vv/vvLandmarks.cxx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://oncora1.lyon.fnclcc.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ======================================================================-====*/
  18 #include "vvLandmarks.h"
  19
  20 #include <ios>
  21 #include <fstream>
  22 #include <sstream>
  23 #include <string>
  24 #include <locale.h>
  25
  26 #include "vtkPolyData.h"
  27 #include "vtkPoints.h"
  28 #include "vtkFloatArray.h"
  29 #include "vtkPointData.h"
  30 #include "clitkCommon.h"
  31
  32 vvLandmarks::vvLandmarks(int size)
  33 {
  34   mLandmarks.resize(0);
  35   mFilename = "";
  36
  37   for (int i = 0; i < size; i++) {
  38     vtkPoints *points = vtkPoints::New();
  39     mPoints.push_back(points);
  40   }
  41   mPolyData = vtkPolyData::New();
  42   mIds = vtkFloatArray::New();
  43 }
  44
  45 vvLandmarks::~vvLandmarks()
  46 {
  47   for (unsigned int i = 0; i < mPoints.size(); i++) {
  48     mPoints[i]->Delete();
  49   }
  50   /*for(unsigned int i = 0; i < mText.size(); i++) {
  51     mText[i]->Delete();
  52     }*/
  53   if (mIds)
  54     mIds->Delete();
  55   if (mPolyData)
  56     mPolyData->Delete();
  57 }
  58
  59 void vvLandmarks::AddLandmark(float x,float y,float z,float t,double value)
  60 {
  61   vvLandmark point;
  62   point.coordinates[0] = x;
  63   point.coordinates[1] = y;
  64   point.coordinates[2] = z;
  65   point.coordinates[3] = t;
  66   point.pixel_value=value;
  67   mLandmarks.push_back(point);
  68   mPoints[int(t)]->InsertNextPoint(x,y,z);
  69
  70   /*std::stringstream numberVal;
  71   numberVal << (mLandmarks.size()-1);
  72   vvLandmarksGlyph *number = vvLandmarksGlyph::New();
  73   number->SetText(numberVal.str().c_str());
  74   number->BackingOff();
  75   mText.push_back(number);*/
  76   mIds->InsertNextTuple1(0.55);
  77   //mIds->InsertTuple1(mLandmarks.size(),mLandmarks.size());
  78   SetTime(int(t));
  79 }
  80
  81 void vvLandmarks::RemoveLastLandmark()
  82 {
  83   mPoints[mLandmarks.back().coordinates[3]]->SetNumberOfPoints(
  84     mPoints[mLandmarks.back().coordinates[3]]->GetNumberOfPoints()-1);
  85   mPolyData->Modified();
  86   //mText.pop_back();
  87   mLandmarks.pop_back();
  88   mIds->RemoveLastTuple();
  89 }
  90
  91 void vvLandmarks::ChangeComments(int index, std::string comments)
  92 {
  93   mLandmarks[index].comments = comments;
  94 }
  95
  96 double vvLandmarks::GetPixelValue(int index)
  97 {
  98   return mLandmarks[index].pixel_value;
  99 }
 100
 101 float* vvLandmarks::GetCoordinates(int index)
 102 {
 103   return mLandmarks[index].coordinates;
 104 }
 105
 106 std::string vvLandmarks::GetComments(int index)
 107 {
 108   return mLandmarks[index].comments;
 109 }
 110
 111 void vvLandmarks::LoadFile(std::string filename)
 112 {
 113   std::ifstream fp(filename.c_str(), std::ios::in|std::ios::binary);
 114   if (!fp.is_open()) {
 115     std::cerr <<"Unable to open file " << filename << std::endl;
 116     return;
 117   }
 118   mFilename = filename;
 119   mLandmarks.clear();
 120   char line[255];
 121   for (unsigned int i = 0; i < mPoints.size(); i++)
 122     mPoints[i]->SetNumberOfPoints(0);
 123   bool first_line=true;
 124   while (fp.getline(line,255)) {
 125     std::string stringline = line;
 126     if (first_line) {
 127       first_line=false;
 128       ///New landmark format: first line is "LANDMARKSXX", where XX is the version number
 129       if (stringline.size() >= 10 && stringline.compare(0,9,"LANDMARKS")==0) {
 130         std::istringstream ss(stringline.c_str()+9);
 131         ss >> mFormatVersion;
 132         continue; //skip first line
 133       } else
 134         mFormatVersion=0;
 135     }
 136     DD(mFormatVersion);
 137     if (stringline.size() > 1) {
 138       vvLandmark point;
 139       int previousSpace = 0;
 140       int space=0;
 141       if (mFormatVersion>0) {
 142         space = stringline.find(" ", previousSpace+1);
 143         if (space < -1 || space > (int)stringline.size()) {
 144           ErrorMsg(mLandmarks.size(),"index");
 145           continue;
 146         }
 147         //int index = atoi(stringline.substr(previousSpace,space - previousSpace).c_str());
 148         previousSpace = space;
 149       }
 150       space = stringline.find(" ", previousSpace+1);
 151       if (space < -1 || space > (int)stringline.size()) {
