vv/scripts/create_sequence.sh

   1 #!/bin/bash
   2 #Create a sequence of mhd images from the various UNTAGGED directories
   3 if [ $# -lt 1 ]
   4 then
   5     echo "Usage: create_sequence.sh prefix"
   6     exit 1
   7 fi
   8 for i in $1*
   9 do
  10     filename=CT_$1_$(echo "$i" | sed "s/.*,_//;s/\..*//").mhd
  11     echo $filename
  12     find "$i" -iname "*.dcm" | clitkDicom2Image --focal_origin -o "$filename" --std_input
  13 done
  14
  15 create_mhd_4D.sh . "CT_4D.mhd"