vtk/vtkgdcmSerieViewer2.cxx

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: vtkgdcmSerieViewer2.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2007/03/29 13:52:16 $
   7   Version:   $Revision: 1.7 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 =========================================================================*/
  18 // This example illustrates how the vtkGdcmReader vtk class can
  19 // use the result of gdcm::SerieHelper constructor and check
  20 // the various Setters :
  21 //     SerieHelper::SetOrderToReverse,
  22 //     SerieHelper::SetUserLessThanFunction
  23 //     SerieHelper::SetLoadMode
  24 //     vtkGdcmReader::SetUserFunction
  25 //     vtkGdcmReader::SetCoherentFileList
  26 // Usage:
  27 //  * the Directory name that contains the Dicom images constituting the stack
  28 //    should be given as command line argument (keyword : dirname=),
  29 //  * you can navigate through the stack by hitting any character key,
  30 //  * the produced vtk file is named "foo.vtk" (in the invocation directory).
  31 //
  32 //----------------------------------------------------------------------------
  33 #include <vtkRenderWindowInteractor.h>
  34 #include <vtkImageViewer2.h>
  35 #include <vtkStructuredPoints.h>
  36 #include <vtkStructuredPointsWriter.h>
  37 #include <vtkCommand.h>
  38 #include <vtkRenderer.h>
  39 #include <vtkImageMapToColors.h>
  40 #include <vtkLookupTable.h>
  41
  42 #include "vtkGdcmReader.h"
  43 #include "gdcmDocument.h"  // for NO_SHADOWSEQ
  44 #include "gdcmSerieHelper.h"
  45 #include "gdcmDebug.h"
  46 #include "gdcmDataEntry.h"
  47
  48 #include "gdcmArgMgr.h" // for Argument Manager functions
  49 #include <string.h>     // for strcmp
  50 #ifndef vtkFloatingPointType
  51 #define vtkFloatingPointType float
  52 #endif
  53
  54 void userSuppliedMirrorFunction (uint8_t *im, gdcm::File *f);
  55 void userSuppliedUpsideDownFunction(uint8_t *im, gdcm::File *f);
  56 bool userSuppliedLessThanFunction(gdcm::File *f1, gdcm::File *f2);
  57 bool userSuppliedLessThanFunction2(gdcm::File *f1, gdcm::File *f2);
  58
  59 int orderNb;
  60 uint16_t *elemsToOrderOn;
  61
  62 //----------------------------------------------------------------------------
  63 // Callback for the interaction
  64 class vtkgdcmObserver : public vtkCommand
  65 {
  66 public:
  67    virtual char const *GetClassName() const
  68    {
  69       return "vtkgdcmObserver";
  70    }
  71
  72    static vtkgdcmObserver *New()
  73    {
  74       return new vtkgdcmObserver;
  75    }
  76
  77    vtkgdcmObserver()
  78    {
  79       this->ImageViewer = NULL;
  80    }
  81
  82    virtual void Execute(vtkObject *, unsigned long event, void* )
  83    {
  84       if ( this->ImageViewer )
  85       {
  86          if ( event == vtkCommand::CharEvent )
  87          {
  88 #if (VTK_MAJOR_VERSION >= 5)
  89             int max = ImageViewer->GetSliceMax();
  90             int slice = (ImageViewer->GetSlice() + 1 ) % ++max;
  91             ImageViewer->SetSlice( slice );
  92 #else
  93             int max = ImageViewer->GetWholeZMax();
  94             int slice = (ImageViewer->GetZSlice() + 1 ) % ++max;
  95             ImageViewer->SetZSlice( slice );
  96 #endif
  97 #if !( (VTK_MAJOR_VERSION >= 5) || ( VTK_MAJOR_VERSION == 4 && VTK_MINOR_VERSION >= 5 ) )
  98          // This used to be a bug in version VTK 4.4 and earlier
  99             ImageViewer->GetRenderer()->ResetCameraClippingRange();
