vv/vvImageReader.cxx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://oncora1.lyon.fnclcc.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17   ======================================================================-====*/
  18 #ifndef VVIMAGEREADER_CXX
  19 #define VVIMAGEREADER_CXX
  20
  21 #include <QApplication>
  22 #include <itkImageFileReader.h>
  23 #include "vvImageReader.h"
  24 #include "vvImageReader.txx"
  25 #include "clitkTransformUtilities.h"
  26
  27 //------------------------------------------------------------------------------
  28 vvImageReader::vvImageReader()
  29 {
  30   mImage = NULL;
  31   mInputFilenames.resize(0);
  32   mLastError = "";
  33   mType = UNDEFINEDIMAGETYPE;
  34   mSlice = 0;
  35 }
  36 //------------------------------------------------------------------------------
  37
  38
  39 //------------------------------------------------------------------------------
  40 vvImageReader::~vvImageReader() { }
  41 //------------------------------------------------------------------------------
  42
  43
  44 //------------------------------------------------------------------------------
  45 void vvImageReader::Update()
  46 {
  47   Update(mType);
  48 }
  49 //------------------------------------------------------------------------------
  50
  51
  52 //------------------------------------------------------------------------------
  53 void vvImageReader::Update(LoadedImageType type)
  54 {
  55   itk::ImageIOBase::Pointer reader = itk::ImageIOFactory::CreateImageIO(mInputFilenames[0].c_str(), itk::ImageIOFactory::ReadMode);
  56   if (!reader) {
  57     mLastError="Unable to read file.";
  58   } else {
  59     reader->SetFileName(mInputFilenames[0]);
  60     reader->ReadImageInformation();
  61     if (mInputFilenames.size() > 1)
  62       Update(reader->GetNumberOfDimensions()+1,reader->GetComponentTypeAsString(reader->GetComponentType()),type);
  63     else
  64       Update(reader->GetNumberOfDimensions(),reader->GetComponentTypeAsString(reader->GetComponentType()),type);
  65   }
  66 }
  67 //------------------------------------------------------------------------------
  68
  69
  70 //------------------------------------------------------------------------------
  71 void vvImageReader::Update(int dim,std::string inputPixelType, LoadedImageType type)
  72 {
  73   //CALL_FOR_ALL_DIMS(dim,UpdateWithDim,inputPixelType);
  74   mType = type;
  75   mDim = dim;
  76   mInputPixelType=inputPixelType;
  77   this->start(); //Start heavy read operation in a separate thread
  78   while (this->isRunning()) {
  79     qApp->processEvents();
  80     this->wait(50);
  81   }
  82 }
  83 //------------------------------------------------------------------------------
  84
  85
  86 //------------------------------------------------------------------------------
  87 void vvImageReader::run()
  88 {
  89   switch(mDim)     {
  90   case 2:
  91     UpdateWithDim<2>(mInputPixelType);
  92     break;;
  93   case 3:
  94     UpdateWithDim<3>(mInputPixelType);
  95     break;;
  96   case 4:
  97     UpdateWithDim<4>(mInputPixelType);
  98     break;;
  99   default:
 100     std::cerr << "dimension unknown in Update ! " << std::endl;
 101   }
 102 }
 103 //------------------------------------------------------------------------------
 104
 105
 106 //------------------------------------------------------------------------------
 107 void vvImageReader::SetInputFilename(const std::string & filename)
 108 {
 109   mInputFilenames.resize(0);
 110   mInputFilenames.push_back(filename);
 111 }
 112 //------------------------------------------------------------------------------
 113
 114
 115 //------------------------------------------------------------------------------
 116 void vvImageReader::SetInputFilenames(const std::vector<std::string> & filenames)
 117 {
 118   mInputFilenames = filenames;
 119 }
 120 //------------------------------------------------------------------------------
 121
 122
 123 //------------------------------------------------------------------------------
 124 //Read transformation in NKI format (Xdr, transposed, cm)
 125 void vvImageReader::ReadNkiImageTransform()
 126 {
 127   bool bRead=false;
 128   std::string filename = mInputFilenames[0]+".MACHINEORIENTATION";
 129   if(itksys::SystemTools::FileExists(filename.c_str())){
 130     typedef itk::ImageFileReader< itk::Image< double, 2 > > MatrixReaderType;
 131     MatrixReaderType::Pointer readerTransfo = MatrixReaderType::New();
 132     readerTransfo->SetFileName(filename);
 133     try {
 134       bRead = true;
 135       readerTransfo->Update();
 136     } catch( itk::ExceptionObject & err ) {
 137       bRead=false;
 138       std::cerr << "Cannot read " << filename << std::endl
 139                 << "The error is: " << err << std::endl;
 140     }
 141
 142     if (bRead) {
 143       //Transpose matrix (NKI format)
 144       for(int j=0; j<4; j++)
 145         for(int i=0; i<4; i++)
 146           mImage->GetTransform()->GetMatrix()->SetElement(j,i,readerTransfo->GetOutput()->GetBufferPointer()[4*i+j]);
 147
 148       //From cm to mm
 149       for(int i=0; i<3; i++)
 150         mImage->GetTransform()->GetMatrix()->SetElement(i,3,10*mImage->GetTransform()->GetMatrix()->GetElement(i,3));
 151
 152       mImage->GetTransform()->Inverse();
 153     }
 154   }
 155 }
 156 //------------------------------------------------------------------------------
 157
 158
 159 //------------------------------------------------------------------------------
 160 //Read transformation in ASCII format
 161 void vvImageReader::ReadMatImageTransform()
 162 {
 163   std::string filename(mInputFilenames[0]+".mat");
 164   std::ifstream f(filename.c_str());
 165   if(f.is_open()) {
 166     f.close();
 167
 168     itk::Matrix<double, 4, 4> itkMat = clitk::ReadMatrix3D(filename);
 169
 170     vtkSmartPointer<vtkMatrix4x4> matrix = vtkSmartPointer<vtkMatrix4x4>::New();
 171     matrix->Identity();
 172     for(int j=0; j<4; j++)
 173       for(int i=0; i<4; i++)
 174         matrix->SetElement(j,i,itkMat[j][i]);
 175
 176     // RP: 14/03/2011
 177     //  For some reason, the transformation matrix given in the MHD
 178     // file is inverted wrt the transformation given in the MAT file.
 179     // We don't really know where the inversion takes place inside
 180     // VTK or ITK. For what we could see in VV, the transformation
 181     // given in the MHD file seems "more correct" than that given in
 182     // the MAT file. For this reason, we invert the matrix read from
 183     // the MAT file before concatenating it to the current transformation.
 184     // Still, it would be nice to find out what happens exactly between
 185     // VTK and ITK...
 186     //
 187     vtkSmartPointer<vtkMatrix4x4> inv_matrix = vtkSmartPointer<vtkMatrix4x4>::New();
 188     if (matrix->Determinant() == 0)
 189     {
 190       vtkGenericWarningMacro("Matrix in " << filename.c_str() << " cannot be inverted (determinant = 0)");
 191     }
 192     else
 193       matrix->Invert(*matrix, *inv_matrix);
 194
 195     mImage->GetTransform()->PostMultiply();
 196     mImage->GetTransform()->Concatenate(inv_matrix);
 197     mImage->GetTransform()->Update();
 198   }
 199 }
 200 //------------------------------------------------------------------------------
 201 #endif
 202