 152         ErrorMsg(mLandmarks.size(),"x position");
 153         continue;
 154       }
 155       point.coordinates[0] = atof(replace_dots(stringline.substr(previousSpace,space - previousSpace)).c_str());
 156       previousSpace = space;
 157       space = stringline.find(" ", previousSpace+1);
 158       if (space < -1 || space > (int)stringline.size()) {
 159         ErrorMsg(mLandmarks.size(),"y position");
 160         continue;
 161       }
 162       point.coordinates[1] = atof(replace_dots(stringline.substr(previousSpace,space - previousSpace)).c_str());
 163       previousSpace = space;
 164       space = stringline.find(" ", previousSpace+1);
 165       if (space < -1 || space > (int)stringline.size()) {
 166         ErrorMsg(mLandmarks.size(),"z position");
 167         continue;
 168       }
 169       point.coordinates[2] = atof(replace_dots(stringline.substr(previousSpace,space - previousSpace)).c_str());
 170       previousSpace = space;
 171       if (mFormatVersion>0) {
 172         space = stringline.find(" ", previousSpace+1);
 173         if (space < -1 || space > (int)stringline.size()) {
 174           ErrorMsg(mLandmarks.size(),"t position");
 175           continue;
 176         }
 177         point.coordinates[3] = atof(replace_dots(stringline.substr(previousSpace,space - previousSpace)).c_str());
 178         previousSpace = space;
 179         space = stringline.find(" ", previousSpace+1);
 180         if (space < -1 || space > (int)stringline.size()) {
 181           ErrorMsg(mLandmarks.size(),"pixel value");
 182           continue;
 183         }
 184         point.pixel_value = atof(replace_dots(stringline.substr(previousSpace,space - previousSpace)).c_str());
 185       } else {
 186         point.pixel_value=0.; //Not in file
 187         point.coordinates[3]=0.;
 188       }
 189       previousSpace = space;
 190       //this is the maximum size of comments
 191       space = (stringline.find("\n", previousSpace+1) < 254 ? stringline.find("\n", previousSpace+1) : 254);
 192       point.comments = stringline.substr(previousSpace,space - (previousSpace)).c_str();
 193       mLandmarks.push_back(point);
 194       mIds->InsertNextTuple1(0.55);
 195       mPoints[int(point.coordinates[3])]->InsertNextPoint(
 196         point.coordinates[0],point.coordinates[1],point.coordinates[2]);
 197     }
 198   }
 199   SetTime(0);
 200 }
 201
 202 bool vvLandmarks::ErrorMsg(int num,const char * text)
 203 {
 204   std::cerr << "error when loading point " << num << " at " << text << std::endl;
 205   return false;
 206 }
 207
 208 void vvLandmarks::SaveFile(std::string filename)
 209 {
 210   std::string fileContent = "LANDMARKS1\n"; //File format version identification
 211   for (unsigned int i = 0; i < mLandmarks.size(); i++) {
 212     std::stringstream out;
 213     out.imbue(std::locale("C")); //This is to specify that the dot is to be used as the decimal separator
 214     out << i << " "
 215         << mLandmarks[i].coordinates[0] << " "
 216         << mLandmarks[i].coordinates[1] << " "
 217         << mLandmarks[i].coordinates[2] << " "
 218         << mLandmarks[i].coordinates[3] << " "
 219         << mLandmarks[i].pixel_value << " ";
 220     fileContent += out.str();
 221     if (mLandmarks[i].comments.size() == 0)
 222       fileContent += " ";
 223     else
 224       fileContent += mLandmarks[i].comments;
 225     fileContent += "\n";
 226   }
 227   std::ofstream fp(filename.c_str(), std::ios::trunc);
 228   if ( !fp ) {
 229     std::cerr << "Unable to open file" << std::endl;
 230     return;
 231   }
 232   fp << fileContent.c_str()<< std::endl;
 233   fp.close();
 234 }
 235
 236 void vvLandmarks::SetTime(int time)
 237 {
 238   if (time >= 0 && time <= ((int)mPoints.size() -1)) {
 239     mPolyData->SetPoints(mPoints[time]);
 240     mPolyData->GetPointData()->SetScalars(mIds);
 241     mPolyData->Modified();
 242     mPolyData->Update();
 243   }
 244 }
 245
 246 std::string vvLandmarks::replace_dots(std::string input)
 247 {
 248   ///Replaces the dots used in the file with the decimal separator in use on the platform
 249   lconv * conv=localeconv();
 250   unsigned int position = input.find( "." );
 251   while ( position < input.size() ) {
 252     input.replace(position, 1, conv->decimal_point);
 253     position = input.find( ".", position + 1 );
 254   }
 255   return input;
 256 }