vv/vvImageReader.cxx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://oncora1.lyon.fnclcc.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17   ======================================================================-====*/
  18 #ifndef VVIMAGEREADER_CXX
  19 #define VVIMAGEREADER_CXX
  20
  21 #include <QApplication>
  22 #include <itkImageFileReader.h>
  23 #include "vvImageReader.h"
  24 #include "vvImageReader.txx"
  25 #include "clitkTransformUtilities.h"
  26
  27 //------------------------------------------------------------------------------
  28 vvImageReader::vvImageReader()
  29 {
  30   mImage = NULL;
  31   mInputFilenames.resize(0);
  32   mLastError = "";
  33   mType = UNDEFINEDIMAGETYPE;
  34   mSlice = 0;
  35 }
  36 //------------------------------------------------------------------------------
  37
  38
  39 //------------------------------------------------------------------------------
  40 vvImageReader::~vvImageReader() { }
  41 //------------------------------------------------------------------------------
  42
  43
  44 //------------------------------------------------------------------------------
  45 void vvImageReader::Update()
  46 {
  47   Update(mType);
  48 }
  49 //------------------------------------------------------------------------------
  50
  51
  52 //------------------------------------------------------------------------------
  53 void vvImageReader::Update(LoadedImageType type)
  54 {
  55   itk::ImageIOBase::Pointer reader = itk::ImageIOFactory::CreateImageIO(mInputFilenames[0].c_str(), itk::ImageIOFactory::ReadMode);
  56   if (!reader) {
  57     mLastError="Unable to read file.";
  58   } else {
  59     reader->SetFileName(mInputFilenames[0]);
  60     reader->ReadImageInformation();
  61     if (mInputFilenames.size() > 1)
  62       Update(reader->GetNumberOfDimensions()+1,reader->GetComponentTypeAsString(reader->GetComponentType()),type);
  63     else
  64       Update(reader->GetNumberOfDimensions(),reader->GetComponentTypeAsString(reader->GetComponentType()),type);
  65   }
  66 }
  67 //------------------------------------------------------------------------------
  68
  69
  70 //------------------------------------------------------------------------------
  71 void vvImageReader::Update(int dim,std::string inputPixelType, LoadedImageType type)
  72 {
  73   //CALL_FOR_ALL_DIMS(dim,UpdateWithDim,inputPixelType);
  74   mType = type;
  75   mDim = dim;
  76   mInputPixelType=inputPixelType;
  77   this->start(); //Start heavy read operation in a separate thread
  78   while (this->isRunning()) {
  79     qApp->processEvents();
  80     this->wait(50);
  81   }
  82 }
  83 //------------------------------------------------------------------------------
  84
  85
  86 //------------------------------------------------------------------------------
  87 void vvImageReader::run()
  88 {
  89   switch(mDim)     {
  90   case 2:
  91     UpdateWithDim<2>(mInputPixelType);
  92     break;;
  93   case 3:
  94     UpdateWithDim<3>(mInputPixelType);
  95     break;;
  96   case 4:
  97     UpdateWithDim<4>(mInputPixelType);
  98     break;;
  99   default:
 100     std::cerr << "dimension unknown in Update ! " << std::endl;
 101   }
 102 }
 103 //------------------------------------------------------------------------------
 104
 105
 106 //------------------------------------------------------------------------------
 107 void vvImageReader::SetInputFilename(const std::string & filename)
 108 {
 109   mInputFilenames.resize(0);
 110   mInputFilenames.push_back(filename);
 111 }
 112 //------------------------------------------------------------------------------
 113
 114
 115 //------------------------------------------------------------------------------
 116 void vvImageReader::SetInputFilenames(const std::vector<std::string> & filenames)
 117 {
 118   mInputFilenames = filenames;
 119 }
 120 //------------------------------------------------------------------------------
 121
 122
 123 //------------------------------------------------------------------------------
 124 //Read transformation in NKI format (Xdr, transposed, cm)
 125 void vvImageReader::ReadNkiImageTransform()
 126 {
 127   bool bRead=true;
 128   typedef itk::ImageFileReader< itk::Image< double, 2 > > MatrixReaderType;
 129   MatrixReaderType::Pointer readerTransfo = MatrixReaderType::New();
 130   readerTransfo->SetFileName(mInputFilenames[0]+".MACHINEORIENTATION");
 131   try {
 132     readerTransfo->Update();
 133   } catch( itk::ExceptionObject & err ) {
 134     bRead=false;
 135   }
 136
 137   if (bRead) {
 138     //Transpose matrix (NKI format)
 139     for(int j=0; j<4; j++)
 140       for(int i=0; i<4; i++)
 141         mImage->GetTransform()->GetMatrix()->SetElement(j,i,readerTransfo->GetOutput()->GetBufferPointer()[4*i+j]);
 142
 143     //From cm to mm
 144     for(int i=0; i<3; i++)
 145       mImage->GetTransform()->GetMatrix()->SetElement(i,3,10*mImage->GetTransform()->GetMatrix()->GetElement(i,3));
 146
 147     mImage->GetTransform()->Inverse();
 148     mImage->UpdateReslice();
 149   }
 150 }
 151 //------------------------------------------------------------------------------
 152
 153
 154 //------------------------------------------------------------------------------
 155 //Read transformation in ASCII format
 156 void vvImageReader::ReadMatImageTransform()
 157 {
 158   std::string filename(mInputFilenames[0]+".mat");
 159   std::ifstream f(filename.c_str());
 160   if(f.is_open()) {
 161     f.close();
 162
 163     itk::Matrix<double, 4, 4> itkMat = clitk::ReadMatrix3D(filename);
 164     for(int j=0; j<4; j++)
 165       for(int i=0; i<4; i++)
 166         mImage->GetTransform()->GetMatrix()->SetElement(j,i,itkMat[j][i]);
 167     mImage->UpdateReslice();
 168   }
 169 }
 170 //------------------------------------------------------------------------------
 171 #endif
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