAllocated() == 24)
 330    {
 331       std::cout << "mirror : RGB / YBR not yet dealt with" << std::endl;
 332       return;
 333    }
 334    int nx = f->GetXSize();
 335    int ny = f->GetYSize();
 336
 337    std::string pixelType = f->GetPixelType();
 338    if ( pixelType ==  "8U" || pixelType == "8S" )
 339    {
 340       UF(uint8_t)
 341       return;
 342    }
 343    if ( pixelType == "16U" || pixelType == "16S")
 344    {
 345       UF(uint16_t)
 346       return;
 347    }
 348    std::cout << "mirror : Pixel Size (!=8, !=16) not yet dealt with"
 349              << std::endl;
 350    return;
 351 }
 352
 353
 354 // --------------------------------------------------------
 355 // This is just a *very* simple example of user supplied function
 356 //      to topdown (why not ?) the image
 357 // It's *not* part of gdcm.
 358 // --------------------------------------------------------
 359
 360 #define UF2(ty)                         \
 361    int i, j;                            \
 362    ty *imj, *imJ;                       \
 363    ty tamp;                             \
 364    for (j=0;j<ny/2;j++)                 \
 365    {                                    \
 366       imj = (ty *)im +j*nx;             \
 367       imJ = (ty *)im +(ny-1-j)*nx;      \
 368       for (i=0;i<nx;i++)                \
 369       {                                 \
 370         tamp       =imj[i];             \
 371         imj[i]     =imJ[i];             \
 372         imJ[i]     =tamp;               \
 373       }                                 \
 374    }
 375
 376 void userSuppliedTopDownFunction(uint8_t *im, gdcm::File *f)
 377 {
 378    if (f->GetZSize() != 1)
 379    {
 380       std::cout << "mirror : Multiframe images not yet dealt with" << std::endl;
 381       return;
 382    }
 383
 384    if (f->GetSamplesPerPixel() != 1 || f->GetBitsAllocated() == 24)
 385    {
 386       std::cout << "mirror : RGB / YBR not yet dealt with" << std::endl;
 387       return;
 388    }
 389    int nx = f->GetXSize();
 390    int ny = f->GetYSize();
 391
 392    std::string pixelType = f->GetPixelType();
 393    if ( pixelType ==  "8U" || pixelType == "8S" )
 394    {
 395       UF2(uint8_t)
 396       return;
 397    }
 398    if ( pixelType == "16U" || pixelType == "16S")
 399    {
 400       UF2(uint16_t)
 401       return;
 402    }
 403    std::cout << "topdown : Pixel Size (!=8, !=16) not yet dealt with"
 404              << std::endl;
 405    return;
 406 }
 407
 408
 409
 410