 100 #endif
 101             ImageViewer->Render();
 102          }
 103       }
 104    }
 105    vtkImageViewer2 *ImageViewer;
 106 };
 107
 108 int main(int argc, char *argv[])
 109 {
 110    START_USAGE(usage)
 111    " \n vtkgdcmSerieViewer2 : \n",
 112    " Display a 'Serie' (same Serie UID) within a Directory                    ",
 113    " You can navigate through the stack by hitting any character key.         ",
 114    " usage: vtkgdcmSerieViewer dirname=sourcedirectory                        ",
 115    "                           [noshadowseq][noshadow][noseq]                 ",
 116    "                           [reverse] [{[mirror]|[topdown]|[rotate]}]      ",
 117    "                           [order=] [check][debug]                        ",
 118    "      sourcedirectory : name of the directory holding the images          ",
 119    "                        if it holds more than one serie,                  ",
 120    "                        only the first one is displayed.                  ",
 121    "      noshadowseq: user doesn't want to load Private Sequences            ",
 122    "      noshadow   : user doesn't want to load Private groups (odd number)  ",
 123    "      noseq      : user doesn't want to load Sequences                    ",
 124    "      reverse    : user wants to sort the images reverse order            ",
 125    "      mirror     : user wants to 'mirror' the images    | just some simple",
 126    "      upsidedown : user wants to 'upsidedown' the images| examples of user",
 127    "                                                        | suppliedfunction",
 128    "      check      : user wants to force more coherence checking            ",
 129    "      order=     : group1-elem1,group2-elem2,... (in hexa, no space)      ",
 130    "                   if we want to use them as a sort criterium             ",
 131    "                   Right now : ValEntries only -just an example-          ",
 132    "        or                                                                ",
 133    "      order=     : order=name if we want to sort on file name (why not ?) ",
 134    "      debug      : developper wants to run the program in 'debug mode'    ",
 135    FINISH_USAGE
 136
 137
 138    // Initialize Arguments Manager
 139    gdcm::ArgMgr *am= new gdcm::ArgMgr(argc, argv);
 140
 141    if (argc == 1 || am->ArgMgrDefined("usage") )
 142    {
 143       am->ArgMgrUsage(usage); // Display 'usage'
 144       delete am;
 145       return 0;
 146    }
 147
 148    char *dirName = am->ArgMgrWantString("dirname",usage);
 149
 150    int loadMode = gdcm::LD_ALL;
 151    if ( am->ArgMgrDefined("noshadowseq") )
 152       loadMode |= gdcm::LD_NOSHADOWSEQ;
 153    else
 154    {
 155       if ( am->ArgMgrDefined("noshadow") )
 156          loadMode |= gdcm::LD_NOSHADOW;
 157       if ( am->ArgMgrDefined("noseq") )
 158          loadMode |= gdcm::LD_NOSEQ;
 159    }
 160
 161    int reverse = am->ArgMgrDefined("reverse");
 162
 163    int mirror     = am->ArgMgrDefined("mirror");
 164    int upsidedown = am->ArgMgrDefined("upsidedown");
 165
 166    if ( mirror && upsidedown )
 167    {
 168       std::cout << "*EITHER* mirror *OR* upsidedown !"
 169                 << std::endl;
 170       delete am;
 171       return 0;
 172    }
 173
 174    int check   = am->ArgMgrDefined("check");
 175
 176    // This is so ugly, a cstring is NOT a char * (god damit!)
