vtk/vtkgdcmSerieViewer.cxx

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: vtkgdcmSerieViewer.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2005/07/29 15:24:04 $
   7   Version:   $Revision: 1.3 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 =========================================================================*/
  18 // This example illustrates how the vtkGdcmReader vtk class can be
  19 // used in order to:
  20 //  * produce a simple (vtk based) Dicom image STACK VIEWER.
  21 //  * dump the stack considered as a volume in a vtkStructuredPoints
  22 //    vtk file: the vtk gdcm wrappers can be seen as a simple way to convert
  23 //    a stack of Dicom images into a native vtk volume.
  24 //
  25 // Usage:
  26 //  * the filenames of the Dicom images constituting the stack should be
  27 //    given as command line arguments,
  28 //  * you can navigate through the stack by hitting any character key,
  29 //  * the produced vtk file is named "foo.vtk" (in the invocation directory).
  30 //
  31 //----------------------------------------------------------------------------
  32 #include <vtkRenderWindowInteractor.h>
  33 #include <vtkImageViewer.h>
  34 #include <vtkStructuredPoints.h>
  35 #include <vtkStructuredPointsWriter.h>
  36 #include <vtkCommand.h>
  37 #include <vtkRenderer.h>
  38 #include <vtkImageMapToColors.h>
  39 #include <vtkLookupTable.h>
  40
  41 #include "vtkGdcmReader.h"
  42 #include "gdcmDocument.h"  // for NO_SHADOWSEQ
  43 #include "gdcmSerieHelper.h"
  44 #include "gdcmDebug.h"
  45 #ifndef vtkFloatingPointType
  46 #define vtkFloatingPointType float
  47 #endif
  48
  49 //----------------------------------------------------------------------------
  50 // Callback for the interaction
  51 class vtkgdcmObserver : public vtkCommand
  52 {
  53 public:
  54    virtual char const *GetClassName() const
  55    {
  56       return "vtkgdcmObserver";
  57    }
  58    static vtkgdcmObserver *New()
  59    {
  60       return new vtkgdcmObserver;
  61    }
  62    vtkgdcmObserver()
  63    {
  64       this->ImageViewer = NULL;
  65    }
  66    virtual void Execute(vtkObject *, unsigned long event, void* )
  67    {
  68       if ( this->ImageViewer )
  69       {
  70          if ( event == vtkCommand::CharEvent )
  71          {
  72             int max = ImageViewer->GetWholeZMax();
  73             int slice = (ImageViewer->GetZSlice() + 1 ) % ++max;
  74             ImageViewer->SetZSlice( slice );
  75             ImageViewer->GetRenderer()->ResetCameraClippingRange();
  76             ImageViewer->Render();
  77          }
  78       }
  79    }
  80    vtkImageViewer *ImageViewer;
  81 };
  82
  83
  84 int main(int argc, char *argv[])
  85 {
  86    if( argc == 1 )
  87    {
  88       std::cout << "Usage : vtkgdcmSerieViewer directoryName [reverse] [debug]"
  89                 << std::endl;
  90       return 0;
  91    }
  92
  93   if( argc > 3 )
  94     gdcm::Debug::DebugOn();
  95
  96    vtkGdcmReader *reader = vtkGdcmReader::New();
  97    reader->AllowLookupTableOff();
  98
  99    // ------------ to check Coherent File List as a parameter
 100
 101    gdcm::SerieHelper *sh = new gdcm::SerieHelper();
 102    sh->SetLoadMode(NO_SHADOWSEQ);
 103    if (argc > 2)
 104       sh->SetSortOrderToReverse();  // just to check
 105    sh->SetDirectory( argv[1], true);
 106
 107    // Just to see
 108
 109    int nbFiles;
 110    // For all the Coherent Files lists of the gdcm::Serie
 111    gdcm::FileList *l = sh->GetFirstCoherentFileList();
 112    if (l == 0 )
 113    {
 114       std::cout << "Oops! No CoherentFileList found ?!?" << std::endl;
 115       return 0;
 116    }
 117    while (l)
 118    {
 119       nbFiles = l->size() ;
 120       if ( l->size() > 1 )
 121       {
 122          std::cout << "Sort list : " << nbFiles << " long" << std::endl;
 123          sh->OrderFileList(l);  // sort the list
 124          break;  // The first one is OK. user will have to check
 125       }
 126       else
 127       {
 128          std::cout << "Oops! Empty CoherentFileList found ?!?" << std::endl;
 129       }
 130       l = sh->GetNextCoherentFileList();
 131    }
 132
 133    // Only the first FileList is dealt with (just an example)
 134    // (The files will not be parsed twice by the reader)
 135
 136    //---------------------------------------------------------
 137    reader->SetCoherentFileList(l);
 138    //---------------------------------------------------------
 139
 140
 141 // TODO : allow user to choose Load Mode
 142
 143  //  reader->SetLoadMode(NO_SHADOWSEQ);
 144    reader->Update();
 145
 146    //print debug info:
 147    reader->GetOutput()->Print( cout );
 148
 149    vtkRenderWindowInteractor *iren = vtkRenderWindowInteractor::New();
 150
 151    vtkImageViewer *viewer = vtkImageViewer::New();
 152
 153    if( reader->GetLookupTable() )
 154    {
 155       //convert to color:
 156       vtkImageMapToColors *map = vtkImageMapToColors::New ();
 157       map->SetInput (reader->GetOutput());
 158       map->SetLookupTable (reader->GetLookupTable());
 159       map->SetOutputFormatToRGB();
 160       viewer->SetInput ( map->GetOutput() );
 161       map->Delete();
 162    }
 163    else
 164    {
 165       vtkFloatingPointType *range = reader->GetOutput()->GetScalarRange();
 166       viewer->SetColorLevel (0.5 * (range[1] + range[0]));
 167       viewer->SetColorWindow (range[1] - range[0]);
 168
 169       viewer->SetInput ( reader->GetOutput() );
 170    }
 171    viewer->SetupInteractor (iren);
 172
 173    //vtkFloatingPointType *range = reader->GetOutput()->GetScalarRange();
 174    //viewer->SetColorWindow (range[1] - range[0]);
 175    //viewer->SetColorLevel (0.5 * (range[1] + range[0]));
 176
 177    // Here is where we setup the observer,
 178    vtkgdcmObserver *obs = vtkgdcmObserver::New();
 179    obs->ImageViewer = viewer;
 180    iren->AddObserver(vtkCommand::CharEvent,obs);
 181    obs->Delete();
 182
 183    //viewer->Render();
 184    iren->Initialize();
 185    iren->Start();
 186
 187    //if you wish you can export dicom to a vtk file
 188    vtkStructuredPointsWriter *writer = vtkStructuredPointsWriter::New();
 189    writer->SetInput( reader->GetOutput());
 190    writer->SetFileName( "foo.vtk" );
 191    writer->SetFileTypeToBinary();
 192    //writer->Write();
 193
 194    reader->Delete();
 195    iren->Delete();
 196    viewer->Delete();
 197    writer->Delete();
 198
 199    return 0;
 200 }