vv/vvImageReader.cxx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://oncora1.lyon.fnclcc.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17   ======================================================================-====*/
  18 #ifndef VVIMAGEREADER_CXX
  19 #define VVIMAGEREADER_CXX
  20
  21 #include <QApplication>
  22 #include <itkImageFileReader.h>
  23 #include "vvImageReader.h"
  24 #include "vvImageReader.txx"
  25
  26 //------------------------------------------------------------------------------
  27 vvImageReader::vvImageReader()
  28 {
  29   mImage = NULL;
  30   mInputFilenames.resize(0);
  31   mLastError = "";
  32   mType = UNDEFINEDIMAGETYPE;
  33 }
  34 //------------------------------------------------------------------------------
  35
  36
  37 //------------------------------------------------------------------------------
  38 vvImageReader::~vvImageReader() { }
  39 //------------------------------------------------------------------------------
  40
  41
  42 //------------------------------------------------------------------------------
  43 void vvImageReader::Update()
  44 {
  45   Update(mType);
  46 }
  47 //------------------------------------------------------------------------------
  48
  49
  50 //------------------------------------------------------------------------------
  51 void vvImageReader::Update(LoadedImageType type)
  52 {
  53   itk::ImageIOBase::Pointer reader = itk::ImageIOFactory::CreateImageIO(mInputFilenames[0].c_str(), itk::ImageIOFactory::ReadMode);
  54   if (!reader) {
  55     mLastError="Unable to read file.";
  56   } else {
  57     reader->SetFileName(mInputFilenames[0]);
  58     reader->ReadImageInformation();
  59     if (mInputFilenames.size() > 1)
  60       Update(reader->GetNumberOfDimensions()+1,reader->GetComponentTypeAsString(reader->GetComponentType()),type);
  61     else
  62       Update(reader->GetNumberOfDimensions(),reader->GetComponentTypeAsString(reader->GetComponentType()),type);
  63   }
  64 }
  65 //------------------------------------------------------------------------------
  66
  67
  68 //------------------------------------------------------------------------------
  69 void vvImageReader::Update(int dim,std::string inputPixelType, LoadedImageType type)
  70 {
  71   //CALL_FOR_ALL_DIMS(dim,UpdateWithDim,inputPixelType);
  72   mType = type;
  73   mDim = dim;
  74   mInputPixelType=inputPixelType;
  75   this->start(); //Start heavy read operation in a separate thread
  76   while (this->isRunning()) {
  77     qApp->processEvents();
  78     this->wait(50);
  79   }
  80 }
  81 //------------------------------------------------------------------------------
  82
  83
  84 //------------------------------------------------------------------------------
  85 void vvImageReader::run()
  86 {
  87   switch(mDim)     {
  88   case 2:
  89     UpdateWithDim<2>(mInputPixelType);
  90     break;;
  91   case 3:
  92     UpdateWithDim<3>(mInputPixelType);
  93     break;;
  94   case 4:
  95     UpdateWithDim<4>(mInputPixelType);
  96     break;;
  97   default:
  98     std::cerr << "dimension unknown in Update ! " << std::endl;
  99   }
 100 }
 101 //------------------------------------------------------------------------------
 102
 103
 104 //------------------------------------------------------------------------------
 105 void vvImageReader::SetInputFilename(const std::string & filename)
 106 {
 107   mInputFilenames.resize(0);
 108   mInputFilenames.push_back(filename);
 109 }
 110 //------------------------------------------------------------------------------
 111
 112
 113 //------------------------------------------------------------------------------
 114 void vvImageReader::SetInputFilenames(const std::vector<std::string> & filenames)
 115 {
 116   mInputFilenames = filenames;
 117 }
 118 //------------------------------------------------------------------------------
 119
 120
 121 //------------------------------------------------------------------------------
 122 //Read transformation in NKI format (Xdr, transposed, cm)
 123 void vvImageReader::ReadNkiImageTransform()
 124 {
 125   bool bRead=true;
 126   typedef itk::ImageFileReader< itk::Image< double, 2 > > MatrixReaderType;
 127   MatrixReaderType::Pointer readerTransfo = MatrixReaderType::New();
 128   readerTransfo->SetFileName(mInputFilenames[0]+".MACHINEORIENTATION");
 129   try {
 130     readerTransfo->Update();
 131   } catch( itk::ExceptionObject & err ) {
 132     bRead=false;
 133   }
 134
 135   if (bRead) {
 136     double mat[16];
 137
 138     //Transpose matrix (NKI format)
 139     for(int j=0; j<4; j++)
 140       for(int i=0; i<4; i++)
 141         mat[4*j+i]=readerTransfo->GetOutput()->GetBufferPointer()[4*i+j];
 142
 143     //From cm to mm
 144     for(int i=0; i<3; i++)
 145       mat[4*i+3]*=10;
 146
 147     //Set Transformation
 148     vtkSmartPointer<vtkTransform> pt = vtkSmartPointer<vtkTransform>::New();
 149     pt->SetMatrix( mat );
 150     pt->Inverse();
 151     mImage->SetTransform( pt );
 152   }
 153 }
 154 //------------------------------------------------------------------------------
 155 #endif
 156