 177    bool bname = ( strcmp(am->ArgMgrGetString("order", "not found"),"name")==0 );
 178    if (bname)
 179       elemsToOrderOn = am->ArgMgrGetXInt16Enum("order", &orderNb);
 180
 181    if (am->ArgMgrDefined("debug"))
 182       gdcm::Debug::DebugOn();
 183
 184    /* if unused Param we give up */
 185    if ( am->ArgMgrPrintUnusedLabels() )
 186    {
 187       am->ArgMgrUsage(usage);
 188       delete am;
 189       return 0;
 190    }
 191
 192    delete am;  // we don't need Argument Manager any longer
 193
 194    // ----------------------- End Arguments Manager ----------------------
 195
 196    gdcm::SerieHelper *sh = gdcm::SerieHelper::New();
 197    sh->SetLoadMode(loadMode);
 198    if (reverse)
 199       sh->SetSortOrderToReverse();
 200    sh->SetDirectory( dirName, true);
 201
 202    // Just to see
 203
 204    int nbFiles;
 205    // For all the 'Single Serie UID' FileSets of the gdcm::Serie
 206    gdcm::FileList *l = sh->GetFirstSingleSerieUIDFileSet();
 207    if (l == 0 )
 208    {
 209       std::cout << "Oops! No 'Single Serie UID' FileSet found ?!?" << std::endl;
 210       return 0;
 211    }
 212
 213    if (bname)
 214      sh->SetUserLessThanFunction(userSuppliedLessThanFunction2);
 215    else if (orderNb != 0)
 216       sh->SetUserLessThanFunction(userSuppliedLessThanFunction);
 217
 218    while (l)
 219    {
 220       nbFiles = l->size() ;
 221       if ( l->size() > 1 )
 222       {
 223          std::cout << "Sort list : " << nbFiles << " long" << std::endl;
 224          sh->OrderFileList(l);  // sort the list
 225          double zsp = sh->GetZSpacing();
 226          std::cout << "List sorted, ZSpacing = " << zsp << std::endl;
 227          break;  // The first one is OK. user will have to check
 228       }
 229       else
 230       {
 231          std::cout << "Oops! Empty 'Single Serie UID' FileSet found ?!?"
 232                    << std::endl;
 233       }
 234       l = sh->GetNextSingleSerieUIDFileSet();
 235    }
 236
 237    if (check)
 238    {
 239       if ( !sh->IsCoherent(l) ) // just be sure (?)
 240       {
 241          std::cout << "Files are not coherent. Stop everything " << std::endl;
 242          sh->Delete();
 243          return 0;
 244       }
 245    }
 246
 247    vtkGdcmReader *reader = vtkGdcmReader::New();
 248    reader->AllowLookupTableOff();
 249
 250    if (mirror)
 251       reader->SetUserFunction (userSuppliedMirrorFunction);
 252    else if (upsidedown)
 253       reader->SetUserFunction (userSuppliedUpsideDownFunction);
 254
 255    // Only the first FileList is dealt with (just an example)
 256    // (The files will not be parsed twice by the reader)
 257
 258    //---------------------------------------------------------
 259    reader->SetCoherentFileList(l);
 260    //---------------------------------------------------------
 261
 262    // because we passed a Coherent File List from a SerieHelper,
 263    // setting LoadMode is useless in this case
 264    //  reader->SetLoadMode(NO_SHADOWSEQ);
 265    reader->Update();
 266
 267    //print debug info:
 268    reader->GetOutput()->Print( cout );
 269
 270    vtkRenderWindowInteractor *iren = vtkRenderWindowInteractor::New();
 271
 272    vtkImageViewer2 *viewer = vtkImageViewer2::New();
 273
 274    if( reader->GetLookupTable() )
 275    {
 276       //convert to color:
 277       vtkImageMapToColors *map = vtkImageMapToColors::New ();
 278       map->SetInput (reader->GetOutput());
 279       map->SetLookupTable (reader->GetLookupTable());
 280       map->SetOutputFormatToRGB();
 281       viewer->SetInput ( map->GetOutput() );
 282       map->Delete();
 283    }
 284    else
 285    {
 286       vtkFloatingPointType *range = reader->GetOutput()->GetScalarRange();
 287       viewer->SetColorLevel (0.5 * (range[1] + range[0]));
 288       viewer->SetColorWindow (range[1] - range[0]);
 289
 290       viewer->SetInput ( reader->GetOutput() );
 291    }
 292    viewer->SetupInteractor (iren);
 293
 294    //vtkFloatingPointType *range = reader->GetOutput()->GetScalarRange();
 295    //viewer->SetColorWindow (range[1] - range[0]);
 296    //viewer->SetColorLevel (0.5 * (range[1] + range[0]));
 297
 298    // Here is where we setup the observer,
 299    vtkgdcmObserver *obs = vtkgdcmObserver::New();
 300    obs->ImageViewer = viewer;
 301    iren->AddObserver(vtkCommand::CharEvent,obs);
 302    obs->Delete();
 303
 304    //viewer->Render();
 305    iren->Initialize();
 306    iren->Start();
 307
 308    //if you wish you can export dicom to a vtk file
 309    vtkStructuredPointsWriter *writer = vtkStructuredPointsWriter::New();
 310    writer->SetInput( reader->GetOutput());
 311    writer->SetFileName( "foo.vtk" );
 312    writer->SetFileTypeToBinary();
 313    //writer->Write();
 314
 315    reader->Delete();
 316    iren->Delete();
 317    viewer->Delete();
 318    writer->Delete();
 319
 320    return 0;
 321 }
 322
 323
 324 // --------------------------------------------------------
 325 // This is just a *very* simple example of user supplied function
 326 //      to mirror (why not ?) the image
 327 // It's *not* part of gdcm.
