vv/vvImageReader.cxx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://oncora1.lyon.fnclcc.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17   ======================================================================-====*/
  18 #ifndef VVIMAGEREADER_CXX
  19 #define VVIMAGEREADER_CXX
  20
  21 #include <QApplication>
  22 #include <itkImageFileReader.h>
  23 #include "vvImageReader.h"
  24 #include "vvImageReader.txx"
  25 #include "clitkTransformUtilities.h"
  26
  27 //------------------------------------------------------------------------------
  28 vvImageReader::vvImageReader()
  29 {
  30   mImage = NULL;
  31   mInputFilenames.resize(0);
  32   mLastError = "";
  33   mType = UNDEFINEDIMAGETYPE;
  34 }
  35 //------------------------------------------------------------------------------
  36
  37
  38 //------------------------------------------------------------------------------
  39 vvImageReader::~vvImageReader() { }
  40 //------------------------------------------------------------------------------
  41
  42
  43 //------------------------------------------------------------------------------
  44 void vvImageReader::Update()
  45 {
  46   Update(mType);
  47 }
  48 //------------------------------------------------------------------------------
  49
  50
  51 //------------------------------------------------------------------------------
  52 void vvImageReader::Update(LoadedImageType type)
  53 {
  54   itk::ImageIOBase::Pointer reader = itk::ImageIOFactory::CreateImageIO(mInputFilenames[0].c_str(), itk::ImageIOFactory::ReadMode);
  55   if (!reader) {
  56     mLastError="Unable to read file.";
  57   } else {
  58     reader->SetFileName(mInputFilenames[0]);
  59     reader->ReadImageInformation();
  60     if (mInputFilenames.size() > 1)
  61       Update(reader->GetNumberOfDimensions()+1,reader->GetComponentTypeAsString(reader->GetComponentType()),type);
  62     else
  63       Update(reader->GetNumberOfDimensions(),reader->GetComponentTypeAsString(reader->GetComponentType()),type);
  64   }
  65 }
  66 //------------------------------------------------------------------------------
  67
  68
  69 //------------------------------------------------------------------------------
  70 void vvImageReader::Update(int dim,std::string inputPixelType, LoadedImageType type)
  71 {
  72   //CALL_FOR_ALL_DIMS(dim,UpdateWithDim,inputPixelType);
  73   mType = type;
  74   mDim = dim;
  75   mInputPixelType=inputPixelType;
  76   this->start(); //Start heavy read operation in a separate thread
  77   while (this->isRunning()) {
  78     qApp->processEvents();
  79     this->wait(50);
  80   }
  81 }
  82 //------------------------------------------------------------------------------
  83
  84
  85 //------------------------------------------------------------------------------
  86 void vvImageReader::run()
  87 {
  88   switch(mDim)     {
  89   case 2:
  90     UpdateWithDim<2>(mInputPixelType);
  91     break;;
  92   case 3:
  93     UpdateWithDim<3>(mInputPixelType);
  94     break;;
  95   case 4:
  96     UpdateWithDim<4>(mInputPixelType);
  97     break;;
  98   default:
  99     std::cerr << "dimension unknown in Update ! " << std::endl;
 100   }
 101 }
 102 //------------------------------------------------------------------------------
 103
 104
 105 //------------------------------------------------------------------------------
 106 void vvImageReader::SetInputFilename(const std::string & filename)
 107 {
 108   mInputFilenames.resize(0);
 109   mInputFilenames.push_back(filename);
 110 }
 111 //------------------------------------------------------------------------------
 112
 113
 114 //------------------------------------------------------------------------------
 115 void vvImageReader::SetInputFilenames(const std::vector<std::string> & filenames)
 116 {
 117   mInputFilenames = filenames;
 118 }
 119 //------------------------------------------------------------------------------
 120
 121
 122 //------------------------------------------------------------------------------
 123 //Read transformation in NKI format (Xdr, transposed, cm)
 124 void vvImageReader::ReadNkiImageTransform()
 125 {
 126   bool bRead=true;
 127   typedef itk::ImageFileReader< itk::Image< double, 2 > > MatrixReaderType;
 128   MatrixReaderType::Pointer readerTransfo = MatrixReaderType::New();
 129   readerTransfo->SetFileName(mInputFilenames[0]+".MACHINEORIENTATION");
 130   try {
 131     readerTransfo->Update();
 132   } catch( itk::ExceptionObject & err ) {
 133     bRead=false;
 134   }
 135
 136   if (bRead) {
 137     //Transpose matrix (NKI format)
 138     for(int j=0; j<4; j++)
 139       for(int i=0; i<4; i++)
 140         mImage->GetTransform()->GetMatrix()->SetElement(j,i,readerTransfo->GetOutput()->GetBufferPointer()[4*i+j]);
 141
 142     //From cm to mm
 143     for(int i=0; i<3; i++)
 144       mImage->GetTransform()->GetMatrix()->SetElement(i,3,10*mImage->GetTransform()->GetMatrix()->GetElement(i,3));
 145
 146     mImage->GetTransform()->Inverse();
 147     mImage->UpdateReslice();
 148   }
 149 }
 150 //------------------------------------------------------------------------------
 151
 152
 153 //------------------------------------------------------------------------------
 154 //Read transformation in ASCII format
 155 void vvImageReader::ReadMatImageTransform()
 156 {
 157   std::string filename(mInputFilenames[0]+".mat");
 158   std::ifstream f(filename.c_str());
 159   if(f.is_open()) {
 160     f.close();
 161
 162     itk::Matrix<double, 4, 4> itkMat = clitk::ReadMatrix3D(filename);
 163     for(int j=0; j<4; j++)
 164       for(int i=0; i<4; i++)
 165         mImage->GetTransform()->GetMatrix()->SetElement(j,i,itkMat[j][i]);
 166     mImage->UpdateReslice();
 167   }
 168 }
 169 //------------------------------------------------------------------------------
 170 #endif
 171