vv/scripts/create_mhd_4D.sh

   1 #!/bin/sh
   2
   3
   4 #####################################################################
   5 # create_mhd_4D         argument : repertoire nom_fichier_de_sortie #
   6 #####################################################################
   7 if [ $# -lt 1 ]
   8 then
   9     echo "Usage: create_mhd_4D.sh directory output_file_name(without path)"
  10     exit 1
  11 fi
  12
  13 cd $1
  14 nbph=`find . -iname "*0.mhd" | wc -l`
  15 if [ $nbph = 0 ]
  16 then
  17     echo "Error: no phase found"
  18     exit 1
  19 fi
  20 orig=`ls -1 *0.mhd | head -n 1`
  21
  22 cat $orig | sed "s/NDims = .*/NDims = 4/
  23                  s/TransformMatrix = .*/TransformMatrix = 1 0 0 0 0 1 0 0 0 0 1 0 0 0 0 1/
  24                  /Offset/ s/.*/& 0/
  25                  /CenterOfRotation/ s/.*/& 0/
  26                  s/AnatomicalOrientation = .*/AnatomicalOrientation = ????/
  27                  /ElementSpacing/ s/.*/& 1/
  28                  /DimSize/ s/.*/& $nbph/
  29                  s/ElementDataFile = .*/ElementDataFile = LIST/" > $2
  30
  31 ls -1 *0.raw >> $2
  32 cd ..