 328 // --------------------------------------------------------
 329
 330 #define UF(ty)                          \
 331    int i, j;                            \
 332    ty *imj;                             \
 333    ty tamp;                             \
 334    for (j=0;j<ny;j++)                   \
 335    {                                    \
 336       imj = (ty *)im +j*nx;             \
 337       for (i=0;i<nx/2;i++)              \
 338       {                                 \
 339         tamp       =imj[i];             \
 340         imj[i]     =imj[nx-1-i];        \
 341         imj[nx-1-i]=tamp;               \
 342       }                                 \
 343    }                                    \
 344    if (nx%2 != 0)                       \
 345    {                                    \
 346       i = nx / 2;                       \
 347       for (j=0;j<ny;j++)                \
 348       {                                 \
 349         imj = (ty *)im  +j*nx;          \
 350         tamp       =imj[i];             \
 351         imj[i]     =imj[nx/2+1];        \
 352         imj[nx/2+1]=tamp;               \
 353       }                                 \
 354    }
 355
 356 void userSuppliedMirrorFunction(uint8_t *im, gdcm::File *f)
 357 {
 358    if (f->GetZSize() != 1)
 359    {
 360       std::cout << "mirror : Multiframe images not yet dealt with" << std::endl;
 361       return;
 362    }
 363
 364    if (f->GetSamplesPerPixel() != 1 || f->GetBitsAllocated() == 24)
 365    {
 366       std::cout << "mirror : RGB / YBR not yet dealt with" << std::endl;
 367       return;
 368    }
 369    int nx = f->GetXSize();
 370    int ny = f->GetYSize();
 371
 372    std::string pixelType = f->GetPixelType();
 373    if ( pixelType ==  "8U" || pixelType == "8S" )
 374    {
 375       UF(uint8_t)
 376       return;
 377    }
 378    if ( pixelType == "16U" || pixelType == "16S")
 379    {
 380       UF(uint16_t)
 381       return;
 382    }
 383    std::cout << "mirror : Pixel Size (!=8, !=16) not yet dealt with"
 384              << std::endl;
 385    return;
 386 }
 387
 388
 389 // --------------------------------------------------------
 390 // This is just a *very* simple example of user supplied function
 391 //      to upsidedown (why not ?) the image
 392 // It's *not* part of gdcm.
 393 // --------------------------------------------------------
 394
 395 #define UF2(ty)                         \
 396    int i, j;                            \
 397    ty *imj, *imJ;                       \
 398    ty tamp;                             \
 399    for (j=0;j<ny/2;j++)                 \
 400    {                                    \
 401       imj = (ty *)im +j*nx;             \
 402       imJ = (ty *)im +(ny-1-j)*nx;      \
 403       for (i=0;i<nx;i++)                \
 404       {                                 \
 405         tamp       =imj[i];             \
 406         imj[i]     =imJ[i];             \
 407         imJ[i]     =tamp;               \
 408       }                                 \
 409    }
 410
 411 void userSuppliedUpsideDownFunction(uint8_t *im, gdcm::File *f)
 412 {
 413    if (f->GetZSize() != 1)
 414    {
 415       std::cout << "mirror : Multiframe images not yet dealt with" << std::endl;
 416       return;
 417    }
 418
 419    if (f->GetSamplesPerPixel() != 1 || f->GetBitsAllocated() == 24)
 420    {
 421       std::cout << "mirror : RGB / YBR not yet dealt with" << std::endl;
 422       return;
 423    }
 424    int nx = f->GetXSize();
 425    int ny = f->GetYSize();
 426
 427    std::string pixelType = f->GetPixelType();
 428    if ( pixelType ==  "8U" || pixelType == "8S" )
 429    {
 430       UF2(uint8_t)
 431       return;
 432    }
 433    if ( pixelType == "16U" || pixelType == "16S")
 434    {
 435       UF2(uint16_t)
 436       return;
 437    }
 438    std::cout << "topdown : Pixel Size (!=8, !=16) not yet dealt with"
 439              << std::endl;
 440    return;
 441 }
 442
 443 // --------------------------------------------------------
 444 // This is just a *very* simple example of user supplied 'LessThan' function
 445 // It's *not* part of gdcm.
 446 //
 447 // Note : orderNb and elemsToOrderOn are here global variables.
 448 // Within a 'normal' function they would't be any orderNb and elemsToOrderOn var
 449 // User *knows* on what field(s) he wants to compare;
 450 // He just writes a decent function.
 451 // Here, we want to get info from the command line Argument Manager.
 452 //
 453 // Warning : it's up to 'vtkgdcmSerieViewer' user to find a suitable data set !
 454 // --------------------------------------------------------
 455
 456
 457 bool userSuppliedLessThanFunction(gdcm::File *f1, gdcm::File *f2)
 458 {
 459    // for *this* user supplied function, I supposed only ValEntries are checked.
 460 //
 461    std::string s1, s2;
 462    gdcm::DataEntry *e1,*e2;
 463    for (int ri=0; ri<orderNb; ri++)
 464    {
 465       std::cout << std::hex << elemsToOrderOn[2*ri] << "|"
 466                             << elemsToOrderOn[2*ri+1]
 467                             << std::endl;
 468
 469       e1= f1->GetDataEntry( elemsToOrderOn[2*ri],
 470                  elemsToOrderOn[2*ri+1]);
 471
 472       e2= f2->GetDataEntry( elemsToOrderOn[2*ri],
 473                                  elemsToOrderOn[2*ri+1]);
 474       if(!e2 || !e2)
 475       {
 476          std::cout << std::hex << elemsToOrderOn[2*ri] << "|"
 477                               << elemsToOrderOn[2*ri+1]
 478                               << " not found" << std::endl;
 479          continue;
 480       }
 481       s1 = e1->GetString();
 482       s2 = e2->GetString();
 483       std::cout << "[" << s1 << "] vs [" << s2 << "]" << std::endl;
 484       if ( s1 < s2 )
 485          return true;
 486       else if (s1 == s2 )
 487          continue;
 488       else
 489          return false;
 490    }
 491    return false; // all fields equal
 492 }
 493
 494 // --------------------------------------------------------
 495 // This is just an other *very* simple example of user supplied 'LessThan'
 496 // function
 497 // It's *not* part of gdcm.
 498 //
 499 // Warning : it's up to 'vtkgdcmSerieViewer' user to find a suitable data set !
 500 // --------------------------------------------------------
 501
 502 bool userSuppliedLessThanFunction2(gdcm::File *f1, gdcm::File *f2)
 503 {
 504    std::cout << "[" << f1->GetFileName() << "] vs ["
 505                     << f2->GetFileName() << "]" << std::endl;
 506    return f1->GetFileName() < f2->GetFileName();
 507 }